{"text_format":"3","workbook":"xlsx","n_sheets":23,"sheets":["Figure1","Figure2","Figure3","Figure 4a","Figure 4b-c","Figure 4f","Figure 5c","Figure 5e","Figure 5f","Figure6","Figure7","Figure S1","Figure S2","Figure S3","Figure S4","Figure S6a","Figure S6b","Figure S6c","Figure S6g","Figure S7","Figure S9","Figure S11","Figure S12"],"not_rendered":{"images":7},"read":"whole","date_system":"1900"}

{"sheet":"Figure1","index":0,"n_rows":18,"n_cols":18,"rows_kept":18}
[null,"Figure 1c",{"$nulls":5},"Figure 1d",{"$nulls":5},"Figure 1e"]
[null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/+ Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/+ Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/+","TCKO",null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/+ Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/+ Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/+","TCKO",null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/+ Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/+ Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/+","TCKO"]
[null,2.765,2.77,3.065,3.12,2.085,null,4.21,4.09,4.375,4.02,3.315,null,3.795,3.56,3.785,4.215,3.06]
[null,3.03,2.635,2.945,2.725,2.435,null,4.075,4.07,4.45,4.055,3.28,null,3.53,3.53,3.92,3.97,2.84]
[null,2.725,2.775,2.675,2.745,2.62,null,4.21,3.955,3.495,3.93,3.085,null,3.795,4.06,3.23,3.705,3.275]
[null,2.68,null,null,2.94,2.25,null,4.305,null,null,4.45,2.79,null,3.74,null,null,3.735,2.79]
[null,2.62,{"$nulls":3},2.815,null,4.505,{"$nulls":3},3.13,null,3.95,{"$nulls":3},2.915]
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[null,2.945,{"$nulls":5},3.665,{"$nulls":5},4.045]
[null,"Figure 1f",{"$nulls":5},"Figure 1g",{"$nulls":5},"Figure 1i"]
[null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/+ Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/+ Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/+","TCKO",null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/+ Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/+ Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/+","TCKO",null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/+ Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/+ Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/+","TCKO"]
[null,4.6,3.495,4.125,4.29,2.815,null,4.175,3.49,4.45,4.675,3.095,null,1.99,0.84,1.25,2.27,10.2]
[null,4.15,3.235,4.155,4.28,2.375,null,3.775,3.525,4.025,3.76,3.045,null,1.61,2.04,2.53,2.31,6.07]
[null,4.275,3.175,4.14,4.575,3.34,null,4.26,3.7,4.36,4.025,3.93]
[null,4.38,null,null,4.275,2.465,null,4.205,null,null,4.03,2.74]
[null,4.615,{"$nulls":3},2.33,null,4.695,{"$nulls":3},2.89]
[null,3.935,{"$nulls":5},4.075]
[null,4.315,{"$nulls":5},4.475]

{"sheet":"Figure2","index":1,"n_rows":17,"n_cols":10,"rows_kept":17,"merged":[[8,2,8,5],[8,6,8,9]]}
[]
[null,"Figure 2f","WT","TCKO"]
[null,null,0.882368,0.270392]
[null,null,1.031966,0.2762]
[null,null,0.973513,0.316328]
[null,null,1.114708,0.262356]
[null,null,0.997444,0.281304]
[null,"Figure 2g"]
[null,null,"WT",{"$nulls":3},"TCKO"]
[null,"Tet1",0.934749,1.052777,0.837622,1.174852,0.012339,0.011614,0.012787,0.011207]
[null,"Tet2",0.905797,1.078721,0.811678,1.203804,1.39E-3,1.647E-3,0.00144,0.001589]
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[null,"Runx2",1.05655,0.932028,1.16917,0.842251,0.653495,0.744637,0.625585,0.777858]
[null,"Sp7",0.739259,1.28314,0.818058,1.159542,0.124566,0.100474,0.119246,0.104957]
[null,"Alp",1.126527,0.880786,1.018015,0.974671,0.240303,0.209263,0.251024,0.200326]
[null,"Col1",0.978741,1.018132,1.083067,0.92006,0.52356,0.413197,0.5012,0.431631]
[null,"Bglap",0.715829,1.309068,0.792131,1.182972,0.710496,0.515166,0.680152,0.538149]

{"sheet":"Figure3","index":2,"n_rows":42,"n_cols":17,"rows_kept":42,"merged":[[2,2,2,8],[37,2,37,5],[37,6,37,9],[37,10,37,13]]}
[]
[null,"Figure 3b"]
[null,null,"TCKO"]
[null,"WT","GFP","1CD","1HD","2CD","2HD","3CD","3HD"]
[null,1.014652,0.166452,0.415426,0.159887,0.442621,0.187082,0.34697,0.174892]
[null,1.026374,0.164107,0.416833,0.157543,0.427617,0.171609,0.326808,0.15895]
[null,1.016059,0.160356,0.453405,0.146759,0.412613,0.038448,0.348377,0.16317]
[null,0.942914,0.156605,0.43043,0.168327,0.419177,0.163638,0.350252,0.170203]
[]
[null,"Figure 3d",{"$nulls":5},"Figure 3e",{"$nulls":5},"Figure 3f"]
[null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 +/HD Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f",null,null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 +/HD Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f",null,null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 +/HD Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f"]
[null,2.881865,2.82228,2.567876,2.41658,null,null,3.904662,3.379067,2.437306,2.432331,null,null,5.038757,3.775338,2.790466,2.582218]
[null,2.835233,2.639378,2.757173,2.590693,null,null,3.327669,3.290363,2.29587,2.241344,null,null,3.78031,3.847047,3.023093,2.746536]
[null,2.769948,3.01229,2.204339,2.435,null,null,3.229016,3.598757,2.373688,2.771168,null,null,3.098861,3.969326,2.944717,2.670398]
[null,2.92487,null,2.407278,{"$nulls":3},3.556477,null,2.950315,{"$nulls":3},4.163315,null,2.726942]
[null,3.124563,{"$nulls":5},3.470958,{"$nulls":5},4.142757]
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[null,2.991602,{"$nulls":5},3.890834,{"$nulls":5},3.812456]
[null,"Figure 3g",{"$nulls":5},"Figure 3h"]
[null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 +/HD Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f",null,null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 +/HD Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f"]
[null,5.028808,3.088912,2.208498,2.85513,null,null,4.456787,3.098861,2.342798,2.594819]
[null,4.063834,2.830259,2.524843,2.61587,null,null,3.51171,2.68601,2.625613,2.72]
[null,3.158549,2.987771,2.491253,2.172149,null,null,2.760623,3.271294,2.692792,2.541637]
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[null,3.991603,{"$nulls":5},3.890834]
[null,3.49895,{"$nulls":5},3.941218]
[]
[null,"Figure 3j"]
[null,"WT","Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f","Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f"]
[null,1.086561,0.326056,0.139111]
[null,0.917608,0.346242,0.122436]
[null,1.049259,0.308064,0.12463]
[null,0.946572,0.291827,0.107515]
[]
[]
[null,"Figure 3k"]
[null,null,"WT",{"$nulls":3},"Prx1-Cre; Tet1 f/f Tet2 f/f Tet3 f/f",{"$nulls":3},"Prx1-Cre; Tet1 f/HD Tet2 f/f Tet3 f/f"]
[null,"Sp7",0.932589,0.96738,0.934406,1.165625,0.355992,0.481736,0.324994,0.520559,0.184747,0.212823,0.213348,0.265151]
[null,"Alp",0.89787,0.998903,0.89962,1.203607,0.440215,0.454047,0.401883,0.490639,0.096314,0.12117,0.111225,0.150963]
[null,"Col1",0.916109,0.982343,0.917895,1.183654,0.640351,0.638669,0.584592,0.690139,0.4196,0.481456,0.48456,0.599835]
[null,"Bglap",1.051065,0.859811,1.053113,1.036011,0.371807,0.377107,0.339432,0.407497,0.516616,0.348663,0.596595,0.434391]

{"sheet":"Figure 4a","index":3,"n_rows":14055,"n_cols":17,"rows_kept":4500,"cut":true,"merged":[[0,0,1,11],[2,1,2,11],[3,1,3,11],[4,1,4,11],[5,1,5,11],[6,1,6,11],[7,1,7,11],[8,1,8,11],[9,1,9,11],[10,1,10,11],[11,1,11,11],[12,1,12,11],[13,1,13,11],[14,1,14,11],[15,1,15,11],[16,1,16,11],[17,1,17,11],[18,1,18,11],[19,1,19,11],[21,0,21,13]],"bounds":{"rows_first":2000,"rows_last":500,"rows_between":2000,"halvings":0}}
["Table S1. List of up- or down-regulated DEGs in TCKO compared with WT. Protein coding gene quantification was performed by featureCounts v2.0.0 (Liao et al., 2014). DEGs were processed using DESeq2 v1.30.1 (Love et al., 2014b). Only DEGs with an average RPKM greater than the first quartile in either control or treatment group were kept for downstream analysis. DEGs were obtained with at least 2-fold change and FDR less than 0.05. This data is associated with Fig. 4a. "]
[]
["Column Name","Description"]
["gene_id","Ensembl IDs of each feature."]
["Chr","Chromosome position of the feature."]
["Start","Start position of the feature in standard chromosomal coordinates."]
["End","End position of the feature in standard chromosomal coordinates."]
["Strand","Strand information of the feature. Defined as + (forward) or - (reverse)."]
["Length","The sequence length (bp) of the feature."]
["baseMean","The average of the normalized count values, dividing by size factors, taken over all samples."]
["log2FoldChange","The Log2 transfromed fold change (TCKO/WT)."]
["lfcSE","The standard error estimate for the log2 fold change estimate."]
["stat","The value of the test statistic for the feature."]
["pvalue","P-value of the test for the feature."]
["padj","Adjusted P-value for multiple testing for the feature."]
["TCKO_baseman","The mean of normalized counts of TCKO samples."]
["WT_basemean","The mean of normalized counts of WT samples."]
["TCKO_RPKMmean","The mean of RPKM(Reads Per Kilobase per Million mapped reads) of TCKO samples."]
["WT_RPKMmean","The mean of RPKM(Reads Per Kilobase per Million mapped reads) of TCKO samples."]
["type","The type of DEG (up-regulated DEG in TCKO or down-regulated DEG in TCKO)."]
[]
["Table S1.  List of up- or down-regulated DEGs in TCKO compared with WT."]
["gene_id","Chr","Start","End","Strand","Length","baseMean","log2FoldChange","lfcSE","stat","pvalue","padj","TCKO_baseMean","WT_baseMean","TCKO_RPKMmean","WT_RPKMmean","type"]
["ENSMUSG00000051951","1;1;1;1;1;1;1","3205901;3206523;3213439;3213609;3214482;3421702;3670552","3207317;3207317;3215632;3216344;3216968;3421901;3671498","-;-;-;-;-;-;-",6094,12.3968868309424,1.23170842041517,0.623827775802645,1.97443664452163,0.0483321147512391,0.181617597239179,17.4059453065883,7.38782835529656,0.363333333333333,0.149666666666667,"NoSignifi"]
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["ENSMUSG00000059326","19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19;19","61223957;61224402;61224411;61224651;61225004;61225133;61225133;61225133;61225133;61225133;61225324;61225324;61225324;61225324;61225324;61225523;61225523;61225523;61225523;61225792;61225792;61225792;61225928;61225928;61225928;61226215;61226215;61226311;61226525;61226525;61226525;61226525;61226525;61226806;61226806;61226806;61226806;61226843;61226843;61227030;61227030;61227030;61227030;61227030;61227030;61227272;61227272;61227272;61227272;61228339;61228339;61228339","61225033;61225033;61225033;61225033;61225033;61225214;61225214;61225214;61225214;61225214;61225420;61225490;61225420;61225420;61225420;61225652;61225652;61225652;61226384;61225821;61225821;61225821;61226384;61226055;61226055;61226384;61226384;61226384;61226654;61226654;61226654;61226654;61226683;61226926;61226926;61226926;61226926;61226926;61226926;61227184;61227236;61227184;61227184;61227184;61227184;61227365;61227365;61227376;61227365;61228429;61228418;61228418","-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-",2871,131.781221997794,-0.0792905928530188,0.210764139970674,-0.376205330110005,0.706764253148152,0.871086166023265,127.969287465698,135.59315652989,5.688,5.87266666666667,"NoSignifi"]

