;;; BONDED PARAMETERS ; aliases for bonds #define mb_pg1 0.370 5500.0 ; phosphatidyl/linking glycerol #define mb_pg2 0.470 1250.0 ; phosphatidyl/glycerol #define mb_gg 0.370 1250.0 ; glycerol linker #define mb_cc 0.470 1250.0 ; tail ; aliases for angles #define ma_pgp 105.000 45.0 ; linking glycerol #define ma_gpg 110.000 25.0 ; linking glycerol/phosphatidyl/glycerol #define ma_pgg 120.000 25.0 ; phosphatidyl/glycerol #define ma_pgc 180.000 25.0 ; phosphatidyl/glycerol/tail #define ma_gcc 180.000 25.0 ; glycerol/tail #define ma_ccc 180.000 25.0 ; saturated tail #define ma_cdc 120.000 45.0 ; mono-insaturation [ moleculetype ] ; molname nrexcl CDL1 1 [ atoms ] ; i type resnr residue atom cgnr charge 1 Nda 1 CDL1 GL0 1 0.0 ; linking bead, note Nda 2 Qa 1 CDL1 PO41 2 -1.0 ; first phosphatidyl group 3 Na 1 CDL1 GL11 3 0.0 ; first glycerol group 4 Na 1 CDL1 GL21 4 0.0 5 C1 1 CDL1 C1A1 5 0.0 ; aliphatic tail A1 6 C3 1 CDL1 D2A1 6 0.0 7 C1 1 CDL1 C3A1 7 0.0 8 C1 1 CDL1 C4A1 8 0.0 9 C1 1 CDL1 C1B1 10 0.0 ; aliphatic tail B1 10 C3 1 CDL1 D2B1 11 0.0 11 C1 1 CDL1 C3B1 12 0.0 12 C1 1 CDL1 C4B1 13 0.0 13 Qa 1 CDL1 PO42 15 0.0 ; second phosphatidyl group 14 Na 1 CDL1 GL12 16 0.0 ; second glycerol group 15 Na 1 CDL1 GL22 17 0.0 16 C1 1 CDL1 C1A2 18 0.0 ; aliphatic tail A2 17 C3 1 CDL1 D2A2 19 0.0 18 C1 1 CDL1 C3A2 20 0.0 19 C1 1 CDL1 C4A2 21 0.0 20 C1 1 CDL1 C1B2 23 0.0 ; aliphatic tail B2 21 C3 1 CDL1 D2B2 24 0.0 22 C1 1 CDL1 C3B2 25 0.0 23 C1 1 CDL1 C4B2 26 0.0 [ bonds ] ; i j funct alias 1 2 1 mb_pg1 1 13 1 mb_pg1 2 3 1 mb_pg2 3 4 1 mb_gg 3 5 1 mb_cc 5 6 1 mb_cc 6 7 1 mb_cc 7 8 1 mb_cc 4 9 1 mb_cc 9 10 1 mb_cc 10 11 1 mb_cc 11 12 1 mb_cc 13 14 1 mb_pg2 14 15 1 mb_gg 14 16 1 mb_cc 16 17 1 mb_cc 17 18 1 mb_cc 18 19 1 mb_cc 15 20 1 mb_cc 20 21 1 mb_cc 21 22 1 mb_cc 22 23 1 mb_cc [ angles ] ;i j k funct alias 2 1 13 2 ma_pgp ; PO41-GL5-PO42 1 2 3 2 ma_gpg ; linking bead to first glycerol group 1 13 14 2 ma_gpg ; linking bead to second glycerol group 2 3 4 2 ma_pgg 2 3 5 2 ma_pgc 3 5 6 2 ma_gcc 5 6 7 2 ma_cdc ; insaturation: C1A-D2A-C3A 6 7 8 2 ma_ccc 4 9 10 2 ma_gcc 9 10 11 2 ma_cdc ; insaturation: C1B-D2B-C3B 10 11 12 2 ma_ccc 13 14 15 2 ma_pgg 13 14 16 2 ma_pgc 14 16 17 2 ma_gcc 16 17 18 2 ma_cdc ; insaturation: C1A2-D2A2-C3A2 17 18 19 2 ma_ccc 15 20 21 2 ma_gcc 20 21 22 2 ma_cdc ; insaturation: C1B2-D2B2-C3B2 21 22 23 2 ma_ccc #ifdef BILAYER_LIPIDHEAD_FC [ position_restraints ] ;to fix Z postion of head grop in bilayer simulation 1 1.0 0.0 0.0 BILAYER_LIPIDHEAD_FC #endif #ifdef MICELLE_LIPIDHEAD_FC [ position_restraints ] ;to fix postion of head grop in micelle simulation 1 1.0 1.0 1.0 MICELLE_LIPIDHEAD_FC #endif ;keep lipid tails out of a cylinder along X Y Z axis to maintain the waterpore: #ifdef VESICLE_LIPIDTAIL_R #ifndef VESICLE_LIPIDTAIL_FC #define VESICLE_LIPIDTAIL_FC 1000 #endif [ position_restraints ] 5 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 5 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 5 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 6 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 6 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 6 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 7 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 7 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 7 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 8 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 8 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 8 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 9 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 9 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 9 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 10 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 10 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 10 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 11 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 11 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 11 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 12 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 12 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 12 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 16 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 16 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 16 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 17 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 17 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 17 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 18 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 18 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 18 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 19 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 19 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 19 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 20 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 20 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 20 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 21 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 21 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 21 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 22 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 22 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 22 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 23 2 2 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 23 2 6 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC 23 2 7 -VESICLE_LIPIDTAIL_R VESICLE_LIPIDTAIL_FC #endif