// The predicted structures of RNAspa whose MCC scores is reported in // Table 2. Each of the eight families was compared running both modes. Boltzmann/log_cobalamin.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_1.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:592 3927 Sample 1:671 3720 Sample 2:625 3677 Sample 3:650 3720 Sample 4:650 3725 Cost: 3677 >AF010496.1/39869-39652 GGCACCUUCGCGGCAGAUGGUUCCCGGCCAAGCCACGCGCGGCCGGGUGAAAAGGGAAUACGGUGUGGUGUAGGCAUCAGCCGCCAAAUCCGUAACUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCACCCCCCGGCAACCACUGGCCCCGACCGCGGGGCCGGGAAGGUGGGGAAGCCACGACCCGCAAGUCAGGAGACCUGCCAUCAGCGUCAUCAACCGC .........((((..((((((((((((((..((...))..))))))).))...(((..(((((..((((...(((....)))))))...)))))....))).(((........)))((..((.(((((((....)(.(((((((((....))))))))))..)).))))..((........)).((((....))).))).....)).)))))..)))) >BX248337.1/276050-275850 GGCAUCGAGCGGGGCAACGAUGCUUCGCGAGAGGGAACCUGGUGAGAAUCCGGGACUGUCCCGCAGCGGUAUGCAGGAACGACCGCCGUCUUGGAAGUAGACAAGCACUGGUCUCAACGACUGGGAAGCGACGGCCAGUAGGAGCACCCACCGGGUGCGAGCCUGCGAGUCCGAAGACCUGCCAGCCGUGCCGGACGCGCC 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AAUGAUAAGAAACAAAUAGGUGCUUAUUGGCUUAAUAAAGGAAGUUGGGUGCGAAUCCCACACAGCAAUGCUACUGUAUUGUGGACGAAAUUACAAUAGCCACUGGGAAACUGGGAAGGUGUAAAAGUAGGUUGAAACUAAGUCAGGAGACUUACCAUUAUUUUAUAUUAAACU ...(((..((((..(((.(((......(((((((.........((((((.......)))).)).(((((((....))))))).....((.((((....(((.((((....))))...)))......)))).)).....)))))))(....)..)))))).))))..)))..... >AL939110.1/156680-156867 GGGCCGUGGUGGACUUCCGGGGCCAUCUACGGCGGCAGAAGAGGAAGCCCGGUGCGAAUCCGGCGCGGUCCCGCCACUGUGACCGGGGACAGGAUCCCCGGGAGCCAGGAACUCUCGCCGCCGUGCUCUUCGAACCAGGGCGCGGACACCCUGAGUGAGGACCUAUCGCCAUGCGCGGCUGCCGUUCC .((((.(((.......))).)))).....(((((((......(((.((((((.......)))).))..)))(((((..(((((((((((.....))))))).....(((..(((.(..(((((((((((.......))))))))).).....).).)))..))).))))..)).)))))))))).... >AL939107.1/147400-147583 CAGACCGUAGUAUCAGCGGGUCAUCGCCGCGACGGGAGACAGGAAGCCGGUGUGAAUCCGGCACGGUCCCGCCACUGUGACCGGGGAGUGCACCCUUCGACACGCCACUGCGCGCCGCGCGGGAAGGCCAGGGAGGAGCGUCGAUCCGGGAGUCAGGACACUGGCCUGUCGCGGGCCCGUUCCG 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>AL939107.1/140625-140436 GGACGCUGAUGGGAUGAUGGCCGGCGACAGGGCGACGACGGUCCGAGGAAGCCGGUGCGAAUCCGGCGCGGUCCCGCCACUGUGAUCGGUGAGCGGAUCCCGAAGUUGCCACUGCCCCGGUAGGGGCGGGAAGGCCGGGACGAGCUGUGACCCGGGAGCCAGGAAACUCACGUCGUCGCCUCCUCGACGG ....(((.((......)))))((.(((..((((((((((((((((.((..(((((.......)))))(((((.(((((((((....))))).))))..((((.....(((.(((((((....)))))))...)))))))....)))))..)))))..)))((....))...))))))))))..))).)). >AF263012.1/9229-9015 AGGCUGACCGGUGCAGCUGGUUCGCCCUGUCCGCCAGGCAGGGUGUCGCAAGAGGGAACCCGGUGGAAAUCCGGGACUGCCCCGCAGCGGUGAGUGGGAACGACCGCCGUCAUACGCACUGGGCCCGGACGGGUCUGGGAAGCGACGGCCACUAGGUGUCUGCCCGGCAGACGUGCCCGCGAGUCCGAAGACCUGCCCGCUGCCCGCACGCGACC ......(((((.....)))))..(((((((.......)))))))(((((....((...(((((.......)))))........(((((((...(((((.((.(((((((((...(...((((((((....))))))))...).)))))).....)))((((((...)))))))).)))))(.(((....))))...)))))))))....))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_3.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:775 4250 Sample 1:669 4136 Sample 2:800 4198 Sample 3:676 4337 Sample 4:771 4116 Cost: 4116 >AJ278144.1/22351-22163 CAGUAAUAUCCAGUUGUCGGUCCUGCGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGCAAAUCCGAAACUGACACGCAGCGGUAAGGAAAGGUGCGAUGAUUGCGUAAUGUGGACACGGUCAUCCGGUGGGUGGUCAUCUCUUUGUAUCUUCAGAUGCCCUUCUAGGUCUGAAGACCUGUCGGUUAACGUCGCAUCUGG .........((((.((((((...((((........((....))..))))...))))(((((((....((.(((.....(((((((((((((..(.((...((((........)))).)).)..)))))).....))))))).....)))))...(((((....)))))))))))).......)).)))) >AE005849.1/870-1059 AGCUCUAGCUUCGCGUCAGGUUCCUCGAAAGAGGAUGAAAAGGGAACGAGGUUGAAGACCUCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCUUCGCGUCACAUGCCACUGGGCCCAAAAGGCCUGGGAAGGCGACGCCCAGAAGCAUUGACCCGUGAGCCAGGAGACCUGCCCGGCGCAGUCGUUCAUCG .((....))...(((((.(((.((((....)))).......(((...((((((...))))))((((((.(((((........)))).).((((((((((....(((.((((((.......))))))...))))))))...)))))........))).)))......)))))).)))))............ >AP002997.2/104964-105169 CCUAAAUCCGCUCCAGACGGUCCCUUGCCCGCAACGGCAGGGGCUAAGAGGGAAUGCGGUGCGGGAUUUCGAUCUCAAAUCCGCGGCUGUCCCCGCAACUGUAAGCGAAGAGCCAAGGCCGAAAGCCACUGGGACGUUCCCGGGAAGGCGGCACCCAAGGCGAUGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCUGCGACAAAAGAAUC .........(.((((((((((((((((((......)))))))).....(((...((((((...((((((.(....)))))))((((......)))).)))))).(((....(((..((((....(((.(((((.....)))))...)))))).)....))).......)))...........))))))))))).)))......... >AE017248.1/199120-198939 CAAUUUUCAAACCAUACAGGUGCCGAGAUUCGGUUAAAAGGGAAGCACGGUGUAAUUCCGUCACGGUCCCGCCGCUGUAAGAGAAUAGUCUUUUUAAAAUAUGUCACUCGGGAAAUCGGGGAAGGCUUAAAAAGAUGAUGAAGCUCGAAGUCAGAAUACCUGCCUGUAAAGGACUAAGCCUU ...............((((((((((.....)))).....(((..((((((((.....(((...)))...))))).)))..(((....((((((((((.....(((.(((((....)))))...))))))))))))).......)))............)))))))))...((......)).. >BX572599.1/247113-247314 UUAACCCGAGGUUGUACCGGUGCCUCUCGCCGAGAGAGGUGAAACGGGAAUGCGGUGCGGGGCGAUGCCCCAAUGCCGCAGCUGCCCUCGCAACUGUGGGCGGAUCGGAGCGUCCUCGCAUGCCACUGACCAGAUCGGUCGGGAAGGCGGACGCGCCGGAUAUCCGCGAGCCAGGAGACCGGCCGGUACAAGGUGUGCAACU ...(((.....(((((((((((((((((.....)))))))....(((((.((((((..(((((...)))))...)))))).((((((.((....)).))))))..(((.((((((......(((.((((((.....))))))...))))))))).)))....))).))...(.(....).))))))))))))))........ >BX572594.1/100625-100429 AAUACCGUGACCAGCGACGGUUCCCGAAAGGGAUCAAUAGGGAACGCGGUGCGGGCUUUAGGGCUCUAUUCCGCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCCAUUCGCCACACGCCACUGGGCUUUCGUCCUGGGAAGGCGGUGAACGGCAACGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAGUCGUGGUCACACG ......((((((.(((((((.((((....))))))....(((..(((((...((((......))))....)))))(((((...((....))...)))))..(((.((((((....(((.((((((....)))).))...))))))))).))).....)))(((.((..(....)..)))))..)))))))))))... >AL591978.1/56481-56658 GUACUAAACAACUAAAUAGGUGAAUAUAUUAAUCCGGGAAAGAGGUGAAAAUCCUCUACAGGCCCUAGCUACUGUAAUACGGACGAAAACCAAACAUAUGUCACUGGAAGCAAUUCCGGGAAGACUGGUGAGUAGGAUGAUGUUAAGUCAGGAGACCGCUUUUAUAUUCGAUAUCCAA ...............(((..((((((((....((((((..(((((.......))))).....)))..((((((.......((.......))........(((.((((((....))))))...))).)))).)).))).......((((.........)))).)))))))).))).... >AP005330.1/173115-173487 AUUUUUUUGGCAGGUUUAGGUUUUCUGUCCGUCUAUGUUGCAGGGAAAGUAAGAACGCGAAUCUCAUGAUUCUCAAUGGUCUAAUUGAAUAAAAAGUUAGACAGACCAUAAGAGAAUGUGAAAAAUUUAGACAGUGAUACGGAUUGGGCAGAUAUUUUCAGUUUUAGACGCACUAGCUCCCAUUCUUAAAGGCUUUAUCCUUAUCUAAUCUAUUUUUUAAACGUAUUCUUUCCCAACUGUAAGUCUGUGACGCGCAGCGGUAAGAGAGAACGAAAGCUUAAUAAGACACUGCAUGACGGAAUCGUGUGGGAAGUCAGGCGAGUAGGUUAACAGCUCUUGAGUCCGAAUACCUGCCAGCAACUGAGCAAACACU 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AGGUCGCCGCCACUGCCUGGUGCCCGCCGCAAGCGGGAGAAUCGGGAACACGGUUGAACUCCGUGGCGUGCCCAACGCUGUAAGGGGGACCGCGCCGGUAAAUGCCACUGUCGAUGACGGGAAGGCACCGGACGCGGGUUGAUCCCGAGCCAGAAGACCGGCCUGGCAGGCAUCGUCAUCC .(((.((.....(((((.(((.((((.(....)))))....((((((.(((((.......)))))((((.....))))...........(((((((((....((((.((((.....))))...)))))))).))))).....))))))............))).))))).....)).))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_4.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:485 3382 Sample 1:634 3415 Sample 2:617 3439 Sample 3:606 3505 Sample 4:639 3391 Cost: 3382 >M57569.1/218-26 CGGUAGCAUCCGUGGGCCGGUCCUGUGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGAAAAUCUGGAGCUGACGCGCAGCGGUAAGGAAAGGUGAGAUGAGAGCGUAAGCAGACACCUGUCCGGCGGGAAGUCAUCAUUUCUGCUAUCCAGCCAACGGAUAACCCUCCAAGCCCGAAGACCUGCCGGCUAACGUCGCAUCUGG .