{"sheet":"Figure 4b-c","index":4,"n_rows":1119,"n_cols":11,"rows_kept":1119,"merged":[[0,0,1,11],[2,1,2,11],[3,1,3,11],[4,1,4,11],[5,1,5,11],[6,1,6,11],[7,1,7,11],[8,1,8,11],[9,1,9,11],[10,1,10,11],[11,1,11,11],[12,1,12,11],[13,1,13,11],[15,0,15,10]]}
["Table S2. List of enriched GO terms and KEGG pathways for up- or down-regulated DEGs in TCKO compared with WT.  GO and KEGG enrichment analysis was performed by clusterProfiler v3.18.1 (Yu et al., 2012). This data is associated with Fig. 4b-c and Supplementary Fig. 5b-c."]
[]
["Column Name","Description"]
["ID","IDs of terms in Gene Ontology or KEGG dataset."]
["Description","functional description for the GO/KEGG term."]
["GeneRatio","ratio of input genes that are annotated in a term."]
["BgRatio","ratio of all genes that are annotated in this term."]
["pvalue","P-value of the test for the term."]
["p.adjust","Adjusted P-value for multiple testing for the term."]
["qvalue","qvalue for multiple testing for the term."]
["geneID","gene related with this term."]
["Count","number of gene related with this term."]
["enrichment","The type of enrichment analysis (Gene Ontology: biological process (BP) or KEGG)"]
["type","The type of input DEG (up-regulated DEG in TCKO or down-regulated DEG in TCKO)."]
[]
["Table S2. List of enriched GO terms and KEGG pathways for up- or down-regulated DEGs in TCKO compared with WT."]
["ID","Description","GeneRatio","BgRatio","pvalue","p.adjust","qvalue","geneID","Count","enrichment","type"]
["GO:0030198","extracellular matrix organization","37/418","303/21602",{"v":3.74691583013081e-19,"d":"3.75E-19"},{"v":8.47442495317648e-16,"d":"8.47E-16"},{"v":6.29263313236896e-16,"d":"6.29E-16"},"Col9a1/Lamb3/Eng/Olfml2a/Fap/Col9a3/Ptx3/Sfrp2/Adamtsl4/Col11a1/Npnt/Reck/Col9a2/Col8a2/Eln/Acan/Adamtsl3/Col10a1/Spock2/Comp/Crispld2/Foxc2/Colq/Mmp12/Thsd4/Adamts2/Mmp28/Sox9/Ecm2/Smoc1/Col2a1/Abi3bp/Col8a1/Adamts5/Col11a2/Vit/Loxl4",37,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0043062","extracellular structure organization","37/418","304/21602",{"v":4.19214689744075e-19,"d":"4.19E-19"},{"v":8.47442495317648e-16,"d":"8.47E-16"},{"v":6.29263313236896e-16,"d":"6.29E-16"},"Col9a1/Lamb3/Eng/Olfml2a/Fap/Col9a3/Ptx3/Sfrp2/Adamtsl4/Col11a1/Npnt/Reck/Col9a2/Col8a2/Eln/Acan/Adamtsl3/Col10a1/Spock2/Comp/Crispld2/Foxc2/Colq/Mmp12/Thsd4/Adamts2/Mmp28/Sox9/Ecm2/Smoc1/Col2a1/Abi3bp/Col8a1/Adamts5/Col11a2/Vit/Loxl4",37,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0001503","ossification","36/418","401/21602",{"v":2.12453114378982e-14,"d":"2.12E-14"},{"v":2.86315980478075e-11,"d":"2.86E-11"},{"v":2.1260220428381E-11,"d":"2.13E-11"},"Igfbp5/Tnn/Ucma/Lrp4/Slc24a3/Fat4/Sfrp2/Ecm1/Sgms2/Npnt/Matn1/Runx3/Alpl/Dhrs3/Fgfr3/P2rx7/Rflna/Clec11a/Xylt1/Fgfr2/Comp/Foxc2/Bmp4/Cnmd/Bmp5/Nog/Sox9/Omd/Sema4d/Smoc1/Rspo2/Mtss1/Col2a1/Wnt10b/Trp63/Adrb2",36,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0051216","cartilage development","25/418","199/21602",{"v":1.30440606427657E-13,"d":"1.30E-13"},{"v":1.31842842946755E-10,"d":"1.32E-10"},{"v":9.78991077714945e-11,"d":"9.79E-11"},"Col9a1/Sfrp2/Ctsk/Ecm1/Col11a1/Gdf6/Matn1/Runx3/Fgfr3/Trpv4/Rflna/Sox5/Acan/Sox6/Comp/Mustn1/Bmp4/Cnmd/Bmp5/Tgfbr2/Nog/Sox9/Rspo2/Col2a1/Col11a2",25,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0061448","connective tissue development","27/418","275/21602",{"v":5.28888098166698e-12,"d":"5.29E-12"},{"v":4.27658916177592E-9,"d":"4.28E-09"},{"v":3.17555548625563e-09,"d":"3.18E-09"},"Col9a1/Sfrp2/Ctsk/Ecm1/Col11a1/Gdf6/Matn1/Runx3/Fgfr3/Trpv4/Rflna/Sox5/Acan/Sox6/Comp/Foxc2/Mustn1/Bmp4/Cnmd/Bmp5/Tgfbr2/Nog/Sox9/Foxd1/Rspo2/Col2a1/Col11a2",27,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0060537","muscle tissue development","35/418","472/21602",{"v":1.24624880412468E-11,"d":"1.25E-11"},{"v":8.39763985846011e-09,"d":"8.40E-09"},{"v":6.23561682344487e-09,"d":"6.24E-09"},"Eya1/Igfbp5/Hlx/Kcnk2/Eng/Jph2/Eya2/Tsc22d3/Col11a1/Hivep3/Sema3c/Eln/Vamp5/Cav3/Tenm4/Sox6/Fgfr2/Plagl1/Popdc3/S100b/Sorbs2/Foxc2/Bmp4/Bmp5/Tgfbr2/Adra1b/Sgcd/Nog/Sox9/Akap6/Asb2/Wnt10b/Trp63/Mylk/Adrb2",35,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0048705","skeletal system morphogenesis","25/418","250/21602",{"v":2.21024619635394E-11,"d":"2.21E-11"},{"v":1.27657505312271E-8,"d":"1.28E-08"},{"v":9.47913105564126e-09,"d":"9.48E-09"},"Eya1/Col9a1/Pappa2/Sfrp2/Col11a1/Matn1/Alpl/Dhrs3/Fgfr3/Trpv4/P2rx7/Rflna/Sox5/Acan/Sox6/Fgfr2/Comp/Foxc2/Bmp4/Tgfbr2/Nog/Sox9/Col2a1/Wnt10b/Col11a2",25,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0002062","chondrocyte differentiation","17/418","108/21602",{"v":2.97908272916524e-11,"d":"2.98E-11"},{"v":1.50555393425189E-8,"d":"1.51E-08"},{"v":1.11793999257622E-8,"d":"1.12E-08"},"Sfrp2/Ecm1/Col11a1/Gdf6/Matn1/Runx3/Rflna/Sox5/Acan/Sox6/Comp/Mustn1/Bmp4/Tgfbr2/Sox9/Col2a1/Col11a2",17,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0030278","regulation of ossification","24/418","249/21602",{"v":1.20756517403506E-10,"d":"1.21E-10"},{"v":5.42465110958195e-08,"d":"5.42E-08"},{"v":4.02804196064093e-08,"d":"4.03E-08"},"Igfbp5/Tnn/Ucma/Lrp4/Sfrp2/Ecm1/Sgms2/Npnt/Matn1/Dhrs3/Fgfr3/P2rx7/Rflna/Comp/Bmp4/Cnmd/Nog/Sox9/Omd/Sema4d/Smoc1/Wnt10b/Trp63/Adrb2",24,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0061138","morphogenesis of a branching epithelium","22/418","224/21602",{"v":5.06549930051136e-10,"d":"5.07E-10"},{"v":2.04798136719674E-7,"d":"2.05E-07"},{"v":1.52071621105878E-7,"d":"1.52E-07"},"Eya1/Fzd5/Eng/Fgf7/Agtr1b/Fat4/Sfrp2/Npnt/Sema3c/Cav3/Fgfr2/Foxc2/Bmp4/St14/Tgfbr2/Nog/Sox9/Agtr1a/Foxd1/Rspo2/Trp63/Lama1",22,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0050673","epithelial cell proliferation","31/418","444/21602",{"v":8.48310289278496e-10,"d":"8.48E-10"},{"v":3.11792590868451e-07,"d":"3.12E-07"},{"v":2.31519707657634e-07,"d":"2.32E-07"},"Eya1/Igfbp5/Eng/Fap/Fgf7/Tnmd/Sfrp2/Ecm1/Tlr4/Cdkn2b/Col8a2/Runx3/Fgfr3/C5ar1/Fgfr2/Ccnd1/Bmp4/Cnmd/Mmp12/Bmp5/Nog/Igfbp4/Sox9/Agtr1a/Serpinb1a/Bcl11b/Mtss1/Wnt10b/Trp63/Col8a1/Lims2",31,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0014706","striated muscle tissue development","31/418","449/21602",{"v":1.11222625795885E-9,"d":"1.11E-09"},{"v":3.74727563410635e-07,"d":"3.75E-07"},{"v":2.78251691903389E-7,"d":"2.78E-07"},"Eya1/Hlx/Kcnk2/Eng/Jph2/Eya2/Tsc22d3/Col11a1/Hivep3/Sema3c/Eln/Vamp5/Cav3/Tenm4/Sox6/Fgfr2/Plagl1/Popdc3/S100b/Sorbs2/Foxc2/Bmp4/Bmp5/Tgfbr2/Adra1b/Sgcd/Nog/Akap6/Asb2/Wnt10b/Adrb2",31,"GO_BP","DownInTCKO"]
["GO:0030282","bone mineralization","16/418","122/21602",{"v":1.8392609396183E-9,"d":"1.84E-09"},{"v":5.72010152221292e-07,"d":"5.72E-07"},{"v":4.24742688242218E-7,"d":"4.25E-07"},"Slc24a3/Ecm1/Sgms2/Matn1/Fgfr3/P2rx7/Rflna/Fgfr2/Comp/Bmp4/Sox9/Omd/Rspo2/Mtss1/Wnt10b/Adrb2",16,"GO_BP","DownInTCKO"]
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["GO:0070663","regulation of leukocyte proliferation","12/417","260/21602",0.00485303490852219,0.0441254547876218,0.033952835502724,"Tnfsf18/Grem1/Cd1d1/Cd38/Tac1/Siglecg/Lrrc32/Cd24a/Fgf10/Sox11/Ahr/Il33",12,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0002691","regulation of cellular extravasation","4/417","36/21602",4.94820294349741E-3,0.0445890519707568,0.0343095556538084,"Itga4/Mdk/Cxcl12/Thy1",4,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0007143","female meiotic nuclear division","4/417","36/21602",4.94820294349741E-3,0.0445890519707568,0.0343095556538084,"Sgo2a/Fmn2/Ttk/Trip13",4,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0010837","regulation of keratinocyte proliferation","4/417","36/21602",4.94820294349741E-3,0.0445890519707568,0.0343095556538084,"Mdk/Ptprk/Fgf10/Has2",4,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0071604","transforming growth factor beta production","4/417","36/21602",4.94820294349741E-3,0.0445890519707568,0.0343095556538084,"Met/Lrrc32/Cd24a/Cd200",4,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0031532","actin cytoskeleton reorganization","7/417","108/21602",0.00498853072863268,0.0448523353039869,0.0345121420236667,"Mdk/Hck/Sema3e/Ntf3/Nrp1/Esam/Fgf10",7,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0072577","endothelial cell apoptotic process","5/417","58/21602",5.1822214727584E-3,0.046467508031971,0.0357549551392635,"Gata3/Itga4/Kdr/Gata2/Tnfaip3",5,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0001933","negative regulation of protein phosphorylation","17/417","437/21602",5.1911929953973E-3,0.046467508031971,0.0357549551392635,"Grem1/Ptprt/Dusp9/Zfyve28/Slit2/Uchl1/Hspb1/Met/Epha1/Snca/Dok1/Ntf3/Tnfaip3/Dusp4/Thy1/Fbln1/Dusp5",17,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:1905952","regulation of lipid localization","9/417","167/21602",0.00526360106544248,0.0470114104008657,0.0361734670333506,"Pla2g4a/Sstr4/Plin2/Pcsk9/Spp1/Tac1/P2ry2/Vstm2a/Lipg",9,"GO_BP","UpInTCKO"]
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["GO:0072028","nephron morphogenesis","6/417","83/21602",0.00539978043858423,0.0480152282611554,0.0369458661587342,"Gata3/Grem1/Cited1/Wnt2b/Adamts16/Osr1",6,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0050867","positive regulation of cell activation","17/417","439/21602",0.00542692450061714,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Il1rl1/Pla2g4a/Gata3/Dpp4/Mdk/Cd1d1/Cd38/Tac1/Gata2/Ctsc/Raet1a/Cd24a/Egr3/Thy1/Adora2b/Fgf10/Il33",17,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0045841","negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition","4/417","37/21602",0.00546486476596712,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Bub1b/Bub1/Ttk/Trip13",4,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0032656","regulation of interleukin-13 production","3/417","19/21602",0.0054990179456813,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Gata3/Il1rap/Il33",3,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0048148","behavioral response to cocaine","3/417","19/21602",0.0054990179456813,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Sdk1/Snca/Htr2a",3,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0060231","mesenchymal to epithelial transition","3/417","19/21602",0.0054990179456813,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Gata3/Grem1/Cited1",3,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0097091","synaptic vesicle clustering","3/417","19/21602",0.0054990179456813,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Syndig1/Pcdh17/Cdh2",3,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0098962","regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor activity","3/417","19/21602",0.0054990179456813,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Nptx2/Nptx1/Cnih2",3,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:2000251","positive regulation of actin cytoskeleton reorganization","3/417","19/21602",0.0054990179456813,0.048050942525358,0.0369733469075086,"Hck/Ntf3/Nrp1",3,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0006936","muscle contraction","13/417","299/21602",0.00565484933410908,0.0492287992837073,0.0378796622521206,"Ptgs1/Mylk2/Npy2r/Kcnd3/Kcnh2/Cd38/Met/Htr2a/Tpm1/Adora2b/Pkp2/Htr7/Adra2a",13,"GO_BP","UpInTCKO"]
["GO:0042471","ear morphogenesis","8/417","139/21602",0.00565820234521679,0.0492287992837073,0.0378796622521206,"Gata3/Gata2/Lrig1/Aldh1a3/Slitrk6/Fgf10/Osr1/Foxg1",8,"GO_BP","UpInTCKO"]
["mmu04080","Neuroactive ligand-receptor interaction","25/193","373/8936",{"v":4.09724748190922e-07,"d":"4.10E-07"},{"v":9.17783435947665e-05,"d":"9.18E-05"},{"v":8.58265525157826e-05,"d":"8.58E-05"},"11550/20608/78134/14829/18167/18619/14397/14400/21333/11517/14804/108073/18442/22353/54140/53978/15558/15551/171530/14394/14401/11541/239336/15566/11551",25,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04360","Axon guidance","14/193","181/8936",{"v":3.53086275361162e-05,"d":"3.53E-05"},0.00395456628404501,0.00369811414720375,"241568/58220/12167/108151/20346/20349/20563/17295/13835/20355/20315/18186/20361/107448",14,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04151","PI3K-Akt signaling pathway","19/193","359/8936",0.000269526924332859,0.0201246770168535,0.0188195992779786,"16401/12125/78134/21827/21923/16542/11839/20750/14254/66066/17295/18205/16773/16404/22341/53978/14702/14257/14165",19,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04510","Focal adhesion","13/193","201/8936",0.000402445268258781,0.0225369350224918,0.0210754232588151,"16401/271849/228785/21827/21923/16542/20750/14254/17295/16773/16404/22341/14257",13,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04020","Calcium signaling pathway","14/193","240/8936",0.000685002912180047,0.0272300713786263,0.0254642114865913,"11550/228785/14829/12494/16542/14254/17295/54140/22341/15558/14257/11541/14165/15566",14,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04015","Rap1 signaling pathway","13/193","214/8936",0.000729376911927489,0.0272300713786263,0.0254642114865913,"54519/19730/58220/78134/16542/14254/17295/22341/53978/14257/11541/14165/26415",13,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04014","Ras signaling pathway","13/193","232/8936",0.00153006984460694,0.0484912953577865,0.0453466530836443,"18783/19730/271849/16542/14254/66066/17295/18205/22341/14702/14257/14165/15566",13,"KEGG","UpInTCKO"]
["mmu04010","MAPK signaling pathway","15/193","294/8936",1.7318319770638E-3,0.0484912953577865,0.0453466530836443,"18783/75590/16542/11839/15507/14254/17295/18205/319520/22341/14257/14165/16180/26415/240672",15,"KEGG","UpInTCKO"]

{"sheet":"Figure 4f","index":5,"n_rows":88562,"n_cols":14,"rows_kept":4500,"cut":true,"merged":[[0,0,1,11],[2,1,2,11],[3,1,3,11],[4,1,4,11],[5,1,5,11],[6,1,6,11],[7,1,7,11],[8,1,8,11],[9,1,9,11],[10,1,10,11],[11,1,11,11],[12,1,12,11],[13,1,13,11],[14,1,14,11],[15,1,15,11],[16,1,16,11],[18,0,18,10]],"bounds":{"rows_first":2000,"rows_last":500,"rows_between":2000,"halvings":0}}
["Table S3. List of DMRs in TCKO compared with WT.  DMRs were defined using DMRcaller v1.22.0 (Catoni et al., 2018) over GRCm38 whole genome using 200bp as DMR bin size. Only bins with at least four CG sites and each CG site should be covered by at least four reads were kept for further analysis. Minimal CG methylation difference of 0.4 and FDR less than 0.05 were applied to define DMRs. DMRs within 100bp were merged. This data is associated with Fig. 4f."]
[]
["Column Name","Description"]
["seqnames","Chromosome position of the feature."]
["start","Start position of the feature in standard chromosomal coordinates."]
["end","End position of the feature in standard chromosomal coordinates."]
["width","The width (bp) of the DMR bin."]
["sumReads_WT","the number of methylated reads in the DMR in WT"]
["sumReads_WT","the total number of reads in the DMR in WT"]
["proportion_WT","the proportion of methylated reads in the DMR in WT"]
["sumReads_TCKO","the number of methylated reads in the DMR in TCKO"]
["sumReads_TCKO","the total number of reads in the DMR in TCKO"]
["proportion_TCKO","the proportion of methylated reads in the DMR in TCKO"]
["cytosinesCount","the number of cytosines in the DMR"]
["context","the context of the cytosine (CG, CHG or CHH)"]
["pValue","the adjusted p-value of the statistical test"]
["regionType","a character string indicating whether the methylation was lost (\"loss\")  in TCKO compared to WT or gained (\"gain\")"]
[]
["Table S3. List of DMRs in TCKO compared with WT."]
["seqnames","start","end","width","sumReads_WT","sumReads_WT","proportion_WT","sumReads_TCKO","sumReads_TCKO","proportion_TCKO","cytosinesCount","context","pValue","regionType"]
["chr1",3059201,3059401,200,21,23,0.91304347826087,6,13,0.461538461538462,4,"CG",3.00399745832957E-3,"loss"]
["chr1",3400201,3400401,200,2,22,0.0909090909090909,13,26,0.5,4,"CG",2.64694835628599E-3,"gain"]
["chr1",3443601,3443801,200,30,75,0.4,49,59,0.830508474576271,4,"CG",{"v":1.32403480199453e-06,"d":"1.32E-06"},"gain"]
["chr1",3493401,3493801,400,30,65,0.461538461538462,49,55,0.890909090909091,10,"CG",{"v":1.99257977432689e-06,"d":"1.99E-06"},"gain"]
["chr1",3515001,3515201,200,3,21,0.142857142857143,15,22,0.681818181818182,5,"CG",4.69966508018564E-4,"gain"]
["chr1",3651201,3651401,200,1,54,0.0185185185185185,17,38,0.447368421052632,4,"CG",{"v":9.23224997684288e-07,"d":"9.23E-07"},"gain"]
["chr1",3900201,3900401,200,3,24,0.125,18,25,0.72,4,"CG",{"v":4.65657529173167e-05,"d":"4.66E-05"},"gain"]
["chr1",4197801,4198001,200,14,28,0.5,31,34,0.911764705882353,4,"CG",0.000414927043915797,"gain"]
["chr1",4234201,4234401,200,0,21,0,8,15,0.533333333333333,4,"CG",0.000221302311010962,"gain"]
["chr1",4295201,4295401,200,25,101,0.247524752475248,69,99,0.696969696969697,6,"CG",{"v":1.04227157288108e-09,"d":"1.04E-09"},"gain"]
["chr1",4326601,4326801,200,9,21,0.428571428571429,12,14,0.857142857142857,4,"CG",0.0115232317822009,"gain"]
["chr1",4412001,4412201,200,10,43,0.232558139534884,20,29,0.689655172413793,4,"CG",1.75532950413786E-4,"gain"]
["chr1",4545001,4545201,200,11,31,0.354838709677419,20,25,0.8,4,"CG",1.08311921198733E-3,"gain"]
["chr1",4602001,4602201,200,4,17,0.235294117647059,16,24,0.666666666666667,4,"CG",0.00685525263570579,"gain"]
["chr1",4689401,4689601,200,8,26,0.307692307692308,24,31,0.774193548387097,4,"CG",0.000549762714113062,"gain"]
["chr1",4808801,4809001,200,20,41,0.48780487804878,13,14,0.928571428571429,4,"CG",0.00403184748501594,"gain"]
["chr1",4825801,4826401,600,48,160,0.3,192,224,0.857142857142857,19,"CG",{"v":6.83181860160494e-27,"d":"6.83E-27"},"gain"]
["chr1",4911201,4911401,200,16,34,0.470588235294118,23,25,0.92,6,"CG",0.000434704707110913,"gain"]
["chr1",5022401,5022601,200,28,53,0.528301886792453,4,32,0.125,4,"CG",0.000291139146029184,"loss"]
["chr1",5084001,5084201,200,20,56,0.357142857142857,40,52,0.769230769230769,4,"CG",{"v":3.13147367903241e-05,"d":"3.13E-05"},"gain"]
["chr1",5170001,5170201,200,7,12,0.583333333333333,20,20,1,4,"CG",0.00197072920836004,"gain"]
["chr1",5632201,5632401,200,5,18,0.277777777777778,10,14,0.714285714285714,4,"CG",0.0143383539154377,"gain"]
["chr1",5803801,5804001,200,15,21,0.714285714285714,7,23,0.304347826086957,4,"CG",0.0069743583996291,"loss"]
["chr1",6144401,6144601,200,13,18,0.722222222222222,4,14,0.285714285714286,4,"CG",0.0143383539154377,"loss"]
["chr1",6190201,6190401,200,12,40,0.3,23,26,0.884615384615385,4,"CG",{"v":7.39663464275527e-06,"d":"7.40E-06"},"gain"]
["chr1",6235001,6235201,200,3,40,0.075,15,30,0.5,7,"CG",{"v":9.39208322877844e-05,"d":"9.39E-05"},"gain"]
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["chr19",60795201,60795401,200,6,17,0.352941176470588,12,13,0.923076923076923,4,"CG",0.00187620059528446,"gain"]
["chr19",60909601,60909801,200,7,26,0.269230769230769,30,32,0.9375,4,"CG",{"v":4.22596342866729e-07,"d":"4.23E-07"},"gain"]
["chr19",60950001,60950201,200,6,13,0.461538461538462,11,12,0.916666666666667,4,"CG",0.0150280172815256,"gain"]
["chr19",60973601,60973801,200,6,13,0.461538461538462,21,23,0.91304347826087,4,"CG",3.00399745832957E-3,"gain"]
["chr19",61022401,61022601,200,3,14,0.214285714285714,10,15,0.666666666666667,4,"CG",0.0145999840828529,"gain"]
["chr19",61152401,61152601,200,7,20,0.35,14,18,0.777777777777778,4,"CG",0.00845075722572932,"gain"]

