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<!-- Generated by BEAUTi v1.10.4 Prerelease #bc6cbd9                         -->
<!--       by Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut and Marc A. Suchard         -->
<!--       Department of Computer Science, University of Auckland and        -->
<!--       Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh        -->
<!--       David Geffen School of Medicine, University of California, Los Angeles-->
<!--       http://beast.community/                                           -->
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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			<taxon idref="CC.chloro_1"/>
			GGCGAACGACGGGAATTGAACCCGCGCATGGAAATTTACTTGTTAAAAATTAGGTAAAAAAAATCCCTCCCCAAGCCGTGCTTGCATCTTTCATAAACTCAGTGCATTCCCTAGAGGGAACTCTAATAAGAAAGTTGAAATAAGTTCCATTTACACGGTCTCATAATCAATCATTCATGATTGGCCAGACCATTCATGCAAATAATATCCAAATACCAAACTCGCCCTCTATATAACCTACAATCCGATAAATCGGCCCAAGTCGGCTTACTAAGGGAGGAATAATTGTAACTATTGTATCGAGCTTCTTGGGAGGACTCCGCACCATTGAAGGATTTAGTGGCACACTTGAAAAATAACCCAAAAAGTCGAGGGAATGCTTGGATAATTGGTTTATATAGATCCTTCCTGGGCGAGACCATACAAAAAAATGACATTGCCATAAACTGACAAGGTAATATTTCCAGGATCCTTGAGGAAGCATAGGATGCCCTGAAAATCATTAACAAAGACTTCGACAAGATCTTCCATTTTTCTATGTAGATTCGCTAAAGCAGAAGATGTTAATCGTAAATGATTAGATTGGTTACGGAGAAAAAGGAAAACATGAAGAATAAGGAGGCATCTTTCACCCGGTAGCGAAGGGTCTGAACCAAGATTTCTAGATGGAAATGGATCGTAAATTGTAAGATCTTACGATTTGTGACCCTTCCAAAGAAAATATTAATCGTAGAGAAAATGGAATTTCCGCAATGATTGCAAATCCTTCTGATAGAATTTGAGAATACAAATTCTTGTTGTATCCCAAAAATTTATTTTGGTTAGAATCATTGGCGGAAATCATCAAATGATTCTGTTGATACATTCCCTAAATCTATCTAGTTCTAAATATCCTTGAAATTCCTCCATTTATTTAAAATTAGATTTGAACTTGAACCAGGGATAGGGGATTTCTTGGGGTATTAAATGACACATAGTACGATACAGTCAAAACAGGATATTATAGTAAAAAAAGACTAGATAGATACCCCGGAAACAGCTAAGACTCATCAACGGACTCTTTATACTCTCCTTTTCCATCTAATTAAATAGGTTTATGTTCATTCTAGGATAACAAGATGGTTAATAATTAGGATTTATAAAAAAAATCGATAATCCACTTATGGTAAAAACATTTCCCGCATCAAGTACTAATATATTTTTAACGTTTAATTAGATCGGATCATTCAAATTAAGAACAGAAGCTCGTTGCTTTTTTTTGTTTCCCTATAATTGGAGCCATGGGGCTCTATCCATTTATTCACTTAACCCAACCTTAAATTTTTTGCGCGTCAAGAATTCAAACATGATTTTGGATCGATCCGATAAGAATAAAATATTCTCAGAATTCTCCATTTGCTGCTTTTTCCATTCCTTCCTTTCAGGGTCAGTCGCGGTCTTACAAACTCTACCGATGGTATTGACGAATCCGTTGCTTCATACAAACGGAAAGAGTGGTAAAAGTGTGATTCGTTCTGTTAATCCCTTAATAGTTAAATAGTTAAGGGGTCCCTTCGGTTTGTTTGATTAATAATTATGAAATTACGAAACATAATTTGTTTTTAAATTTAAATTGGATCAATACTTCCAATTGAATGAGTATGAGTAAAGTATCCATGGATAAAGAGAGAAGGGAGTCTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTATGATTTGCATGTATAAGAGAGATTGAAGCAAAATAGCTATTAAACAATGACTTTGGTTTACTAGAGACATCGACATCTTGTTTTAGCTCGGAGAAAGATTGTTATAATCCCCCTCTTCTATAGGGATCATCTAGAAAGCGGGTTGTTTTGAATGCATTCAAACATAAAAGCTGACATAGATGTTATGGGCCGAAATTTTATTTTTAAAATTTTTTTATTTCGTTTACATCTGACATCTGTGGAATTTATCCATCTTCCATAAAGGTCCAAGCTAACGATGCGGGTTCGATTCCCGCTACCCGGCGTCCATGGCGACATGGCCGTGTCGCCTGATCAACAAACGGGACTGACCAATTGAACTACAATCCCCGATGGGGGCGCCCTTTTAAAGGAGAGAGAGGGATGGCCACCTCTCCGCGGATATAGTTGAATGGTAACCAAGCTGCTCTACCCCGCGATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCCGAAAACAAATAAAACAAATTTAAGTCCCTCTATCCCCATAGGGCTATACGGACTCGAACCGTAGACCTTTTGATTCCAATAAAAATAAAGTGTTTCAAAGAAGGATTATCCTGACATAGGTCTGCTTTTGGACTAGATCAACTTAAGTTAAATGGAGTCTCTATCGACCTGCTTCTGCTTAAAGAATAAAATATGAAACTTCAATTATGCCTAGCATTGAATAGATGGGGTATTCACCTTATCAATATCTCAAATCAATGCAATGGTGGGTTCTATTTATTTGGCACCTAACCTAAATGGGCACCCGAATTGGACCGAACCTTTTGTTTTGTCAGGCTATTGTTCTCTTGTTTTGTTCCCGAAAAGTCATAGAGTAAGACATCGAATTTTTAATAAAATCAATTCTTTTGATTACATGATGGACTCCTCTGAAAAACATTGGCATCGGGTTTTGGAGACCCACGTTCTGCCGAACTGAACTAAGAGCGTAGGGCCGCTATG
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="CCC.chloro_1"/>
			GGCGAACGACGGGAATTGAACCCGCGCATGGAAATTTACTTGTTAAAAATTAGGTAAAAAAAATCCCTCCCCAAGCCGTGCTTGCATCTTTCATAAACTCAGTGCATTCCCTAGAGGGAACTCTAATAAGAAAGTTGAAATAAGTTCCATTTACACGGTCTCATAATCAATCATTCATGATTGGCCAGACCATTCATGCAAATAATATCCAAATACCAAACTCGCCCTCTATATAACCTACAATCCGATAAATCGGCCCAAGTCGGCTTACTAAGGGAGGAATAATTGTAACTATTGTATCGAGCTTCTTGGGAGGACTCCGCACCATTGAAGGATTTAGTGGCACACTTGAAAAATAACCCAAAAAGTCGAGGGAATGCTTGGATAATTGGTTTATATAGATCCTTCCTGGGCGAGACCATACAAAAAAATGACATTGCCATAAACTGACAAGGTAATATTTCCAGGATCCTTGAGGAAGCATAGGATGCCCTGAAAATCATTAACAAAGACTTCGACAAGATCTTCCATTTTTCTATGTAGATTCGCTAAAGCAGAAGATGTTAATCGTAAATGATTAGATTGGTTACGGAGAAAAAGGAAAACATGAAGAATAAGGAGGCATCTTTCACCCGGTAGCGAAGGGTCTGAACCAAGATTTCTAGATGGAAATGGATCGTAAATTGTAAGATCTTACGATTTGTGACCCTTCCAAAGAAAATATTAATCGTAGAGAAAATGGAATTTCCGCAATGATTGCAAATCCTTCTGATAGAATTTGAGAATACAAATTCTTGTTGTATCCCAAAAATTTATTTTGGTTAGAATCATTGGCGGAAATCATCAAATGATTCTGTTGATACATTCCCTAAATCTATCTAGTTCTAAATATCCTTGAAATTCCTCCATTTATTTAAAATTAGATTTGAACTTGAACCAGGGATAGGGGATTTCTTGGGGTATTAAATGACACATAGTACGATACAGTCAAAACAGGATATTATAGTAAAAAAAGACTAGATAGATACCCCGGAAACAGCTAAGACTCATCAACGGACTCTTTATACTCTCCTTTTCCATCTAATTAAATAGGTTTATGTTCATTCTAGGATAACAAGATGGTTAATAATTAGGATTTATAAAAAAAATCGATAATCCACTTATGGTAAAAACATTTCCCGCATCAAGTACTAATATATTTTTAACGTTTAATTAGATCGGATCATTCAAATTAAGAACAGAAGCTCGTTGCTTTTTTTTGTTTCCCTATAATTGGAGCCATGGGGCTCTATCCATTTATTCACTTAACCCAACCTTAAATTTTTTGCGCGTCAAGAATTCAAACATGATTTTGGATCGATCCGATAAGAATAAAATATTCTCAGAATTCTCCATTTGCTGCTTTTTCCATTCCTTCCTTTCAGGGTCAGTCGCGGTCTTACAAACTCTACCGATGGTATTGACGAATCCGTTGCTTCATACAAACGGAAAGAGTGGTAAAAGTGTGATTCGTTCTGTTAATCCCTTAATAGTTAAATAGTTAAGGGGTCCCTTCGGTTTGTTTGATTAATAATTATGAAATTACGAAACATAATTTGTTTTTAAATTTAAATTGGATCAATACTTCCAATTGAATGAGTATGAGTAAAGTATCCATGGATAAAGAGAGAAGGGAGTCTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTATGATTTGCATGTATAAGAGAGATTGAAGCAAAATAGCTATTAAACAATGACTTTGGTTTACTAGAGACATCGACATCTTGTTTTAGCTCGGAGAAAGATTGTTATAATCCCCCTCTTCTATAGGGATCATCTAGAAAGCGGGTTGTTTTGAATGCATTCAAACATAAAAGCTGACATAGATGTTATGGGCCGAAATTTTATTTTTAAAATTTTTTTATTTCGTTTACATCTGACATCTGTGGAATTTATCCATCTTCCATAAAGGTCCAAGCTAACGATGCGGGTTCGATTCCCGCTACCCGGCGTCCATGGCGACATGGCCGTGTCGCCTGATCAACAAACGGGACTGACCAATTGAACTACAATCCCCGATGGGGGCGCCCTTTTAAAGGAGAGAGAGGGATGGCCACCTCTCCGCGGATATAGTTGAATGGTAACCAAGCTGCTCTACCCCGCGATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCCGAAAACAAATAAAACAAATTTAAGTCCCTCTATCCCCATAGGGCTATACGGACTCGAACCGTAGACCTTTTGATTCCAATAAAAATAAAGTGTTTCAAAGAAGGATTATCCTGACATAGGTCTGCTTTTGGACTAGATCAACTTAAGTTAAATGGAGTCTCTATCGACCTGCTTCTGCTTAAAGAATAAAATATGAAACTTCAATTATGCCTAGCATTGAATAGATGGGGTATTCACCTTATCAATATCTCAAATCAATGCAATGGTGGGTTCTATTTATTTGGCACCTAACCTAAATGGGCACCCGAATTGGACCGAACCTTTTGTTTTGTCAGGCTATTGTTCTCTTGTTTTGTTCCCGAAAAGTCATAGAGTAAGACATCGAATTTTTAATAAAATCAATTCTTTTGATTACATGATGGACTCCTCTGAAAAACATTGGCATCGGGTTTTGGAGACCCACGTTCTGCCGAACTGAACTAAGAGCGTAGGGCCGCTATG
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="MG356709.1"/>
			GGCGAACGACGGGAATTGAACCCGCGCATGGAAATTTACTTGTTAAAAAGTAGGTCAAAAAAATCCCTCCCCAAGCCGTGCGTGCATCTTTCATAAACTCAGTGCATTCCCTAGAGGGGACTCTAATAAGAAAGTTGAAATAAGTTCCATTTACACGGTCTCATAATCAATCATTCATGATTGGCCAGACCCTTTATGCAAATAATATCCAAATACCAAACTCGCCCTCTATATAACCTACAATCCGATAAATCGGCCCAAGTCGGCTTACTAAGGGAGGAATAATTGGAACTATTGTATCGAGCTTCTTGGGAGGACTCTGCACCATTGAAGGATTTAGTGGCACACTTGAAAAATAACCCAAAAAGTCGAGGGAATGCTTGGATAATTGGTTTATATAGATCCTTCCTGGGTGAGACCATACAGAAAAATGACATTGCCATAAACTGACAAGGTAATATTTCCAGGATCCTTGAGGAAGCATAAGATGCCCCGAAAATCATTAACAAAGACTTCGACAAGATCTTCCATTTTTCTATGTAGATTCGTTAAAGCAGAAGATGTTAATCGTAAATGAGAAGATTGGTTACGGATAAAAAGGAAAACATGAAGAATAAGGAGGCATCTTTCACCCGGTAGCGAAGGGTTTGAACCAAGATTTCTATATGGAAATGGATCGTAAATTGTAAGATCTTACGATTTGTGCCCCCTCCAAAGAAGATCTTAATCGTAGAGAAAATGGAATTTCCGCAATGATTGCAAATCCTTCTGATATAATTTGAGAATACAAATTCTTGTTGTATCCCAAAAATTTATTTTGGTTAGAATCATTAGCGGAAATCATCAAATGATTCTGTTGATACATTCCCTAAATCTATCTAGTTCGAAATATCCTTGAAATTCCTCCATTTATTTTAAATTAGATTTGAACTTGAACCAGGGATAGGGGATTTCTTGGGGTATTAAATGACACATAGTACGATACAGTCAAAACAGGATATTATAGTAAGAAAAGACTAGATAGATACCCCGGAAATAGATAAGACTCATCAACGGACTCTTTATCCTCTCTTTTTCCATCTAATTAAATAGGTTTATGTTCATTCTAGGATAACAAGATGGTTAATAATTAGGATTCA-AAAAAAAATGGATAATCCACTTATGGTAAAAACATTTCCCGCATCAAGCACTAATATATTTTTAACGTTTAATTAGATCGGATCATTCAAATTAAGAACAGAAGCTCGTTGCTT-TTTTTGTTTCCCTTTAATTGGAGCCATGGGGCTCTATCCATTTATTCACTTAACCCAACCTTAAATTTTTTGCGCGTCAAGAATTCAAACATGATTTTGGATCGATCCGATAAGAATAAAATATTCTCAGAATTCTCCATTTGCTGCTTTTTCCATTCCTTCCTTTAAGGGTCAGTCGCGGTCTTACAAACTCTACCGATGGGATTGACGAATCCGTTGCTTCATACAAACGGAAAGAGTGGTAAAAGTGTGATTCGTTCTATTAATCCCTTA--------ATAGTTAAGGGGTCCCTTCGGTTTGTTTGATTAATAATTATGAAATTACGAAACATAATTTGTT------TTTAAATTGGATCAATACTTCCAATTGAATGAGTATGAGTAAAGTATCCATGGATAAAGAGAGAAGGGAGTATTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTATGATTTGTATGTATAAGAGAGATTGAAGCAAAATAGCTATTAAACAATGACTTTGGTTTACTAGAGACATCGACATATTGTTTTAGCTCGGAGAAAAATTGTTATAATCCCCCTCTTCTATAGGGATCATCTAGAAAGCGGGTTGTTTTGAATGCATTCAAACAGAAAAGCTGACATAGATGTTATGGGCCAAAATTTTTTTTTTTAAACTTTTTTATTTCGTTTCCATCTGACATCTGTGAAATTTCTCCATCTTACATAAAGGTCCAAGCTAACGATGCGGGTTCGATTCCCGCTACCCGGCGTCCATGGCGACATGGCCGTGTCGCCTGATCAACAAACGGGACTGACCAATTGAACTACAATCCCCGATGGGGGCGCCCTTTTAAAGGAGAGAGAGGGATGGCCACCTCTCCGCGGATATAGTTGAATGGTAACCAAGCTGCTCTACCCCGCGATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCCGAAAACAAATAAAACAAATTGAAGTCCCTCTATCCCC-TAGGGCTATACGGGCTCGAACCGTAGACCTTTTGATTCCAATAAAAAGAAAGTGTTTCAAAGAAGGATTATCCTGACATAGGTCTGCTTTTGGACTAGATCAACTTAAGTTAAATGGAGTCTCTATCGACCTGCTTCTGCTTAAAGAATAAAATATGAAACTTCAATTATGCCTAGCATTGAATAGATGGGGTATTCACCTTATCAATATCTCAAATCAATGCAATGGTGGGTTCGATTTATTTGGCACCTAACCTAAATGGGCACCCGGATTGGGCCGAACC-----TTTTGTCAGGCTATTGTTCTCTTGTTTTGTTCCCGAAAATTCATAGAGTAAGACATCGATTTTTTAATAAAATCAATTCTTTTGATTACATGATGGACTCCTCTGAAAAACATTGGCATCGGGTTTTGGAGACCCACGTTCTACCGAACTGAACTAAGAGCGTAGGGCCGCTATG
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="ancient"/>
			GGCGAACGACGGGAATTGAACCCGCGCATGGAAATTTACTTGTTAAAAATTAGGTAAAAAAAATCCCTCCCCAAGCCGTGCTTGCATCTTTCATAAACTCAGTGCATTCCCTAGAGGGAACTCTAATAAGAAAGTTGAAATAAGTTCCATTTACACGGTCTCATAATCAATCATTCATGATTGGCCAGACCATTCATGCAAATAATATCCAAATACCAAACTCGCCCTCTATATAACCTACAATCCGATAAATCGGCCCAAGTCGGCTTACTAAGGGAGGAATAATTGTAACTATTGTATCGAGCTTCTTGGGAGGACTCCGCACCATTGAAGGATTTAGTGGCACACTTGAAAAATAACCCAAAAAGTCGAGGGAATGCTTGGATAATTGGTTTATATAGATCCTTCCTGGGCGAGACCATACAAAAAAATGACATTGCCATAAACTGACAAGGTAATATTTCCAGGATCCTTGAGGAAGCATAGGATGCCCTGAAAATCATTAACAAAGACTTCGACAAGATCTTCCATTTTTCTATGTAGATTCGCTAAAGCAGAAGATGTTAATCGTAAATGATTAGATTGGTTACGGAGAAAAAGGAAAACATGAAGAATAAGGAGGCATCTTTCACCCGGTAGCGAAGGGTCTGAACCAAGATTTCTAGATGGAAATGGATCGTAAATTGTAAGATCTTACGATTTGTGACCCTTCCAAAGAAAATATTAATCGTAGAGAAAATGGAATTTCCGCAATGATTGCAAATCCTTCTGATAGAATTTGAGAATACAAATTCTTGTTGTATCCCAAAAATTTATTTTGGTTAGAATCATTGGCGGAAATCATCAAATGATTCTGTTGATACATTCCCTAAATCTATCTAGTTCTAAATATCCTTGAAATTCCTCCATTTATTTAAAATTAGATTTGAACTTGAACCAGGGATAGGGGATTTCTTGGGGTATTAAATGACACATAGTACGATACAGTCAAAACAGGATATTATAGTAAAAAAAGACTAGATAGATACCCCGGAAACAGCTAAGACTCATCAACGGACTCTTTATACTCTCCTTTTCCATCTAATTAAATAGGTTTATGTTCATTCTAGGATAACAAGATGGTTAATAATTAGGATTTATAAAAAAAATCGATAATCCACTTATGGTAAAAACATTTCCCGCATCAAGTACTAATATATTTTTAACGTTTAATTAGATCGGATCATTCAAATTAAGAACAGAAGCTCGTTGCTTTTTTTTGTTTCCCTATAATTGGAGCCATGGGGCTCTATCCATTTATTCACTTAACCCAACCTTAAATTTTTTGCGCGTCAAGAATTCAAACATGATTTTGGATCGATCCGATAAGAATAAAATATTCTCAGAATTCTCCATTTGCTGCTTTTTCCATTCCTTCCTTTCAGGGTCAGTCGCGGTCTTACAAACTCTACCGATGGTATTGACGAATCCGTTGCTTCATACAAACGGAAAGAGTGGTAAAAGTGTGATTCGTTCTGTTAATCCCTTAATAGTTAAATAGTTAAGGGGTCCCTTCGGTTTGTTTGATTAATAATTATGAAATTACGAAACATAATTTGTTTTTAAATTTAAATTGGATCAATACTTCCAATTGAATGAGTATGAGTAAAGTATCCATGGATAAAGAGAGAAGGGAGTCTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTATGATTTGCATGTATAAGAGAGATTGAAGCAAAATAGCTATTAAACAATGACTTTGGTTTACTAGAGACATCGACATCTTGTTTTAGCTCGGAGAAAGGTTGTTATAATCCCCCTCTTCTATAGGGATCATCTAGAAAGCGGGTTGTTTTGAATGCATTCAAACATAAAAGCTGACATAGATGTTATGGGCCGAAATTTTATTTTTAAAATTTTTTTATTTCGTTTACATCTGACATCTGTGGAATTTATCCATCTTCCATAAAGGTCCAAGCTAACGATGCGGGTTCGATTCCCGCTACCCGGCGTCCATGGCGACATGGCCGTGTCGCCTGATCAACAAACGGGACTGACCAATTGAACTACAATCCCCGATGGGGGCGCCCTTTTAAAGGAGAGAGAGGGATGGCCACCTCTCCGCGGATATAGTTGAATGGTAACCAAGCTGCTCTACCCCGCGATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCCGAAAACAAATAAAACAAATTTAAGTCCCTCTATCCCCATAGGGCTATACGGACTCGAACCGTAGACCTTTTGATTCCAATAAAAATAAAGTGTTTCAAAGAAGGATTATCCTGACATAGGTCTGCTTTTGGACTAGATCAACTTAAGTTAAATGGAGTCTCTATCGACCTGCTTCTGCTTAAAGAATAAAATATGAAACTTCAATTATGCCTAGCATTGAATAGATGGGGTATTCACCTTATCAATATCTCAAATCAATGCAATGGTGGGTTCTATTTATTTGGCACCTAACCTAAATGGGCACCCGAATTGGACCGAACCTTTTGTTTTGTCAGGCTATTGTTCTCTTGTTTTGTTCCCGAAAAGTCATAGAGTAAGACATCGAATTTTTAATAAAATCAATTCTTTTGATTACATGATGGACTCCTCTGAAAAACATTGGCATCGGGTTTTGGAGACCCACGTTCTGCCGAACTGAACTAAGAGCGTAGGGCCGCTATG
		</sequence>
	</alignment>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=70                                                            -->
	<patterns id="P3_coding3.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment1"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=77                                                            -->
	<patterns id="P3_coding12.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment2"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=237                                                           -->
	<patterns id="P3_noncodingorRNA.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment3"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=38                                                            -->
	<patterns id="P3_RNA.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment4"/>
	</patterns>
	