(((((..((..(((((.((((((((......)))))).....((.(...(((((..((((.....))))(((..(((.((..(((((((..((....)).(((.((((.....))))..))).)))))))..)).))).)))..)))))...)))))..)))))..)).)))))(((....)))........ >AP005947.1/24717-24919 AUCCUAGAUGCUCGCGACGGUUUCCCCCGAGAGGGGAUGAAAAGGGAAUGCGGUGCGGGGAUGUUUCCCCAAUGCCGCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGAUAAUCCUUCGUCAGAAGCCACUGGGUCCUCGGUCCCGGGAAGGCGACGAAGUGGUGACGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAGCCGUGGUCACACG .((((....(((((((..((((((((((....)))).......(((..((((((..(((((....)))))...))))))....)))((((........))))...((((((((((....(((.(((((.(....).)))))...)))))))))).))))).))))))))))).))))((((.((.....))...))))..... >AE009122.1/6687-6504 CCAUAGCUUCUCCGGUCAGGUGCCCGCCCUUGCGGCGGGAGAAUCGGGAAUCCGGUGAAAGACCGGAACGUGCCCAACGCUGUAAGGCGGAUGCUCUUUUUCUCAUGCCACUGAAGCAAUUCGGGAAGGCGAAAGGGGCGGAUGAAGCUUAGUCAGAAGACCGGCCUGGCAGGAUAGACCGAAC ............(((((.(((.((((((.....))))))...)))(((..(((((.......))))).....)))....((((.((((...(((((((((.....((((.(((((....)))))...)))))))))))))...........(((....)))..)))).))))....)))))... >AE017037.1/59439-59627 CCUUUCAAAAGGAAAAUAGGUACACGAACAUUUCGUUUCGUGUUUAAAAGGGAAGCUUGGUGAAACUCCAACACGGUCCCGCCACUGUAAAUGCUGAGAUUUCUUUUUGAUACCACUGUGAAAACGGGAAGGUAAAAGAAAUUAUAUGAAGCAUAAGUCAGGAGACCUGCCUGUUUUAACAACACUGAU ((........))...(((((((((((((........)))))).......((((....(((.......)))......))))((..(((...(((((..((((((((((....(((.((((....))))...)))))))))))))......)))))....)))..).).)))))))............... >AE016867.1/236456-236654 UUUACCAUGCCGGCCGUCGGUUUCCGAGAGGAACUAACAGGGAAUUCGCCAGCUUUGUUUCAAAGGCCAAAACGAAACUGCCCCCGCAACUGUAGGCAUCGAGCCUGCUCCAAGACUGCCACUGGAUUCAGAUCCGGGAAGGCCGGAGCAUGGUGAUGACAUGCCAGUCAGGAGACCUGCCGACCCGAUUCAACCAACU .......((.(((..(((((.((((....))))....((((....(((((((((((......)))))...........(((.((.((....((((((.....)))))).......((....(((((......)))))..)))).)).)))))))))((((......)))).....))))))))))))...))....... >AP003190.2/44501-44328 AAUAAAAUAAGAGCAUUAGGUGUUUAGUAACUUAAUAGGGAAAGUUAAAAACUGCAGCCCCCGCUACUGUUGAUAAGGACGAGAAUAAAAAGCCACUGUGAUAAAUAGUCAUGGAAAGGAUUGUUUUAGGAUGAUUUAUUAGCCAGGAGACCUGCCUAGUAUGCUAUUCUUAUU ..........(((((((((((........))))))).(((..(((.....)))....)))..))).).....(((((..(.(((((((....((.(..((((.....))))..)...)).))))))).).......((((((.((((...)))).)))))).......))))). >AE014432.2/6200-5972 UCGCAAUUUUCAGGAGACGGUUCCGCCAUUGCGGCGGAUGAAAAGGGAACACGGUGAAGCCAUAGGGCUGAAACCGAGACUGCCCCCGCAACUGUAACCGGAGAGCUAUCCUCCACAGGCCGCGCAAGCGGCCAAAGCCACUGAAAGCAGCAAUAUGCUGCAAUCGGGAAGGCGGAGGCAAAGCGAAGACCCGGAAGUCAGGAGACCUGCCGUAUCCGGUCACCCAUGC ..((........(((.(((((((((((.....))))))......(((....((((..((((....))))...)))).((((((....))........((((...(((..(((((...((((((....))))))...(((.((((..((((((...))))))..))))...))))))))...)))......)))).))))......)))))))).)))((....))..)) >AE004105.1/5235-5438 UACUAUCAGCGCCAAGCUGGUGCUAUUUAGAUGCCUGGAUGGCUAAAAAUGGCUGAAAAGGGAAUCCGGUGUAACUCCGGAACUGACGCGCAGCGGUAAGAGAGAACGAACGCUCAAACGACACUGCUUUUCGAGUGGGAAGUCGAGCCAGUAGGCCAACAGUGCUCUCAAGUCCGAAGACCUGCCAGCAACUGAGUUAUGCAG ............((.(((((((((((((((....))))))))).....((.((((....(....(((((.(...).))))).....)...)))).))..(((((.((............(((.((((((...))))))...)))(.(((....))))....)).)))))..(((....)))..))))))...)).((...)).. >AE014429.2/552-315 GUGUCAAACCAUGUGACAGGUUUUGCCGGAACGAAUCCCCGGCAAUACCAAAAGGGAAUGCGACGGACGGACCCACGCCGGGCGUCUUUAUCGCAGCCGACCCCGCGACUGUAGAGCGGAGAGGGAAGAGGCAAGCCGGGCAACCGGCAGCCACUGGAAAUCAGAUAGAUUUCUGGGAAGGCGCUUUAUUCCCCAAGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCUGUUGCAUGAGGGCAUUG .((((....((((..(..(((.(((((((.........))))))).)))....(((..(((((.(((((..(((.....))))))))...))))).......((((.........))))...((((((((((..(((((....))))).(((.(..((((((.....))))))..)...)))))))).))))).....)))......((((.......)))))..))))..))))... >AE017249.1/124649-124462 AAUAACGGUUUCGGUCUUGGUGCUCCUUUUAGCUAAGGAGUGAAAAGGGAAUCAGGUGAAAGUCCUGAGCAGUCCGGCUGACGUAAGUGAGAGAGUUGUUUUUCAAAAUGCCACUGGUUUAUUCCGGGAAGGCGAAAAUCAAUGAUGACCUCCGAGCCGUAAGACCUGCCAAUGACUAUAAGGGUAAA ......(((...((((((..((((((((......)))))))).....(((.((((((....).)))))....)))((((.((....))..(((.((((((((((.....(((.((((......))))...)))))))......)))))))))..))))..)))))).))).................. /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_5.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:543 3955 Sample 1:670 3744 Sample 2:712 3984 Sample 3:653 3765 Sample 4:648 3758 Cost: 3744 >M34485.1/360-150 UUUACACAAUUCGUAACAAGUUAAAAGCAUUCGCUUUAGGGAAACUGGUGCAAAUCCAGUGCUGCCCCCGCAACGGUAAAAAUGUAAACCAUAUUAAAAAAGUCAUUUAGACUUACGCCACUGCAUGCAUAGAUGUGGGAAGGUGAAUAUGCUUGUCUCUUUUUGAGAUGCCAUUUGAGUCCGGAGACCUGCUUGUUACAUCUAUCCACUC 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Boltzmann/log_glms.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/glms_10_1.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:384 2976 Sample 1:561 2694 Sample 2:474 3054 Sample 3:514 2882 Sample 4:543 2793 Cost: 2694 >AP004593.1/258876-259044 CUAUAAUCAAAAGCGCCAGGACUAUUCUUCGGACGGAUAGGAAGGAUAGUUGACGAGGUAGGAGGUUAUCGAAUUUUCGGCGGGUGCCUCCCGGCUGUCAUCACAGUCGAAACUUUAUCACUAAAACAGUAGGGUGACCUAUUGCACAAAAGGAUAAAGAAAGAUGUCU ............(.(((.(.((((((((((...(.....)))))))))))...)..))).((((((...((.........))...)))))))(((((......)))))....(((((((.......(((((((....)))))))........))))))).......... >AE016998.1/163176-163331 UAAAUUAUAAAAGCGCCAGAACUACAAAUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG ............(((((.(((((((.......))))))..)..)))(((..(((((..(.......).)))))..)))((((((.....))))))))..((((((((((....(((((((....))))))).....)))))))))).......... >AE013165.1/2616-2459 UUUAAUUUAGAAGCGCCUGGACUUAAAGCCUUAAGGCUUUAAGUUGACGAGGGCAGGGUUUAUCGAGACAUCGGCGGGUGCCCUGCGGUCUUCCUGCGACCGUUAGAGGACUGGUAAAACCACAGGCGACUGUGGCAUAGAGCAGUCCGGGCAGGAAA ............((.((..(((((((((((....)))))))))))(((....(((((((..(((((....)))....)))))))))((((.......)))))))...((((((......((((((....)))))).......))))))))))...... >AL935254.1/94449-94600 UAAAGCGGAAUAGCGCCAGGACUUUAGAAUCUAAAGUUGACGAGGAUGACGUUUAUCGAUAAUCGACGGGUGACGUCAGGGACUGCACUCUACAGGUCAAUUACAAAAACCGACUGUGAGGUUGGUGACAGAUAUAUUGACCACGCAGCUAG ............((((...(((((((.....)))))))...)..((((.((..(.(((.....))).)..)).)))).(((......)))....(((((((((.....(((((((....)))))))......)).))))))).)))...... >AE010557.1/24-169 UAUGUAAAAGAAGCGCCAGAACUCUUUUUAGAGUUGACGAGGAUUGGAAUUAUCGAAGUUUUCGGCGGAUGUUCCAAAGGUGGUUACAACCAUUAUCAACAAAAACACAGAGCAAUUUGUGUAACAAAGAGAUAAUAGUAACAAUC ............(((((..((((((....))))))...(((((((.((....))..))))))))))((.(((.(((....)))..))).))((((((.......(((((((....)))))))........)))))).))....... >AP001507.1/288766-288933 AUGACAGUUGAAGCGCCAGGACUAUUCCACGGACGGUAACGGAAUAGUUGACGAGGAGAGGGUUUAUCGAAGGUUCGGCGGAUGCCCUCCGGUUGCACAUGACAGCCGCAAGCUUUUGUAAAAAACAGAGGGGCGACCUUCUGGACAAAGGCAAAAGCGUUCAUGCUA ...........(((((...(((((((((((.....))...)))))))))......(.(((((((..(((......)))..)..)))))))(((((.......)))))))..((((((((......(((((((....))))))).......))))))))......))). >AE016953.1/223108-222961 CAAUAUCGGAUAGCGCCAGACCUGAACGUUCAGGUGACGAGGAGAGAGCUUAUCGAAGAUUCGGCGGGUGGCUCUAGGGACUGCACUCUACAGAUAACAAAGAAAAACUAAUUGUGAAGUUAGAACAAAGCGGUUAUCACGCAGGUAG ............(((((.(((((((....))))))..)..))((((.(((..((((....))))..)))..))))((((......))))...((((((.........((((((....)))))).........)))))).)))