			CNE					High_CNE					Low_CNE					notCNE					High_notCNE					Low_notCNE			
state	Genome %		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++
1_TssA	0.18		3.03	4.17	3.88	3.07		4.36	5.00	4.89	3.79		0.54	1.01	0.96	0.72		0.54	0.52	0.48	0.49		1.70	1.65	1.53	1.61		0.19	0.19	0.18	0.18
2_PromU	0.41		2.10	2.86	2.93	2.24		2.87	3.30	3.49	2.67		0.64	1.21	1.30	0.83		0.79	0.77	0.74	0.75		1.95	1.91	1.82	1.92		0.43	0.42	0.42	0.42
3_PromD1	0.41		1.99	2.83	2.94	2.28		2.75	3.24	3.48	2.72		0.55	1.30	1.38	0.84		0.64	0.62	0.58	0.60		1.81	1.76	1.66	1.74		0.28	0.27	0.26	0.27
4_PromD2	0.19		1.43	1.66	1.71	1.84		1.70	1.74	1.85	1.98		0.91	1.40	1.32	1.35		0.87	0.87	0.85	0.84		1.75	1.75	1.72	1.69		0.61	0.61	0.60	0.60
5_Tx5	2.22		0.95	0.74	0.78	0.81		0.74	0.64	0.67	0.74		1.33	1.13	1.09	1.06		1.02	1.03	1.03	1.03		0.97	0.98	0.99	0.99		1.04	1.04	1.04	1.04
6_Tx	0.70		0.71	0.77	0.87	0.70		0.52	0.54	0.61	0.53		1.07	1.66	1.61	1.27		0.84	0.83	0.83	0.84		0.88	0.87	0.88	0.90		0.82	0.82	0.81	0.82
7_Tx3	3.48		0.67	0.72	0.90	0.62		0.43	0.46	0.56	0.43		1.13	1.73	1.85	1.25		0.82	0.82	0.82	0.83		0.79	0.78	0.78	0.82		0.84	0.83	0.83	0.83
8_TxWk	5.88		0.94	0.80	0.86	0.81		0.75	0.69	0.74	0.73		1.29	1.22	1.24	1.07		0.97	0.97	0.97	0.97		0.91	0.92	0.92	0.93		0.98	0.99	0.98	0.99
9_TxReg	0.30		1.98	2.74	2.73	2.42		2.66	3.07	3.15	2.83		0.67	1.43	1.49	1.16		0.83	0.81	0.78	0.78		2.11	2.06	2.01	2.03		0.44	0.43	0.43	0.43
10_TxEnh5'	0.38		1.40	1.80	1.99	1.59		1.69	1.88	2.07	1.74		0.82	1.43	1.67	1.13		0.95	0.94	0.92	0.93		1.74	1.73	1.70	1.74		0.71	0.70	0.69	0.71
11_TxEnh3'	0.21		0.85	1.20	1.48	0.98		0.85	1.04	1.23	0.88		0.84	1.84	2.15	1.30		0.75	0.74	0.72	0.74		1.11	1.09	1.06	1.12		0.63	0.62	0.61	0.62
12_TxEnhW	0.51		1.24	1.35	1.46	1.37		1.34	1.34	1.44	1.42		1.00	1.38	1.48	1.23		0.98	0.98	0.97	0.97		1.54	1.54	1.53	1.53		0.81	0.81	0.81	0.81
13_EnhA1	0.22		2.35	3.13	3.20	2.70		3.22	3.64	3.80	3.22		0.68	1.31	1.56	0.97		0.90	0.89	0.85	0.86		2.10	2.05	1.95	2.02		0.52	0.52	0.51	0.52
14_EnhA2	0.34		2.61	3.44	3.54	2.98		3.65	4.03	4.22	3.64		0.68	1.23	1.47	0.95		0.91	0.90	0.86	0.86		2.25	2.21	2.11	2.14		0.51	0.51	0.50	0.51
15_EnhAF	0.48		1.74	2.24	2.41	1.95		2.26	2.47	2.67	2.26		0.77	1.30	1.64	0.98		0.96	0.95	0.92	0.93		1.83	1.80	1.74	1.81		0.69	0.68	0.67	0.69
16_EnhW1	0.28		2.21	2.90	2.93	2.38		3.00	3.34	3.46	2.83		0.73	1.21	1.33	0.90		0.92	0.91	0.88	0.88		2.01	1.98	1.90	1.97		0.59	0.59	0.58	0.59
17_EnhW2	0.95		1.77	2.24	2.38	1.97		2.31	2.48	2.61	2.27		0.79	1.30	1.60	0.99		0.95	0.95	0.92	0.93		1.78	1.75	1.69	1.75		0.71	0.70	0.69	0.70
18_EnhAc	0.27		1.84	2.25	2.24	2.07		2.41	2.57	2.62	2.42		0.80	1.14	1.29	0.96		0.96	0.95	0.94	0.93		1.79	1.78	1.73	1.76		0.70	0.70	0.70	0.70
19_DNase	0.63		2.69	3.44	3.26	2.92		3.71	4.06	3.98	3.51		0.74	1.14	1.19	0.87		0.93	0.92	0.89	0.89		2.24	2.21	2.15	2.16		0.54	0.54	0.54	0.54
20_ZNF/Rpts	0.18		0.48	0.19	0.15	0.15		0.07	0.04	0.04	0.04		1.26	0.70	0.48	0.49		0.84	0.85	0.86	0.87		0.18	0.18	0.19	0.19		1.04	1.04	1.05	1.05