{"sheet":"Figure 5c","index":6,"n_rows":443,"n_cols":8,"rows_kept":443,"merged":[[0,0,1,10],[2,1,2,10],[3,1,3,10],[4,1,4,10],[5,1,5,10],[6,1,6,10],[7,1,7,10],[8,1,8,10],[9,1,9,10],[10,1,10,10],[11,1,11,10],[13,0,13,7]]}
["Table S11. List of enriched known motifs for overlapped regions of hyper-CG-DMRs and chromatin oC-R in TCKO compared with WT.  Overlapped region more than 200 bp of hyper-CG-DMRs and oC-Rs bed file was performed by bedtools v2.29.0 (Quinlan et al., 2010). Motif enrichment analysis was performed by Homer v4.10.4 (Heinz et al., 2010) over GRCm38 using 200 bp around the middle points of those overlapped regions. This data is associated with Fig. 5c."]
[]
["Column Name","Description"]
["Motif Name","Name of motif and its potential binding transcription factors (TFs)."]
["Consensus","Consensus Sequences."]
["P-value","P-value of the test for the motif."]
["Log P-value","The Log transfromed P-value."]
["q-value (Benjamini)","Adjusted P-value for multiple testing for the motif following Benjamini Hochberg correction."]
["# of Target Sequences with Motif(of 74086)","Number of Target Sequences with this Motif."]
["% of Target Sequences with Motif","Percentage of Target Sequences with this Motif.\t\t\t\t\t\t\t\t\t"]
["# of Background Sequences with Motif(of 70540)","Number of Sequences with this Motif in genomewide background.\t\t\t\t\t\t\t\t\t"]
["% of Background Sequences with Motif","Percentage of Target Sequences with this Motif  in genomewide background.\t"]
[]
["Table S11. List of known motif enrichment for overlapped regions of hyper-CG-DMRs and chromatin oC-R in TCKO compared with WT."]
["Motif Name","Consensus","P-value","q-value (Benjamini)","# of Target Sequences with Motif(of 74086)","% of Target Sequences with Motif","# of Background Sequences with Motif(of 70540)","% of Background Sequences with Motif"]
["RUNX1(Runt)/Jurkat-RUNX1-ChIP-Seq(GSE29180)/Homer","AAACCACARM",{"v":1E-83,"d":"1.00E-83"},0,492,{"v":0.235,"d":"23.50%"},3982.1,{"v":0.0916,"d":"9.16%"}]
["RUNX(Runt)/HPC7-Runx1-ChIP-Seq(GSE22178)/Homer","SAAACCACAG",{"v":1E-70,"d":"1.00E-70"},0,359,{"v":0.1714,"d":"17.14%"},2594.6,{"v":0.0597,"d":"5.97%"}]
["RUNX2(Runt)/PCa-RUNX2-ChIP-Seq(GSE33889)/Homer","NWAACCACADNN",{"v":1E-56,"d":"1.00E-56"},0,371,{"v":0.1772,"d":"17.72%"},3146.1,{"v":0.0724,"d":"7.24%"}]
["RUNX-AML(Runt)/CD4+-PolII-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer","GCTGTGGTTW",{"v":1E-54,"d":"1.00E-54"},0,336,{"v":0.1605,"d":"16.05%"},2711.9,{"v":0.0624,"d":"6.24%"}]
["NF1-halfsite(CTF)/LNCaP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","YTGCCAAG",{"v":1E-52,"d":"1.00E-52"},0,600,{"v":0.2865,"d":"28.65%"},6706.6,{"v":0.1543,"d":"15.43%"}]
["TEAD3(TEA)/HepG2-TEAD3-ChIP-Seq(Encode)/Homer","TRCATTCCAG",{"v":1e-32,"d":"1.00E-32"},0,410,{"v":0.1958,"d":"19.58%"},4651.4,{"v":0.107,"d":"10.70%"}]
["Fra2(bZIP)/Striatum-Fra2-ChIP-Seq(GSE43429)/Homer","GGATGACTCATC",{"v":1e-32,"d":"1.00E-32"},0,189,{"v":0.0903,"d":"9.03%"},1473.2,{"v":0.0339,"d":"3.39%"}]
["NF1(CTF)/LNCAP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","CYTGGCABNSTGCCAR",{"v":1e-30,"d":"1.00E-30"},0,159,{"v":0.0759,"d":"7.59%"},1140.4,{"v":0.0262,"d":"2.62%"}]
["TEAD(TEA)/Fibroblast-PU.1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","YCWGGAATGY",{"v":1e-29,"d":"1.00E-29"},0,277,{"v":0.1323,"d":"13.23%"},2762.7,{"v":0.0635,"d":"6.35%"}]
["Fra1(bZIP)/BT549-Fra1-ChIP-Seq(GSE46166)/Homer","NNATGASTCATH",{"v":1e-28,"d":"1.00E-28"},0,205,{"v":0.0979,"d":"9.79%"},1790.4,{"v":0.0412,"d":"4.12%"}]
["Fosl2(bZIP)/3T3L1-Fosl2-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer","NATGASTCABNN",{"v":1E-27,"d":"1.00E-27"},0,136,{"v":0.0649,"d":"6.49%"},938.9,{"v":0.0216,"d":"2.16%"}]
["BATF(bZIP)/Th17-BATF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer","DATGASTCAT",{"v":1E-27,"d":"1.00E-27"},0,231,{"v":0.1103,"d":"11.03%"},2171.5,{"v":0.0499,"d":"4.99%"}]
["TEAD1(TEAD)/HepG2-TEAD1-ChIP-Seq(Encode)/Homer","CYRCATTCCA",{"v":1E-27,"d":"1.00E-27"},0,355,{"v":0.1695,"d":"16.95%"},4057,{"v":0.0933,"d":"9.33%"}]
["Atf3(bZIP)/GBM-ATF3-ChIP-Seq(GSE33912)/Homer","DATGASTCATHN",{"v":1E-26,"d":"1.00E-26"},0,228,{"v":0.1089,"d":"10.89%"},2170.7,{"v":0.0499,"d":"4.99%"}]
["JunB(bZIP)/DendriticCells-Junb-ChIP-Seq(GSE36099)/Homer","RATGASTCAT",{"v":1E-26,"d":"1.00E-26"},0,199,{"v":0.095,"d":"9.50%"},1777.9,{"v":0.0409,"d":"4.09%"}]
["AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","VTGACTCATC",{"v":1E-25,"d":"1.00E-25"},0,246,{"v":0.1175,"d":"11.75%"},2484.6,{"v":0.0571,"d":"5.71%"}]
["Jun-AP1(bZIP)/K562-cJun-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGASTCATCN",{"v":1e-24,"d":"1.00E-24"},0,105,{"v":0.0501,"d":"5.01%"},662.4,{"v":0.0152,"d":"1.52%"}]
["TEAD4(TEA)/Tropoblast-Tead4-ChIP-Seq(GSE37350)/Homer","CCWGGAATGY",{"v":1e-23,"d":"1.00E-23"},0,299,{"v":0.1428,"d":"14.28%"},3354.4,{"v":0.0772,"d":"7.72%"}]
["NFAT(RHD)/Jurkat-NFATC1-ChIP-Seq(Jolma_et_al.)/Homer","ATTTTCCATT",{"v":1e-23,"d":"1.00E-23"},0,341,{"v":0.1628,"d":"16.28%"},4025,{"v":0.0926,"d":"9.26%"}]
["Six2(Homeobox)/NephronProgenitor-Six2-ChIP-Seq(GSE39837)/Homer","GWAAYHTGAKMC",{"v":1E-22,"d":"1.00E-22"},0,324,{"v":0.1547,"d":"15.47%"},3821,{"v":0.0879,"d":"8.79%"}]
["Tlx?(NR)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","CTGGCAGSCTGCCA",{"v":1e-21,"d":"1.00E-21"},0,151,{"v":0.0721,"d":"7.21%"},1309.6,{"v":0.0301,"d":"3.01%"}]
["Mef2d(MADS)/Retina-Mef2d-ChIP-Seq(GSE61391)/Homer","GCTATTTTTAGC",{"v":1e-20,"d":"1.00E-20"},0,91,{"v":0.0435,"d":"4.35%"},599.8,{"v":0.0138,"d":"1.38%"}]
["Mef2c(MADS)/GM12878-Mef2c-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","DCYAAAAATAGM",{"v":1e-19,"d":"1.00E-19"},0,165,{"v":0.0788,"d":"7.88%"},1557.1,{"v":0.0358,"d":"3.58%"}]
["Mef2b(MADS)/HEK293-Mef2b.V5-ChIP-Seq(GSE67450)/Homer","GCTATTTTTGGM",{"v":1e-18,"d":"1.00E-18"},0,259,{"v":0.1237,"d":"12.37%"},3034.6,{"v":0.0698,"d":"6.98%"}]
["TEAD2(TEA)/Py2T-Tead2-ChIP-Seq(GSE55709)/Homer","CCWGGAATGY",{"v":1e-16,"d":"1.00E-16"},0,184,{"v":0.0879,"d":"8.79%"},1982.9,{"v":0.0456,"d":"4.56%"}]
["NF1:FOXA1(CTF,Forkhead)/LNCAP-FOXA1-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer","WNTGTTTRYTTTGGCA",{"v":1e-15,"d":"1.00E-15"},0,46,{"v":0.022,"d":"2.20%"},210.8,{"v":0.0048,"d":"0.48%"}]
["Mef2a(MADS)/HL1-Mef2a.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer","CYAAAAATAG",{"v":1E-14,"d":"1.00E-14"},0,145,{"v":0.0692,"d":"6.92%"},1490.1,{"v":0.0343,"d":"3.43%"}]
["Pitx1:Ebox(Homeobox,bHLH)/Hindlimb-Pitx1-ChIP-Seq(GSE41591)/Homer","YTAATTRAWWCCAGATGT",{"v":1e-12,"d":"1.00E-12"},0,86,{"v":0.0411,"d":"4.11%"},732.8,{"v":0.0169,"d":"1.69%"}]
["Bach2(bZIP)/OCILy7-Bach2-ChIP-Seq(GSE44420)/Homer","TGCTGAGTCA",{"v":1e-12,"d":"1.00E-12"},0,72,{"v":0.0344,"d":"3.44%"},572.2,{"v":0.0132,"d":"1.32%"}]
["Rbpj1(?)/Panc1-Rbpj1-ChIP-Seq(GSE47459)/Homer","HTTTCCCASG",{"v":1e-11,"d":"1.00E-11"},0,413,{"v":0.1972,"d":"19.72%"},6166.4,{"v":0.1418,"d":"14.18%"}]
["NFAT:AP1(RHD,bZIP)/Jurkat-NFATC1-ChIP-Seq(Jolma_et_al.)/Homer","SARTGGAAAAWRTGAGTCAB",{"v":1E-10,"d":"1.00E-10"},0,74,{"v":0.0353,"d":"3.53%"},632.9,{"v":0.0146,"d":"1.46%"}]
["MafK(bZIP)/C2C12-MafK-ChIP-Seq(GSE36030)/Homer","GCTGASTCAGCA",{"v":1E-10,"d":"1.00E-10"},0,78,{"v":0.0372,"d":"3.72%"},706.3,{"v":0.0162,"d":"1.62%"}]
["Six1(Homeobox)/Myoblast-Six1-ChIP-Chip(GSE20150)/Homer","GKVTCADRTTWC",{"v":1E-10,"d":"1.00E-10"},0,86,{"v":0.0411,"d":"4.11%"},817.5,{"v":0.0188,"d":"1.88%"}]
["Pitx1(Homeobox)/Chicken-Pitx1-ChIP-Seq(GSE38910)/Homer","TAATCCCN",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,1004,{"v":0.4795,"d":"47.95%"},17851.6,{"v":0.4106,"d":"41.06%"}]
["IRF8(IRF)/BMDM-IRF8-ChIP-Seq(GSE77884)/Homer","GRAASTGAAAST",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,122,{"v":0.0583,"d":"5.83%"},1383.6,{"v":0.0318,"d":"3.18%"}]
["Stat3(Stat)/mES-Stat3-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer","CTTCCGGGAA",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,158,{"v":0.0755,"d":"7.55%"},1949.9,{"v":0.0449,"d":"4.49%"}]
["HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer","TGCCAGCB",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,468,{"v":0.2235,"d":"22.35%"},7456,{"v":0.1715,"d":"17.15%"}]
["STAT4(Stat)/CD4-Stat4-ChIP-Seq(GSE22104)/Homer","NYTTCCWGGAAR",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,289,{"v":0.138,"d":"13.80%"},4207.7,{"v":0.0968,"d":"9.68%"}]
["IRF3(IRF)/BMDM-Irf3-ChIP-Seq(GSE67343)/Homer","AGTTTCAKTTTC",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,128,{"v":0.0611,"d":"6.11%"},1510.6,{"v":0.0347,"d":"3.47%"}]
["MafB(bZIP)/BMM-Mafb-ChIP-Seq(GSE75722)/Homer","WNTGCTGASTCAGCANWTTY",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,124,{"v":0.0592,"d":"5.92%"},1466.2,{"v":0.0337,"d":"3.37%"}]
["BMAL1(bHLH)/Liver-Bmal1-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer","GNCACGTG",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,440,{"v":0.2101,"d":"21.01%"},7030.4,{"v":0.1617,"d":"16.17%"}]
["MafA(bZIP)/Islet-MafA-ChIP-Seq(GSE30298)/Homer","TGCTGACTCA",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,216,{"v":0.1032,"d":"10.32%"},2996.5,{"v":0.0689,"d":"6.89%"}]
["Stat3+il21(Stat)/CD4-Stat3-ChIP-Seq(GSE19198)/Homer","SVYTTCCNGGAARB",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,204,{"v":0.0974,"d":"9.74%"},2797.9,{"v":0.0644,"d":"6.44%"}]
["Twist2(bHLH)/Myoblast-Twist2.Ty1-ChIP-Seq(GSE127998)/Homer","MCAGCTGBYH",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,422,{"v":0.2015,"d":"20.15%"},6756.3,{"v":0.1554,"d":"15.54%"}]
["NPAS(bHLH)/Liver-NPAS-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer","NVCACGTG",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,402,{"v":0.192,"d":"19.20%"},6392.5,{"v":0.147,"d":"14.70%"}]
["Fli1(ETS)/CD8-FLI-ChIP-Seq(GSE20898)/Homer","NRYTTCCGGH",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,297,{"v":0.1418,"d":"14.18%"},4488.9,{"v":0.1033,"d":"10.33%"}]
["SCL(bHLH)/HPC7-Scl-ChIP-Seq(GSE13511)/Homer","AVCAGCTG",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,1013,{"v":0.4838,"d":"48.38%"},18449.8,{"v":0.4244,"d":"42.44%"}]
["Smad3(MAD)/NPC-Smad3-ChIP-Seq(GSE36673)/Homer","TWGTCTGV",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,667,{"v":0.3185,"d":"31.85%"},11510.1,{"v":0.2648,"d":"26.48%"}]
["RFX(HTH)/K562-RFX3-ChIP-Seq(SRA012198)/Homer","CGGTTGCCATGGCAAC",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,38,{"v":0.0181,"d":"1.81%"},285.8,{"v":6.6E-3,"d":"0.66%"}]
["EWS:ERG-fusion(ETS)/CADO_ES1-EWS:ERG-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer","ATTTCCTGTN",{"v":1e-07,"d":"1.00E-07"},0,212,{"v":0.1012,"d":"10.12%"},3036.4,{"v":0.0698,"d":"6.98%"}]
["Olig2(bHLH)/Neuron-Olig2-ChIP-Seq(GSE30882)/Homer","RCCATMTGTT",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,464,{"v":0.2216,"d":"22.16%"},7705.3,{"v":0.1772,"d":"17.72%"}]
["c-Jun-CRE(bZIP)/K562-cJun-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","ATGACGTCATCY",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,83,{"v":0.0396,"d":"3.96%"},930.6,{"v":0.0214,"d":"2.14%"}]
["X-box(HTH)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","GGTTGCCATGGCAA",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,47,{"v":0.0224,"d":"2.24%"},415.1,{"v":0.0095,"d":"0.95%"}]
["TCF4(bHLH)/SHSY5Y-TCF4-ChIP-Seq(GSE96915)/Homer","SMCATCTGKH",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,363,{"v":0.1734,"d":"17.34%"},5822.7,{"v":0.1339,"d":"13.39%"}]
["Tcf21(bHLH)/ArterySmoothMuscle-Tcf21-ChIP-Seq(GSE61369)/Homer","NAACAGCTGG",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,236,{"v":0.1127,"d":"11.27%"},3521.2,{"v":0.081,"d":"8.10%"}]
["Atf7(bZIP)/3T3L1-Atf7-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer","NGRTGACGTCAY",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,118,{"v":0.0564,"d":"5.64%"},1499,{"v":0.0345,"d":"3.45%"}]
["EWS:FLI1-fusion(ETS)/SK_N_MC-EWS:FLI1-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer","VACAGGAAAT",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,162,{"v":0.0774,"d":"7.74%"},2246.7,{"v":0.0517,"d":"5.17%"}]
["IRF1(IRF)/PBMC-IRF1-ChIP-Seq(GSE43036)/Homer","GAAAGTGAAAGT",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,59,{"v":0.0282,"d":"2.82%"},597.8,{"v":0.0137,"d":"1.37%"}]
["BHLHA15(bHLH)/NIH3T3-BHLHB8.HA-ChIP-Seq(GSE119782)/Homer","NAMCAGCTGK",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,332,{"v":0.1585,"d":"15.85%"},5318.7,{"v":0.1223,"d":"12.23%"}]
["Rfx1(HTH)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","KGTTGCCATGGCAA",{"v":1e-06,"d":"1.00E-06"},0,62,{"v":0.0296,"d":"2.96%"},658.7,{"v":0.0152,"d":"1.52%"}]
["NeuroG2(bHLH)/Fibroblast-NeuroG2-ChIP-Seq(GSE75910)/Homer","ACCATCTGTT",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,370,{"v":0.1767,"d":"17.67%"},6067.7,{"v":0.1396,"d":"13.96%"}]
["STAT1(Stat)/HelaS3-STAT1-ChIP-Seq(GSE12782)/Homer","NATTTCCNGGAAAT",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,100,{"v":0.0478,"d":"4.78%"},1265.3,{"v":0.0291,"d":"2.91%"}]
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["Atf1(bZIP)/K562-ATF1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGACGTCA",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,156,{"v":0.0745,"d":"7.45%"},2278,{"v":0.0524,"d":"5.24%"}]
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["Nrf2(bZIP)/Lymphoblast-Nrf2-ChIP-Seq(GSE37589)/Homer","HTGCTGAGTCAT",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,20,{"v":0.0096,"d":"0.96%"},135,{"v":0.0031,"d":"0.31%"}]
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["Ap4(bHLH)/AML-Tfap4-ChIP-Seq(GSE45738)/Homer","NAHCAGCTGD",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,282,{"v":0.1347,"d":"13.47%"},4609.1,{"v":0.106,"d":"10.60%"}]
["Smad2(MAD)/ES-SMAD2-ChIP-Seq(GSE29422)/Homer","CTGTCTGG",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0.0002,364,{"v":0.1738,"d":"17.38%"},6199.9,{"v":0.1426,"d":"14.26%"}]
["Gfi1b(Zf)/HPC7-Gfi1b-ChIP-Seq(GSE22178)/Homer","MAATCACTGC",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0.0002,164,{"v":0.0783,"d":"7.83%"},2481.6,{"v":0.0571,"d":"5.71%"}]
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["EKLF(Zf)/Erythrocyte-Klf1-ChIP-Seq(GSE20478)/Homer","NWGGGTGTGGCY",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},1.4E-3,43,{"v":0.0205,"d":"2.05%"},503.1,{"v":0.0116,"d":"1.16%"}]
["PRDM1(Zf)/Hela-PRDM1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","ACTTTCACTTTC",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},2E-3,144,{"v":0.0688,"d":"6.88%"},2253.5,{"v":0.0518,"d":"5.18%"}]
["Bach1(bZIP)/K562-Bach1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","AWWNTGCTGAGTCAT",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},2E-3,19,{"v":0.0091,"d":"0.91%"},162.5,{"v":0.0037,"d":"0.37%"}]
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["Tgif2(Homeobox)/mES-Tgif2-ChIP-Seq(GSE55404)/Homer","TGTCANYT",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0233,729,{"v":0.3481,"d":"34.81%"},14035.1,{"v":0.3228,"d":"32.28%"}]
["Elk1(ETS)/Hela-Elk1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","HACTTCCGGY",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0233,129,{"v":0.0616,"d":"6.16%"},2151.5,{"v":0.0495,"d":"4.95%"}]
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["ZNF317(Zf)/HEK293-ZNF317.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","GTCWGCTGTYYCTCT",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.052,24,{"v":0.0115,"d":"1.15%"},312.8,{"v":0.0072,"d":"0.72%"}]
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["Pdx1(Homeobox)/Islet-Pdx1-ChIP-Seq(SRA008281)/Homer","YCATYAATCA",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0633,213,{"v":0.1017,"d":"10.17%"},3872.5,{"v":0.0891,"d":"8.91%"}]
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["Foxf1(Forkhead)/Lung-Foxf1-ChIP-Seq(GSE77951)/Homer","WWATRTAAACAN",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0984,200,{"v":0.0955,"d":"9.55%"},3676.2,{"v":0.0846,"d":"8.46%"}]
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["PAX3:FKHR-fusion(Paired,Homeobox)/Rh4-PAX3:FKHR-ChIP-Seq(GSE19063)/Homer","ACCRTGACTAATTNN",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1516,43,{"v":0.0205,"d":"2.05%"},703.5,{"v":0.0162,"d":"1.62%"}]
["Duxbl(Homeobox)/NIH3T3-Duxbl.HA-ChIP-Seq(GSE119782)/Homer","TAAYCYAATCAA",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1529,16,{"v":7.6E-3,"d":"0.76%"},220.8,{"v":0.0051,"d":"0.51%"}]
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["Nkx2.1(Homeobox)/LungAC-Nkx2.1-ChIP-Seq(GSE43252)/Homer","RSCACTYRAG",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1698,581,{"v":0.2775,"d":"27.75%"},11468,{"v":0.2638,"d":"26.38%"}]
["ELF1(ETS)/Jurkat-ELF1-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer","AVCCGGAAGT",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1716,103,{"v":0.0492,"d":"4.92%"},1859.4,{"v":0.0428,"d":"4.28%"}]
["RORa(NR)/Liver-Rora-ChIP-Seq(GSE101115)/Homer","AAWCTAGGTCARDNN",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1778,29,{"v":0.0138,"d":"1.38%"},457.1,{"v":0.0105,"d":"1.05%"}]
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["Foxa3(Forkhead)/Liver-Foxa3-ChIP-Seq(GSE77670)/Homer","BSNTGTTTACWYWGN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.2609,67,{"v":0.032,"d":"3.20%"},1211.4,{"v":0.0279,"d":"2.79%"}]
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["E2F4(E2F)/K562-E2F4-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GGCGGGAAAH",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3415,57,{"v":0.0272,"d":"2.72%"},1046.5,{"v":0.0241,"d":"2.41%"}]
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["PU.1(ETS)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","AGAGGAAGTG",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3755,95,{"v":0.0454,"d":"4.54%"},1811.4,{"v":0.0417,"d":"4.17%"}]
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["Znf263(Zf)/K562-Znf263-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","CVGTSCTCCC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3943,293,{"v":0.1399,"d":"13.99%"},5828.6,{"v":0.1341,"d":"13.41%"}]
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["ZNF136(Zf)/HEK293-ZNF136.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","YTKGATAHAGTATTCTWGGTNGGCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.4724,16,{"v":7.6E-3,"d":"0.76%"},279.5,{"v":0.0064,"d":"0.64%"}]
["Hoxd12(Homeobox)/ChickenMSG-Hoxd12.Flag-ChIP-Seq(GSE86088)/Homer","HDGYAATGAAAN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.4882,400,{"v":0.191,"d":"19.10%"},8087.8,{"v":0.186,"d":"18.60%"}]
["HOXA2(Homeobox)/mES-Hoxa2-ChIP-Seq(Donaldson_et_al.)/Homer","GYCATCMATCAT",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.4913,21,{"v":0.01,"d":"1.00%"},379.6,{"v":0.0087,"d":"0.87%"}]
["ZBTB33(Zf)/GM12878-ZBTB33-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","GGVTCTCGCGAGAAC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5006,4,{"v":1.9E-3,"d":"0.19%"},57,{"v":0.0013,"d":"0.13%"}]
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["Unknown-ESC-element(?)/mES-Nanog-ChIP-Seq(GSE11724)/Homer","CACAGCAGGGGG",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5147,91,{"v":0.0435,"d":"4.35%"},1786.9,{"v":0.0411,"d":"4.11%"}]
["Mouse_Recombination_Hotspot(Zf)/Testis-DMC1-ChIP-Seq(GSE24438)/Homer","ACTYKNATTCGTGNTACTTC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5167,13,{"v":0.0062,"d":"0.62%"},228.4,{"v":5.3E-3,"d":"0.53%"}]
["PR(NR)/T47D-PR-ChIP-Seq(GSE31130)/Homer","VAGRACAKNCTGTBC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5299,444,{"v":0.212,"d":"21.20%"},9027.7,{"v":0.2077,"d":"20.77%"}]
["Pax8(Paired,Homeobox)/Thyroid-Pax8-ChIP-Seq(GSE26938)/Homer","GTCATGCHTGRCTGS",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5299,47,{"v":0.0224,"d":"2.24%"},904.9,{"v":0.0208,"d":"2.08%"}]
["FOXP1(Forkhead)/H9-FOXP1-ChIP-Seq(GSE31006)/Homer","NYYTGTTTACHN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5299,90,{"v":0.043,"d":"4.30%"},1772.7,{"v":0.0408,"d":"4.08%"}]
["NFkB-p50,p52(RHD)/Monocyte-p50-ChIP-Chip(Schreiber_et_al.)/Homer","GGGGGAATCCCC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5387,12,{"v":0.0057,"d":"0.57%"},212.5,{"v":0.0049,"d":"0.49%"}]
["PRDM15(Zf)/ESC-Prdm15-ChIP-Seq(GSE73694)/Homer","YCCDNTCCAGGTTTT",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5498,206,{"v":0.0984,"d":"9.84%"},4150.3,{"v":0.0955,"d":"9.55%"}]
["Srebp1a(bHLH)/HepG2-Srebp1a-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","RTCACSCCAY",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5788,32,{"v":0.0153,"d":"1.53%"},615.2,{"v":0.0142,"d":"1.42%"}]
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["GRE(NR),IR3/A549-GR-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","NRGVACABNVTGTYCY",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.591,22,{"v":0.0105,"d":"1.05%"},418.9,{"v":0.0096,"d":"0.96%"}]
["p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq(GSE15780)/Homer","RRCATGYCYRGRCATGYYYN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6056,13,{"v":0.0062,"d":"0.62%"},241.2,{"v":0.0055,"d":"0.55%"}]
["p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq/Homer","RRCATGYCYRGRCATGYYYN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6056,13,{"v":0.0062,"d":"0.62%"},241.2,{"v":0.0055,"d":"0.55%"}]
["TATA-Box(TBP)/Promoter/Homer","CCTTTTAWAGSC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6056,276,{"v":0.1318,"d":"13.18%"},5624.4,{"v":0.1294,"d":"12.94%"}]
["DMRT1(DM)/Testis-DMRT1-ChIP-Seq(GSE64892)/Homer","TWGHWACAWTGTWDC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6335,43,{"v":0.0205,"d":"2.05%"},852.2,{"v":0.0196,"d":"1.96%"}]
["CTCF-SatelliteElement(Zf?)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer","TGCAGTTCCMVNWRTGGCCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6431,3,{"v":1.4E-3,"d":"0.14%"},48.6,{"v":0.0011,"d":"0.11%"}]
["KLF10(Zf)/HEK293-KLF10.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","GGGGGTGTGTCC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6689,77,{"v":0.0368,"d":"3.68%"},1558.8,{"v":0.0359,"d":"3.59%"}]
["ZSCAN22(Zf)/HEK293-ZSCAN22.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","SMCAGTCWGAKGGAGGAGGC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6801,9,{"v":4.3E-3,"d":"0.43%"},170.2,{"v":0.0039,"d":"0.39%"}]
["c-Myc(bHLH)/LNCAP-cMyc-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","VCCACGTG",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.685,77,{"v":0.0368,"d":"3.68%"},1564.4,{"v":0.036,"d":"3.60%"}]
["Otx2(Homeobox)/EpiLC-Otx2-ChIP-Seq(GSE56098)/Homer","NYTAATCCYB",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.7221,133,{"v":0.0635,"d":"6.35%"},2733.9,{"v":0.0629,"d":"6.29%"}]
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["Table S12. List of DEGs (in TCKO compared with WT) associated with the overlapped regions for hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites. RAD analysis was performed with the RAD web application via https://labw.org/rad (Guo et al., 2021). For RAD analysis of overlapped region for hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding site associated DEGs, up- and down-regulated DEGs in TCKO were input as DEGs lists; overlapped regions for hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites longer than 200bp (calculated by bedtools v2.29.0 (Quinlan et al., 2010)) were input as Genomic Regions of Interest (gROI) file. For submit options, \"GRCm38\" was chosen for the reference genome, \"1000, 500, 200, 100, 50, 25, 10, 5, 0 kb\" was input as customized peak extend distances, \"hypergeometric test\" was chosen for statistical test. This data is associated with Fig. 5e."]
[]
["Column Name","Description"]
["ENSEMBL","ENSEMBL id of the gene."]
["SYMBOL","SYMBOL id of the gene. NA, genes with ENSEMBL id but without SYMBOL id."]
["type_of_TCKO_DEG","The type of DEG (up regulated DEG in TCKO or down regulated DEG in TCKO)."]
["Distance_To_Nearest_Sites","Distance of DEG to the nearest site."]
["Type_of_Nearest_Sites","Type of the nearest site (hyper-CG-DMR in TCKO)."]
[]
["Table S12. List of DEGs (in TCKO compared with WT) associated with the overlapped regions for hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites.",{"$nulls":5},"Summary of RAD analysis"]
["ENSEMBL","SYMBOL","type_of_TCKO_DEG","Distance_To_Nearest_Sites","Type_of_Nearest_Sites",null,"number of Up DEGs","number of Down DEGs","number of total genes","Distance_To_Nearest_Sites","P value of Up DEGs","P value of Down DEGs"]
["ENSMUSG00000026069","Il1rl1","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site"]
["ENSMUSG00000026068","Il18rap","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site"]
["ENSMUSG00000038349","Plcl1","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site"]
["ENSMUSG00000026039","Sgo2a","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,133,164,6481,"-1000kb to -500kb",0.277512027157126,{"v":8.17494983108427e-05,"d":"8.17E-05"}]
["ENSMUSG00000027520","Zdbf2","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,87,124,4549,"-500kb to -200kb",0.606454440029061,{"v":3.57494225894176e-05,"d":"3.57E-05"}]
["ENSMUSG00000041757","Plekha6","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,40,61,1768,"-200kb to -100kb",0.15953009767166,{"v":7.37180720445442e-06,"d":"7.37E-06"}]
["ENSMUSG00000047250","Ptgs1","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,24,42,927,"-100kb to -50kb",0.0724328560941425,{"v":2.21300288396505e-07,"d":"2.21E-07"}]
["ENSMUSG00000027102","Hoxd8","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,8,21,455,"-50kb to -25kb",0.545181103582569,1.20606652058851E-4]
["ENSMUSG00000050808","Muc15","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,14,11,268,"-25kb to -10kb",0.000308230299970602,0.00744011535990021]
["ENSMUSG00000040084","Bub1b","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,0,4,77,"-10kb to -5kb",0.785331561472445,0.0183341603435981]
["ENSMUSG00000027397","Slc20a1","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,1,12,83,"-5kb to 0kb",0.490057512380649,{"v":9.01637899765639E-9,"d":"9.02E-09"}]
["ENSMUSG00000044641","Pard6b","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,2,4,73,"0kb to 5kb",0.175050410581435,0.0148517120945369]
["ENSMUSG00000027500","Stmn2","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,2,5,74,"5kb to 10kb",0.179965310666266,0.00346450787570812]
["ENSMUSG00000028047","Thbs3","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,5,14,256,"10kb to 25kb",0.393984375894599,1.93133821194191E-4]
["ENSMUSG00000049097","Ankrd34a","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,22,20,493,"25kb to 50kb",0.000139202817980203,0.000902245537363298]
["ENSMUSG00000028278","Rragd","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,14,38,952,"50kb to 100kb",0.848127943698863,{"v":1.56840950491137e-05,"d":"1.57E-05"}]
["ENSMUSG00000028587","Orc1","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,51,54,1747,"100kb to 200kb",0.00196981124195487,0.000418688992581634]
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["ENSMUSG00000067855","Speer3","up","-1000kb","overlap region of hyper-CG-DMR and RUNX2 binding site",null,137,152,6190,"500kb to 1000kb",0.0511278331733913,0.00076438682870332]
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["Table S13. List of enriched GO terms for down-regulated genes in TCKO cells within 100kb from the shared regions of hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites.  The distance of DEGs and overlapped regions of hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites was calculated by RAD analysis (Guo et al., 2021). GO enrichment analysis was performed by clusterProfiler v3.18.1 (Yu et al., 2012). This data is associated with Fig. 5f."]
[]
["Column Name","Description"]
["ID","IDs of terms in Gene Ontology."]
["Description","functional description for the GO term."]
["GeneRatio","ratio of input genes that are annotated in a term."]
["BgRatio","ratio of all genes that are annotated in this term."]
["pvalue","P-value of the test for the term."]
["p.adjust","Adjusted P-value for multiple testing for the term."]
["qvalue","qvalue for multiple testing for the term."]
["geneID","gene related with this term."]
["Count","number of gene related with this term."]
["enrichment","The type of enrichment analysis (Gene Ontology: biological process (BP) )"]
[]
["Table S13. List of enriched GO terms for down-regulated genes in TCKO cells within 100kb from the shared regions of hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites. "]
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["GO:0060713","labyrinthine layer morphogenesis","3/134","27/21602",0.000612155693006532,0.0334339063017851,0.027680681206309,"Vcam1/Fzd5/St14",3,"GO_BP"]
["GO:0003416","endochondral bone growth","3/134","29/21602",0.000757828506818327,0.0367314837488475,0.0304108195646968,"Matn1/Ecm1/Tgfbr2",3,"GO_BP"]
["GO:0086010","membrane depolarization during action potential","3/134","31/21602",0.000923848292045074,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Scn2a/Cav3/Scn3a",3,"GO_BP"]
["GO:0055022","negative regulation of cardiac muscle tissue growth","3/134","32/21602",1.01481704004354E-3,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Cav3/Tgfbr2/Kcnk2",3,"GO_BP"]
["GO:0060669","embryonic placenta morphogenesis","3/134","32/21602",1.01481704004354E-3,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Vcam1/Fzd5/St14",3,"GO_BP"]
["GO:0061117","negative regulation of heart growth","3/134","32/21602",1.01481704004354E-3,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Cav3/Tgfbr2/Kcnk2",3,"GO_BP"]
["GO:0060351","cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis","3/134","36/21602",0.00143466415766394,0.049992160449649,0.0413896313440196,"Col2a1/Matn1/Tgfbr2",3,"GO_BP"]

{"sheet":"Figure6","index":9,"n_rows":17,"n_cols":15,"rows_kept":17}
[]
[]
[]
[null,"Figure 6d",{"$nulls":4},"Figure 6e",{"$nulls":4},"Figure 6f"]
[null,"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2",null,"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2",null,"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2"]
[null,0.950075,2.112142,1.927331,5.032777,null,1.053601,0.921589,8.921545,9.039228,null,0.869507,55034.15,2.328639,49102.75]
[null,0.994317,1.995937,2.038101,5.238205,null,0.946948,0.814552,9.048024,9.121282,null,1.114329,66136.27,2.344168,63603.22]
[null,1.055608,2.092121,2.279748,5.067997,null,0.957951,0.835481,8.356998,8.879798,null,0.79057,49892.07,2.181285,48236.7]
[{"$nulls":6},1.0415,0.898503,9.659253,9.285047,null,1.225594,72952.55,2.502526,64745.16]
[]
[]
[null,"Figure 6g",{"$nulls":4},"Figure 6h",{"$nulls":4},"Figure 6i"]
[null,"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2",null,"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2",null,"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2"]
[null,1.132879,1.378484,1.314285,1.69517,null,0.830279,5.990638,5.256042,27.14816,null,1.08038,41.69971,16.46648,91.89701]
[null,0.874626,1.067768,1.196926,1.51777,null,1.149996,5.07571,3.857726,26.08986,null,0.918904,37.80337,17.88528,101.1354]
[null,0.955471,1.185725,1.294238,1.69007,null,0.754903,5.430906,4.923445,26.66934,null,0.911193,35.86866,16.21531,91.62051]
[null,1.037023,1.241352,1.215466,1.522351,null,1.264822,5.598834,4.118331,26.55828,null,1.089523,43.94894,18.16231,101.4406]

{"sheet":"Figure7","index":10,"n_rows":20,"n_cols":14,"rows_kept":20}
["Figure 7b",{"$nulls":4},"Figure 7c",{"$nulls":4},"Figure 7d"]
["Ctrl","Runx2",{"$nulls":3},"Ctrl","Runx2",{"$nulls":3},"Ctrl","TET2","Runx2","TET2+Runx2"]
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[]
[]
["Figure 7e",{"$nulls":4},"Figure 7f",{"$nulls":4},"Figure 7g"]
["WT","TCKO",{"$nulls":3},"WT","TCKO",{"$nulls":3},"WT","TCKO"]
[7136.856,142.3958,{"$nulls":3},3725.945,68.45661,{"$nulls":3},3039.3,470.1483]
[5549.509,210.953,{"$nulls":3},4911.858,47.68021,{"$nulls":3},3587.82,252.891]
[7144.786,171.1807,{"$nulls":3},4571.644,60.91645,{"$nulls":3},3191.749,443.2728]
[5543.35,175.4802,{"$nulls":3},4003.223,53.582,{"$nulls":3},3416.453,268.2237]
[]
["Figure 7h",{"$nulls":4},"Figure 7i",{"$nulls":4},"Figure 7j"]
["WT","TCKO",{"$nulls":3},"WT","TCKO",{"$nulls":3},"WT","TCKO"]
[5.549668,1.409434,{"$nulls":3},2.838553,0.396462,{"$nulls":3},2.733661,0.715465]
[8.212129,1.911785,{"$nulls":3},3.214354,0.49314,{"$nulls":3},5.625077,0.528664]
[5.549668,1.409434,{"$nulls":3},2.838553,0.396462,{"$nulls":3},2.733661,0.715465]
[8.212129,1.911785,{"$nulls":3},3.214354,0.49314,{"$nulls":3},5.625077,0.528664]

{"sheet":"Figure S1","index":11,"n_rows":15,"n_cols":10,"rows_kept":15,"merged":[[10,2,10,5],[10,6,10,9]]}
[]
[null,"Figure S1c"]
[null,"Ctrl","5-Aza"]
[null,0.877083,2.329825]
[null,0.67613,3.075365]
[null,1.130022,1.437955]
[null,1.316765,1.506254]
[]
[]
[null,"Figure S1d"]
[null,null,"Ctrl",{"$nulls":3},"5-Aza"]
[null,"Sp7",0.726909,1.274783,0.731465,1.266843,2.198375,2.137819,2.046408,2.296575]
[null,"Alp",0.935758,1.064625,0.941623,1.057994,1.165356,1.331376,1.084798,1.430245]
[null,"Col1",1.020347,0.978585,0.949813,1.051255,1.153462,1.314036,1.16069,1.305853]
[null,"Bglap",1.091552,0.907854,1.098393,0.9022,1.575841,1.556312,1.466908,1.671885]

{"sheet":"Figure S2","index":12,"n_rows":15,"n_cols":13,"rows_kept":15,"merged":[[4,1,4,3],[4,4,4,6],[4,9,4,10],[4,11,4,12],[11,1,11,2],[11,3,11,4]]}
[]
[]
["Figure S2a cranial bone",{"$nulls":7},"Figure S2a Femur"]
[]
[null,"WT",null,null,"TCKO",{"$nulls":4},"WT",null,"TCKO"]
["Tet1",0.929751,0.97528,1.09497,0.089675,0.09014,0.070357,null,"Tet1",0.881708,1.118292,0.378966,0.383991]
["Tet2",1.029513,0.861709,1.108778,0.082533,0.100668,0.115615,null,"Tet2",0.942773,1.057227,0.305648,0.259007]
["Tet3",1.081343,1.058715,0.859941,0.174637,0.060569,0.071161,null,"Tet3",0.813725,1.186275,0.234598,0.205785]
[]
[]
["Figure S2b"]
[null,"WT",null,"TCKO"]
["Tet1",0.934862,1.065138,1.085154,0.814991]
["Tet2",1.140753,0.859247,1.000627,1.174013]
["Tet3",1.087261,0.912739,1.398676,0.71356]

{"sheet":"Figure S3","index":13,"n_rows":25,"n_cols":10,"rows_kept":25,"merged":[[1,2,1,3],[6,2,6,5],[12,2,12,5]]}
[]
[null,"Figure S1 j","All chondrocyte zones"]
[null,null,"WT","TCKO"]
[null,"DAPI+ cells (Num. of chondrocytes)",3013,2322]
[null,null,3332,2279]
[]
[null,null,"Nono resting chondrocyte zones"]
[null,null,"WT",null,"TCKO"]
[null,null,"cleaved caspase3+","DAPI+","cleaved caspase3+","DAPI+"]
[null,null,7,285,14,193]
[null,"cleaved caspase3+/DAPI (%)",2.456140350877193,null,7.253886010362693]
[]
[null,null,"All chondrocyte zones"]
[null,null,"WT",null,"TCKO"]
[null,null,"PCNA+","DAPI+","PCNA+","DAPI+"]
[null,null,282,3784,870,4239]
[null,"PCNA+/DAPI (%)",{"v":7.45243128964059,"d":"7.45"},null,{"v":20.5237084217976,"d":"20.52"}]
[]
[null,"Figure S1 l"]
[null,null,"WT",{"$nulls":3},"TCKO+GFP"]
[null,"Col2",1.032236193486681,1.0712204801586847,0.9658463985276661,0.9306969278269686,0.4715245748484487,0.4720690509288333,0.37998127632630424,0.37954301265376184]
[null,"Acan",0.9372216953454469,0.9726175858181046,1.0644492928682456,1.0257114259682034,0.05096669223852205,0.05102554419725424,0.05766587350575994,0.057599362708840314]
[null,"Adamts5",0.9344269406604313,0.9697172821138764,1.0673495965724735,1.0285061806532183,0.1754179893918181,0.1756205470195381,0.18568950302130724,0.18547533203811176]
[null,"Sox6",0.9948340460172732,1.032405772222693,1.0046611064636572,0.9680990752963765,0.7992531241839638,0.8001760330449293,0.7092262853910241,0.7084082763577786]
[null,"Sox9",1.0146327364475003,1.052952196387052,0.9841146822992982,0.9483003848661495,0.9460167033791762,0.9471090822160582,0.7700232782392993,0.769135147031554]

{"sheet":"Figure S4","index":14,"n_rows":9,"n_cols":4,"rows_kept":9}
[]
[]
[null,null,"Figure S4b"]
[]
[null,null,"WT","TCKO"]
[null,"Rankl",0.28629953597295327,0.22498669785043374]
[null,null,0.2433245807282625,0.2370019436941243]
[null,null,0.26904987744217124,0.24375918096908092]
[null,null,0.2589249072164631,0.21874985173435993]