...... >AE015944.1/292739-292466 AAAUAUAAUAAAGCGCCAGGACUUAGGUGAUGAAACUCAGACUAUGGUCUGAGUAAGUUCGACUAACCAAAUCACAGAUUUGGAGUAAGAUUAAUGAAACUCAGACUAUGGUCUGAGUAAGUUCCACCAACCAAAUCACAGAUUUGGGGUGUCACUUAAGUUGACGAGGAUGGGGAGUAUCGAAUCUUCGGCGGGUGCCCCACGGUACUGCACUACCGUUAAAGAUUGACAAAACCAAGGAGUAAUUUUUGGUACAAAUCAAUCAGGUGUUAAA ............(((((..(((((((((((.(((((((((((((((((((((((..((((.(((..(((((((...))))))))))..))...))...))))))))))))))))))))...)))((((..((((((.....)))))))))))))))))))))..(((((((..((....))..)))))))...))))).((((((((......))))))....((((((....((((((((....)))))))).....)))))).))....... >AE017024.1/157527-157682 UAAAUUAUAGAAGCGCCAGAACUACAAGUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG ............(((((..(((((((.....))))))).....)))((((.((((((.(....)..).))))).))))(((((.......)))))))..(((((((((....((((((((....)))))))).....))))))))).......... >AC078934.3/32621-32405 AGUACAGUUAAAGCGCCUGUGCAAAUAAAUAUUUGUAUUUGAAGAUUAAAGGUUAAUAUAUGAGUGGCCUUUAUAGAGUGCAAUAUAUGUAUUUGUAGACGAGGAGGAUAGUGAUCGAAUAGAUCGGCGGAUGCUAUCCCGGAUGUGGCUCAUUCGUUAGCUUAUUAAGUAAAACAUUAGGGUGACUUAAUGGACAAAGUUAAUAAGAUCGCCAGAA ..............((...((((((((.....((((((((......((((((..(.(....)..)..))))))..))))))))......))))))))(((...(.(((((((..(((..........)))..))))))))(((((.....))))))))..((((((((.(....(((((((....))))))).....).))))))))...))..... Boltzmann/log_lysine.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/lysine_10_1.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:325 1998 Sample 1:395 2031 Sample 2:357 1970 Sample 3:372 2067 Sample 4:378 2058 Cost: 1970 >AE017007.1/287994-288186 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAGAGUACGACGGACGAGACACAGAGAAUGUCACCGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUCUCCGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG .(.((((((((.(((((((((((((.....(..((((((((.((((.......))))..))..))))))..)....)))))))))...(((((((((((((.....)))))))))))))....((((.(((....))))))))))).(((((((((((.........)))))))))))....)))))))).). >AL596166.1/112469-112272 UGGUGAGGUAGAGGUUGCGAGAUGCACUAGUAAUUUUUUCGAGGCGAAACAAAGACGCCAAUGACAAAAAACGAACAGGUUAAUCGCCGAAGUGACUAUUUUUUCUUUGUAUCGAAAUAGUUGUUGGGACAGUUUCCUAAAGGAGCUGGACUGCUAUAAGAAUUUGUCGAAAUUUCUUAUAGGUGUGCUAUCUGACAA 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CAGGCCAGAAGAGGCGCGUUGCCCAAGUAACGGUGUUGGAGGAGCCAGUCCUGUGAUAACACCUGAGGGGGUGCAUCGCCGAGGUGAUUGAACGGCUGGCCACGUUCAUCAUCGGCUACAGGGGCUAAAUCCCCUGGGUUGUCACCAGAAGCGUUCGCAGUCGGGCGUUUCGCAAGUGGUGGAGCACUUCUGGGUGA ....(((((((.((((....((((.......(((((((.((((.....))))....))))))).....))))....))))..((((((.(((((........))))))))))).(((.(((((........)))))......(((((((((((((((....)))))))))).....))))).))).))))))).... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/lysine_10_2.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:355 2165 Sample 1:376 2105 Sample 2:407 2029 Sample 3:384 2124 Sample 4:389 2106 Cost: 2029 >AP004601.1/22341-22165 CGGUGAGGUAGAGGAGCAUACAACAUUAGUAAUCGACAAGAGGAUGACAACGAUGAUAGUUGGUGGAAGGGUUGUUUGCCGAAGCAUAAUAAGGGUCAGACUUAUUAUUGCUGGUACAUCUUUGAAUAAAAGAUGCACUGUCAUGCAAAAUUAAGUGCAUGGAGAACUACUGAUCGA .(((..(((((....(((.(((((.......((((((.(..(........).....).))))))......))))).)))(..(((((((((((.......)))))))).)))(((.(((((((.....))))))).))).(((((((........))))))).)..))))).))).. >Z99121.2/6040-5861 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AAUAGAGUUAGAGGUUGCAUUAUUAAUGACUAACUUAUCAGAAGUCGUAUGGGACAUGUGUUGAAUAAGUGAAAGGUAAUAAUGCCGAAAUGAUGUUAUUUCCAUAAAUUAGCAUUGUGAAGUUGGUUGAACAAUAAAAACAUCACAACCACGAAUGCUUUCUUCAAUAUUUAUUUGAAUU ..((((....((((..(((((((((.(.....(((((((((.((((......))).)...))).))))))....).)))))))))....((((((((((........)).))))))))(((((((((((....((......))..)))))).....)))))))))....))))........ >AP001517.1/215539-215348 AGUGAUGGUAGAGGUGCGAAAACCAAGAGUACACAGUCUGAGAGAAAUGAGAAUCGUUGACGACUGUUGGAAAGGGGGAUUCGCCGAAGUGCAGAUCGGGGCUCAUUCCCAUUUGCGCUGGACCUAUGUUGAAUAAGCAUAGGGCUGUCACAACACUAGCCCCAACUAGUGCUGUGGAGAACUAUCUCACGU .((((.(((((..(.(((((..((.......(((((((...((((........)).))...))))).))......))..))))))..(((((((((.((((.....)))))))))))))((.((((((((.....)))))))).)).(((((.((((((......)))))).)))))....))))))))).. >AP005342.1/28132-28310 UUUUGCAGAAGAGGAGCACUGCCCAGGCAGAUGUUUUGUGGAGCCGCAACUCCAACACAGAACAUUCAGGGGGAGUAGUGCCGAGGUAGAUCAAAAUUGCAGGAUUUGAUCUGUCGGUUGACUUGGGUUGAGUCCCAUCAACUGUCAUCAGCUCAGCCUGAUGAAGAGCUUCUGAGAUG 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CUCAAAGGUAGAGGCCGCGAUAGGAAAGAGUAAGCUAUGGGAGAUUUAAUGGAAUCUGUGAUCAUAGGUUGAAAGGGACUAUUGCCGAAAUAUAAGAAUAACCAUCUUAUUCAUAUAUUGGGACUGCAUUGAAUAAAUGUAGUACUGUCAUAAGAUUUAUUUUAUGGAGAGCUAUUUGGAGA (((...(((((((.(((((((((........((.((((((..(((((....))))).....)))))).))........)))))))...((((((.((((((.....)))))).)))))).))((((((((.....)))))))).)).((((((((....))))))))....)))))..))). >AP003187.2/139222-139393 GACCAAAGUAGAGGUGCCGUAAUUAAGAGUAGUCAUAAGUAGCUGACAAGUGUUUUAUGUAUGAUGAAAGGGAUUAUGGCCGAAGAGAUAUUAAUGGUGAUUAAUAUUUCUGGGUAUAUGUAUAAUAUGCAUAUAACUGUCACUUUGAAAAAAGUGGAGUGCUACAAGGUAC .(((...((((..(.((((((((........((((((..((...(((....)))...)))))))).......)))))))))..((((((((((((....)))))))))))).((((((((((.....)))))))).)).(((((((....)))))))....))))..))).. >AP004826.1/205532-205707 AUAUUUUGAUGAGGCGCAUCAAUCAUGAGUAAAGUUUAGAUUACUGUCUGCUAACAGCUAAAUUUGAAAGGGUGCGAUGCCGAAGCGAUUAUAAUAGCAGUUAUAAUUUGUUGGACUUUUUGGUUAAGAGCUGAGAGUUUGUCAUUAUUUAAAAAUAAUGGAGUGCAUCACUUGUA 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UUAUGUAGAAGAGGAGCACUGCCCAGGCAGAUGAUUUGUGGAACCGCAAUUCCAAUACCAAUCAUUCAGGGGGAGUAGUGCCGAGGUAAGUCAAAAUUGCAGGGUUUGGCUUGUCGGUUGACUUGGGUUGAGUCCCAUCAACUGUCAUCAGCACCGUCUGAUGAAGAGCUUCUGAGGGU ......(((((..(.(((((((((.....(((((((.((((((......))))...)).))))))).....)).))))))))..(..((((((((.(......)))))))))..)((((((..((((......)))))))))).(((((((......)))))))....)))))...... >AE017267.1/95018-94836 CGGUGAGGUAGAGGUUGCAGUCAUUAAGAGUAUCAUUUCAGGAGAUGUAGUGGCAUUGAUGAACGAAUGAGAAAGGAAUGAUUGCCGAAGUAAGCCCGUGUCCACCAUGCACGCUUGCUGGGUCUGCAUUGAAUAAGUGCAGAACUGUCACAAACGUUUCGUUUGUGGAGAGCUAUCGAGAGG ......(((((..(..(((((((((.......((((((((...(((((....)))))..)))...)))))......))))))))))..(((((((..((((.......))))))))))).((((((((((.....)))))))).)).((((((((.....))))))))....)))))...... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/lysine_10_4.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:273 1953 Sample 1:295 1816 Sample 2:338 1716 Sample 3:326 1834 Sample 4:359 1807 Cost: 1716 >AE017000.1/234265-234084 CGGUGAGGUAGAGGUUGCAAUCAUUAAGAGUAUCAUUUCAGGAGAUGUAGUGGCAUUGAUGAAGGAAUGAGAAAGGAAUGGUUGCCGAAGUAAGUCGUGUCCACCAUGCACGCUUGCUGGGUCUGCAUUUAAUAAGUGCAGAACUGUCACAAACGUUUCGUUUGUGGAGAGCUAUCGAGAGG ......(((((.....(((((((((.......(((((((....((((......))))......)))))))......)))))))))(..((((((.(((((.......))))))))))).((((((((((.....)))))))).)).((((((((.....)))))))).)..)))))...... >AE017033.1/217118-217310 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAGAGUAAAACGGACGAGAUACAGAGAAUGUCUAAGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUGUCUGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG ....(((((((.....(((((((((.......(((((((..(((((.......))))).....)))))))......)))))))))...(((((((((((((.....))))))))))))).(..((((.(((....)))))))..)..(((((((((((.........)))))))))))....))))))).... >AE017154.1/86844-87014 ACAAAUUGUAGAGGUGCAAAUCCGAUAAGUAUUUCUUCUGAGUGGAAAGCGAUGAAGGGGAAGGAAAGGCGUAUUUGCCGAAAUCAAUUAAGCGUCAUCUUAGUUGGUUGGGGUCGUUGCCGAAAGGGACGACACUGUCGUAAUUCAAUAUUACGGAGUGCUACUAUUAGG 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AUAUUUUGAUGAGGCGCAUCAAUCAUGAGUAAAGUUUAGAUUACUGUCUGCUAACAGCUAAAUUUGAAAGGGUGCGAUGCCGAAGCAAUUAUAAUAGCAGUUAUAAUUUGUUGGACUUUUUGGUUAAGAGCUGAGAGUUUGUCAUUAUUUAAAAAUAAUGGAGUGCAUCACUUGUA ........