	<!-- A prior assumption that the population size has remained constant       -->
	<!-- throughout the time spanned by the genealogy.                           -->
	<constantSize id="constant" units="years">
		<populationSize>
			<parameter id="constant.popSize" value="1.0" lower="0.0"/>
		</populationSize>
	</constantSize>
	

	<!-- Generate a random starting tree under the coalescent process            -->
	<coalescentSimulator id="startingTree">
		<taxa idref="taxa"/>
		<constantSize idref="constant"/>
	</coalescentSimulator>
	

	<!-- Generate a tree model                                                   -->
	<treeModel id="treeModel">
		<coalescentTree idref="startingTree"/>
		<rootHeight>
			<parameter id="treeModel.rootHeight"/>
		</rootHeight>
		<nodeHeights internalNodes="true">
			<parameter id="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
		<nodeHeights internalNodes="true" rootNode="true">
			<parameter id="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>

		<!-- START Tip date sampling                                                 -->
		<leafHeight taxon="ancient">
			<parameter id="age(ancient)"/>
		</leafHeight>

		<!-- END Tip date sampling                                                   -->

	</treeModel>

	<!-- Statistic for sum of the branch lengths of the tree (tree length)       -->
	<treeLengthStatistic id="treeLength">
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</treeLengthStatistic>

	<!-- Statistic for time of most recent common ancestor of tree               -->
	<tmrcaStatistic id="age(root)" absolute="true">
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	

	<!-- Taxon Sets                                                              -->
	
	<tmrcaStatistic id="tmrca(ancientTaxa)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="ancientTaxa"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<tmrcaStatistic id="age(ancientTaxa)" absolute="true" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="ancientTaxa"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>

	<!-- Generate a coalescent likelihood                                        -->
	<coalescentLikelihood id="coalescent">
		<model>
			<constantSize idref="constant"/>
		</model>
		<populationTree>
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</populationTree>
	</coalescentLikelihood>
	

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="branchRates">
		<rate>
			<parameter id="clock.rate" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>
	