{"sheet":"Figure S6a","index":15,"n_rows":34,"n_cols":6,"rows_kept":34,"merged":[[0,0,1,11],[2,1,2,11],[3,1,3,11],[4,1,4,11],[5,1,5,11],[6,1,6,11],[7,1,7,11],[9,0,9,5],[10,0,13,0],[10,1,13,1],[10,2,13,2],[10,3,13,3],[10,4,13,4],[10,5,13,5]]}
["Table S5. List of hyper-CG-DMRs associated up- or down-regulated DEGs in TCKO compared with WT. RAD analysis was performed with the RAD web application via https://labw.org/rad (Guo et al., 2021). For RAD analysis of hyper-CG-DMRs associated DEGs, up- and down-regulated DEGs in TCKO were input as DEGs lists; hyper-CG-DMRs bed file were input as Genomic Regions of Interest (gROI) file. For submit options, \"GRCm38\" was chose for reference genome, \"1000, 500, 200, 100, 50, 25, 10, 5, 2, 0 kb\" was input as customized peak extend distance, \"hypergeometric test\" was chosen for statistical test. This data is associated with Supplementary Fig. 6a."]
[]
["Column Name","Description"]
["ENSEMBL","ENSEMBL id of the gene."]
["SYMBOL","SYMBOL id of the gene. NA, genes with ENSEMBL id but without SYMBOL id."]
["type_of_TCKO_DEG","The type of DEG (up regulated DEG in TCKO or down regulated DEG in TCKO)."]
["Distance_To_Nearest_Sites","Distance of DEG to the nearest site."]
["Type_of_Nearest_Sites","Type of the nearest site (hyper-CG-DMR in TCKO)."]
[]
["Summary of RAD analysis"]
["number of Up DEGs","number of Down DEGs","number of total genes","Distance_To_Nearest_Sites","P value of Up DEGs","P value of Down DEGs"]
[]
[]
[]
[418,417,20450,"-1000kb to -500kb",6.45758929076717E-4,3.11232933200908E-3]
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{"sheet":"Figure S6b","index":16,"n_rows":85,"n_cols":10,"rows_kept":85,"merged":[[0,0,1,10],[2,1,2,10],[3,1,3,10],[4,1,4,10],[5,1,5,10],[6,1,6,10],[7,1,7,10],[8,1,8,10],[9,1,9,10],[10,1,10,10],[11,1,11,10],[12,1,12,10],[14,0,14,9]]}
["Table S6. List of enriched GO terms for down-regulated genes in TCKO cells, which had a distance less than 100kb from overlapped regions of hyper-CG-DMRs in TCKO cells and RUNX2 binding sites.  The distance of DEGs and overlapped regions of hyper-CG-DMRs and RUNX2 binding sites was calculated by RAD analysis (Guo et al., 2021). GO enrichment analysis was performed by clusterProfiler v3.18.1 (Yu et al., 2012). This data is associated with Supplementary Fig. 6b."]
[]
["Column Name","Description"]
["ID","IDs of terms in Gene Ontology."]
["Description","functional description for the GO term."]
["GeneRatio","ratio of input genes that are annotated in a term."]
["BgRatio","ratio of all genes that are annotated in this term."]
["pvalue","P-value of the test for the term."]
["p.adjust","Adjusted P-value for multiple testing for the term."]
["qvalue","qvalue for multiple testing for the term."]
["geneID","gene related with this term."]
["Count","number of gene related with this term."]
["enrichment","The type of enrichment analysis (Gene Ontology: biological process (BP) )"]
[]
["Table S6. List of enriched GO terms for down-regulated genes in TCKO cells, which had a distance less than 100kb from overlapped regions of hyper-CG-DMRs in TCKO cells and RUNX2 binding sites."]
["ID","Description","GeneRatio","BgRatio","pvalue","p.adjust","qvalue","geneID","Count","enrichment"]
["GO:0001503","ossification","13/134","401/21602",{"v":1.33076562974499E-6,"d":"1.33E-06"},0.00079014209266109,0.000654176367464118,"Fat4/Rflna/Npnt/Mtss1/Col2a1/Matn1/Ecm1/Bmp4/Sema4d/Runx3/Omd/P2rx7/Sgms2",13,"GO_BP"]
["GO:0072593","reactive oxygen species metabolic process","10/134","293/21602",{"v":1.50038924477697E-5,"d":"1.50E-05"},2.54530318310379E-3,0.00210731361597247,"Foxo1/Ptx3/Gpx3/Klf2/Tgfbr2/Slc7a2/P2rx7/Ptgis/Agtr1a/Pla2r1",10,"GO_BP"]
["GO:0030198","extracellular matrix organization","10/134","303/21602",{"v":2.00225388246051e-05,"d":"2.00E-05"},0.0029914100273598,0.00247665548193157,"Ptx3/Adamtsl3/Npnt/Col2a1/Col8a1/Adamtsl4/Lamb3/Col10a1/Ecm2/Colq",10,"GO_BP"]
["GO:0043062","extracellular structure organization","10/134","304/21602",{"v":2.05957287055035E-5,"d":"2.06E-05"},0.0029914100273598,0.00247665548193157,"Ptx3/Adamtsl3/Npnt/Col2a1/Col8a1/Adamtsl4/Lamb3/Col10a1/Ecm2/Colq",10,"GO_BP"]
["GO:0060562","epithelial tube morphogenesis","10/134","388/21602",0.000157449084427289,0.0162583293702092,0.0134606356846763,"Fat4/Cav3/Npnt/Mtss1/Bmp4/Tgfbr2/Dlc1/Agtr1a/St14/Cobl",10,"GO_BP"]
["GO:0014706","striated muscle tissue development","10/134","449/21602",0.000501370708482161,0.0305321905806444,0.0252782856530277,"Cav3/Tsc22d3/Bmp4/Tgfbr2/Eya2/Tenm4/Kcnk2/Hlx/Sox6/Asb2",10,"GO_BP"]
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["GO:0035265","organ growth","9/134","209/21602",{"v":6.42149767294586E-6,"d":"6.42E-06"},0.00204635423479701,0.00169422258641587,"Cav3/Matn1/Ecm1/Tgfbr2/Fgf7/Lepr/Tenm4/Kcnk2/Hlx",9,"GO_BP"]
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["GO:0001763","morphogenesis of a branching structure","9/134","243/21602",{"v":2.14121980905754e-05,"d":"2.14E-05"},0.0029914100273598,0.00247665548193157,"Fat4/Cav3/Npnt/Bmp4/Tgfbr2/Fgf7/Agtr1a/Fzd5/St14",9,"GO_BP"]
["GO:0030278","regulation of ossification","9/134","249/21602",{"v":2.59435849415816E-5,"d":"2.59E-05"},0.00342311190201424,0.00283407115034353,"Rflna/Npnt/Matn1/Ecm1/Bmp4/Sema4d/Omd/P2rx7/Sgms2",9,"GO_BP"]
["GO:0031589","cell-substrate adhesion","9/134","354/21602",0.000372720140964868,0.0269057721570398,0.0222758924717342,"Cntn2/Npnt/Vcam1/Itga11/Col8a1/Limch1/Dlc1/Lamb3/Ecm2",9,"GO_BP"]
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["GO:0002062","chondrocyte differentiation","8/134","108/21602",{"v":3.71521307427271e-07,"d":"3.72E-07"},7.48173870867086E-4,0.00061942993497162,"Rflna/Col2a1/Matn1/Ecm1/Bmp4/Tgfbr2/Runx3/Sox6",8,"GO_BP"]
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["GO:0060688","regulation of morphogenesis of a branching structure","4/134","67/21602",0.000801808836874272,0.0378403394465452,0.0313288660769624,"Cav3/Bmp4/Fgf7/Agtr1a",4,"GO_BP"]
["GO:0060675","ureteric bud morphogenesis","4/134","71/21602",0.000997196400309524,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Fat4/Npnt/Bmp4/Agtr1a",4,"GO_BP"]
["GO:0072171","mesonephric tubule morphogenesis","4/134","72/21602",1.05082915504276E-3,0.0402535361810734,0.0333268057999979,"Fat4/Npnt/Bmp4/Agtr1a",4,"GO_BP"]
["GO:0006809","nitric oxide biosynthetic process","4/134","77/21602",0.00134969693397564,0.0478437345998829,0.0396109013773213,"Ptx3/Klf2/Slc7a2/Ptgis",4,"GO_BP"]
["GO:0043931","ossification involved in bone maturation","3/134","21/21602",0.00028602346849248,0.0261271437565247,0.0216312485483382,"Fat4/Rflna/Sema4d",3,"GO_BP"]
["GO:0034405","response to fluid shear stress","3/134","23/21602",0.000377423037782998,0.0269057721570398,0.0222758924717342,"Mtss1/Klf2/P2rx7",3,"GO_BP"]
["GO:0070977","bone maturation","3/134","23/21602",0.000377423037782998,0.0269057721570398,0.0222758924717342,"Fat4/Rflna/Sema4d",3,"GO_BP"]
["GO:0048799","animal organ maturation","3/134","27/21602",0.000612155693006532,0.0334339063017851,0.027680681206309,"Fat4/Rflna/Sema4d",3,"GO_BP"]
["GO:0060713","labyrinthine layer morphogenesis","3/134","27/21602",0.000612155693006532,0.0334339063017851,0.027680681206309,"Vcam1/Fzd5/St14",3,"GO_BP"]
["GO:0003416","endochondral bone growth","3/134","29/21602",0.000757828506818327,0.0367314837488475,0.0304108195646968,"Matn1/Ecm1/Tgfbr2",3,"GO_BP"]
["GO:0086010","membrane depolarization during action potential","3/134","31/21602",0.000923848292045074,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Scn2a/Cav3/Scn3a",3,"GO_BP"]
["GO:0055022","negative regulation of cardiac muscle tissue growth","3/134","32/21602",1.01481704004354E-3,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Cav3/Tgfbr2/Kcnk2",3,"GO_BP"]
["GO:0060669","embryonic placenta morphogenesis","3/134","32/21602",1.01481704004354E-3,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Vcam1/Fzd5/St14",3,"GO_BP"]
["GO:0061117","negative regulation of heart growth","3/134","32/21602",1.01481704004354E-3,0.0395113191820231,0.0327123076928617,"Cav3/Tgfbr2/Kcnk2",3,"GO_BP"]
["GO:0060351","cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis","3/134","36/21602",0.00143466415766394,0.049992160449649,0.0413896313440196,"Col2a1/Matn1/Tgfbr2",3,"GO_BP"]

{"sheet":"Figure S6c","index":17,"n_rows":443,"n_cols":8,"rows_kept":443,"merged":[[0,0,1,10],[2,1,2,10],[3,1,3,10],[4,1,4,10],[5,1,5,10],[6,1,6,10],[7,1,7,10],[8,1,8,10],[9,1,9,10],[10,1,10,10],[11,1,11,10],[13,0,13,9]]}
["Table S7. List of enriched known motifs for hyper-CG-DMRs in TCKO compared with WT.  Motif enrichment analysis was performed by Homer v4.10.4 (Heinz et al., 2010) over GRCm38 using 200 bp around the middle points of hyper-CG-DMRs. This data is associated with Supplementary Fig. 6c."]
[]
["Column Name","Description"]
["Motif Name","Name of motif and its potential binding transcription factors (TFs)."]
["Consensus","Consensus Sequences."]
["P-value","P-value of the test for the motif."]
["Log P-value","The Log transfromed P-value."]
["q-value (Benjamini)","Adjusted P-value for multiple testing for the motif following Benjamini Hochberg correction."]
["# of Target Sequences with Motif(of 74086)","Number of Target Sequences with this Motif."]
["% of Target Sequences with Motif","Percentage of Target Sequences with this Motif.\t\t\t\t\t\t\t\t\t"]
["# of Background Sequences with Motif(of 70540)","Number of Sequences with this Motif in genomewide background.\t\t\t\t\t\t\t\t\t"]
["% of Background Sequences with Motif","Percentage of Target Sequences with this Motif  in genomewide background.\t"]
[]
["Table S7. List of enriched known motifs for hyper-CG-DMRs in TCKO compared with WT."]
["Motif Name","Consensus","P-value","q-value (Benjamini)","# of Target Sequences with Motif(of 74086)","% of Target Sequences with Motif","# of Background Sequences with Motif(of 70540)","% of Background Sequences with Motif"]
["Fra1(bZIP)/BT549-Fra1-ChIP-Seq(GSE46166)/Homer","NNATGASTCATH","1e-1272",0,8268,{"v":0.1116,"d":"11.16%"},3068.5,{"v":0.0435,"d":"4.35%"}]
["Fra2(bZIP)/Striatum-Fra2-ChIP-Seq(GSE43429)/Homer","GGATGACTCATC","1e-1267",0,7213,{"v":0.0974,"d":"9.74%"},2466.4,{"v":0.035,"d":"3.50%"}]
["Atf3(bZIP)/GBM-ATF3-ChIP-Seq(GSE33912)/Homer","DATGASTCATHN","1e-1234",0,9236,{"v":0.1247,"d":"12.47%"},3709.4,{"v":0.0526,"d":"5.26%"}]
["BATF(bZIP)/Th17-BATF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer","DATGASTCAT","1e-1197",0,9128,{"v":0.1232,"d":"12.32%"},3697.2,{"v":0.0525,"d":"5.25%"}]
["JunB(bZIP)/DendriticCells-Junb-ChIP-Seq(GSE36099)/Homer","RATGASTCAT","1e-1176",0,7949,{"v":0.1073,"d":"10.73%"},3009.8,{"v":0.0427,"d":"4.27%"}]
["Fosl2(bZIP)/3T3L1-Fosl2-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer","NATGASTCABNN","1e-1110",0,5268,{"v":0.0711,"d":"7.11%"},1586.3,{"v":0.0225,"d":"2.25%"}]
["AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","VTGACTCATC","1e-1108",0,9707,{"v":0.1311,"d":"13.11%"},4210.7,{"v":0.0598,"d":"5.98%"}]
["Jun-AP1(bZIP)/K562-cJun-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGASTCATCN","1e-1041",0,4022,{"v":0.0543,"d":"5.43%"},1032.9,{"v":0.0147,"d":"1.47%"}]
["RUNX1(Runt)/Jurkat-RUNX1-ChIP-Seq(GSE29180)/Homer","AAACCACARM","1e-831",0,11827,{"v":0.1597,"d":"15.97%"},6247.8,{"v":0.0887,"d":"8.87%"}]
["RUNX(Runt)/HPC7-Runx1-ChIP-Seq(GSE22178)/Homer","SAAACCACAG","1e-723",0,8460,{"v":0.1142,"d":"11.42%"},4120.7,{"v":0.0585,"d":"5.85%"}]
["RUNX2(Runt)/PCa-RUNX2-ChIP-Seq(GSE33889)/Homer","NWAACCACADNN","1e-676",0,9636,{"v":0.1301,"d":"13.01%"},5055.9,{"v":0.0718,"d":"7.18%"}]
["NF1-halfsite(CTF)/LNCaP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","YTGCCAAG","1e-658",0,15662,{"v":0.2115,"d":"21.15%"},9677.1,{"v":0.1373,"d":"13.73%"}]
["RUNX-AML(Runt)/CD4+-PolII-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer","GCTGTGGTTW","1e-652",0,8446,{"v":0.114,"d":"11.40%"},4268.8,{"v":0.0606,"d":"6.06%"}]
["NF1(CTF)/LNCAP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","CYTGGCABNSTGCCAR","1e-581",0,3899,{"v":0.0526,"d":"5.26%"},1446.5,{"v":0.0205,"d":"2.05%"}]
["TEAD3(TEA)/HepG2-TEAD3-ChIP-Seq(Encode)/Homer","TRCATTCCAG","1e-519",0,12290,{"v":0.1659,"d":"16.59%"},7514.4,{"v":0.1066,"d":"10.66%"}]
["TEAD1(TEAD)/HepG2-TEAD1-ChIP-Seq(Encode)/Homer","CYRCATTCCA","1e-487",0,10705,{"v":0.1445,"d":"14.45%"},6396.5,{"v":0.0908,"d":"9.08%"}]
["Bach2(bZIP)/OCILy7-Bach2-ChIP-Seq(GSE44420)/Homer","TGCTGAGTCA","1e-469",0,2606,{"v":0.0352,"d":"3.52%"},860.2,{"v":0.0122,"d":"1.22%"}]
["TEAD(TEA)/Fibroblast-PU.1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","YCWGGAATGY","1e-425",0,7807,{"v":0.1054,"d":"10.54%"},4404.5,{"v":0.0625,"d":"6.25%"}]
["Pitx1:Ebox(Homeobox,bHLH)/Hindlimb-Pitx1-ChIP-Seq(GSE41591)/Homer","YTAATTRAWWCCAGATGT","1e-408",0,3225,{"v":0.0435,"d":"4.35%"},1299.8,{"v":0.0184,"d":"1.84%"}]
["TEAD4(TEA)/Tropoblast-Tead4-ChIP-Seq(GSE37350)/Homer","CCWGGAATGY","1e-394",0,8608,{"v":0.1162,"d":"11.62%"},5104.8,{"v":0.0724,"d":"7.24%"}]
["Six2(Homeobox)/NephronProgenitor-Six2-ChIP-Seq(GSE39837)/Homer","GWAAYHTGAKMC","1e-329",0,10373,{"v":0.1401,"d":"14.01%"},6729,{"v":0.0955,"d":"9.55%"}]
["Tlx?(NR)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","CTGGCAGSCTGCCA",{"v":1E-305,"d":"1.00E-305"},0,3710,{"v":0.0501,"d":"5.01%"},1803.3,{"v":0.0256,"d":"2.56%"}]
["TEAD2(TEA)/Py2T-Tead2-ChIP-Seq(GSE55709)/Homer","CCWGGAATGY",{"v":1e-272,"d":"1.00E-272"},0,5329,{"v":0.0719,"d":"7.19%"},3040.2,{"v":0.0431,"d":"4.31%"}]
["Mef2b(MADS)/HEK293-Mef2b.V5-ChIP-Seq(GSE67450)/Homer","GCTATTTTTGGM",{"v":1e-211,"d":"1.00E-211"},0,8385,{"v":0.1132,"d":"11.32%"},5665.1,{"v":0.0804,"d":"8.04%"}]
["TCF4(bHLH)/SHSY5Y-TCF4-ChIP-Seq(GSE96915)/Homer","SMCATCTGKH",{"v":1e-211,"d":"1.00E-211"},0,12094,{"v":0.1633,"d":"16.33%"},8742,{"v":0.1241,"d":"12.41%"}]
["Mef2c(MADS)/GM12878-Mef2c-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","DCYAAAAATAGM",{"v":1E-204,"d":"1.00E-204"},0,5042,{"v":0.0681,"d":"6.81%"},3058.3,{"v":0.0434,"d":"4.34%"}]
["BHLHA15(bHLH)/NIH3T3-BHLHB8.HA-ChIP-Seq(GSE119782)/Homer","NAMCAGCTGK",{"v":1e-195,"d":"1.00E-195"},0,10795,{"v":0.1457,"d":"14.57%"},7748.9,{"v":0.11,"d":"11.00%"}]
["Twist2(bHLH)/Myoblast-Twist2.Ty1-ChIP-Seq(GSE127998)/Homer","MCAGCTGBYH",{"v":1E-181,"d":"1.00E-181"},0,13379,{"v":0.1806,"d":"18.06%"},10033.3,{"v":0.1424,"d":"14.24%"}]
["Mef2d(MADS)/Retina-Mef2d-ChIP-Seq(GSE61391)/Homer","GCTATTTTTAGC",{"v":1e-170,"d":"1.00E-170"},0,2449,{"v":0.0331,"d":"3.31%"},1260.5,{"v":0.0179,"d":"1.79%"}]
["NeuroG2(bHLH)/Fibroblast-NeuroG2-ChIP-Seq(GSE75910)/Homer","ACCATCTGTT",{"v":1E-169,"d":"1.00E-169"},0,12156,{"v":0.1641,"d":"16.41%"},9066.2,{"v":0.1287,"d":"12.87%"}]
["EWS:ERG-fusion(ETS)/CADO_ES1-EWS:ERG-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer","ATTTCCTGTN",{"v":1E-168,"d":"1.00E-168"},0,7278,{"v":0.0983,"d":"9.83%"},4986.1,{"v":0.0708,"d":"7.08%"}]
["SCL(bHLH)/HPC7-Scl-ChIP-Seq(GSE13511)/Homer","AVCAGCTG",{"v":1E-165,"d":"1.00E-165"},0,32723,{"v":0.4418,"d":"44.18%"},27641.9,{"v":0.3923,"d":"39.23%"}]
["MafK(bZIP)/C2C12-MafK-ChIP-Seq(GSE36030)/Homer","GCTGASTCAGCA",{"v":1e-160,"d":"1.00E-160"},0,2080,{"v":0.0281,"d":"2.81%"},1032.6,{"v":0.0147,"d":"1.47%"}]
["Olig2(bHLH)/Neuron-Olig2-ChIP-Seq(GSE30882)/Homer","RCCATMTGTT",{"v":1e-160,"d":"1.00E-160"},0,15385,{"v":0.2077,"d":"20.77%"},11940.2,{"v":0.1695,"d":"16.95%"}]
["ERG(ETS)/VCaP-ERG-ChIP-Seq(GSE14097)/Homer","ACAGGAAGTG",{"v":1e-159,"d":"1.00E-159"},0,13031,{"v":0.1759,"d":"17.59%"},9895,{"v":0.1404,"d":"14.04%"}]
["Atoh1(bHLH)/Cerebellum-Atoh1-ChIP-Seq(GSE22111)/Homer","VNRVCAGCTGGY",{"v":1e-152,"d":"1.00E-152"},0,8077,{"v":0.1091,"d":"10.91%"},5731.6,{"v":0.0813,"d":"8.13%"}]
["Tcf21(bHLH)/ArterySmoothMuscle-Tcf21-ChIP-Seq(GSE61369)/Homer","NAACAGCTGG",{"v":1e-151,"d":"1.00E-151"},0,6938,{"v":0.0937,"d":"9.37%"},4796.9,{"v":0.0681,"d":"6.81%"}]
["Six1(Homeobox)/Myoblast-Six1-ChIP-Chip(GSE20150)/Homer","GKVTCADRTTWC",{"v":1e-145,"d":"1.00E-145"},0,2647,{"v":0.0357,"d":"3.57%"},1469.8,{"v":0.0209,"d":"2.09%"}]
["Etv2(ETS)/ES-ER71-ChIP-Seq(GSE59402)/Homer","NNAYTTCCTGHN",{"v":1e-145,"d":"1.00E-145"},0,7826,{"v":0.1057,"d":"10.57%"},5562.4,{"v":0.0789,"d":"7.89%"}]
["Bach1(bZIP)/K562-Bach1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","AWWNTGCTGAGTCAT",{"v":1e-140,"d":"1.00E-140"},0,782,{"v":0.0106,"d":"1.06%"},258.6,{"v":0.0037,"d":"0.37%"}]
["Ap4(bHLH)/AML-Tfap4-ChIP-Seq(GSE45738)/Homer","NAHCAGCTGD",{"v":1E-139,"d":"1.00E-139"},0,8633,{"v":0.1166,"d":"11.66%"},6276.2,{"v":0.0891,"d":"8.91%"}]
["Mef2a(MADS)/HL1-Mef2a.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer","CYAAAAATAG",{"v":1e-131,"d":"1.00E-131"},0,4372,{"v":0.059,"d":"5.90%"},2832.4,{"v":0.0402,"d":"4.02%"}]
["HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer","TGCCAGCB",{"v":1e-126,"d":"1.00E-126"},0,13484,{"v":0.1821,"d":"18.21%"},10551.8,{"v":0.1498,"d":"14.98%"}]
["Pitx1(Homeobox)/Chicken-Pitx1-ChIP-Seq(GSE38910)/Homer","TAATCCCN",{"v":1E-125,"d":"1.00E-125"},0,35306,{"v":0.4767,"d":"47.67%"},30515.8,{"v":0.4331,"d":"43.31%"}]
["Fli1(ETS)/CD8-FLI-ChIP-Seq(GSE20898)/Homer","NRYTTCCGGH",{"v":1e-124,"d":"1.00E-124"},0,8795,{"v":0.1187,"d":"11.87%"},6514.5,{"v":0.0925,"d":"9.25%"}]
["NF-E2(bZIP)/K562-NFE2-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGACTCAGCA",{"v":1e-123,"d":"1.00E-123"},0,791,{"v":0.0107,"d":"1.07%"},283.1,{"v":0.004,"d":"0.40%"}]
["NFAT(RHD)/Jurkat-NFATC1-ChIP-Seq(Jolma_et_al.)/Homer","ATTTTCCATT",{"v":1e-122,"d":"1.00E-122"},0,9326,{"v":0.1259,"d":"12.59%"},6981.4,{"v":0.0991,"d":"9.91%"}]
["NPAS(bHLH)/Liver-NPAS-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer","NVCACGTG",{"v":1e-114,"d":"1.00E-114"},0,12755,{"v":0.1722,"d":"17.22%"},10015.7,{"v":0.1421,"d":"14.21%"}]
["NF1:FOXA1(CTF,Forkhead)/LNCAP-FOXA1-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer","WNTGTTTRYTTTGGCA",{"v":1E-108,"d":"1.00E-108"},0,858,{"v":0.0116,"d":"1.16%"},344.4,{"v":0.0049,"d":"0.49%"}]
["Nrf2(bZIP)/Lymphoblast-Nrf2-ChIP-Seq(GSE37589)/Homer","HTGCTGAGTCAT",{"v":1E-107,"d":"1.00E-107"},0,642,{"v":0.0087,"d":"0.87%"},221.5,{"v":0.0031,"d":"0.31%"}]
["ETS1(ETS)/Jurkat-ETS1-ChIP-Seq(GSE17954)/Homer","ACAGGAAGTG",{"v":1e-103,"d":"1.00E-103"},0,8102,{"v":0.1094,"d":"10.94%"},6074.1,{"v":0.0862,"d":"8.62%"}]
["STAT4(Stat)/CD4-Stat4-ChIP-Seq(GSE22104)/Homer","NYTTCCWGGAAR",{"v":1e-103,"d":"1.00E-103"},0,9049,{"v":0.1222,"d":"12.22%"},6887.7,{"v":0.0978,"d":"9.78%"}]
["ETV1(ETS)/GIST48-ETV1-ChIP-Seq(GSE22441)/Homer","AACCGGAAGT",{"v":1E-100,"d":"1.00E-100"},0,10349,{"v":0.1397,"d":"13.97%"},8035,{"v":0.114,"d":"11.40%"}]
["Hoxa13(Homeobox)/ChickenMSG-Hoxa13.Flag-ChIP-Seq(GSE86088)/Homer","CYHATAAAAN",{"v":1e-98,"d":"1.00E-98"},0,24895,{"v":0.3361,"d":"33.61%"},21153.6,{"v":0.3002,"d":"30.02%"}]
["MafB(bZIP)/BMM-Mafb-ChIP-Seq(GSE75722)/Homer","WNTGCTGASTCAGCANWTTY",{"v":1E-97,"d":"1.00E-97"},0,3483,{"v":0.047,"d":"4.70%"},2286,{"v":0.0324,"d":"3.24%"}]
["Smad3(MAD)/NPC-Smad3-ChIP-Seq(GSE36673)/Homer","TWGTCTGV",{"v":1E-97,"d":"1.00E-97"},0,21208,{"v":0.2863,"d":"28.63%"},17780.6,{"v":0.2524,"d":"25.24%"}]
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["HIF-1b(HLH)/T47D-HIF1b-ChIP-Seq(GSE59937)/Homer","RTACGTGC",{"v":1e-67,"d":"1.00E-67"},0,8424,{"v":0.1137,"d":"11.37%"},6656.4,{"v":0.0945,"d":"9.45%"}]
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["NFAT:AP1(RHD,bZIP)/Jurkat-NFATC1-ChIP-Seq(Jolma_et_al.)/Homer","SARTGGAAAAWRTGAGTCAB",{"v":1E-59,"d":"1.00E-59"},0,1692,{"v":0.0228,"d":"2.28%"},1057.3,{"v":0.015,"d":"1.50%"}]
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["PU.1-IRF(ETS:IRF)/Bcell-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","MGGAAGTGAAAC",{"v":1E-41,"d":"1.00E-41"},0,10704,{"v":0.1445,"d":"14.45%"},8993.2,{"v":0.1276,"d":"12.76%"}]
["Zic(Zf)/Cerebellum-ZIC1.2-ChIP-Seq(GSE60731)/Homer","CCTGCTGAGH",{"v":1e-39,"d":"1.00E-39"},0,5172,{"v":0.0698,"d":"6.98%"},4096.8,{"v":0.0581,"d":"5.81%"}]
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["ELF1(ETS)/Jurkat-ELF1-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer","AVCCGGAAGT",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,2882,{"v":0.0389,"d":"3.89%"},2519.6,{"v":0.0358,"d":"3.58%"}]
["KLF14(Zf)/HEK293-KLF14.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","RGKGGGCGKGGC",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,6537,{"v":0.0883,"d":"8.83%"},5890.7,{"v":0.0836,"d":"8.36%"}]
["Zfp809(Zf)/ES-Zfp809-ChIP-Seq(GSE70799)/Homer","GGGGCTYGKCTGGGA",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,666,{"v":0.009,"d":"0.90%"},529.2,{"v":0.0075,"d":"0.75%"}]
["Tbr1(T-box)/Cortex-Tbr1-ChIP-Seq(GSE71384)/Homer","AAGGTGTKAA",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,10526,{"v":0.1421,"d":"14.21%"},9619,{"v":0.1365,"d":"13.65%"}]
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["PGR(NR)/EndoStromal-PGR-ChIP-Seq(GSE69539)/Homer","AAGAACATWHTGTTC",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0,1781,{"v":0.024,"d":"2.40%"},1535.2,{"v":0.0218,"d":"2.18%"}]
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["Fox:Ebox(Forkhead,bHLH)/Panc1-Foxa2-ChIP-Seq(GSE47459)/Homer","NNNVCTGWGYAAACASN",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,7666,{"v":0.1035,"d":"10.35%"},6984.9,{"v":0.0991,"d":"9.91%"}]
["ZNF7(Zf)/HepG2-ZNF7.Flag-ChIP-Seq(Encode)/Homer","CTGCCWVCTTTTRTA",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,4079,{"v":0.0551,"d":"5.51%"},3653.7,{"v":0.0519,"d":"5.19%"}]
["Pit1(Homeobox)/GCrat-Pit1-ChIP-Seq(GSE58009)/Homer","ATGMATATDC",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,8473,{"v":0.1144,"d":"11.44%"},7743.6,{"v":0.1099,"d":"10.99%"}]
["Mouse_Recombination_Hotspot(Zf)/Testis-DMC1-ChIP-Seq(GSE24438)/Homer","ACTYKNATTCGTGNTACTTC",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,473,{"v":0.0064,"d":"0.64%"},375.2,{"v":5.3E-3,"d":"0.53%"}]
["TFE3(bHLH)/MEF-TFE3-ChIP-Seq(GSE75757)/Homer","GTCACGTGACYV",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,506,{"v":0.0068,"d":"0.68%"},404.3,{"v":0.0057,"d":"0.57%"}]
["Srebp2(bHLH)/HepG2-Srebp2-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","CGGTCACSCCAC",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0.0002,612,{"v":0.0083,"d":"0.83%"},498.9,{"v":0.0071,"d":"0.71%"}]
["Tcf3(HMG)/mES-Tcf3-ChIP-Seq(GSE11724)/Homer","ASWTCAAAGG",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0.0002,1963,{"v":0.0265,"d":"2.65%"},1716.9,{"v":0.0244,"d":"2.44%"}]
["DUX(Homeobox)/C2C12-Dux-ChIP-Seq(GSE87279)/Homer","BCWGATTCAATCAAN",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0002,39,{"v":0.0005,"d":"0.05%"},19.9,{"v":0.0003,"d":"0.03%"}]
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["Srebp1a(bHLH)/HepG2-Srebp1a-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","RTCACSCCAY",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},1E-3,1078,{"v":0.0146,"d":"1.46%"},927.9,{"v":0.0132,"d":"1.32%"}]
["Nkx2.2(Homeobox)/NPC-Nkx2.2-ChIP-Seq(GSE61673)/Homer","BTBRAGTGSN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0021,13126,{"v":0.1772,"d":"17.72%"},12186.9,{"v":0.173,"d":"17.30%"}]
["ZNF136(Zf)/HEK293-ZNF136.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","YTKGATAHAGTATTCTWGGTNGGCA",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0021,644,{"v":0.0087,"d":"0.87%"},542.6,{"v":0.0077,"d":"0.77%"}]
["Pax7(Paired,Homeobox),long/Myoblast-Pax7-ChIP-Seq(GSE25064)/Homer","TAATCHGATTAC",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},2.3E-3,169,{"v":2.3E-3,"d":"0.23%"},126.4,{"v":1.8E-3,"d":"0.18%"}]
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["CRE(bZIP)/Promoter/Homer","CSGTGACGTCAC",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0036,1128,{"v":0.0152,"d":"1.52%"},984,{"v":0.014,"d":"1.40%"}]
["Twist(bHLH)/HMLE-TWIST1-ChIP-Seq(Chang_et_al)/Homer","VCAKCTGGNNNCCAGMTGBN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0047,640,{"v":8.6E-3,"d":"0.86%"},544.8,{"v":0.0077,"d":"0.77%"}]
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["DMRT1(DM)/Testis-DMRT1-ChIP-Seq(GSE64892)/Homer","TWGHWACAWTGTWDC",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.008,1694,{"v":0.0229,"d":"2.29%"},1512.9,{"v":0.0215,"d":"2.15%"}]
["LEF1(HMG)/H1-LEF1-ChIP-Seq(GSE64758)/Homer","CCTTTGATST",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0084,5409,{"v":0.073,"d":"7.30%"},4972.3,{"v":0.0706,"d":"7.06%"}]
["Bcl11a(Zf)/HSPC-BCL11A-ChIP-Seq(GSE104676)/Homer","TYTGACCASWRG",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},8.6E-3,3988,{"v":0.0538,"d":"5.38%"},3644.5,{"v":0.0517,"d":"5.17%"}]
["KLF3(Zf)/MEF-Klf3-ChIP-Seq(GSE44748)/Homer","NRGCCCCRCCCHBNN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0089,1624,{"v":0.0219,"d":"2.19%"},1449.7,{"v":0.0206,"d":"2.06%"}]
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["Pbx3(Homeobox)/GM12878-PBX3-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","SCTGTCAMTCAN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0146,1579,{"v":0.0213,"d":"2.13%"},1414.2,{"v":0.0201,"d":"2.01%"}]
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["p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq/Homer","RRCATGYCYRGRCATGYYYN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0161,513,{"v":0.0069,"d":"0.69%"},439.4,{"v":0.0062,"d":"0.62%"}]
["Pknox1(Homeobox)/ES-Prep1-ChIP-Seq(GSE63282)/Homer","SCTGTCAVTCAV",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0229,1452,{"v":0.0196,"d":"1.96%"},1303.5,{"v":0.0185,"d":"1.85%"}]
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["OCT:OCT(POU,Homeobox,IR1)/NPC-Brn2-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer","ATGAATWATTCATGA",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0307,138,{"v":1.9E-3,"d":"0.19%"},109.7,{"v":0.0016,"d":"0.16%"}]
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["HEB(bHLH)/mES-Heb-ChIP-Seq(GSE53233)/Homer","VCAGCTGBNN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.1661,9944,{"v":0.1343,"d":"13.43%"},9349.3,{"v":0.1327,"d":"13.27%"}]
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["Sp1(Zf)/Promoter/Homer","GGCCCCGCCCCC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,259,{"v":0.0035,"d":"0.35%"},435.6,{"v":0.0062,"d":"0.62%"}]
["Tbx5(T-box)/HL1-Tbx5.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer","AGGTGTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,19048,{"v":0.2572,"d":"25.72%"},19110.7,{"v":0.2712,"d":"27.12%"}]
["Tbx6(T-box)/ESC-Tbx6-ChIP-Seq(GSE93524)/Homer","DAGGTGTBAA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,5770,{"v":0.0779,"d":"7.79%"},6199.6,{"v":0.088,"d":"8.80%"}]
["TR4(NR),DR1/Hela-TR4-ChIP-Seq(GSE24685)/Homer","GAGGTCAAAGGTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,292,{"v":0.0039,"d":"0.39%"},463.5,{"v":6.6E-3,"d":"0.66%"}]
["THRb(NR)/Liver-NR1A2-ChIP-Seq(GSE52613)/Homer","TRAGGTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,22542,{"v":0.3044,"d":"30.44%"},23155.9,{"v":0.3286,"d":"32.86%"}]
["YY1(Zf)/Promoter/Homer","CAAGATGGCGGC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,163,{"v":0.0022,"d":"0.22%"},299.2,{"v":0.0042,"d":"0.42%"}]
["ZEB1(Zf)/PDAC-ZEB1-ChIP-Seq(GSE64557)/Homer","VCAGGTRDRY",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,4756,{"v":0.0642,"d":"6.42%"},8717.8,{"v":0.1237,"d":"12.37%"}]
["ZEB2(Zf)/SNU398-ZEB2-ChIP-Seq(GSE103048)/Homer","GNMCAGGTGTGC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,2250,{"v":0.0304,"d":"3.04%"},4426.6,{"v":0.0628,"d":"6.28%"}]

