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#NEXUS

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	Miguashaia            0??1200??010112100-01-111-1????01?10??10-0?111??0??00?11?1???????1?????????????????????????????????????00110-???????????10???000???--???1??00?--01?000??010?0?101110-?00-10?0110?0?---??11?021??0?1??10000011110?11?11??10??????1??????????????????01?0????101?---0
	Mimipiscis            001120010110112110-01-110-11001010111110-0011111100000111101011001111101011110000100111110000011110111000110-0----1-001110000000-00---001101000110001100001000010110-?10-000100101101000010000100100110000011000?0011111000000010000000011000101101101010011011---0
	Moythomasia           001120010110112110-01-11?-1100101011?110-0011111100000111101011001111101011110000100111110000011110111000110-0----1-001110000000-00---001101000110001100001000010110-?10-00010010110100001000010010011{0 1}000011000?001??110000000?0000000?11000111111101010011011---0
	Obtusacanthus         0101201000?0120-?110??-0?0?0???0??0-??0----00????????????1?????????????????????????????????????????????1---0-??????-?-??1?000111?01110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--????--????????????????---?-??------??????1?--??
	Onychodus             001120010010012100-01-111-1100?01010?111010111110??00?11?10111?001001-?10111?0?0?1001???????0?1111?????00110-0----1-000?10000000-00---011??00?--0110000101010?101110-?00-1010110100000011110?1000111010100111001011011?11130100010000???0??01001000011000101011---0
	Onychoselache         1101?011?0-01-0-?1?1-----00----?0-0-??1110-0001?0?0?0101?1??0????11?????0???????0?????????????????1????1---0-1-100101000100001001001010110????---?-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------???11?11--01
	Orthacanthus          1101201????????-?1??---0-?0----10-0-001110-00111000101010?1?00000110101000011111110011011111101010100011---0-1-0011011??10000100?00??00-10????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??0???---0-?-???--???1--?????????1??????---?-??------??????11--01
	Osorioichthys         00?1200?0????1?110-01-11?-1100101011??1???0?1??????????1???????????????????????????????????????????????00110-??????????????00??0-00---????010?0????0110000100?1001????10-0001??1?1100?0???0000?00?00?10?00?110?0????????00?????????????????????????1010??????1?--??
	Osteolepis            001121010110112100-01-11?-1100101010??10-001111?????0011110?1?10011011?101110??0011?1111??0?00111?0101000110-???????????10000000-00---?111?0?0100110001--10100001110-?00-10-?????????????????1?????011??0??11??????????111110000101000100010000?0000111111?1011---0
	Osteostraci           0001000100?010?0?10000--000-----0-0-------?----------00000000-?0000000-000?0-----0??00-00-?00?-000-??000000-0??--?--100-00000?00-00---00??---0---?0----------?-------?------------------------?---------------------------?0??0-??---?0???-------------???0--01---0
	Parayunnanolepis      0??1?0?1?0?10?10-0-000010-0----0100-????????0??????????00????????0?????????????????????????????????????000010?????????0?1?010000?00---?00?????----?1???0?0?010-0101-0?-1???-???0------?-???????0----?------0---??---????--?0???????????????????????0?0????000??0???
	Parexus               000??01100???10??100??-0?11000000-0-??1100-00?????????0??1?????????????????????????????????????????????01-10-1010010?0??10000111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?---0
	Poracanthodes         00010001000101???10???-0????????0?????110111011??00????????????????????????????????????????????????????1---0-1110011????1?000111?00100011?????---?-----?-----?-------?---?--?--?----------?????---????-----0-?-???--0?-1--????????????????---?-??--?---?????11?--??
	Porolepis             001121010110112100-01-110-110?101010?1110101111100000011110?11?0011011?1011100?0??101??1????001111??01?00110-0----1-000?10000000-00---?11??010100110???10???0??00110-??0-???0???000?????1?1??10???1011?11101???0?11?11111121?0001??000???0???1010???1????101011---0
	Powichthys            001121?10110112100-01-11?-1100?0101???11??011?????000011110?111001101??101?1?0?0??10????????0011110?01000110-??????????????????0???????????01111??0000111101011011????00-??10??0000101110111100010?0?101110101000110????1121000?1110?011?0101101001011111101?11--??
	Promesacanthus        0001?001101101?0?101??--101110000-0-??0----0011???010??1?1??????????????????????1??????????????????????1---0-111000001??1?000111011100001?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------??????1?--??
	Psarolepis            001121?101?0??21?0-01-?10-????????????11?1011?????000011010?1?10010011?10?11?0?0?1001???100000111??????00?1??????-1??01?????01?00?0100????000001??10??110???0100??10-??0-?1010??111000010110000?010??11101110101011011??113011011000?0001??01000000??{0 1}000010111--??
	Pterichthyodes        0?0??0-1?0???010-0-00??10-0?---0100-??0--???0??????????000???????0????????????????????????????0????????0?0010?????1--00-01-11?00?00---000?????----?1???0?0-010-0101-0?-12??-???0------?-????3??0----?------0---??---????--?????????????????????????0?0???????1?0010
	Ptomacanthus          ?00??0?1?00111???100??-0101?0001??????1100-00110000???01?10??0????0????0????0000????????????????????10?011-0-100001010??10000111011110011?????---------?-----?-------?---?--?--?----------?????---????-----0-?-???--0?-1--????????????0??0---------?---?????11?---0
	Pucapampella          110??0?????????-????---?-??????????????????????????????1????000001101?1100?1101011001?0?101010111?00100???????????????????????????????????????--??-?---?-----?-???????---?--?--????-------?????---??????---0-?-???--????--?2?10????1?0??00---?-??--?---??????11--??
	Rhadinacanthus        000??0????????????????????0100?0??????0?????0??????????????????????????????????????????????????????????????0-1?11????1??10-00111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?---0
	Rhamphodopsis         000??0???????0?1?0-?1-001-0----0110-??10-01100????????0??????????1????????????????????????????0????????00011??0?--10????111001000?01--?10?????--???0?????0-00?1010??01-13?------------?-???03??0----?------0---??---0???--??????????1??????????????0?0??????11?2110