	<rateStatistic id="meanRate" name="meanRate" mode="mean" internal="true" external="true">
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
	</rateStatistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="P3_coding3.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<frequencies>
					<parameter id="P3_coding3.frequencies" value="0.25 0.25 0.25 0.25"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="P3_coding3.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="P3_coding3.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="P3_coding3.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="8.53191489361702">
			<parameter id="P3_coding3.nu" value="0.25" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="P3_coding3.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="P3_coding3.mu" name="mu">
		<siteModel idref="P3_coding3.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="P3_coding12.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<frequencies>
					<parameter id="P3_coding12.frequencies" value="0.25 0.25 0.25 0.25"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="P3_coding12.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="P3_coding12.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="P3_coding12.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="4.2615701062735685">
			<parameter id="P3_coding12.nu" value="0.25" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="P3_coding12.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="P3_coding12.mu" name="mu">
		<siteModel idref="P3_coding12.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="P3_noncodingorRNA.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<frequencies>
					<parameter id="P3_noncodingorRNA.frequencies" value="0.25 0.25 0.25 0.25"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="P3_noncodingorRNA.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="P3_noncodingorRNA.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="P3_noncodingorRNA.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="1.683390886315932">
			<parameter id="P3_noncodingorRNA.nu" value="0.25" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="P3_noncodingorRNA.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="P3_noncodingorRNA.mu" name="mu">
		<siteModel idref="P3_noncodingorRNA.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="P3_RNA.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<frequencies>
					<parameter id="P3_RNA.frequencies" value="0.25 0.25 0.25 0.25"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="P3_RNA.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="P3_RNA.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="P3_RNA.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="18.484758364312267">
			<parameter id="P3_RNA.nu" value="0.25" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="P3_RNA.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="P3_RNA.mu" name="mu">
		<siteModel idref="P3_RNA.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- Collecting together relative rates for partitions                       -->
	<compoundParameter id="allNus">
		<parameter idref="P3_coding3.nu"/>
		<parameter idref="P3_coding12.nu"/>
		<parameter idref="P3_noncodingorRNA.nu"/>
		<parameter idref="P3_RNA.nu"/>
	</compoundParameter>
	

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeDataLikelihood id="treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<partition>
			<patterns idref="P3_coding3.patterns"/>
			<siteModel idref="P3_coding3.siteModel"/>
		</partition>
		<partition>
			<patterns idref="P3_coding12.patterns"/>
			<siteModel idref="P3_coding12.siteModel"/>
		</partition>
		<partition>
			<patterns idref="P3_noncodingorRNA.patterns"/>
			<siteModel idref="P3_noncodingorRNA.siteModel"/>
		</partition>
		<partition>
			<patterns idref="P3_RNA.patterns"/>
			<siteModel idref="P3_RNA.siteModel"/>
		</partition>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
	</treeDataLikelihood>
	

	<!-- Define operators                                                        -->
	<operators id="operators" optimizationSchedule="default">
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_coding3.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_coding3.frequencies"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="P3_coding3.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_coding12.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_coding12.frequencies"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="P3_coding12.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_noncodingorRNA.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_noncodingorRNA.frequencies"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="P3_noncodingorRNA.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_RNA.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="P3_RNA.frequencies"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="P3_RNA.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="clock.rate"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="3">
			<parameter idref="allNus"/>
		</deltaExchange>
		<subtreeSlide size="1.0" gaussian="true" weight="30">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</subtreeSlide>
		<narrowExchange weight="30">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</narrowExchange>
		<wideExchange weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wideExchange>
		<wilsonBalding weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wilsonBalding>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
		</scaleOperator>
		<uniformOperator weight="30">
			<parameter idref="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</uniformOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="constant.popSize"/>
		</scaleOperator>
		<uniformOperator weight="2">
			<parameter idref="age(ancient)"/>
		</uniformOperator>
	</operators>
	

	<!-- Define MCMC                                                             -->
	<mcmc id="mcmc" chainLength="100000000" autoOptimize="true" operatorAnalysis="BetulaMolecularDating_AllPartitions_Gamma_FlatPrior.ops">
		<joint id="joint">
			<prior id="prior">
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="P3_coding3.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="1.0">
					<parameter idref="P3_coding3.frequencies"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="P3_coding3.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="P3_coding12.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="1.0">
					<parameter idref="P3_coding12.frequencies"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="P3_coding12.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="P3_noncodingorRNA.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="1.0">
					<parameter idref="P3_noncodingorRNA.frequencies"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="P3_noncodingorRNA.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="P3_RNA.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="1.0">
					<parameter idref="P3_RNA.frequencies"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="P3_RNA.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="1.0">
					<parameter idref="allNus"/>
				</dirichletPrior>
				<ctmcScalePrior>
					<ctmcScale>
						<parameter idref="clock.rate"/>
					</ctmcScale>
					<treeModel idref="treeModel"/>
				</ctmcScalePrior>
				<truncated lower="0.0">
					<normalPrior mean="61.1" stdev="1.633">
						<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
					</normalPrior>
				</truncated>
				<oneOnXPrior>
					<parameter idref="constant.popSize"/>
				</oneOnXPrior>
				<uniformPrior lower="0.0" upper="10.0">
					<parameter idref="age(ancient)"/>
				</uniformPrior>
				<coalescentLikelihood idref="coalescent"/>
				
