Methods	ActivePathways	CanIsoNet	Hierarchical HotNet	Hypergeometic analysis	Induced subnetworks	NBDI	SSA-ME	Mean	
ActivePathways		0.04	0.20	0.17	0.07	0.16	0.20	0.14	
CanIsoNet	0.04		0.04	0.07	0.01	0.03	0.03	0.04	
Hierarchical HotNet	0.20	0.04		0.14	0.03	0.13	0.15	0.12	
Hypergeometic analysis	0.17	0.07	0.14		0.03	0.10	0.10	0.10	
Induced subnetworks	0.07	0.01	0.03	0.03		0.07	0.08	0.05	
NBDI	0.16	0.03	0.13	0.10	0.07		0.15	0.11	
SSA-ME	0.20	0.03	0.15	0.10	0.08	0.15		0.12	
Mean	0.14	0.04	0.12	0.10	0.05	0.11	0.12		0.10
								0.10