	Romundina             0001{0 1}0?????????000-000010-?????010?????0--??000??????0100000000?010000-00001000100--11100-0001100000100000110100??101?0?????00?0-?00--?????000????01---100-?001-111000??3?0-0--0--------11?040?0--1??-0???????????????00??00-1000000110000--1?0????--1-0010??1000??
	Sigaspis              0????0???01--010?0-00111?-?????010??????????????????????????????01?????????????????????????????????????000010?????????1?1?0000?0?000--??0??????????0?????0?00?10101000?10?0-???0------?-11??10?0--???------0---??---????--?????????????????????????0?0?????001?00??
	Styloichthys          001121?101101?2100-01-11?-????????????11??011?????000011110?1?1001101?0101110??0?1101?????0?0011100101000110-0----1-000-???????0??????????00?011??1???01????00?01110-??0-?1?0010??0101110111200?101??101???100100110????1121010?1110?01??0?00001011??111110??11--??
	Tamiobatis            1101?0?1-0-01??-?11?---0-?????????????1110-0011?000??101??0?000001101010000111111?001???111110101000001?---??????1???????????1??1??110???0????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--???1--02???0?0?1??0?00---?-??------?????11?--??
	Tetanopsyrus          000120011001010-?110??-0?00----00-0-??10-0?10010001????1?1?????????????????????????????????????????????1---0-100001001??10000111000110011?????---------?-----?-------?---?--?--?-------?--?????---?-??-----0-?-???--00?1--????????????????---?-??--?---?????11?---0
	Tristychius           11012011?0-??-?-?1?1-----00----00-0-?01110-0001?0?010101010?000001101?-1000101?-0?001?????11101000?10011---0-1-001101000100001001001010110????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---?-????---0-?-???--???1--????????????????---?-??------???11011--01
	Vernicomacanthus      000??0???????1????????????10???1??????11?0?00??????????????????????????????????????????????????????????????0-1?00????1??10-00111111110011?????--??-----?-----?-------?---?--?--????----?--?????---??????---0-?-???--????--????????????????---?-??------?????11?---0
	Youngolepis           001121?101101?2100-01-11?-?????0101???11??01111???000011110?011001101101011100?0011011111?000011110101000110-0----1-000-???????0???????????01111??0?00111???00101110-?00-?11001000010111011110011010?100110101100110???11121000?1110?001001101010{0 1}1??111110??11--??
	Sinolepis             0?0????-???????0?0-0000?0-0----0??0-????????0??????????0?0????????01???1??????????????????-0???????????000010?????????0?0??11?-0--0---?00??????????1???0?0--10-010100--1???????????????????0???0???????????????????????????????????????????-?????????0?????????0???
	Microbrachius         0?0??01??--?--???0?000010?----?01?0-?????0110?????????????????????01???1??????????????????-0???????????000010?????????0?01?11?-0--0---?00??????????1???0?0--10-010100--1???????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-?????????0??????-1?0010
	Remigolepis           ?10?-01-?0101000?0?000010?0----01?--?????0110?0????????0?0????????01???1??????????????????-0???????????000010?????????0?0??111-0--0---?00??????????1???0?0--10-010100--1???????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-?????????0??????-1?00??
	Lunaspis              000??0110?101001?0?000001??---?0100-????????0??????????1??00??????00???0?0????????????????-0???????????00001??????????1?1??00??1--0000?00??????????0?????0--00101111?0-1???????????????????0???0???????????????????????????????????????????-?????????0??????01?2???
	Quasipetalichthys     0?0??0?????????1?0??0-0?1??----0??-????????????????????1??????????00???0?0????????????????-0???????????000?1???????????????????1--?000?????????????0?????0--0010111100-1???????????????????0???0???????????????????????????????????????????--????????0?????????2???
	Materpiscis           000110??---?-??1?0?11-001?----??1??-??1??0110??0??0000?101000??00000?0?000????????????????-1???????????000110?0??010100?1?100000--00001???????????00?????0--0011101101-1???????????????????0???0???????????0?????????????????1?????????????--??????0?0?0?0?1?1021??
	Diandongpetalichthys  000??0?????????0?0??0-0?1-?----????-?????????????????0??0?000??00000??-000???????0??????0?-0???????????000?10???????1???????????--????????????????00???1?0--0010101100-1???????????????????0???0???????????????????????????????????????????-??????????????????01???
	Wuttagoonaspis        0000?0?????????0?0-001010?0----0100-??1???110????????0?101000?0??000???000??????????????0?-0???????????000011???????????1??0???1--0000????????????00???1?0--00101011?0-1???????????????????0???0???????????????????????????????????????????-?????????0???????1010??
	Groenlandaspis        0001?011?0011110?0-001110-0----0100-??1???110??????????101????????00???0??????????????????-0???????????000010?????????1?1??00001--0000?0???????????0???1?0--0010101011-1???????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-100000???0?????101000??
	Holonema              0001101100011110?0?001110-0----0100-??1???110010?0?00??0?1????????00???0?0????????????????-0???????????000011?0?--??101?11100001--000010???????????0???1?0--0010101011-1?0?????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-???????0?0?0?0?10100000
	Parabuchanosteus      000110?1000101?0?0-001111-0----0110-??1--0110010??0?001101000001010010-00000000?00??1000???0011000-0100000011?0?--1?1???????00?1??000-???????0--??00?????0-00010101011-1???-????------?-???????0----?------0---02---0000--02?11000001100000010000010?00??????1000??
	Compagopiscis         00?1101-------?0?0-00?110?-----?11????1???110????0?00?1?01????????00???000????????????????-0???????????00001110?--00?01?11100001--0000101??????????0???1?0--0011101011-1?0?????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-100000?0?0?0?0?101?0000
	Eastmanosteus_call    0001101---??-??0?0-00111?-0-----110-??1???1100??????0??101????????00???000????????????????-0???????????00011110?--00101?11100001--0000101??????????0???1?0--0010101011-1?0?????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-100000?0?0?0?0?101?00?0
	Incisoscutum          0001101?-------0?0?001110-0----0110-??1???1100???0?00?11?1????????00???000????????????????-0???????????00011110?-?0?101?111000?1--0---1?1??????????0???1?0--0010101011-1?0?????????????????0???0???????????0???????????????????????????????-100000?0?0?0?0?101?0000