(..((..(((((...((.......(((((((....((((......)))))))))))))....)))))((((((..((((((((((((....)))))))).)))).(((((.(((((.....))))))))))..((((((((....)))))))).).))))).))..). >AP005335.1/123141-123320 UAUCGACGUAGAGGCGCAAUGGUAAAGAGUAACUAUUAUUGGGGUGAUGCCAAUGAAUAAUAGUGAAAGGUAUCCAUUGCCGAAGUGAAUUGCAUAUCAAAGCAGUUUGCUGGGGUUGCAUCCGAAAGGAACAACACUGCCAUAGUAUUUAAUGUAUAACUAUGGAGCGCUACUGUAGGU .......((((..(((((((((((.......(((((((((.((......))....)))))))))......)).)))))))...((((((((((........)))))))))).((((((..(((....))).)))).)).(((((((..(......)..))))))).)).))))....... >AE017269.1/77627-77808 CUCAAAGGUAGAGGCCGCGAUAGGAAAGAGUAAGCUAUGGGAGAUUUAAUGGGAUCUGUGAUCAUAGGUUGAAAGGGACUAUUGCCGAAAUAUAAGAAUAACCAUCUUAUUCAUAUAUUGGGACUGCAUUGAAUAAAUGUAGUACUGUCAUAAGAUUUAUUUUAUGGAGAGCUAUUUGGAGA 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/home/tirza/RFAMDB/lysine_10_5.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:338 1978 Sample 1:351 2026 Sample 2:333 1996 Sample 3:348 2173 Sample 4:364 2013 Cost: 1978 >AP004827.1/261938-261763 AAUUGAGUUAGAGGUUGCAUGUUUAAUUAGUAACUUGUCAGAAGUAUUUAUGGUACAUAAGUUGAACAAGUGAAAGGUAAAGAUGCCGAAAUAGAUAUAAACCAUAAAUUAUAUCUAUUGGGACAGUUUUCGAAUAGGAACUGUACUGUCACAGAAUGUGAUGUGCUACCUUAUAU ..........(((((.((((.((((.((....(((((((((..((((.....)))).....))).)))))).))...)))).))))...(((((((((((........))))))))))).((((((((((......))))))))..((((((.....))))))..))))))).... >AP003194.2/187997-187828 AAAAGAGGUAGAGGCGCGAGAAUCAAGAUUACUAAAAUGGAGUUAAGUAGCGUAGAAGUUUUAGGAAAGGGAUUAUCGCCGAAGUUUUUGGCUAAUACUUUAAGGCUAAAUGCUGGGGUUGUAUAGAAUAUAUACAACACUGUCACAAAAUGUGGAGAGCUAUCAUCUUA ...((((((((...(((((.((((.....(.(((((((...((......))......))))))).)....)))).))))...(((.(((((((((....))..))))))).)))..)((((((((.....)))))))).((.((((.....))))))..))))).))).. >AE017003.1/180245-180059 ACGUGAGAUAGAGGUUGCGAUACUUAUGAGUAUUCUAAUGGAGACACAGAGAUGUCUAUGAACUUAGAUGAAAGGAAGUAUUGCCGAAAUUGAUAAAUUUCUCUGCAUUUAUCAAUUGGGGCUGUUUUCGAAUAGAAACAGAACUGUCAUAUGUACAGACGUGUACGUAUGAAGAGCUAUCUACAAA ..((.((((((...(((((((((((.(......((((((..(((((......)))))....).)))))......))))))))))...(((((((((((........)))))))))))((..((((((.(.....)))))))..)).(((((((((((....)))))))))))))..))))))))... >AE015829.1/4454-4280 AGGAACAGAAGAGGAGCGUUAACUAGGUAGUCAAUCAGAGGAGCACAAACUCCAGCGAUGAUUGAUGAGGGAGAUUAGCGCCGAGGCAUAGAUGUGGUUGCUGCAUGUUUAUGUCGGUCGCUUAGGCUGAAUCCUAACGAUUGUCACCUGUAAUUGGUGGAGAGCUUCUGGUGAC .....((((((..(.(((((((((.....((((((((..((((......)))).....)))))))).....)).))))))))..((((((((((((.......))))))))))))...((.(((((......))))))).((.(((((.......))))).)).))))))..... >J03294.1/2297-2476 GGUGAAGAUAGAGGUGCGAACUUCAAGAGUAUGCCUUUGGAGAAAGAUGGAUUCUGUGAAAAAGGCUGAAAGGGGAGCGUCGCCGAAGCAAAUAAAACCCCAUCGGUAUUAUUUGCUGGCCGUGCAUUGAAUAAAUGUAAGGCUGUCAAGAAAUCAUUUUCUUGGAGGGCUAUCUCGUUG 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>AP005076.1/290738-290918 UGUUGCCGUAGAGGCGCAGUCUCGAAGAGUAGCUAUUAUUGGGGUGAUGCCAAUGAAUAAUAGUGGAAGGCGAAGAUUGCCGAAGUAAGUCGUAUAUCAAAACGCCUUGCUGGGGUUGUAUCUGAAAGGAACAACACUGCCAUAGUAUAUUUACAUUAAACUAUGGAGCGCUACUGUAGGG ..((((.((((..(((((((((((.......(((((((((((.......)))))....))))))......)).)))))))...((((((.(((........))).))))))((.(((((.(((....)))))))).)).(((((((.((.......)).))))))).)).)))).)))).. >AE015937.1/285886-286061 UAGAAAGGUAGAGGCGCGGUAUUUAAUAGUAUCUGUACAGAUAAAAGCAAGAUGAUGUACAGUGAAAGGAAAUAUCGCCGAAGCAUGCAGUUAAAGCUUUGAUACUGUAUGACUGGUCUUAUUUAAAAUAUGAAUAAGAUUGUCACAAAAUGAAUUUGUGGAGAGCUAUCAUUCAA ..(((.(((((...((((((((((.....((.(((((((................))))))))).....)))))))))...((((((((((((......))..)))))))).)).((((((((((.....))))))))))..(((((((.....))))))).)..))))).))).. >M93419.1/332-511 AGUGAAGAUAGAGGUGCGAACUUCAUCAGUAAAAGCUUGGAGAAGAAUGAGCUUCAAUGAAAAGCUUUGAAAGGGAACGUUCGCCGAAGUGAAGAAAAACUCAUUUUUUUCUUUGCUGGUCCUGCAUUUAAGAGAUGCCGGAUUGUCAAGGCGGUGCCGCCUUGGAGAGCUAUCUCACUG 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Boltzmann/log_purine.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/purine_10_1.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:115 766 Sample 1:135 738 Sample 2:113 721 Sample 3:134 821 Sample 4:124 768 Cost: 721 >AE007768.1/1788-1690 AAUCGUUAAUAUAGUUUAACUCAUAUAUUUCCUGAAUAUGGCAGGAUGUUUCUACAAGGAACCUUAAAUUUCUUACUAUGAGUGAUUUGUUUGUAUGCA .........(((((....(((((((....(((((.......))))).........((((((.......))))))..)))))))...))))..)...... >AE015944.1/141656-141558 CUCUAUAAUAAAUUAUUGACUCAUAUAUCCCCUUAAUAAGGUAGGGAGUAUCUACCAGAAGCCUUAAACUUCUGACUAUGAGUGAAUAAAGCAUUGUCA ............(((((.(((((((....(((((......).)))).........((((((.......))))))..))))))).))))).......... >AP001509.1/51442-51541 ACAUGUAGAUAUCAUCCCUUUCGUAUAUACUUGGAGAUAAGGUCCAGGAGUUUCUACCAGAUCACCGUAAAUGAUCUGACUAUGAAGGUGGAAUGGCUCG ............(..((((((((((....((((((.......)))))).........(((((((.......)))))))..)))))))).))...)..... >AF270087.1/2580-2679 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AAAAAUUUAAUAAGAAGCACUCAUAUAAUCCCGAGAAUAUGGCUCGGGAGUCUCUACCGAACAACCGUAAAUUGUUCGACUAUGAGUGAAAGUGUACCUA ............(.(..((((((((....((((((.......)))))).........(((((((.......)))))))..))))))))....).)..... >AL591975.1/251119-251020 AAUCCGCUACAAUAAUAUAGUCGUAUAAGUUCGGUAAUAUGGACCGUUCGUUUCUACCAGGCAACCGUAAAAUGCCAGGCUACGAGCUAUUGUAAAAUUU ...........(((((..(((((((...(..((((.......))))..).......((.((((.........)))).)).)))).))))))))....... >AP003186.2/121422-121520 UGUACUUAUAUAAGUAUAUCGUAUAUGCUCGACGAUAUGGGUUGAGUGUUUCUACUAGGAGGCCGUAAACAUCCUAACUACGAAUAUAUAGGUGAUUUC .........((..((((((((((.(..((((((.......))))))..)......((((((........).)))))..))))).)))))..))...... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/purine_10_2.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:112 839 Sample 1:114 679 Sample 2:108 680 Sample 3:118 724 Sample 4:116 703 Cost: 679 >AP001509.1/79478-79577 UCUUUAUAUAAAGUACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAAAAGUUUCUACCUGCUGACCGUAAAUCGGCGGACUAUGGGGAAAGAUUUUGGAUCUU 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>AE014152.1/30424-30520 UGAAUUCAAUAAUGACAUACUUAUUUAUGCUGUGAAUUGGCGCAGCGUCUCUACAAGACACCUUAAUGUCUAACAAUAAGUAAGCUUUUAGGCUUGC .................((((((((...((((((......))))))..........(((........)))....))))))))............... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/purine_10_3.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:106 816 Sample 1:124 667 Sample 2:131 684 Sample 3:130 782 Sample 4:115 663 Cost: 663 >X83878.1/168-267 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC ..................(((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))............... >AL591981.1/205922-205823 AUAACUUAAAACCGAAAUACUUGUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA ..................(((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))).............. >AE010606.1/4680-4581 UAAAUAAUUUUAAUAAAAAUUCGUAUAAGCCUAAUAUAUGGAAGGGUGUCCCUACGGUUAACCAUAAAUUAACCAGCUACGAAAAAUGUUUUACUGUGUU 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>AL596170.1/223345-223246 AUAACUUAAAACCGAAAUACUUAUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .................((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))))............. >AP003193.2/214121-214023 AAAACGGAAUAUAAACAAACUCGUAUAAGCUUUGAAUAAGGCAAGGCGUUUCUACCGGAAACCUUAAAUUUCCGUCUAUGAGUGAAUUUGAUAUACUAU ..................(((((.....((((((.......))))))........((((((.......))))))....)))))................ >Z99107.2/14363-14264 AAUUAAAUAGCUAUUAUCACUUGUAUAACCUCAAUAAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGAUUACAAAAUUUGUUUAUGACAUU ............................(((((...(.....).)))))........(((((.........)))))........................ Boltzmann/log_rfn.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/rfn_10_1.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:242 1852 Sample 1:256 1592 Sample 2:288 1814 Sample 3:297 1764 Sample 4:314 1678 Cost: 1592 >AE008399.1/8878-8764 AACUAUCUUCAGGGCAGGGUGCAAUUCCCUACCGGUGGUAUAGCCCACGAGCCGAAAGGCAUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAGCCGACAGUAUAGUCUGGAUGAAAGAAGAUAAAA ...(((((((..(((((((.......))))....((((......))))..(((....)))....(((((.......))))))))..(((......))).......)))))))... >AE014142.1/1906-2030 AAGUGUCUUCAGGGCAGGGUGUGAUUCCCGACCGGCGGUGACUAGGUAACUAGAAGUCCGCGAGCGCAAGCUGAUGUGGUGUAACUCCACAACCGACAGUAUAGUCUGGAUGAGAGAAGACCGGG ..(.((((((..((..(((.......)))..))(((((...((((....))))....)))).(((....)))(.(((((.......))))).))..(((......))).......)))))))... >AF269345.1/3001-2863 UAUUUCUUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCAACCGGCAGUAAAUUGAGCCUGCGACCCACUAAUAUUGUUUUUGAUGUUAGUGGCUGAUCUAGUGUGAAUCUAGAGCCGACAGUUAGAGUCUGGAUGGGAGAAAGAAGUU 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>AP004604.1/48939-48801 UGUAUUCUUCGGGGCAGGGUGUAAUUCCCGACCGGCGGUGACAAGUCAUCAGAACUUGAAGUCCGUGACCCGCUUUUAUGCGGUGGAUCUAGUGAGAAUCUAGAGCCGACAGUAAUAGUCUGGAUGGGAGAAGAAUAGC ...(((((((..(((.(((.......)))..((.((((...((((((....)).))))....))))...((((......)))).)).(((((.......))))))))((((....).))).........)))))))... >AP003011.2/168184-168036 UAAAGUUCUCAGGGCGGGGUGAAAGUCCCCACCGGCGGUAAGGGCCUCAAACCCAAGCCCGCGAGCGCUUUCCAAGACAAUUGGAAAGGUCAGCAGAUCCGGUGUGAUUCCGGAGCCGACGGUUAGAGUCCGGAUGAAAGAGGACGAAA ....((((((..((.(((((....).)))).))(((.....((((...........))))((..((.((((((((.....))))))))))..))...(((((.......))))))))..(((.......))).......)))))).... >AE006333.1/7352-7468 AUAAAUCUUCAGGGCAGGGUGUAAUUCCCUACCGGCGGUAUAGCCCGCGAGCUGCUUGCAGCAUGAUUCGGUGAAACUCCGAGGCCGACAGUAUAGUCUGGAUGAAAGAAGAUAAUA ....((((((..(((.(((.......))).....((((......))))..((((....))))....(((((.......))))))))..(((......))).......)))))).... >X51510.1/938-1082 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UUUAUCCUUCGGGGCUGGGUGGAAAUCCCGACCGGCGGUGAUGAAGCGAAUGCUUCUUAGUCCGUGACCCGGUUGCUGAUAUCAGUAAGCGGUGGACCUGGUGAAAAUCCGGGACCGACAGUGAAAGUCUGGAUGGGAGAAGGAAACG ....((((((.....((((.......)))).((.(((((...(((((....)))))...).))))...(((.((((((....)))))).)))(((.(((((.......))))).))).((((....).)))...))..)))))).... >AE001820.1/156-35 AAACGCUCUCGGGGCAGGGUGGAAUUCCCGACCGGCGGUGAAAGCCCGCGAGCCCUCUCAGGAGGGUUGACCCGGUGGAAUUCCGGGGCCGACGGUGAAAGUCCGGAUGGGAGAGAGCGUGA ....((((((..(((..(((((.....)).))).(((((....)).)))..((((((....))))))...(((((.......))))))))..((((....).))).......)))))).... >AE013024.1/1-102 CGGGGCAGGGUGGAAUUCCCGACCGGCAGUGAAAGCCUGCGAGCCGCAUAUGCGGUUGACUCGGUGAAAUUCCGAGGCCGACGGUAAAAGUCCGGAUGGGAG ...(((..(((((.....))).)).(((((....)).))).((((((....))))))..(((((.......))))))))..(((.......)))........ >AL766851.1/11027-10882 AGGUGUCUUCAGGGCAGGGUGUAAUUCCCGACCGGCGGUAAUCGCUUCCAACUUAUUUGUCAGUUGUGAAGCAUCAGUCCGCGAGCGAAAGCUGAUGUGGUGAGAUUCCACAACCGACAGUAAAGUCUGGAUGGGAGAAGACAAAG 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UUUUGUUCUCAGGGCGGGGCGAAAUUCCCCACCGGCGGUAAGACGAAUCAUCAGAUAUGACUAGUUGAGCCCGCGAGCGCCACCAACUAGCAAUGGUUUGUGGGUCAGCAGAUCCGGUUAAAUUCCGGAGCCGACGGUCAUAGUCCGGAUGCAAGAGAACCGUG ....((((((...((((((.(.....))))..(((((((..(((...((((.....))))...)))..))).((..((.((((.(((((....))))).))))))..))...(((((.......))))))))).(((.......)))..)))..)))))).... >U32760.1/7642-7819 UCGCAUUCUCAGGGCAGGGUGAAAUUCCCUACCGGUGGUAAAGCCCACGAGCGUUUAAAAGUGCGGUCAAUUUUUGGCAAAUUUUUCCUGCGAAAUUGUCCUGAUUUUCACUUUUAAAGUCAGCAGAUUUGGUGAAAUUCCAAAGCCGACAGUAAAGUCUGGAUGAAAGAGAAUAAAA ....((((((..((.((((.......)))).)).((((......))))((.(((........))).)).(((.(((((.........((((((..(((...((.....))....)))..)).)))).(((((.......))))))))))(((......))))))....)))))).... Boltzmann/log_s_box.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_1.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:181 1644 Sample 1:252 1325 Sample 2:230 1446 Sample 3:244 1296 Sample 4:232 1301 Cost: 1296 >AP004828.1/56121-56010 CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUUUUUAUAAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAGGUCUGAACGAUAAGAG .(((((((..((..(((...(((.......)))...........((.(((((((((.....))))))..)))))...)))..)).(((((......)))))...))))))). >AP003193.2/95783-95678 CUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGAAAAAGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAGUGAGAAAUCACUACGGUGCCAAUUCCGGUAAAGAAAUUCUUUACAAGAUGAGAG .(((((((..(((.(((..((((.......)))).....))))((((.(((((((....)))))..))))))...))..((((((.....))))))..))))))). >AL591980.1/66651-66543 CUCUUAUCCAGAGCGGUAGAGGGACUGACCCUUUGAAGCCCAGCAACCUACACAUAUAAGUGAAAGGUGCUAAUCUGUUGCAGGAGUAUUAUCUUCUGAACGAUGAGAG (((((((((((((.(((.(((((.....)))).)...))))((((.(((.(((......)))..)))))))..))))...((((((......))))))...)))))))) >AE015944.1/267219-267117 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CUCUUAUCGAGAGUUGGGCGAGGGAUUUGGCCUUUUGACCCCAAAAGCAACCGACCGUAAUUCCAUUGUGAAAUGGGGCGCAUUUUUUUCGCGCCGAGACGCUGGUCUCUUAAGGCACGGUGCUAAUUCCAUUCAGAUCUGAUCUGAGAGAUAAGAG ((((((((..(((.((((.(((((......)))))....))))..((((.(((.((......(((((....)))))((((((......).)))))(((((....)))))....))..)))))))..)))..(((((.......))))).)))))))) >AE007554.1/96-198 UUCUUAUCAAGAGUGACGGAGGGAUAGGCCCUAUGAAGUCCGGCAACAUCCAAUUAUUUUGGAGAUGUGCUAAUUCCUACAGGUUUAUCCUGAGAGAUGAGAA ((((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))((((.(((((((.....))))..)))))))...))...((((.....))))...)))))))) >AP001518.1/300422-300310 CUCUUAUCAUGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCCAGCAACCGCCAAGCAGCAAAUCGCUUGGAAAAGGUGCUAAUUCCUGCAAAGCGAUGCUUUGAGAGAUGAGAG ..((((((..(((.(((...(((.....)))......))))((((.((.((((((........))))))....))))))...))...((((((...))))))...)))))).. /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_2.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:246 1609 Sample 1:313 1527 Sample 2:304 1572 Sample 3:276 1579 Sample 4:269 1473 Cost: 1473 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CUCUUAUCAAGAGUGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAACCCGGCAACCGGCACGUAAGUGCUUGGUGCCAAUUCCUGCAGGUUGGGGUUACCCAGCCUGAGAGAUGAGAG ((((((((....(.(((...(((.....)))......))))((((.(((((((....)))).)))))))........(((((((((....)))))))))...)))))))) >AL939119.1/177986-178133 CGCUCAUCCAGAGGGGCAGAGGGAUACGGCCCGAUGAAGCCCCGGCAACCCUCCAGUCGGUUCUUGUCACACGGACGUGGCGAGGCUCCCGGCUAGGGAAGGUGCCAAAUCCGUCUCACGGCGAGAUGCGUCGUGAGGAAGAUGAGGA (.((((((....(((((...(((......)))......)))))(((.(((.(((((((((.(((((((((......)))))))))...))))))..))).))))))........(((((((((.....)))))))))...))))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_3.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:235 1331 Sample 1:190 1378 Sample 2:229 1314 Sample 3:240 1508 Sample 4:210 1334 Cost: 1314 >Z99110.2/47875-47995 UUCUUAUCGUGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUUAGAAACCUCAGCAACCGGCUUGUUUUGCAUUUGCAAAGCGCCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCGUUUUUUAUGCUUGGAAGAUAAGAA .(((((((....(((((.(((((.....)))))....))))).(((.(((((..(((((((....))))))))))..))))).........(((((((.....)))))))...))))))). >AP001512.1/200657-200766 UUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGAACGGCCCGAAGAAACCUCAGCAACCAGCCACGAUCCUGUGGUCAGGUGCUAAUUCCUGCAAGCAUUAUUUGCUUGAGAGAUAAGAG .