Methods	ActivePathways	CanIsoNet	Hierarchical HotNet	Hypergeometic analysis	Induced subnetwork analysis	NBDI	SSA-ME	Mean	
ActivePathways		0.02	0.26	0.39	0.24	0.29	0.28	0.25	
CanIsoNet	0.02		0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	
Hierarchical HotNet	0.26	0.02		0.21	0.15	0.16	0.19	0.17	
Hypergeometic analysis	0.39	0.03	0.21		0.21	0.24	0.27	0.23	
Induced subnetwork analysis	0.24	0.01	0.15	0.21		0.56	0.26	0.24	
NBDI	0.29	0.01	0.16	0.24	0.56		0.25	0.25	
SSA-ME	0.28	0.02	0.19	0.27	0.26	0.25		0.21	
Mean	0.25	0.02	0.17	0.23	0.24	0.25	0.21		0.19
								0.19