				
				<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
			</prior>
			<likelihood id="likelihood">
				<treeDataLikelihood idref="treeLikelihood"/>
			</likelihood>
		</joint>
		<operators idref="operators"/>

		<!-- write log to screen                                                     -->
		<log id="screenLog" logEvery="1000">
			<column label="Joint" dp="4" width="12">
				<joint idref="joint"/>
			</column>
			<column label="Prior" dp="4" width="12">
				<prior idref="prior"/>
			</column>
			<column label="Likelihood" dp="4" width="12">
				<likelihood idref="likelihood"/>
			</column>
			<column label="age(root)" sf="6" width="12">
				<tmrcaStatistic idref="age(root)"/>
			</column>
			<column label="clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="clock.rate"/>
			</column>
		</log>

		<!-- write log to file                                                       -->
		<log id="fileLog" logEvery="1000" fileName="BetulaMolecularDating_AllPartitions_Gamma_FlatPrior.log" overwrite="false">
			<joint idref="joint"/>
			<prior idref="prior"/>
			<likelihood idref="likelihood"/>
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			<tmrcaStatistic idref="age(root)"/>
			<treeLengthStatistic idref="treeLength"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(ancientTaxa)"/>
			<tmrcaStatistic idref="age(ancientTaxa)"/>
			<parameter idref="constant.popSize"/>
			<parameter idref="P3_coding3.gtr.rates"/>
			<parameter idref="P3_coding3.frequencies"/>
			<parameter idref="P3_coding3.alpha"/>
			<parameter idref="P3_coding12.gtr.rates"/>
			<parameter idref="P3_coding12.frequencies"/>
			<parameter idref="P3_coding12.alpha"/>
			<parameter idref="P3_noncodingorRNA.gtr.rates"/>
			<parameter idref="P3_noncodingorRNA.frequencies"/>
			<parameter idref="P3_noncodingorRNA.alpha"/>
			<parameter idref="P3_RNA.gtr.rates"/>
			<parameter idref="P3_RNA.frequencies"/>
			<parameter idref="P3_RNA.alpha"/>
			<compoundParameter idref="allNus"/>
			<statistic idref="P3_coding3.mu"/>
			<statistic idref="P3_coding12.mu"/>
			<statistic idref="P3_noncodingorRNA.mu"/>
			<statistic idref="P3_RNA.mu"/>
			<parameter idref="clock.rate"/>
			<rateStatistic idref="meanRate"/>

			<!-- START Tip date sampling                                                 -->
			<parameter idref="age(ancient)"/>

			<!-- END Tip date sampling                                                   -->

			<treeDataLikelihood idref="treeLikelihood"/>
			<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
			<coalescentLikelihood idref="coalescent"/>
			
		</log>

		<!-- write tree log to file                                                  -->
		<logTree id="treeFileLog" logEvery="1000" nexusFormat="true" fileName="BetulaMolecularDating_AllPartitions_Gamma_FlatPrior.(time).trees" sortTranslationTable="true">
			<treeModel idref="treeModel"/>
			<trait name="rate" tag="rate">
				<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
			</trait>
			<joint idref="joint"/>
		</logTree>
		<logTree id="substTreeFileLog" logEvery="1000" nexusFormat="true" fileName="BetulaMolecularDating_AllPartitions_Gamma_FlatPrior.(subst).trees" branchLengths="substitutions">
			<treeModel idref="treeModel"/>
			<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
			<trait name="rate" tag="rate">
				<strictClockBranchRates idref="branchRates"/>
			</trait>
		</logTree>
	</mcmc>
	
	<report>
		<property name="timer">
			<mcmc idref="mcmc"/>
		</property>
	</report>
	
</beast>