(((((((....(((((...(((.....)))......))))).((.(((.(((((......)))))..))))).........((((((.....))))))...))))))). >AL591983.1/96176-96058 AUCUUAUCCAGAGUGGUGGAGGGAAAUGCCCUAUGAAGCCCAGCAACCUAAACAAUAAUUCAUUAUGUGUUUAAGGUGCUAAGUCAUGCAGAACAACUAAUUGUUCUGAAAGAUGAGAA .(((((((....(.(((..((((.....)))).....))))(((.((((((((...............))))).))))))........((((((((....))))))))...))))))). >Z99109.2/169069-168952 UUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAUCAGCCAUGACCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGAA .(((((((....(((((.(.(((.....)))..)...))))).(((.(((((...(((((.....))))).)))..))))).........((((((.....))))))...))))))). >AJ002571.1/38016-37861 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.(((((((....((((((...(((.....)))......)))..(((.(((.(.......)..)))))).......)))(((.....)))....))))))). >AP004597.1/118941-119041 UACUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGCUGAAACCUCAGCAACAGAACGCAUCUGUCUGUGCUAAAUCCUGCAAGCAAUAGCUUGAAAGAUAAGUU .(((((((....(((((...(((.....)))......)))))(((.(((((.........))))))))........(((((....)))))...))))))). >AE007608.1/12720-12617 UCCUUAUCAAGAGAAACGGAGGGACUGGCCCAAUGAUGUUUCAGCAACCAAGGUUUUAUACUUAUGGUGCUAAUUCCAGCAGGAUAUUUUCUGAAAGAUGAGGA .(((((((....((((((..(((.....))).....))))))(((.(((((.(.......).).)))))))........(((((....)))))...))))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_4.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:121 934 Sample 1:149 879 Sample 2:142 960 Sample 3:127 883 Sample 4:142 857 Cost: 857 >AL596163.1/172398-172500 UUCUUAUCCAGAGUGGUGGAGGGAAUCGGCCCAGUGAAACCCGGCAGCGGAGCGCAAGUUCUAUGCUAAUUCCGAUCAGAAGUAAUAUUCUGGCAGAUAAGUA ..((((((....(.(((.((.....)).))))..........((((..(((((....))))).)))).........(((((......)))))...)))))).. >AL596172.1/176254-176136 AUCUUAUCCAGAGUGGUGGAGGGAAAUGCCCUGUGAAACCCAGCAACCUAAACAAUAAUUCAUUAUGUGUUUAAGGUGCUAAGUCAUGCAGAACAACGAUUUGUUCUGAAAGAUGAGAA .(((((((....(.(((..((((.....)))).....))))((((.((((((((...((.....)).)))))).))))))........(((((((......)))))))...))))))). >AE007776.1/3380-3272 GUCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAACCCAACAACCAGCAUUUUUUAAUUAGAUGUAUGGUGUUAAUUCCUGCAAAGUUAAUUUUGAGAGAUAAGAG .(((((((....(.(((..((((.....)))).....)))).(((.(((((((((.......)))))).)))))).........(((((....)))))...))))))). >AP004595.1/126926-127031 GACUUAUCAAGAGAGAUGGAGGGAUUGGCCCGAUGAAGUCUCAGCAACCAGCCUAGAUAAGGUAUGGUGCUAAUUCCAAUAGGCUUACAAGCCUUAAAGAUAAGAA ..((((((....(((((...(((.....)))......)))))(((.((((((((.....)))).))))))).........(((((....)))))....)))))).. >Z99120.2/150201-150095 CUCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGAAGUGCCCUAUGAAGCCCGGCAACCAUCAACACUGUUGAAAUGGUGCCAAUUCACACGAAGCGUUCAGCUUUGAAAGAUGAGAG ((((((((....(.(((..((((.....)))).....))))(((.((((((((.....))))..)))))))........((((((.....))))))...)))))))) >AP004604.1/167020-166901 CUCUUAUUGAGAGUGGCUGAGGGACUGGCCCUGUGACGCCCGGCAACCGUUCAUCGUAAUUCCAGUGAUGAAUAGGUGCUAAAUCCUGCAAAAUACGGACAGUAUUUUGAGAAAUAAGAG ((((((((....(.(((..((((.....)))).....))))((((.(((((((((((.......))))))))).))))))........((((((((.....))))))))...)))))))) >AL596170.1/192-86 CUCUUAUUAUGAGUGGUAGAGGGACUGGCCCGUUGAAACCCAGCAACCUUUCAAUUCGUUGAAAAGGUGCUAAAUCCUGCGAAGUGUGAUGCUUCGAGAGAUAAGAG ((((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((((((((....))))).)))))))........((((((.....))))))...)))))))) >AP001511.1/149016-149129 GACUUAUCGAGAGAGGCAGAGGGACUGACCCGAUGAUGCCCGGCAACCCGUUUGUUAGCCAAGCAAACGAAGGUGCUAAUUUCAGCAGAAUGAUUUCAUUCUGGAAGAUAAGCG ..((((((..(...((((..(((.....))).....)))).((((.((((((((((.....))))))))..)))))).....)..((((((......))))))...)))))).. >AJ000974.1/281-386 AACUUAUCAAGAGCGGCUGAGGGACUGGACCUAUGAAGCCCGGCAACCUGCAUAGUUUGUAAGGUGCUACUUCCAGCAAAAUGAAUUCCAUUUUGAAAGAUAAGGG ..((((((..(...((((..(((......)))....)))).(((.(((((((.....)))).)))))).....)..(((((((.....)))))))...)))))).. >AE013020.1/702-811 CUCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGAAAGAGCCCGAUGAAACCCGGCAACCUGUCCUUUUAAGGAUAAGGUGCCAAUUCUCUCAGAAGAUUUUUUCUUCUGAAAGAUGAGGG ..((((((..((((((((..(((......)))..)...))).(((.(((((((((....))))).)))))))...)))).(((((((.....)))))))...)))))).. /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_5.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:239 1764 Sample 1:330 1647 Sample 2:278 1626 Sample 3:319 1684 Sample 4:275 1604 Cost: 1604 >AE015940.1/248618-248510 AGCUUAUUAAGAGCGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAGCCCGGCAACCUGUAUAUGUGUUUGCAUAUUAUAAGGUGCUAAAUCCUGCGGUGUAAACCGAGAGAUGAGGA ..((((((......(((..((((.....)))).....))).(((.((((..(((((......)))))....))))))).....((.((((....)))))).)))))).. >L42943.1/254-144 CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUUUUAUAAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAGGUCUGAACGAUAAGAG .(((((((......(((...(((...((....))......))).(((.((((((((....)))))..))))))...))).....(((((......)))))...))))))). >AE012834.1/3852-3958 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.(((((((....(.(((..((((.....)))).....))))((((.(((.((..((((((((...........(((((((((........)))))))))((.......)).))))))))....)).)))))))...((...((((....)))).))))))))). >Z99119.2/114925-114787 CUCUUAUCCCGAGCUGGCGGAGGGACAGGCCCUAUGAAGCCCAGCAACCGGUUUCUCUGUUAUUUAUUAUGUUCAACUGAGUGAGACAACCAAGGUGCUAACCUGUUGCAAGGUUGUAUGAUUCCUUGAGCGAUAAGAG ((((((((....((((((..((((.....)))).....).)))))(((.((....)).))).........((((((..(((....((((((.((((....)))).......))))))....))).)))))))))))))) >AP004822.1/15949-16047 UUCUUAUUGUGAGAAGUUGAGGGACUUGGCCCUGUGAUACUUCAGCAACCGACUUUAUAGCACGGUGCUAAAACCAACGAGUUACUCGAAUGAUAAGUA ..((((((.(..(((((..((((......)))).....)))))(((.(((.............))))))........((((...)))).).)))))).. >AP004596.1/197999-197893 UUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCAAGGAAGCCUCGGCAACAGACUUAUUUGAUUAAGUACUGUGCCAAUUCCAGUAGCGUAAUUGCUAGAAGAUGAGAA .(((((((....(((((...(((.....)))......)))))(((.((((((((........)))).)))))))........(((((....)))))...))))))). >AP004603.1/200738-200630 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Boltzmann/log_trna.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_1.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:77 675 Sample 1:64 456 Sample 2:82 543 Sample 3:69 497 Sample 4:71 475 Cost: 456 >AC008670.6/83597-83665 GUAAAUAUAGUUUAACCAAAACAUCAGAUUGUGAAUCUGACAACAGAGGCUCACGACCCCUUAUUUACC (((((((................(((((.......)))))....((.((.......)).))))))))). >M25659.1/553-621 GUCUACGUAGCUUAACCCCCAAAGCAAGACACUGAAAAUGCCUAGAUGGAUUCACACAUCCCAUAGACA (((((....((((........))))..(.((.......))....((((........)))).).))))). >J01435.1/4494-4561 ACUCCCUUAGUAUAAACAAUACAACUGACUUCCAAUCAGUUAAUUCUGAAAAAACUCAGAAGAGAGUA .(((.((..((.........)).(((((.......)))))....(((((......))))))).))).. >U51030.1/22201-22130 UCCGAUGUAGUGUAACGGCUAUCACAUCACGUUCUCACCGUGGAGACCGGGGUUCGACUCCCCGCUUCGGAG (((((.((.(((..........))).(((((.......))))).....((((.......)))))).))))). >X72895.1/1-72 GGCGACAUGGCCGAGUGGUAAGGCAGAGGACUGCAAAUCCUUUUUUCCCCAGUUCAAAUCCGGGUGUCGCCU 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/home/tirza/RFAMDB/trna_10_2.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:70 862 Sample 1:85 660 Sample 2:102 593 Sample 3:81 709 Sample 4:104 591 Cost: 591 >L36887.1/650-721 UGAGUCGUAGACAAUAGGUAAGUUACCAAAAUUUGAGUUUGGAGUUUGUUUGUUCGAAUCAAACCGAUUCAA .(((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))).))))).. >AF041468.1/43811-43739 GGGCUCAUCGUCUAAUGGAUCAGGACAGGGACCUUCUAAGUCUCUAAUGUAGGUUCGAAUCCUACUGAGCCUA ((((((...