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#### This is the file to reproduce the simulations (Section 3.1-3.2) ######
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# Load the function "simulation" and the packages #
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source("SupplementaryFile3.r")

library(globalboosttest)
library(globaltest)
goeman<-function(X,Y,Z)
{
globaltest(X=t(X),Y=Y,adjust=Z)
}

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# Setting null #
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null<-simulation(nrun=100,muX=0,muZ=0,prel=0,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))


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# Setting a) #
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mux0.5prel5<-simulation(nrun=100,muX=0.5,muZ=0,prel=5,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))

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# Setting b) #
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mux0.8prel5<-simulation(nrun=100,muX=0.8,muZ=0,prel=5,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))

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# Setting c) #
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mux0.3prel50<-simulation(nrun=100,muX=0.3,muZ=0,prel=50,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))

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# Setting d) #
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mux0.5prel50<-simulation(nrun=100,muX=0.5,muZ=0,prel=50,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))

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# Setting e) #
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mux0.3prel200<-simulation(nrun=100,muX=0.3,muZ=0,prel=200,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))

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# Setting f.1) #
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mux1prel5<-simulation(nrun=100,muX=1,muZ=1,prel=5,XeqZ=FALSE,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))

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# Setting f.2) #
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mux1prel5eq<-simulation(nrun=100,muX=1,muZ=1,prel=5,XeqZ=TRUE,nperm=200,mstop=c(100,500,1000))