21_Het	0.91		0.42	0.10	0.10	0.10		0.06	0.04	0.03	0.04		1.09	0.34	0.29	0.32		1.02	1.02	1.04	1.05		0.12	0.12	0.13	0.13		1.29	1.29	1.30	1.30
22_PromP	0.20		2.23	2.66	2.46	2.47		2.96	3.08	2.92	2.90		0.87	1.07	1.05	0.98		0.86	0.86	0.85	0.83		1.85	1.84	1.81	1.77		0.56	0.57	0.56	0.56
23_PromBiv	0.25		2.61	3.52	3.38	2.86		3.63	4.08	4.09	3.43		0.66	1.32	1.32	0.97		0.73	0.72	0.69	0.69		2.09	2.05	1.96	2.02		0.33	0.32	0.32	0.32
24_ReprPC	1.32		1.54	1.85	1.80	1.52		1.89	1.98	1.93	1.68		0.89	1.37	1.40	0.98		0.93	0.93	0.92	0.92		1.47	1.46	1.45	1.48		0.78	0.78	0.78	0.78
25_Quies	78.38		0.94	0.90	0.89	0.94		0.92	0.90	0.88	0.92		0.98	0.92	0.90	0.99		1.02	1.02	1.03	1.02		0.95	0.95	0.96	0.95		1.04	1.04	1.05	1.04
Base	100		3.87	3.01	4.37	5.33		2.53	2.38	3.25	4.08		1.34	0.63	1.12	1.25		92.13	92.99	91.63	90.67		21.14	21.29	20.43	19.59		70.99	71.70	71.21	71.08
																															
			Low_CNE/CNE					High_notCNE/notCNE																							
state	Genome %		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++		PhastCons	SiPhy-Omega	SiPhy-PI	GERP++																				
1_TssA	0.18		0.18	0.24	0.25	0.24		3.17	3.15	3.16	3.27																				
2_PromU	0.41		0.30	0.42	0.45	0.37		2.48	2.47	2.47	2.55																				
3_PromD1	0.41		0.28	0.46	0.47	0.37		2.84	2.84	2.86	2.92																				
4_PromD2	0.19		0.64	0.84	0.77	0.73		2.01	2.01	2.02	2.02																				
5_Tx5	2.22		1.40	1.53	1.40	1.31		0.95	0.95	0.96	0.96																				
6_Tx	0.70		1.51	2.14	1.86	1.82		1.05	1.05	1.06	1.08																				
7_Tx3	3.48		1.67	2.39	2.06	2.00		0.96	0.95	0.96	0.98																				
8_TxWk	5.88		1.37	1.53	1.45	1.33		0.95	0.95	0.95	0.96																				
9_TxReg	0.30		0.34	0.52	0.54	0.48		2.55	2.54	2.57	2.61																				
10_TxEnh5'	0.38		0.59	0.79	0.84	0.71		1.84	1.84	1.85	1.87																				
11_TxEnh3'	0.21		0.99	1.52	1.45	1.33		1.48	1.48	1.48	1.53																				
12_TxEnhW	0.51		0.81	1.03	1.02	0.90		1.57	1.57	1.58	1.58																				
13_EnhA1	0.22		0.29	0.42	0.49	0.36		2.34	2.31	2.29	2.36																				
14_EnhA2	0.34		0.26	0.36	0.41	0.32		2.47	2.45	2.45	2.49																				
15_EnhAF	0.48		0.44	0.58	0.68	0.50		1.91	1.90	1.89	1.94																				
16_EnhW1	0.28		0.33	0.42	0.45	0.38		2.19	2.18	2.17	2.22																				
17_EnhW2	0.95		0.44	0.58	0.68	0.50		1.86	1.85	1.84	1.88																				
18_EnhAc	0.27		0.44	0.51	0.57	0.46		1.87	1.86	1.85	1.89																				
19_DNase	0.63		0.28	0.33	0.36	0.30		2.41	2.40	2.41	2.43																				
20_ZNF/Rpts	0.18		2.61	3.76	3.21	3.39		0.21	0.21	0.22	0.22																				
21_Het	0.91		2.59	3.49	2.94	3.19		0.12	0.12	0.12	0.12																				
22_PromP	0.20		0.39	0.40	0.43	0.40		2.14	2.13	2.15	2.14																				
23_PromBiv	0.25		0.25	0.37	0.39	0.34		2.85	2.84	2.86	2.92																				
24_ReprPC	1.32		0.58	0.74	0.78	0.64		1.58	1.58	1.58	1.60																				
25_Quies	78.38		1.05	1.02	1.02	1.05		0.93	0.93	0.93	0.93																				
Base	100																														