(((...........))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))). >AL021918.1/94597-94678 GUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUUGAAAUCCAUUGGGGUUUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACG ((((((...(((..........)))((((((.......))))))(((.....)))..(((((.......))))).)))))). >X54300.1/105-177 GGGGGUAUAGCUUAGUUGGUAGAGCGCUGCUUUUGCAAGGCAGAUGUCAGCGGUUCGAAUCCGCUUACCUCCA (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))). >Z74072.1/3173-3245 GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCA (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))). >AE003556.3/16759-16677 GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUGCGUUCAGGUCGCAGUCUACUCUGUAGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUCUGACA (((((((.....(((((((.....))((((((.......)))))).))))).......(((((.......)))))))))))). >AC067849.6/4771-4840 CACUGUAAAGCUAACUUAGCAUUAACCUUUUAAGUUAAAGAUUAAGAGAACCAACACCUCUUUACAGUGA (((((((..(((.....))).(((((.......))))).....(((((.........)))))))))))). >X05914.1/238-306 UAUAUUUUGGUGUACGAUGCACAAAAGUUUUUGAUACUUUUAGUAAUAGUUUAAUUCUAUUAAAUAUAA ...(((...(((.......)))((((((.......))))))..((((((.......))))))))).... >AF074839.1/52-124 GGGGAAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAUUCUCCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. >D11467.1/1-72 UGGGGCGUGGCCAAGCGGUAAGGCAGCAGGUUUUGAUCCUGUUAUUCGGAGGUUCGAAUCCUUCCGUCCCAG .((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_3.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:97 687 Sample 1:121 666 Sample 2:116 698 Sample 3:113 690 Sample 4:102 636 Cost: 636 >X59562.1/71-144 GGGACUAUAGUUUAGUUGGAUAUAACGACCGGCUACGAACCGGUAGGUCUCAGGUUCGACCCCUGAUGGUCUCG (((((((.......((((....)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >X52392.1/11128-11195 AGAAAGUUAGUCUAACUAAGACAGCUGGUUUCGACCCAGCAAAUUAUAGACCCACCUAUAACUUUCUU ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......))))).)))))). >X14822.1/1-73 UGAAUCGUAGACUAAUAGGUAAGUCACCAAAAUUUGAGUUUGGAAUUUGUUUGUUCGAAUCAAACCGGUUCAA ((((((...((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......))))).)))))). >X61068.1/393-465 GGAGGAUUAGCUCAGUUGGGAGAGCACCUGCCUUACAAGCAGGGGGUCGGCGGUUCAAGCCCGUCAUCCUCCA ((((((...((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......))))).)))))). >AE008747.1/6317-6401 GGAAGUGUGGCCGAGCGGUUGAAGGCACCGGUCUUGAAAACCGGCGACCCGAAAGGGUUCCAGAGUUCGAAUCUCUGCGCUUCCG (((((((..(((((.((((.......)))).))..(.....))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))). >X04821.1/1-73 GUUUCUGUAGUGUAGCGGUUAUCACGUUCGCCUCACAUGCGAAAGGUCCCCGGUUCGAAACCGGGCAGAAACA ((((((((.(((((.....)).)))..((((.......)))).......((((.......)))))))))))). >D00552.1/73-146 GCCCAUGUAGCUCAGUAGGAUAGAGCACGCGCCUUCUAAGCGUGAGGUCGGAAGUUCGAGCCUUCUCGUGGGCA ((((((...(((((......).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))). >V00676.1/23-88 GGUAAAAUGGCUGAGUAAGCAUUAGACUGUAAAUCUAAAGACAGGGGUUGAGCCCCCUUUUUACCA ((((((...((.......))..((((.......)))).....(((((......))))).)))))). >M86495.1/1026-1092 CAAGAUAUAGCUUAAACAAAGCACCUAGUUUACACCUAGAAGAUUUCACACACUAUGAAUAUCUUGA ((((((...((((.....))))..((((.......)))).....((((.......)))).)))))). >J04815.1/1380-1448 UGGGUUGUAGCUAAAUGUAAAGGCGCUUGGCCGUUAACCAAGAAAUAGUAGGAUAAAAACCUAUCUUCC ..((((...((.....))...(((.....)))...))))..(((...(((((.......))))).))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_4.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:116 927 Sample 1:137 799 Sample 2:140 954 Sample 3:146 1026 Sample 4:147 926 Cost: 799 >X02173.1/256-326 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>X00432.1/816-751 AUUCAAAUAGCUUAUAUUUAGAGUAUGACACUGAAGAUGUUAUGGAGAUUAAUUAAUCUUUGAAUA .........((((.......)))).(((((.......)))))(..(((((....)))))..).... >X55342.1/30-101 GUUCCGUUGGCGUAAUGGUAACGCGUCUCCCUCCUAAGGAGAAGACUGCGGGUUCGAGUCCCGUACGGAACG ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))). >X54421.1/14394-14476 GCCUAAAUGCUGGAAUUUGGUAGACAGAACAAACUUAAGAUUUGUCGCUUUCGAGCGUGUUGGUUCGAGUCCAACUUUAGGUA (((((((.(((.(((...(.........(((((.......))))))...))).)))..(((((.......)))))))))))). >AB042809.1/5159-5089 UAGAUUGAAGCCAGUAAUAGGGUAUUUAGCUGUUAACUAAAUUUUCGUAGGUUUAAUUCCUGCCAAUCUAG ((((((...(((........))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_5.set subopt 150 samplings 5 Sample 0:73 783 Sample 1:91 658 Sample 2:85 563 Sample 3:99 635 Sample 4:98 544 Cost: 544 >J01390.1/11933-12004 AAGAAAUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGUUCGUUUUACACACGAAGGUCAGGUGUUCAAAUCACCUAUUUCUUA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))). >X03602.1/660-731 UCCCGUAUGGUCUAGUGGUUAGGAUACCUGGCUUUCACCCAGGAGGCUCGGGUUCGAUUCCCGGUACGGGAA ((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). >L00194.1/685-756 GGGGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCCUGCUUUGCAAGCAGGUGUCGUCGGUUCGAAUCCGUCUGGCUCCA (((((((..((((........))))((((((.......)))))).....(((.......)))..))))))). >X55514.2/3882-3954 AAGAAAUUAGUUAAACCUAAUAACAUUGGGAUUGUCAGACCAAAGUUACUGGUAAUCAACCCAGUAUUUCUUA .((((((..((((.......))))((((((........((((.......))))......)))))))))))).. >AL021918.1/81116-81197 GUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUUUCCCCACGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACG (((((((..(((..........)))((((((.......))))))(((.....)))..(((((.......)))))))))))). >AF490528.1/4630-4697 GAGGUGUUAGUAAAACAUUAUAUAAUUUUGUCAAAGUUAAGUUACAAGUGAAAGUCCUGUACACCUCA ((((((.(.(((......)))).((((((...))))))....((((.(.......).)))))))))). >D85268.1/459-527 GUAGAUAUAGUUUAACUAAAACACUAGAUUGUGAAUCUAACCAUAGAGACUCACCACCUCUUAUUUACC (((((((..((((.....))))..(((((.....))))).....((((........).)))))))))). >X15245.1/236-309 CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCACCUGGUUUGGGACCAGGGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGA (((((((..((((.........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). >V00654.1/15791-15726 CAGGGAAUAGUUUAAAUAGAACUUCAGCUUUGGGGGUUGAUGGUGAGACUGCAGUUUCUUCCUUGA ((((((..((((.......))))((((((.....))))))....(((((....))))).)))))). >X58792.1/174-245 GGUCCCAUGGUGUAAUGGUUAGCACUCUGGACUUUGAAUCCAGCGAUCCGAGUUCAAAUCUCGGUGGGACCU ((((((...((((........)))).(((((.(....))))))....(((((.......))))).)))))). Boltzmann/log_tymo.RNASpa_noncomp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/tymo_10_1.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:86 487 Sample 1:77 445 Sample 2:83 480 Sample 3:66 391 Sample 4:77 404 Cost: 391 >AF035198.1/571-654 UCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGAACGUCAUCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((........)))).....((((((......))))))... >AF035201.1/605-688 CCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCACUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >M15284.1/14-96 AAUGAAGGCAGUCCUUCUCCCUUUAGCACACAAAGGUCAAAUGGGUGCGACUCCCCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAAACC ...(((((....)))))..(((((.......)))))......(((........))).....((((((......))))))... >AF035202.1/598-681 GUAGUCGGCCAGUGCCGAGGCCCUUCACACACAAGGGUUAAUGGGGUGCAACUCCCCCGCCCAUCUCGAGCGUCAUCGAGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((........)))).....((((((......))))))... >U91413.1/613-696 UUAGCUCGCCAGUGCGAGGCCUCUUCCUACACAAGAGGUAUUGGGGUGCGACUCCCCCGUCUAUCCUGAACGUCAUCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((........)))).....((((((......))))))... >M58311.1/2-83 UUCUCUCGAGUGCGAGGCCCAUUCACACACAAUGGGUAUUGGGUGCAACCCCCCCGUCCAUCUCGAACGGUCAUCGAGACCA ...