;

END;

BEGIN PAUP;
	SET MAXTREES = 200000 increase = no tcompress = yes torder = left showtaxnum = yes taxlabels = full;
	SET storetreewts = yes;
	OUTGROUP Osteostraci / only;
	SET ROOT = OUTGROUP OUTROOT = monophyl CRITERION = parsimony;

END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  259;

END;

[unbracket commands to enforce placoderm monophyly]
BEGIN PAUP;
	LOG start file = Placoderms259.log;
	[CONSTRAINT placoderm_monophyly = ( ( Parayunnanolepis , Bothriolepis , Pterichthyodes , Brindabellaspis , Macropetalichthys , Romundina , Campbellodus ,
		Austroptyctodus , Rhamphodopsis , Gavinaspis , Cowralepis , Dicksonosteus , Coccosteus , Buchanosteus , Sigaspis , Sinolepis , Microbrachius , Remigolepis ,
		Lunaspis , Quasipetalichthys , Materpiscis , Diandongpetalichthys , Wuttagoonaspis , Groenlandaspis , Holonema , Parabuchanosteus , Compagopiscis , Eastmanosteus_call , Incisoscutum ) );]
	DELETE Sinolepis Gavinaspis Sigaspis Parayunnanolepis Quasipetalichthys Diandongpetalichthys; [>75% missing data]
	HSEARCH addseq = random nreps = 1000 rstatus = yes nchuck = 1000 chuckscore = 1 [enforce=yes constraint=placoderm_monophyly];
	SAVETREES File = Placoderms259_allMP.trees brlens = yes root = yes replace = yes;
	CONTREE / treefile = Placoderms259_Str+MajRule.trees MAJRULE = yes LE50 = yes GRPFREQ = YES root = outgroup outroot = monophyl replace = yes;
	LOG stop;

END;


