[ This is the exact matrix presented in Dupret et al. 2014, with new search commands as used in Long et al. 2014 ]

#NEXUS

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	DIMENSIONS  NTAX=77 NCHAR=255;
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	MATRIX

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Osteostraci          0001000100?010?0?10000--000-----0-0-------?----------00000000-?0000000-000?0-----0??00-00-?00?-000-??000000-0??--?--100-0-000?00-00---00??---0---?0----------?-------?------------------------?---------------------------?0??0-??---?0???-------------???0--01
Galeaspida           0100-0-??00101?0?1000?--000-------0-------?----------000000?0-?0000000-000?0-----0??01-00-?00?-000-0000-------?--?------0-?--??--?----0???---0---?0----------1-------?------------------------?---------------------------?0???-??---?0???-------------------01
Parayunnanolepis     0??1?0?1?0?10?10-0-000010-0----0100-????????0??????????00????????0?????????????????????????????????????000010?????????0?10010000?00---?00?????----?1???0?0?010-0101-0?-1???-???0------?-???????0----?------0---??---????--?0???????????????????????0?0????00010
Bothriolepis         0000-0-?--?--?10-0-000010-0----0100-???---?10000??00?0?000???????0?????00?????????????????????0????????000010?????1--00-0--11000-00---000??0??----?1???0?0-010-0101-0?-12?0-???0------?-????3??0----?------0---0?---0?00--?0???????????????????????0?0????0--10
Pterichthyodes       0?0??0-1?0???010-0-00??10-0?---0100-??0--???0??????????000???????0????????????????????????????0????????0?0010?????1--00-0--11?00?00---000?????----?1???0?0-010-0101-0?-12??-???0------?-????3??0----?------0---??---????--?????????????????????????0?0???????10
Brindabellaspis      000110?100010????0-?000?1-?????010???????????????????0?000000000000000-00000100?00??10000-00010000-0?0000????1-0001010??????0??0??0---???????0--??01???0?0-00010111100-14??-???????????-???03000--?????????????????-????--02?100????11??00?????????????0?????10
Macropetalichthys    00?110?????????1?0-?00001-???????0???????????????????0011?0?000000?000-0000?1-1?0???10?00-?0010000-?00?00??????????????????????????0--???????0--??00?????0-00010111100-?3??-????------?-???030?0---??------0---??---????--???100????110000?????????0?0???????1?
Romundina            0001{01}0?????????000-000010-?????010?????0--??000??????0100000000?010000-00001000100--11100-0001100000100000110100??101?0?????00?0-?00--?????000????01---100-?001-111000??3?0-0--0--------11?040?0--1??-0???????????????00??00-1000000110000--1?0????--1-0010??10
Sigaspis             0????0???01--010?0-00111?-?????010??????????????????????????????01?????????????????????????????????????000010?????????1?1?0000?0?000--??0??????????0?????0?00?10101000?10?0-???0------?-11??10?0--???------0---??---????--?????????????????????????0?0?????001?
Gavinaspis           ?00??0?????????0?0-0010??-?????????????????????????????1????????01???????0?????????????????00??????0?????????????????????????????????????????????????????????00?10110??10??????????????-10??10?0--???????????????????????????????????????????????????????????10
Cowralepis           000??0?????????0?0-1?10-1-0????0110-0?10-0110?????00??1????????????????????????????????????0???????????000110????????01?1?000000-000--1-00????----?0?????0-00?10101111-10??-????------?-???010?0----?------0---0?---00??--?????????????????????????0?0?????101?
Dicksonosteus        00?110?1?0?????010-001111-0----0100-??1??0110000????001101000001010010-00001000?00??10000-0001100000?0000001000?--10101????000?0-?00--1??????0--??00?????0-00010101011-1100-???0------?-{01}1?01000----0------0---0?---0000--02111000001100000010000010?00000???10
Coccosteus           000??01????????000-001111-0----0110-??10-0110??????00?11?1???????1?????00??????????????????0???????????000011?0?--1?????1?000000-000--100?????----?0?????0-00010101011-11?0-???0------?-01?000?0----?------0---0?---000?--?????????????????????????0?0?????1010
Buchanosteus         00?1?0?100010??010-001111-0----0110-??1--0?10010??0?001101000001010010-00000000?00??1000???0011000-0100000011?0?--1?1???????00?0??00--???????0--??00?????0-00010101011-11??-????------?-????0??0----?------0---0?---0000--02??1000001100000010000010?00??????10
Austroptyctodus      0001?0?1?01010?1?0-?1-001-0----0110-0010-01100????000?01010?0????101????????0?????????????????0???0??000001101-00000100?111001000?00--11??????--??00?????0-00?10100--1-13?------------?-???03??0----?------0---??---0??0--??????????1??????????????0?0???????1?