{"sheet":"Figure S6g","index":18,"n_rows":455,"n_cols":8,"rows_kept":455,"merged":[[0,0,1,10],[2,1,2,10],[3,1,3,10],[4,1,4,10],[5,1,5,10],[6,1,6,10],[7,1,7,10],[8,1,8,10],[9,1,9,10],[10,1,10,10],[11,1,11,10],[13,0,13,9]]}
["Table S10. List of enriched known motifs for chromatin oC-Rs in TCKO compared with WT.   Motif enrichment analysis was performed by Homer v4.10.4 (Heinz et al., 2010) over GRCm38 using 200 bp around the middle points of chromatin oC-Rs. This data is associated with Supplementary Fig. 6g."]
[]
["Column Name","Description"]
["Motif Name","Name of motif and its potential binding transcription factors (TFs)."]
["Consensus","Consensus Sequences."]
["P-value","P-value of the test for the motif."]
["Log P-value","The Log transfromed P-value."]
["q-value (Benjamini)","Adjusted P-value for multiple testing for the motif following Benjamini Hochberg correction."]
["# of Target Sequences with Motif(of 74086)","Number of Target Sequences with this Motif."]
["% of Target Sequences with Motif","Percentage of Target Sequences with this Motif.\t\t\t\t\t\t\t\t\t"]
["# of Background Sequences with Motif(of 70540)","Number of Sequences with this Motif in genomewide background.\t\t\t\t\t\t\t\t\t"]
["% of Background Sequences with Motif","Percentage of Target Sequences with this Motif  in genomewide background.\t"]
[]
["Table S10. List of enriched known motifs for chromatin oC-Rs in TCKO compared with WT."]
["Motif Name","Consensus","P-value","q-value (Benjamini)","# of Target Sequences with Motif(of 74086)","% of Target Sequences with Motif","# of Background Sequences with Motif(of 70540)","% of Background Sequences with Motif"]
["NF1-halfsite(CTF)/LNCaP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","YTGCCAAG","1e-560",0,10300,{"v":0.3065,"d":"30.65%"},6296.9,{"v":0.1908,"d":"19.08%"}]
["RUNX1(Runt)/Jurkat-RUNX1-ChIP-Seq(GSE29180)/Homer","AAACCACARM","1e-545",0,6235,{"v":0.1855,"d":"18.55%"},3171.7,{"v":0.0961,"d":"9.61%"}]
["RUNX(Runt)/HPC7-Runx1-ChIP-Seq(GSE22178)/Homer","SAAACCACAG","1e-503",0,4709,{"v":0.1401,"d":"14.01%"},2179.7,{"v":0.066,"d":"6.60%"}]
["RUNX2(Runt)/PCa-RUNX2-ChIP-Seq(GSE33889)/Homer","NWAACCACADNN","1e-468",0,5111,{"v":0.1521,"d":"15.21%"},2530.1,{"v":0.0766,"d":"7.66%"}]
["RUNX-AML(Runt)/CD4+-PolII-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer","GCTGTGGTTW","1e-403",0,4506,{"v":0.1341,"d":"13.41%"},2239.9,{"v":0.0679,"d":"6.79%"}]
["NF1(CTF)/LNCAP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","CYTGGCABNSTGCCAR","1e-370",0,2783,{"v":0.0828,"d":"8.28%"},1143.2,{"v":0.0346,"d":"3.46%"}]
["Six2(Homeobox)/NephronProgenitor-Six2-ChIP-Seq(GSE39837)/Homer","GWAAYHTGAKMC","1e-315",0,4839,{"v":0.144,"d":"14.40%"},2696.3,{"v":0.0817,"d":"8.17%"}]
["Atf3(bZIP)/GBM-ATF3-ChIP-Seq(GSE33912)/Homer","DATGASTCATHN",{"v":1e-307,"d":"1.00E-307"},0,3336,{"v":0.0993,"d":"9.93%"},1625.6,{"v":0.0492,"d":"4.92%"}]
["BATF(bZIP)/Th17-BATF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer","DATGASTCAT",{"v":1e-304,"d":"1.00E-304"},0,3279,{"v":0.0976,"d":"9.76%"},1591.3,{"v":0.0482,"d":"4.82%"}]
["Fra1(bZIP)/BT549-Fra1-ChIP-Seq(GSE46166)/Homer","NNATGASTCATH",{"v":1e-301,"d":"1.00E-301"},0,2888,{"v":0.0859,"d":"8.59%"},1330.6,{"v":0.0403,"d":"4.03%"}]
["Fos(bZIP)/TSC-Fos-ChIP-Seq(GSE110950)/Homer","NDATGASTCAYN",{"v":1e-299,"d":"1.00E-299"},0,3029,{"v":0.0901,"d":"9.01%"},1430.1,{"v":0.0433,"d":"4.33%"}]
["TEAD3(TEA)/HepG2-TEAD3-ChIP-Seq(Encode)/Homer","TRCATTCCAG",{"v":1E-296,"d":"1.00E-296"},0,5611,{"v":0.1669,"d":"16.69%"},3344.5,{"v":0.1013,"d":"10.13%"}]
["TEAD1(TEAD)/HepG2-TEAD1-ChIP-Seq(Encode)/Homer","CYRCATTCCA",{"v":1e-295,"d":"1.00E-295"},0,4941,{"v":0.147,"d":"14.70%"},2829,{"v":0.0857,"d":"8.57%"}]
["JunB(bZIP)/DendriticCells-Junb-ChIP-Seq(GSE36099)/Homer","RATGASTCAT",{"v":1E-282,"d":"1.00E-282"},0,2865,{"v":0.0852,"d":"8.52%"},1354,{"v":0.041,"d":"4.10%"}]
["Fra2(bZIP)/Striatum-Fra2-ChIP-Seq(GSE43429)/Homer","GGATGACTCATC",{"v":1e-278,"d":"1.00E-278"},0,2569,{"v":0.0764,"d":"7.64%"},1161.9,{"v":0.0352,"d":"3.52%"}]
["CTCF(Zf)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer","AYAGTGCCMYCTRGTGGCCA",{"v":1E-262,"d":"1.00E-262"},0,1010,{"v":0.0301,"d":"3.01%"},265.5,{"v":0.008,"d":"0.80%"}]
["TEAD4(TEA)/Tropoblast-Tead4-ChIP-Seq(GSE37350)/Homer","CCWGGAATGY",{"v":1e-257,"d":"1.00E-257"},0,4364,{"v":0.1298,"d":"12.98%"},2499.4,{"v":0.0757,"d":"7.57%"}]
["Fosl2(bZIP)/3T3L1-Fosl2-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer","NATGASTCABNN",{"v":1e-250,"d":"1.00E-250"},0,1928,{"v":0.0574,"d":"5.74%"},796.6,{"v":0.0241,"d":"2.41%"}]
["TEAD(TEA)/Fibroblast-PU.1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","YCWGGAATGY",{"v":1e-246,"d":"1.00E-246"},0,3544,{"v":0.1054,"d":"10.54%"},1915.7,{"v":0.058,"d":"5.80%"}]
["AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","VTGACTCATC",{"v":1e-238,"d":"1.00E-238"},0,3589,{"v":0.1068,"d":"10.68%"},1970.8,{"v":0.0597,"d":"5.97%"}]
["Klf4(Zf)/mES-Klf4-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer","GCCACACCCA",{"v":1e-220,"d":"1.00E-220"},0,2052,{"v":0.0611,"d":"6.11%"},927.9,{"v":0.0281,"d":"2.81%"}]
["Jun-AP1(bZIP)/K562-cJun-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGASTCATCN",{"v":1E-218,"d":"1.00E-218"},0,1458,{"v":0.0434,"d":"4.34%"},556.8,{"v":0.0169,"d":"1.69%"}]
["KLF5(Zf)/LoVo-KLF5-ChIP-Seq(GSE49402)/Homer","DGGGYGKGGC",{"v":1E-216,"d":"1.00E-216"},0,4991,{"v":0.1485,"d":"14.85%"},3123.5,{"v":0.0946,"d":"9.46%"}]
["EKLF(Zf)/Erythrocyte-Klf1-ChIP-Seq(GSE20478)/Homer","NWGGGTGTGGCY",{"v":1E-210,"d":"1.00E-210"},0,1464,{"v":0.0436,"d":"4.36%"},572.7,{"v":0.0174,"d":"1.74%"}]
["Rfx2(HTH)/LoVo-RFX2-ChIP-Seq(GSE49402)/Homer","GTTGCCATGGCAACM",{"v":1e-201,"d":"1.00E-201"},0,951,{"v":0.0283,"d":"2.83%"},291.1,{"v":0.0088,"d":"0.88%"}]
["X-box(HTH)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","GGTTGCCATGGCAA",{"v":1e-199,"d":"1.00E-199"},0,1028,{"v":0.0306,"d":"3.06%"},335.9,{"v":0.0102,"d":"1.02%"}]
["RFX(HTH)/K562-RFX3-ChIP-Seq(SRA012198)/Homer","CGGTTGCCATGGCAAC",{"v":1E-196,"d":"1.00E-196"},0,889,{"v":0.0265,"d":"2.65%"},264,{"v":0.008,"d":"0.80%"}]
["KLF1(Zf)/HUDEP2-KLF1-CutnRun(GSE136251)/Homer","VDGGGYGGGGCY",{"v":1e-195,"d":"1.00E-195"},0,3567,{"v":0.1061,"d":"10.61%"},2078.1,{"v":0.063,"d":"6.30%"}]
["KLF3(Zf)/MEF-Klf3-ChIP-Seq(GSE44748)/Homer","NRGCCCCRCCCHBNN",{"v":1E-191,"d":"1.00E-191"},0,2200,{"v":0.0655,"d":"6.55%"},1087,{"v":0.0329,"d":"3.29%"}]
["KLF6(Zf)/PDAC-KLF6-ChIP-Seq(GSE64557)/Homer","MKGGGYGTGGCC",{"v":1e-185,"d":"1.00E-185"},0,4156,{"v":0.1237,"d":"12.37%"},2568.9,{"v":0.0778,"d":"7.78%"}]
["BORIS(Zf)/K562-CTCFL-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","CNNBRGCGCCCCCTGSTGGC",{"v":1E-180,"d":"1.00E-180"},0,1057,{"v":0.0314,"d":"3.14%"},373.8,{"v":0.0113,"d":"1.13%"}]
["Rfx1(HTH)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","KGTTGCCATGGCAA",{"v":1E-173,"d":"1.00E-173"},0,1482,{"v":0.0441,"d":"4.41%"},641,{"v":0.0194,"d":"1.94%"}]
["Tlx?(NR)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer","CTGGCAGSCTGCCA",{"v":1e-170,"d":"1.00E-170"},0,2724,{"v":0.081,"d":"8.10%"},1516.6,{"v":0.0459,"d":"4.59%"}]
["NF1:FOXA1(CTF,Forkhead)/LNCAP-FOXA1-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer","WNTGTTTRYTTTGGCA",{"v":1e-170,"d":"1.00E-170"},0,658,{"v":0.0196,"d":"1.96%"},173.3,{"v":5.3E-3,"d":"0.53%"}]
["TEAD2(TEA)/Py2T-Tead2-ChIP-Seq(GSE55709)/Homer","CCWGGAATGY",{"v":1E-166,"d":"1.00E-166"},0,2727,{"v":0.0811,"d":"8.11%"},1530.4,{"v":0.0464,"d":"4.64%"}]
["Six1(Homeobox)/Myoblast-Six1-ChIP-Chip(GSE20150)/Homer","GKVTCADRTTWC",{"v":1e-152,"d":"1.00E-152"},0,1359,{"v":0.0404,"d":"4.04%"},599.3,{"v":0.0182,"d":"1.82%"}]
["Sp2(Zf)/HEK293-Sp2.eGFP-ChIP-Seq(Encode)/Homer","YGGCCCCGCCCC",{"v":1e-147,"d":"1.00E-147"},0,5364,{"v":0.1596,"d":"15.96%"},3713.7,{"v":0.1125,"d":"11.25%"}]
["Rfx5(HTH)/GM12878-Rfx5-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","SCCTAGCAACAG",{"v":1e-147,"d":"1.00E-147"},0,1905,{"v":0.0567,"d":"5.67%"},982.4,{"v":0.0298,"d":"2.98%"}]
["Atf4(bZIP)/MEF-Atf4-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer","MTGATGCAAT",{"v":1e-144,"d":"1.00E-144"},0,1361,{"v":0.0405,"d":"4.05%"},616.9,{"v":0.0187,"d":"1.87%"}]
["Mef2c(MADS)/GM12878-Mef2c-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","DCYAAAAATAGM",{"v":1e-137,"d":"1.00E-137"},0,1756,{"v":0.0522,"d":"5.22%"},900.4,{"v":0.0273,"d":"2.73%"}]
["NFAT(RHD)/Jurkat-NFATC1-ChIP-Seq(Jolma_et_al.)/Homer","ATTTTCCATT",{"v":1e-133,"d":"1.00E-133"},0,3947,{"v":0.1174,"d":"11.74%"},2601.9,{"v":0.0788,"d":"7.88%"}]
["Chop(bZIP)/MEF-Chop-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer","ATTGCATCAT",{"v":1e-129,"d":"1.00E-129"},0,1127,{"v":0.0335,"d":"3.35%"},492.3,{"v":0.0149,"d":"1.49%"}]
["Mef2b(MADS)/HEK293-Mef2b.V5-ChIP-Seq(GSE67450)/Homer","GCTATTTTTGGM",{"v":1E-127,"d":"1.00E-127"},0,3059,{"v":0.091,"d":"9.10%"},1914,{"v":0.058,"d":"5.80%"}]
["Pitx1:Ebox(Homeobox,bHLH)/Hindlimb-Pitx1-ChIP-Seq(GSE41591)/Homer","YTAATTRAWWCCAGATGT",{"v":1e-126,"d":"1.00E-126"},0,1030,{"v":0.0306,"d":"3.06%"},435,{"v":0.0132,"d":"1.32%"}]
["HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer","TGCCAGCB",{"v":1e-124,"d":"1.00E-124"},0,9120,{"v":0.2714,"d":"27.14%"},7145.3,{"v":0.2165,"d":"21.65%"}]
["Mef2d(MADS)/Retina-Mef2d-ChIP-Seq(GSE61391)/Homer","GCTATTTTTAGC",{"v":1e-118,"d":"1.00E-118"},0,932,{"v":0.0277,"d":"2.77%"},387.1,{"v":0.0117,"d":"1.17%"}]
["Foxo1(Forkhead)/RAW-Foxo1-ChIP-Seq(Fan_et_al.)/Homer","CTGTTTAC",{"v":1e-115,"d":"1.00E-115"},0,7937,{"v":0.2362,"d":"23.62%"},6142.5,{"v":0.1861,"d":"18.61%"}]
["Sp5(Zf)/mES-Sp5.Flag-ChIP-Seq(GSE72989)/Homer","RGKGGGCGGAGC",{"v":1e-105,"d":"1.00E-105"},0,3323,{"v":0.0989,"d":"9.89%"},2213.8,{"v":0.0671,"d":"6.71%"}]
["Bach2(bZIP)/OCILy7-Bach2-ChIP-Seq(GSE44420)/Homer","TGCTGAGTCA",{"v":1e-105,"d":"1.00E-105"},0,1080,{"v":0.0321,"d":"3.21%"},506.1,{"v":0.0153,"d":"1.53%"}]
["Rbpj1(?)/Panc1-Rbpj1-ChIP-Seq(GSE47459)/Homer","HTTTCCCASG",{"v":1E-99,"d":"1.00E-99"},0,6523,{"v":0.1941,"d":"19.41%"},4990.7,{"v":0.1512,"d":"15.12%"}]
["Rfx6(HTH)/Min6b1-Rfx6.HA-ChIP-Seq(GSE62844)/Homer","TGTTKCCTAGCAACM",{"v":1e-98,"d":"1.00E-98"},0,4777,{"v":0.1421,"d":"14.21%"},3472.4,{"v":0.1052,"d":"10.52%"}]
["FoxL2(Forkhead)/Ovary-FoxL2-ChIP-Seq(GSE60858)/Homer","WWTRTAAACAVG",{"v":1e-95,"d":"1.00E-95"},0,3029,{"v":0.0901,"d":"9.01%"},2017.2,{"v":0.0611,"d":"6.11%"}]
["CEBP:AP1(bZIP)/ThioMac-CEBPb-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","DRTGTTGCAA",{"v":1e-94,"d":"1.00E-94"},0,3122,{"v":0.0929,"d":"9.29%"},2097.8,{"v":0.0636,"d":"6.36%"}]
["FOXA1(Forkhead)/LNCAP-FOXA1-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer","WAAGTAAACA",{"v":1e-90,"d":"1.00E-90"},0,4470,{"v":0.133,"d":"13.30%"},3253.8,{"v":0.0986,"d":"9.86%"}]
["Foxf1(Forkhead)/Lung-Foxf1-ChIP-Seq(GSE77951)/Homer","WWATRTAAACAN",{"v":1E-89,"d":"1.00E-89"},0,3166,{"v":0.0942,"d":"9.42%"},2160.8,{"v":0.0655,"d":"6.55%"}]
["BHLHA15(bHLH)/NIH3T3-BHLHB8.HA-ChIP-Seq(GSE119782)/Homer","NAMCAGCTGK",{"v":1E-87,"d":"1.00E-87"},0,6429,{"v":0.1913,"d":"19.13%"},4985.7,{"v":0.151,"d":"15.10%"}]
["Smad3(MAD)/NPC-Smad3-ChIP-Seq(GSE36673)/Homer","TWGTCTGV",{"v":1E-87,"d":"1.00E-87"},0,12068,{"v":0.3591,"d":"35.91%"},10172.4,{"v":0.3082,"d":"30.82%"}]
["FoxD3(forkhead)/ZebrafishEmbryo-Foxd3.biotin-ChIP-seq(GSE106676)/Homer","TGTTTAYTTAGC",{"v":1E-84,"d":"1.00E-84"},0,3488,{"v":0.1038,"d":"10.38%"},2453.7,{"v":0.0743,"d":"7.43%"}]
["Foxo3(Forkhead)/U2OS-Foxo3-ChIP-Seq(E-MTAB-2701)/Homer","DGTAAACA",{"v":1e-80,"d":"1.00E-80"},0,2915,{"v":0.0867,"d":"8.67%"},1993.5,{"v":0.0604,"d":"6.04%"}]
["KLF14(Zf)/HEK293-KLF14.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","RGKGGGCGKGGC",{"v":1e-80,"d":"1.00E-80"},0,5508,{"v":0.1639,"d":"16.39%"},4222.7,{"v":0.1279,"d":"12.79%"}]
["Mef2a(MADS)/HL1-Mef2a.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer","CYAAAAATAG",{"v":1e-77,"d":"1.00E-77"},0,1567,{"v":0.0466,"d":"4.66%"},931.4,{"v":0.0282,"d":"2.82%"}]
["Twist2(bHLH)/Myoblast-Twist2.Ty1-ChIP-Seq(GSE127998)/Homer","MCAGCTGBYH",{"v":1e-76,"d":"1.00E-76"},0,7734,{"v":0.2301,"d":"23.01%"},6252.5,{"v":0.1894,"d":"18.94%"}]
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["TCF4(bHLH)/SHSY5Y-TCF4-ChIP-Seq(GSE96915)/Homer","SMCATCTGKH",{"v":1e-76,"d":"1.00E-76"},0,6919,{"v":0.2059,"d":"20.59%"},5514.3,{"v":0.1671,"d":"16.71%"}]
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["FOXA1(Forkhead)/MCF7-FOXA1-ChIP-Seq(GSE26831)/Homer","WAAGTAAACA",{"v":1e-74,"d":"1.00E-74"},0,3568,{"v":0.1062,"d":"10.62%"},2577.6,{"v":0.0781,"d":"7.81%"}]
["Stat3+il21(Stat)/CD4-Stat3-ChIP-Seq(GSE19198)/Homer","SVYTTCCNGGAARB",{"v":1E-73,"d":"1.00E-73"},0,3174,{"v":0.0944,"d":"9.44%"},2249.4,{"v":0.0681,"d":"6.81%"}]
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["FOXM1(Forkhead)/MCF7-FOXM1-ChIP-Seq(GSE72977)/Homer","TRTTTACTTW",{"v":1e-66,"d":"1.00E-66"},0,3793,{"v":0.1129,"d":"11.29%"},2815.4,{"v":0.0853,"d":"8.53%"}]
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["Stat3(Stat)/mES-Stat3-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer","CTTCCGGGAA",{"v":1e-65,"d":"1.00E-65"},0,2252,{"v":0.067,"d":"6.70%"},1520.2,{"v":0.0461,"d":"4.61%"}]
["Fli1(ETS)/CD8-FLI-ChIP-Seq(GSE20898)/Homer","NRYTTCCGGH",{"v":1e-63,"d":"1.00E-63"},0,4416,{"v":0.1314,"d":"13.14%"},3376.4,{"v":0.1023,"d":"10.23%"}]
["Foxa3(Forkhead)/Liver-Foxa3-ChIP-Seq(GSE77670)/Homer","BSNTGTTTACWYWGN",{"v":1E-61,"d":"1.00E-61"},0,1333,{"v":0.0397,"d":"3.97%"},806.7,{"v":0.0244,"d":"2.44%"}]
["Usf2(bHLH)/C2C12-Usf2-ChIP-Seq(GSE36030)/Homer","GTCACGTGGT",{"v":1e-60,"d":"1.00E-60"},0,1275,{"v":0.0379,"d":"3.79%"},767.4,{"v":0.0232,"d":"2.32%"}]
["Etv2(ETS)/ES-ER71-ChIP-Seq(GSE59402)/Homer","NNAYTTCCTGHN",{"v":1E-59,"d":"1.00E-59"},0,3872,{"v":0.1152,"d":"11.52%"},2930.4,{"v":0.0888,"d":"8.88%"}]
["Atf1(bZIP)/K562-ATF1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGACGTCA",{"v":1E-59,"d":"1.00E-59"},0,2419,{"v":0.072,"d":"7.20%"},1690.8,{"v":0.0512,"d":"5.12%"}]
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["Klf9(Zf)/GBM-Klf9-ChIP-Seq(GSE62211)/Homer","GCCACRCCCACY",{"v":1E-51,"d":"1.00E-51"},0,1409,{"v":0.0419,"d":"4.19%"},905.8,{"v":0.0274,"d":"2.74%"}]
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["Foxa2(Forkhead)/Liver-Foxa2-ChIP-Seq(GSE25694)/Homer","CYTGTTTACWYW",{"v":1E-50,"d":"1.00E-50"},0,3022,{"v":0.0899,"d":"8.99%"},2258.6,{"v":0.0684,"d":"6.84%"}]
["FOXK2(Forkhead)/U2OS-FOXK2-ChIP-Seq(E-MTAB-2204)/Homer","SCHTGTTTACAT",{"v":1e-49,"d":"1.00E-49"},0,2478,{"v":0.0737,"d":"7.37%"},1793.1,{"v":0.0543,"d":"5.43%"}]
["Fox:Ebox(Forkhead,bHLH)/Panc1-Foxa2-ChIP-Seq(GSE47459)/Homer","NNNVCTGWGYAAACASN",{"v":1e-48,"d":"1.00E-48"},0,4262,{"v":0.1268,"d":"12.68%"},3356.3,{"v":0.1017,"d":"10.17%"}]
["Atf7(bZIP)/3T3L1-Atf7-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer","NGRTGACGTCAY",{"v":1e-47,"d":"1.00E-47"},0,1777,{"v":0.0529,"d":"5.29%"},1218.3,{"v":0.0369,"d":"3.69%"}]
["Bach1(bZIP)/K562-Bach1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","AWWNTGCTGAGTCAT",{"v":1e-47,"d":"1.00E-47"},0,325,{"v":0.0097,"d":"0.97%"},126.8,{"v":3.8E-3,"d":"0.38%"}]
["FOXP1(Forkhead)/H9-FOXP1-ChIP-Seq(GSE31006)/Homer","NYYTGTTTACHN",{"v":1E-46,"d":"1.00E-46"},0,1620,{"v":0.0482,"d":"4.82%"},1096.3,{"v":0.0332,"d":"3.32%"}]
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["EWS:FLI1-fusion(ETS)/SK_N_MC-EWS:FLI1-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer","VACAGGAAAT",{"v":1e-44,"d":"1.00E-44"},0,2497,{"v":0.0743,"d":"7.43%"},1843.3,{"v":0.0558,"d":"5.58%"}]
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["CEBP(bZIP)/ThioMac-CEBPb-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","ATTGCGCAAC",{"v":1E-41,"d":"1.00E-41"},0,2160,{"v":0.0643,"d":"6.43%"},1574.5,{"v":0.0477,"d":"4.77%"}]
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["NF-E2(bZIP)/K562-NFE2-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GATGACTCAGCA",{"v":1e-39,"d":"1.00E-39"},0,331,{"v":0.0098,"d":"0.98%"},142.5,{"v":4.3E-3,"d":"0.43%"}]
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["KLF10(Zf)/HEK293-KLF10.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","GGGGGTGTGTCC",{"v":1e-38,"d":"1.00E-38"},0,2051,{"v":0.061,"d":"6.10%"},1503.1,{"v":0.0455,"d":"4.55%"}]
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["CREB5(bZIP)/LNCaP-CREB5.V5-ChIP-Seq(GSE137775)/Homer","VVATGACGTCAT",{"v":1e-34,"d":"1.00E-34"},0,1396,{"v":0.0415,"d":"4.15%"},973.7,{"v":0.0295,"d":"2.95%"}]
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["STAT5(Stat)/mCD4+-Stat5-ChIP-Seq(GSE12346)/Homer","RTTTCTNAGAAA",{"v":1e-32,"d":"1.00E-32"},0,1451,{"v":0.0432,"d":"4.32%"},1032.9,{"v":0.0313,"d":"3.13%"}]
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["ISRE(IRF)/ThioMac-LPS-Expression(GSE23622)/Homer","AGTTTCASTTTC",{"v":1e-28,"d":"1.00E-28"},0,303,{"v":0.009,"d":"0.90%"},146.8,{"v":0.0044,"d":"0.44%"}]