Campbellodus         000??011?01010?1?0-?1-001-0----0100-0010-01100?0??000?0??????????1????????????????????????????0????????000110???--10?0??111001000?00--1?01????----?0?????0-00?10100--1-13?------------?-???03??0----?------0---??---00-0--??????????1??????????????0?0?????0?1?
Rhamphodopsis        000??0???????0?1?0-?1-001-0----0110-??10-01100????????0??????????1????????????????????????????0????????00011??0?--10????111001000?01--?10?????--???0?????0-00?1010??01-13?------------?-???03??0----?------0---??---0???--??????????1??????????????0?0??????11?
Entelognathus        000??0???0101??0?0-01-111-110010101???1?????101?????00?1010?0000010????00?01????0???????????011000??10?000010??????????????00??0????--????????--??00????00-00??0111-00?10000???0000?1???????2??00??0?0?????110?0??????01??0???1??0?01100?00????????0??0??????1?
Acanthodes           000120011001011-0110-?-0?00----10-0-1?0----0011101010?01?1??010?0111?0110111010011001101101001111?001101---0-101001011001000011110010000100???---------?-----?-------?---1----------------????0---0-0------0-?-0?---00-1--?????0?001?00??0-------------?0011111
Achoania             001121?????????1?0-????10??????????????1?1?11??????0?011010?1??00100???1?????0?????????????????1???????00?1???????????1????????0???????????0?0????1???110???01?????????????0????100???????1010???1???1110??10101011011????30110111?????????010?0010??????01??11
Akmonistion          10012010?0-??21-?1?1-----00----10-0-?01110-0011?000?0101010?01001110101100?111?11?001??110111010100?0011---0-1-001101110110001001000000000?0??---------?-----?-------?---?----------------?????---?-0------0-?-??---0?-1--020?0????1?00?00-------------??01?011
Brachyacanthus       0?0??00??????10??100??-0?11000000-0-????---00??????????1?1?????????????????????????????????????????????01-10-1010010?0??1?000111011110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Brochoadmones        0101000100?111100110??-0?00----10-0-??1100-00??????????1?1?????????????????????????????????????????????1---0-??????-?-??10000111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------??????1?
Cassidiceps          000??00??00101?0?10???-???111?100-0-??0----0???????????1?1?????????????????????????????????????????????1---0-11?????????1?000111010100011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------??????1?
Cheiracanthus        000120011001010-?111??--?01111100-0-??0----0011001010?01?1?????????????????????01??????????????????????1---0-1110010?1??10000111100100001?????--??-----?-----?-------?---1--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------?????11?
Cheirolepis          000120010101012110-01-110-1100101011??10-001111?10000?11?10??????11????10????0?0??00???????????1???????00110-?????1???1010000000-00---001?000?--11?0100101000011010--?10-00010010{01}0000??0?0000100100010000011000?00?111100?0??????0??????10?000101?{01}0101?011011
Chondrenchelys       11012010?00??-1-?1?1-----00----00-0-??1100-0011?00011001110?0?000110??-111??0?????????????0?00110?0?0011---0-1-00110100-11000000-00---000?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------??????11
Cladodoides          110????????????-????---?-?????????????111?-0011?00???1010???00000110101000011111110011011111?0101010001???????????????????????????????????????--??-----?-----?-------?---?--?--????-------?????---??????---0-?-???--0?-1--02?100???1?0??00---?-??--?---??????11
Cladoselache         1101201100-??2?-?1?1-----00----10-0-?01110-00110000?0?01?10?0??0111????10???11?11???????1?1?101010??10?1---0-1-00110101010000100000?000000????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-0???---0-?-???--???1--?????????1??????---?-??------????1011
Climatius            0001000??000110-?10000-0?11000000-0-??1100-0011?00010?0??1?????????????????????????????????????????????01-10-1000010?0??1?000111011110011?????---------?-----?-------?---1--?--?----------?????---?-??-----0-?-???--00?1--????????????????---------?---?????11?