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["NFE2L2(bZIP)/HepG2-NFE2L2-ChIP-Seq(Encode)/Homer","AWWWTGCTGAGTCAT",{"v":1E-22,"d":"1.00E-22"},0,281,{"v":0.0084,"d":"0.84%"},144.3,{"v":0.0044,"d":"0.44%"}]
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["Pax8(Paired,Homeobox)/Thyroid-Pax8-ChIP-Seq(GSE26938)/Homer","GTCATGCHTGRCTGS",{"v":1e-18,"d":"1.00E-18"},0,1285,{"v":0.0382,"d":"3.82%"},975,{"v":0.0295,"d":"2.95%"}]
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["AP-2gamma(AP2)/MCF7-TFAP2C-ChIP-Seq(GSE21234)/Homer","SCCTSAGGSCAW",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,3078,{"v":0.0916,"d":"9.16%"},2704.7,{"v":0.0819,"d":"8.19%"}]
["Hoxd12(Homeobox)/ChickenMSG-Hoxd12.Flag-ChIP-Seq(GSE86088)/Homer","HDGYAATGAAAN",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,5520,{"v":0.1642,"d":"16.42%"},5014.5,{"v":0.1519,"d":"15.19%"}]
["JunD(bZIP)/K562-JunD-ChIP-Seq/Homer","ATGACGTCATCN",{"v":1e-09,"d":"1.00E-09"},0,346,{"v":0.0103,"d":"1.03%"},241.2,{"v":0.0073,"d":"0.73%"}]
["Arnt:Ahr(bHLH)/MCF7-Arnt-ChIP-Seq(Lo_et_al.)/Homer","TBGCACGCAA",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,1907,{"v":0.0567,"d":"5.67%"},1640,{"v":0.0497,"d":"4.97%"}]
["Bapx1(Homeobox)/VertebralCol-Bapx1-ChIP-Seq(GSE36672)/Homer","TTRAGTGSYK",{"v":1E-8,"d":"1.00E-08"},0,7294,{"v":0.217,"d":"21.70%"},6737.2,{"v":0.2041,"d":"20.41%"}]
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["TATA-Box(TBP)/Promoter/Homer","CCTTTTAWAGSC",{"v":1e-05,"d":"1.00E-05"},0,3811,{"v":0.1134,"d":"11.34%"},3500.8,{"v":0.1061,"d":"10.61%"}]
["HIF-1a(bHLH)/MCF7-HIF1a-ChIP-Seq(GSE28352)/Homer","TACGTGCV",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0,663,{"v":0.0197,"d":"1.97%"},551,{"v":0.0167,"d":"1.67%"}]
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["PGR(NR)/EndoStromal-PGR-ChIP-Seq(GSE69539)/Homer","AAGAACATWHTGTTC",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0,800,{"v":0.0238,"d":"2.38%"},676.6,{"v":0.0205,"d":"2.05%"}]
["p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq(GSE15780)/Homer","RRCATGYCYRGRCATGYYYN",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0,340,{"v":0.0101,"d":"1.01%"},266.5,{"v":0.0081,"d":"0.81%"}]
["p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq/Homer","RRCATGYCYRGRCATGYYYN",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},0,340,{"v":0.0101,"d":"1.01%"},266.5,{"v":0.0081,"d":"0.81%"}]
["E2F3(E2F)/MEF-E2F3-ChIP-Seq(GSE71376)/Homer","BTKGGCGGGAAA",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,1164,{"v":0.0346,"d":"3.46%"},1016,{"v":0.0308,"d":"3.08%"}]
["CTCF-SatelliteElement(Zf?)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer","TGCAGTTCCMVNWRTGGCCA",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,83,{"v":0.0025,"d":"0.25%"},51,{"v":1.5E-3,"d":"0.15%"}]
["GSC(Homeobox)/FrogEmbryos-GSC-ChIP-Seq(DRA000576)/Homer","RGGATTAR",{"v":1E-4,"d":"1.00E-04"},1E-4,2992,{"v":0.089,"d":"8.90%"},2746.6,{"v":0.0832,"d":"8.32%"}]
["DMRT1(DM)/Testis-DMRT1-ChIP-Seq(GSE64892)/Homer","TWGHWACAWTGTWDC",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0002,701,{"v":0.0209,"d":"2.09%"},598.8,{"v":0.0181,"d":"1.81%"}]
["DMRT6(DM)/Testis-DMRT6-ChIP-Seq(GSE60440)/Homer","YDGHTACAWTGTADC",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0004,585,{"v":0.0174,"d":"1.74%"},495.2,{"v":0.015,"d":"1.50%"}]
["Ascl1(bHLH)/NeuralTubes-Ascl1-ChIP-Seq(GSE55840)/Homer","NNVVCAGCTGBN",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0004,5701,{"v":0.1696,"d":"16.96%"},5364.9,{"v":0.1625,"d":"16.25%"}]
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["OCT:OCT(POU,Homeobox,IR1)/NPC-Brn2-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer","ATGAATWATTCATGA",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0004,48,{"v":1.4E-3,"d":"0.14%"},27.7,{"v":0.0008,"d":"0.08%"}]
["ZNF317(Zf)/HEK293-ZNF317.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","GTCWGCTGTYYCTCT",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0006,294,{"v":0.0087,"d":"0.87%"},235.2,{"v":0.0071,"d":"0.71%"}]
["ETS:E-box(ETS,bHLH)/HPC7-Scl-ChIP-Seq(GSE22178)/Homer","AGGAARCAGCTG",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0006,358,{"v":0.0107,"d":"1.07%"},292.8,{"v":0.0089,"d":"0.89%"}]
["Nkx2.1(Homeobox)/LungAC-Nkx2.1-ChIP-Seq(GSE43252)/Homer","RSCACTYRAG",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0009,9901,{"v":0.2946,"d":"29.46%"},9455,{"v":0.2864,"d":"28.64%"}]
["Pdx1(Homeobox)/Islet-Pdx1-ChIP-Seq(SRA008281)/Homer","YCATYAATCA",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},0.0013,2609,{"v":0.0776,"d":"7.76%"},2413,{"v":0.0731,"d":"7.31%"}]
["PAX3:FKHR-fusion(Paired,Homeobox)/Rh4-PAX3:FKHR-ChIP-Seq(GSE19063)/Homer","ACCRTGACTAATTNN",{"v":1E-3,"d":"1.00E-03"},1.5E-3,555,{"v":0.0165,"d":"1.65%"},476.3,{"v":0.0144,"d":"1.44%"}]
["DUX(Homeobox)/C2C12-Dux-ChIP-Seq(GSE87279)/Homer","BCWGATTCAATCAAN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0021,8,{"v":0.0002,"d":"0.02%"},2.7,{"v":1E-4,"d":"0.01%"}]
["NFkB-p50,p52(RHD)/Monocyte-p50-ChIP-Chip(Schreiber_et_al.)/Homer","GGGGGAATCCCC",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0021,235,{"v":0.007,"d":"0.70%"},188.4,{"v":0.0057,"d":"0.57%"}]
["Nkx2.5(Homeobox)/HL1-Nkx2.5.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer","RRSCACTYAA",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0024,7617,{"v":0.2266,"d":"22.66%"},7257.6,{"v":0.2199,"d":"21.99%"}]
["T1ISRE(IRF)/ThioMac-Ifnb-Expression/Homer","ACTTTCGTTTCT",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0025,50,{"v":1.5E-3,"d":"0.15%"},31,{"v":0.0009,"d":"0.09%"}]
["ZNF7(Zf)/HepG2-ZNF7.Flag-ChIP-Seq(Encode)/Homer","CTGCCWVCTTTTRTA",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0029,1730,{"v":0.0515,"d":"5.15%"},1585.2,{"v":0.048,"d":"4.80%"}]
["PSE(SNAPc)/K562-mStart-Seq/Homer","WAVTCACCMTAASYDAAAAG",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0045,1359,{"v":0.0404,"d":"4.04%"},1238.3,{"v":0.0375,"d":"3.75%"}]
["ARE(NR)/LNCAP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer","RGRACASNSTGTYCYB",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0047,876,{"v":0.0261,"d":"2.61%"},783.9,{"v":0.0237,"d":"2.37%"}]
["Oct4(POU,Homeobox)/mES-Oct4-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer","ATTTGCATAW",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0049,1190,{"v":0.0354,"d":"3.54%"},1080,{"v":0.0327,"d":"3.27%"}]
["Unknown(Homeobox)/Limb-p300-ChIP-Seq/Homer","SSCMATWAAA",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.005,1704,{"v":0.0507,"d":"5.07%"},1568,{"v":0.0475,"d":"4.75%"}]
["EBNA1(EBV-virus)/Raji-EBNA1-ChIP-Seq(GSE30709)/Homer","GGYAGCAYDTGCTDCCCNNN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0055,62,{"v":1.8E-3,"d":"0.18%"},42.6,{"v":0.0013,"d":"0.13%"}]
["Pit1+1bp(Homeobox)/GCrat-Pit1-ChIP-Seq(GSE58009)/Homer","ATGCATAATTCA",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0081,729,{"v":0.0217,"d":"2.17%"},650.9,{"v":0.0197,"d":"1.97%"}]
["E2F6(E2F)/Hela-E2F6-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","GGCGGGAARN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0087,975,{"v":0.029,"d":"2.90%"},882.8,{"v":0.0267,"d":"2.67%"}]
["Twist(bHLH)/HMLE-TWIST1-ChIP-Seq(Chang_et_al)/Homer","VCAKCTGGNNNCCAGMTGBN",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0093,468,{"v":0.0139,"d":"1.39%"},408.5,{"v":0.0124,"d":"1.24%"}]
["ZNF16(Zf)/HEK293-ZNF16.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","MACCTTCYATGGCTCCCTAKTGCCY",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0101,25,{"v":0.0007,"d":"0.07%"},14.7,{"v":0.0004,"d":"0.04%"}]
["GFY(?)/Promoter/Homer","ACTACAATTCCC",{"v":0.01,"d":"1.00E-02"},0.0104,178,{"v":5.3E-3,"d":"0.53%"},144.6,{"v":0.0044,"d":"0.44%"}]
["Srebp1a(bHLH)/HepG2-Srebp1a-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","RTCACSCCAY",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0167,608,{"v":0.0181,"d":"1.81%"},543.7,{"v":0.0165,"d":"1.65%"}]
["SpiB(ETS)/OCILY3-SPIB-ChIP-Seq(GSE56857)/Homer","AAAGRGGAAGTG",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0182,720,{"v":0.0214,"d":"2.14%"},650,{"v":0.0197,"d":"1.97%"}]
["bHLHE41(bHLH)/proB-Bhlhe41-ChIP-Seq(GSE93764)/Homer","KCACGTGMCN",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0187,3084,{"v":0.0918,"d":"9.18%"},2912.6,{"v":0.0882,"d":"8.82%"}]
["ZNF136(Zf)/HEK293-ZNF136.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","YTKGATAHAGTATTCTWGGTNGGCA",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0192,261,{"v":0.0078,"d":"0.78%"},222.4,{"v":0.0067,"d":"0.67%"}]
["PBX2(Homeobox)/K562-PBX2-ChIP-Seq(Encode)/Homer","RTGATTKATRGN",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0233,2217,{"v":0.066,"d":"6.60%"},2081.1,{"v":0.063,"d":"6.30%"}]
["Otx2(Homeobox)/EpiLC-Otx2-ChIP-Seq(GSE56098)/Homer","NYTAATCCYB",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0322,1921,{"v":0.0572,"d":"5.72%"},1802.2,{"v":0.0546,"d":"5.46%"}]
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["RAR:RXR(NR),DR5/ES-RAR-ChIP-Seq(GSE56893)/Homer","RGGTCADNNAGAGGTCAV",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0448,78,{"v":2.3E-3,"d":"0.23%"},61.7,{"v":1.9E-3,"d":"0.19%"}]
["Hoxa9(Homeobox)/ChickenMSG-Hoxa9.Flag-ChIP-Seq(GSE86088)/Homer","RGCAATNAAA",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0495,8496,{"v":0.2528,"d":"25.28%"},8199.6,{"v":0.2484,"d":"24.84%"}]
["ZSCAN22(Zf)/HEK293-ZSCAN22.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","SMCAGTCWGAKGGAGGAGGC",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0499,195,{"v":0.0058,"d":"0.58%"},167.7,{"v":0.0051,"d":"0.51%"}]
["Pax7(Paired,Homeobox),long/Myoblast-Pax7-ChIP-Seq(GSE25064)/Homer","TAATCHGATTAC",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0511,38,{"v":0.0011,"d":"0.11%"},27.1,{"v":0.0008,"d":"0.08%"}]
["ERE(NR),IR3/MCF7-ERa-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer","VAGGTCACNSTGACC",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0545,734,{"v":0.0218,"d":"2.18%"},674.1,{"v":0.0204,"d":"2.04%"}]
["GRE(NR),IR3/A549-GR-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer","NRGVACABNVTGTYCY",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.0574,463,{"v":0.0138,"d":"1.38%"},418.5,{"v":0.0127,"d":"1.27%"}]
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["Brn1(POU,Homeobox)/NPC-Brn1-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer","TATGCWAATBAV",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1035,757,{"v":0.0225,"d":"2.25%"},704,{"v":0.0213,"d":"2.13%"}]
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["Oct2(POU,Homeobox)/Bcell-Oct2-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","ATATGCAAAT",{"v":0.1,"d":"1.00E-01"},0.1484,689,{"v":0.0205,"d":"2.05%"},644.8,{"v":0.0195,"d":"1.95%"}]
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["GFY-Staf(?,Zf)/Promoter/Homer","RACTACAATTCCCAGAAKGC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.213,98,{"v":0.0029,"d":"0.29%"},87,{"v":0.0026,"d":"0.26%"}]
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["OCT:OCT(POU,Homeobox)/NPC-Brn1-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer","ATGAATATTCATGAG",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.2403,23,{"v":0.0007,"d":"0.07%"},18.2,{"v":0.0006,"d":"0.06%"}]
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["PBX1(Homeobox)/MCF7-PBX1-ChIP-Seq(GSE28007)/Homer","GSCTGTCACTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3205,314,{"v":0.0093,"d":"0.93%"},295.8,{"v":0.009,"d":"0.90%"}]
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["OCT4-SOX2-TCF-NANOG(POU,Homeobox,HMG)/mES-Oct4-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer","ATTTGCATAACAATG",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3786,356,{"v":0.0106,"d":"1.06%"},338.7,{"v":0.0103,"d":"1.03%"}]
["Srebp2(bHLH)/HepG2-Srebp2-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer","CGGTCACSCCAC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3834,363,{"v":0.0108,"d":"1.08%"},345.2,{"v":0.0105,"d":"1.05%"}]
["p53(p53)/mES-cMyc-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer","ACATGCCCGGGCAT",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3909,47,{"v":1.4E-3,"d":"0.14%"},43,{"v":0.0013,"d":"0.13%"}]
["Phox2b(Homeobox)/CLBGA-PHOX2B-ChIP-Seq(GSE90683)/Homer","TTAATTNAATTA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.3912,315,{"v":0.0094,"d":"0.94%"},299.4,{"v":0.0091,"d":"0.91%"}]
["Hoxb4(Homeobox)/ES-Hoxb4-ChIP-Seq(GSE34014)/Homer","TGATTRATGGCY",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.4029,489,{"v":0.0145,"d":"1.45%"},468,{"v":0.0142,"d":"1.42%"}]
["Tbr1(T-box)/Cortex-Tbr1-ChIP-Seq(GSE71384)/Homer","AAGGTGTKAA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.4147,4295,{"v":0.1278,"d":"12.78%"},4186.9,{"v":0.1268,"d":"12.68%"}]
["Tbox:Smad(T-box,MAD)/ESCd5-Smad2_3-ChIP-Seq(GSE29422)/Homer","AGGTGHCAGACA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.426,636,{"v":0.0189,"d":"1.89%"},612.5,{"v":0.0186,"d":"1.86%"}]
["Pax7(Paired,Homeobox),longest/Myoblast-Pax7-ChIP-Seq(GSE25064)/Homer","NTAATTDGCYAATTANNWWD",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.4716,30,{"v":0.0009,"d":"0.09%"},27.9,{"v":0.0008,"d":"0.08%"}]
["Mouse_Recombination_Hotspot(Zf)/Testis-DMC1-ChIP-Seq(GSE24438)/Homer","ACTYKNATTCGTGNTACTTC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.479,160,{"v":0.0048,"d":"0.48%"},152.6,{"v":0.0046,"d":"0.46%"}]
["Nkx2.2(Homeobox)/NPC-Nkx2.2-ChIP-Seq(GSE61673)/Homer","BTBRAGTGSN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5224,6482,{"v":0.1929,"d":"19.29%"},6345,{"v":0.1922,"d":"19.22%"}]
["ZNF41(Zf)/HEK293-ZNF41.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","CCTCATGGTGYCYTWYTCCCTTGTG",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5357,47,{"v":1.4E-3,"d":"0.14%"},44.2,{"v":0.0013,"d":"0.13%"}]
["MYNN(Zf)/HEK293-MYNN.eGFP-ChIP-Seq(Encode)/Homer","TTCAAAWTAAAAGTC",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5899,640,{"v":0.019,"d":"1.90%"},624.4,{"v":0.0189,"d":"1.89%"}]
["THRa(NR)/C17.2-THRa-ChIP-Seq(GSE38347)/Homer","GGTCANYTGAGGWCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.5977,1103,{"v":0.0328,"d":"3.28%"},1078.5,{"v":0.0327,"d":"3.27%"}]
["HOXA2(Homeobox)/mES-Hoxa2-ChIP-Seq(Donaldson_et_al.)/Homer","GYCATCMATCAT",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6096,260,{"v":0.0077,"d":"0.77%"},253.3,{"v":0.0077,"d":"0.77%"}]
["ZNF652/HepG2-ZNF652.Flag-ChIP-Seq(Encode)/Homer","TTAACCCTTTVNKKN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6096,597,{"v":0.0178,"d":"1.78%"},583.3,{"v":0.0177,"d":"1.77%"}]
["ZNF675(Zf)/HEK293-ZNF675.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","ARGAGGMCAAAATGW",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6344,352,{"v":0.0105,"d":"1.05%"},344.7,{"v":0.0104,"d":"1.04%"}]
["PAX6(Paired,Homeobox)/Forebrain-Pax6-ChIP-Seq(GSE66961)/Homer","NGTGTTCAVTSAAGCGKAAA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6477,223,{"v":6.6E-3,"d":"0.66%"},218.4,{"v":6.6E-3,"d":"0.66%"}]
["ZNF528(Zf)/HEK293-ZNF528.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer","AGAAATGACTTCCCT",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6506,27,{"v":0.0008,"d":"0.08%"},26.5,{"v":0.0008,"d":"0.08%"}]
["ZNF768(Zf)/Rajj-ZNF768-ChIP-Seq(GSE111879)/Homer","RHHCAGAGAGGB",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.6722,97,{"v":0.0029,"d":"0.29%"},95.5,{"v":0.0029,"d":"0.29%"}]
["LXRE(NR),DR4/RAW-LXRb.biotin-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer","RGGTTACTANAGGTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.7364,115,{"v":0.0034,"d":"0.34%"},114.6,{"v":0.0035,"d":"0.35%"}]
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["Nr5a2(NR)/mES-Nr5a2-ChIP-Seq(GSE19019)/Homer","BTCAAGGTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.8529,1467,{"v":0.0436,"d":"4.36%"},1454.3,{"v":0.0441,"d":"4.41%"}]
["GATA3(Zf),DR8/iTreg-Gata3-ChIP-Seq(GSE20898)/Homer","AGATSTNDNNDSAGATAASN",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.8724,147,{"v":0.0044,"d":"0.44%"},149,{"v":0.0045,"d":"0.45%"}]
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["Zfp57(Zf)/H1-ZFP57.HA-ChIP-Seq(GSE115387)/Homer","NANTGCSGCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},0.8738,610,{"v":0.0181,"d":"1.81%"},609.9,{"v":0.0185,"d":"1.85%"}]
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["THRb(NR)/HepG2-THRb.Flag-ChIP-Seq(Encode)/Homer","GGTCACCTGAGGTCA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,1493,{"v":0.0444,"d":"4.44%"},1495.6,{"v":0.0453,"d":"4.53%"}]
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["GATA:SCL(Zf,bHLH)/Ter119-SCL-ChIP-Seq(GSE18720)/Homer","CRGCTGBNGNSNNSAGATAA",{"v":1,"d":"1.00E+00"},1,307,{"v":0.0091,"d":"0.91%"},320.7,{"v":0.0097,"d":"0.97%"}]
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