Cobelodus            1101?01??0-????-?1?1-----00----10-0-001110-0011?00010101?1??01000111101101011111110011011011001010000011---0-1-00110111011000000-00---0000????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--02?1?0?0????0?00---?-??------??????1?
Culmacanthus         ?00??00??0010101?100??-1?00----00-0-????---?0????????????1?????????????????????????????????????????????01-10-10?0010?0??10?00111100100011?????---------?-----0-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Debeerius            11012010?0???-1-?1?1-----00----00-0-00101?-0001?000?1001110?0?0?0111??-111??0?110??????10-0100100?0?00?1---0-1-00110100011?001-01001000100????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------???01?1?
Diabolepis           001121?????????1?0-?1-1???????????????10-0011?????000011?10?0?100110???101?1?0?0?1??11??????00111??????????????????????????????????????????001????0?0011110?00101??????0-??1????000???11011110?11??-?100---11000?10?????1101000??0?0?0?0??010101011??????????11
Dialipina            0????00?011011?0?0-01-101??????0??10??1?-00?1??????????1?1??????????????0??????????????????????????????00110-???????????10000000-00--??11?0??????1??10??0{01}?00?110???-??0-?0????????10????01010?0???1?10????11??0????????1????????????????????????????00?????01?
Diplacanthus         0101?0011001010?0100??-0?00----0??0-??0--0-10?????1??????1?????????????????????????????????????????????00110-110100000??10000111110100011?????---------?-----?-------?---1--?--?----------?????---?-??-----0-?-???--0???--????????????????---?-??--?---?????11?
Doliodus             1?0??0?100?????-?1??---0-?0----?0-0-??1110-0011??????101010?00?00010???00??111?11?00????11??10101000?0????-????????????????00??1???11?????????---------?-----?-------?---?--?--?----------?????---?-??-----0-?-???--0?-1--02??0????1?0??00---------?---????1?11
Eusthenopteron       001120010010112100-01-110-11001010101110-001111100000011110111100110110101110000?1111111100?0011110101000110-0------000-10-00000-00---0111?010--0110001--10100001110-?00-10-??0000010???????21?????01???0??11?????????1111110000101000100010000?000011111101011
Euthacanthus         00010001?001110-0100??-0?01111100-0-??1100-00?????????0??1?????????????????????????????????????????????0-110-1110010????10000111011100011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Gogonasus            0011210100101?2100-01-110-1101?010101?10-001111100000011110111010110110001110000??1111?1????0011110101000110-?????????0?????0??0??????0?1??010100?10001--10100001110-?00-10-??0000010???????21??????1???0??1??????????1111110000101000100010000?0000?11111?1011
Gladiobranchus       000120011001011-?100??-0101000100-0-??0----00?????1??????1?????????????????????????????????????????????1---0-100100010??10000111111110?11?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Guiyu                0011200101101121?0-01-110-1100101010??11-1011?????000011?10?1???01001??10?1??0?0???????????????1???????00?110?--?-1?????1??001?0000100?11?000001??101001010001001110-?00-?0110000000000?001000?0?101?11101111001?11011??1?301?0110???0?????010000001100????0111
Hamiltonichthys      11012010?00?120-?110---0-00----10-0-0?1110-0001?0?010101?11?00??0110??-?0??1???1????????110?0?10001??011---0-1-000101000110001001001010110????---------?-----?-------?---?--?--?----------?????---?-??-----0-?-???--00?1--0???0????1?0??0?---------?---???1?011
Homalacanthus        000??00??001011?0111??--?00--1?00-0-??0----00110010?0?01?1??????011????1?1?????01?????????????11?????1?1---0-1110010?1??100001111001000010????--??-----?-----?-------?---1--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--?????????1??????---?-??------??????1?
Howqualepis          ?????00?0110112110-01-110-1100101011?1110101111?1??00?11?10?0110?111???101?????0????????????0?1111???1000110-?-???1??01110000000-00---?011010?0110001100001000010110-?10-0001001?1100000?00000100100011?00011001?00?1?110000????0?000?0??1?001111111010??01101?
Ischnacanthus        000??00??001010-01000?-0?01101100-0-??110111011100010?0??1????????????????????????????????????1????????1---0-1110011?1??10000111100100011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------????111?
Kathemacanthus       0101000100?011?-?110??-0?00----00-0-??0----0-?1???000??1?1??????0???????0??????????????????????????????1---0-??????-?0??1?000111111100011??-??---------?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------????111?
Kenichthys           001121?101101??100-01-11?-??00101010??10--011?????000011??0?1?100110???1011????0??11??????????111??????00110-0----1-000-???????0???????????01010??1??011110100101110-?00-?11001000010111011121001010?100010111001110????1111000?10???0?????0000?0010?1???????11
Ligulalepis          001??0?10??????1?0-?1-1??????????????????????????????0?101010?1?011010010??1?000010011?1100000111?????????????????????????????????????????0???????0??????0?0??10????-??0-???????????????00?000?0?????1???????????????????????101?000?0??1????????????????????11
Lophosteus           ???120?101?????0?0-?????????????????????????1?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????0???-??????????????????????????????????????????????????????0??????????0????????????????????????????????????????????1?
Meemannia            001121?????????1?0-?1-1???????????????1?-0011?????000???????0?????????01?????????1??11??11??00111??1??????????????????????????????????????0???????0??????0??0?100????????????????????????0?010???????1??0??10????????????????????????0??1????????????????????1?
Mesacanthus          000??00???0?0100?101??--101110000-0-??0----0011??00???01?1?????????????????????0???????????????????????1---0-111001?0???10000111010100001?????--??-----?-----?-------?---1--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------??????1?
Miguashaia           0??1200??010112100-01-111-1????01?10??10-0?111??0??00?11?1???????1?????????????????????????????????????00110-???????????10???000???--???1??00?--01?000??010?0?101110-?00-10?0110?0?---??11?021??0?1??10000011110?11?11??10??????1??????????????????01?0????101?
Mimipiscis           001120010110112110-01-110-11001010111110-0011111100000111101011001111101011110000100111110000011110111000110-0----1-001110000000-00---001101000110001100001000010110-?10-000100101101000010000100100110000011000?0011111000000010000000011000101101101010011011
Moythomasia          001120010110112110-01-11?-1100101011?110-0011111100000111101011001111101011110000100111110000011110111000110-0----1-001110000000-00---001101000110001100001000010110-?10-00010010110100001000010010011{01}000011000?001??110000000?0000000?11000111111101010011011
Obtusacanthus        0101201000?0120-?110??-0?0?0???0??0-??0----00????????????1?????????????????????????????????????????????1---0-??????-?-??1?000111?01110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--????--????????????????---?-??------??????1?
Onychodus            001120010010012100-01-111-1100?01010?111010111110??00?11?10111?001001-?10111?0?0?1001???????0?1111?????00110-0----1-000?10000000-00---011??00?--0110000101010?101110-?00-1010110100000011110?1000111010100111001011011?11130100010000???0??01001000011000101011
Onychoselache        1101?011?0-01-0-?1?1-----00----?0-0-??1110-0001?0?0?0101?1??0????11?????0???????0?????????????????1????1---0-1-100101000110001001001010110????---?-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------???11?11
Orthacanthus         1101201????????-?1??---0-?0----10-0-001110-00111000101010?1?00000110101000011111110011011111101010100011---0-1-0011011??11000100?00??00-10????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??0???---0-?-???--???1--?????????1??????---?-??------??????11
Osorioichthys        00?1200?0????1?110-01-11?-1100101011??1???0?1??????????1???????????????????????????????????????????????00110-??????????????00??0-00---????010?0????0110000100?1001????10-0001??1?1100?0???0000?00?00?10?00?110?0????????00?????????????????????????1010??????1?
Osteolepis           001121010110112100-01-11?-1100101010??10-001111?????0011110?1?10011011?101110??0011?1111??0?00111?0101000110-???????????10000000-00---?111?0?0100110001--10100001110-?00-10-?????????????????1?????011??0??11??????????111110000101000100010000?0000111111?1011
Parexus              000??01100???10??100??-0?11000000-0-??1100-00?????????0??1?????????????????????????????????????????????01-10-1010010?0??10000111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Poracanthodes        00010001000101???10???-0????????0?????110111011??00????????????????????????????????????????????????????1---0-1110011????1?000111?00100011?????---?-----?-----?-------?---?--?--?----------?????---????-----0-?-???--0?-1--????????????????---?-??--?---?????11?
Porolepis            001121010110112100-01-110-110?101010?1110101111100000011110?11?0011011?1011100?0??101??1????001111??01?00110-0----1-000?10000000-00---?11??010100110???10???0??00110-??0-???0???000?????1?1??10???1011?11101???0?11?11111121?0001??000???0???1010???1????101011
Powichthys           001121?10110112100-01-11?-1100?0101???11??011?????000011110?111001101??101?1?0?0??10????????0011110?01000110-??????????????????0???????????01111??0000111101011011????00-??10??0000101110111100010?0?101110101000110????1121000?1110?011?0101101001011111101?11
Promesacanthus       0001?001101101?0?101??--101110000-0-??0----0011???010??1?1??????????????????????1??????????????????????1---0-111000001??1?000111011100001?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------??????1?
Psarolepis           001121?101?0??21?0-01-?10-????????????11?1011?????000011010?1?10010011?10?11?0?0?1001???100000111??????00?1??????-1??01?????01?00?0100????000001??10??110???0100??10-??0-?1010??111000010110000?010??11101110101011011??113011011000?0001??01000000??{01}000010111
Ptomacanthus         ?00??0?1?00111???100??-0101?0001??????1100-00110000???01?10??0????0????0????0000????????????????????10?011-0-100001010??10000111011110011?????---------?-----?-------?---?--?--?----------?????---????-----0-?-???--0?-1--????????????0??0---------?---?????11?
Pucapampella         110??0?????????-????---?-??????????????????????????????1????000001101?1100?1101011001?0?101010111?00100???????????????????????????????????????--??-?---?-----?-???????---?--?--????-------?????---??????---0-?-???--????--?2?10????1?0??00---?-??--?---??????11
Styloichthys         001121?101101?2100-01-11?-????????????11??011?????000011110?1?1001101?0101110??0?1101?????0?0011100101000110-0----1-000-???????0??????????00?011??1???01????00?01110-??0-?1?0010??0101110111200?101??101???100100110????1121010?1110?01??0?00001011??111110??11
Tamiobatis           1101?0?1-0-01??-?11?---0-?????????????1110-0011?000??101??0?000001101010000111111?001???111110101000001?---??????1???????????1??1??110???0????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--???1--02???0?0?1??0?00---?-??------?????11?
Tetanopsyrus         000120011001010-?110??-0?00----00-0-??10-0?10010001????1?1?????????????????????????????????????????????1---0-100001001??10000111000110011?????---------?-----?-------?---?--?--?-------?--?????---?-??-----0-?-???--00?1--????????????????---?-??--?---?????11?
Tristychius          11012011?0-??-?-?1?1-----00----00-0-?01110-0001?0?010101010?000001101?-1000101?-0?001?????11101000?10011---0-1-001101000110001001001010110????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------???11011
Youngolepis          001121?101101?2100-01-11?-?????0101???11??01111???000011110?011001101101011100?0011011111?000011110101000110-0----1-000-???????0???????????01111??0?00111???00101110-?00-?11001000010111011110011010?100110101100110???11121000?1110?001001101010{01}1??111110??11
Lupopsyrus           000??0100?0??20???1???????1010?00?0???00?0?00??????????????????????????????????????????????????????????1???0-10??????1??10-00111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Rhadinacanthus       000??0????????????????????0100?0??????0?????0??????????????????????????????????????????????????????????????0-1?11????1??10-00111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
Vernicomacanthus     000??0???????1????????????10???1??????11?0?00??????????????????????????????????????????????????????????????0-1?00????1??10-00111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?
;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;
END;

BEGIN PAUP;
	SET MAXTREES=200000 increase=no tcompress=yes torder=left showtaxnum=yes taxlabels=full;	
	SET storetreewts=yes;
	OUTGROUP Osteostraci / only;
	SET ROOT=OUTGROUP OUTROOT = monophyl CRITERION=parsimony ;
END;

[unbracket commands below to run parsimony analysis followed by strict and majority-rule trees]
[
BEGIN PAUP;
	LOG start file=Dupret2014_MP.log;
	HSEARCH addseq = random nreps = 100 rstatus = yes nchuck = 1000 chuckscore = 1;
	SAVETREES File = Dupret2014_MP_all.trees brlens = yes root = yes replace = yes;
	CONTREE / treefile = Dupret2014_MP_StrictCon.tree root = outgroup outroot = monophyl replace = yes;
	CONTREE / treefile = Dupret2014_MP_MajRule.tree STRICT=no MAJRULE=yes LE50=yes GRPFREQ = YES root = outgroup outroot = monophyl replace = yes;
	LOG stop;
END;
]