((((((...(((((((((((.......)))))))...(((.(......))))......))))........))))))... >AF035199.1/569-652 CCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >M24801.1/102-178 UCAGCUCGCCAGUUAGCGAAGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCA .....((((......))))..((((((.......))))))....((((.......)))).((((......))))... >D00637.1/6279-6362 UCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCCAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >AF035633.1/1296-1379 UAAUUGAGUCCAGUGACUCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCAAACCGGGUGCAACCCCCCCUCCCCCCGUAGGUUAACGGGACCA .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((........))).....(((((......))))).... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/tymo_10_2.set subopts 150 samplings 5 Sample 0:100 610 Sample 1:102 695 Sample 2:106 543 Sample 3:90 607 Sample 4:94 593 Cost: 543 >AF035200.1/578-659 UCAGUCGCCAGUGCGAGGCCCAUUCUCUCUCAAUGGGUAUUGGGUGCAACCCCCCCGUCCAUCUCGAACGUCAUCGAGACCA ............(((..(((((((.......)))))))...(((........))))))...((((((......))))))... >AJ277556.1/2880-2963 GAAGAGCGGCCAGUUGCUGCUGCGAUCAAGACACGAUCGUUCAAAAGGGUGCAACUCCCCCCCCCUUGGAGGGUAUCCAAGACC .....(((((.....))))).((((((.......))))))......(((........)))....((((((.....))))))... >M54918.1/75-159 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACAGGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC ....(((((......)))))..(((((.......)))))......(((.((.......)))))..((((((......)))))).. >M58313.1/1-81 AAUGAAGGCAGUCCUUCUCCCUUUAGCACACAAAGGUCAAUGGGUGCGACUCCCCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAAACC ...(((((....)))))..(((((.......))))).....(((........))).....((((((......))))))... >M24802.1/87-163 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUCUCCGAGGGUCA ....(((((......)))))..(((((.......)))))......(((.......)))..(((((....)))))... >J04374.1/6247-6330 UAAUUGCGGACAGUUCCGCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCCAUUUGGGUGCGACUCCCCCCCCUCCCGUGGGUCAACGGGAACC .....((((......))))..(((((.......))))).......(((........)))....((((((......))))))... >U88847.1/591-676 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA .....((((......)))).(((((((.......)))))))....(((((.......)))))...((((((......))))))... >X54354.1/598-681 UUAGCUCGCCAGUGCGAGGCUCGUUCCCACACAACAAGUAAUGGUGGUGCAACUCCCCCGUCCUCCCGAACGUCAUCGGGACCA ....((((......)))).((.(((.......))).))....((.((.......)))).(...((((((......)))))).). >Y16104.1/6590-6672 UAAUUGAGGACAGUUCCUCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCAAACUGGGUGCAACUCCCCCCCCUUCCGUGGGUAACGGAAACC .....((((......))))..(((((.......))))).......(((........)))....((((((.....))))))... >M58314.1/2-79 GAACUACAGUUCCGCUCCUCUAGCACACAGAGGUCAAUUGGGUGCGACCCCCCCCUCUCCCGUGGGUCAACGGGAACC .............(..(((((.......))))).)....(((.(.....).)))...((((((......))))))... Complete/log_cobalamin.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_1.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:671 4020 Sample 1:789 4056 Sample 2:735 4028 Sample 3:777 4062 Sample 4:730 4080 Cost: 4020 >AF010496.1/39869-39652 GGCACCUUCGCGGCAGAUGGUUCCCGGCCAAGCCACGCGCGGCCGGGUGAAAAGGGAAUACGGUGUGGUGUAGGCAUCAGCCGCCAAAUCCGUAACUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCACCCCCCGGCAACCACUGGCCCCGACCGCGGGGCCGGGAAGGUGGGGAAGCCACGACCCGCAAGUCAGGAGACCUGCCAUCAGCGUCAUCAACCGC .........((((..(((((..(((((((..((...))..)))))))(((...(((..(((((..((((...(((....)))))))...)))))...((.(((((........)))).).)).(((((((....)..(((((((((....)))))))))...)).)))).........)))(((.(((....))).)))..)))...)))))..)))) >BX248337.1/276050-275850 GGCAUCGAGCGGGGCAACGAUGCUUCGCGAGAGGGAACCUGGUGAGAAUCCGGGACUGUCCCGCAGCGGUAUGCAGGAACGACCGCCGUCUUGGAAGUAGACAAGCACUGGUCUCAACGACUGGGAAGCGACGGCCAGUAGGAGCACCCACCGGGUGCGAGCCUGCGAGUCCGAAGACCUGCCAGCCGUGCCGGACGCGCC (((.....((((((((....(.((((....)))).).(((((.......)))))..)))))))).(((((..(((((...(((((((((((((........)))((.((((((.....))))))...))))))))..(((((.(((((.....)))))...)))))).)))......)))))..))))))))......... >AE017174.1/111334-111550 CGUUUCUUUCAUGAAGACGGUGCAAGGGAAUCCGGUGCAAUUCCGGAGCUGAGCCCUCAGCUGUAAUGCUUCGAUGUCACUUCUCCGAACAAGAGGUGAUGGGGUGGAUAGUCAAUCGCGAUGGUCACUGUAGAAGGGCGUAGUCCCCUAUGGGAAGGCCGACGAAGACCCGAUAAGAAGCUAAGCCAGAAGACCUGCUUUAGUAGAUUUGUUCUAA ((..(((....(((((..((((((.((....))..)))..(((.((((((((....)))))).....(((((...(((((((((.......))))))))).((((.(((.....))).((.(((((.((((((..((((...)))).))))))...))))).))...)))).....)))))....)).))).)))..)))))..)))..))...... >AE017277.1/42695-42883 CCUUUCAAAAGGAAAAUGGGUACACGAACAGUUUGUUUCGUGUUUAAAAGGGAAGCUUGGUGAAACUCCAACACGGUCCCGCCACUGUAAAUGCUGAGAUUUCUUUUUAAUGCCACUGUGAAAACGGGAAGGCGAAAGAAAUCAUAUGAAGCAUAAGUCAGGAGACCUGCCUGUUUUAACAACACUGAU (((......)))(((((((((((((((((.....))).))))((((..(((....)))..))))..........((((((...(((....(((((..((((((((((....(((.((((....))))...)))))))))))))......))))).)))..)).))))))))))))))............ >AE015938.1/189808-189620 AAUAGUAAAUGAAAUUUAGGUGUCCACUUUGUAAAAAUGAUGGAUGAAAAGGGAAUGUGGUUCAAUUCCACAGCAGCCCCCGCUACUGUAAUAGAUGACAAGCCUUUAGUAACCACUCUUUAAAAGGAGGAAGGUAAAGGUUAGAAUGAUUCUUAAGCCAGGAGACCUGCCUAGAUUGUUAAAAUCCUC ............(((((((((.(((.((((.((((...(((((.((..(((((..(((((.......))((((.(((....))).))))........)))..)))))..)).))).)))))).)))).)))((((...((((((((...))))..)))).....)))))))))))))............ >AE016800.1/261827-262025 UAGUAUGCGCUUCAAGCUGGUGCUAUCUGGAAGUAUAGAUGGCUGAAAAGGGAAUCCGGUGUGAAUCCGGAACUGACGCGCAGCGGUAAUAGAGAACGAAAGCUUAAUCAGACACUGCACGAUGGAAUCGUGUGGGAAGUCAGGCAAGUAGGUUAACAGCUCUUGAGUCCGAAUACCUGCCAGCAACUGAGCAAACACU ..((.(((.(.....((((((((((((((......))))))))......(((..(((((.......))))).(((.....)))(((....((((......((((((....(((.((((((((.....))))))))...))).......)))))).....)))).....)))....)))))))))....).))).))... >M89481.1/311-504 CGGUAGCAUCCGUGGGCCGGUCCUGUGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGAAAAUCUGGAGCUGACGCGCAGCGGUAAGGAAAGGUGAGAUGAGAGCGUAAGCAGAAACUGCCUCCGGCGGGAAGUCAUCAUUUCUGCUAUCCAGCCAACGGAUAACCCUCCAAGCCCGAAGACCUGCCGGCUAACGUCGCAUCUGG .....((...(((.((((((((((((......)))))...(((((.......)))))((((.....))))(((..(((..((((((((((..((....)).((..(((((...)))))....)).)))))))...(((((.......)))))))).)))..))).........))))))).)))..))...... >AE012818.1/1974-2213 UUCUUUCUCGCCAUGACAGGUGCCGGUUUAAAAGCCGGAGAAUAGGGAAGUACGUGAGAUUCGUACACUGUACCCGCAACUGUACAACGGUUAACCGCCGGGCAAAUUCCGUGGCCACACGGAUGCGCAAGGCGGGCUUUCAGGUCACUGCCGGUUUUCCUCCACGGAAAACUGCGGGAAGGUUUGGAGGCGCUCGAUGCCGUGAAAGUCAGGAGACCUGCCAGUCAUGCAUUUGCACCA 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..(((((....((((.((((((((((....)))))....(((....((((.((((((..((((((.....))))))))))..(((((.(((.......))).))))).(((((.((((.(.(((.......((((......))))(((.(((((.(....)...)))))...))))))).)))))))))..))))))...)))))))))))).)))))...... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_2.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:653 4374 Sample 0:591 3632 Sample 1:822 4281 Sample 1:659 3646 Sample 2:812 4316 Sample 2:629 3710 Sample 3:868 4286 Sample 3:638 3556 Sample 4:821 4262 Cost: 4262 >BX572594.1/100625-100429 AAUACCGUGACCAGCGACGGUUCCCGAAAGGGAUCAAUAGGGAACGCGGUGCGGGCUUUAGGGCUCUAUUCCGCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCCAUUCGCCACACGCCACUGGGCUUUCGUCCUGGGAAGGCGGUGAACGGCAACGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAGUCGUGGUCACACG ......(((((((.((((((.((((....))))))..........(((((..((((((...(((((......((((.(((....))).))))..((((((.(((.((((((.(...((...((((....))))..))...).)))))).)))..))..)))))))))..))).))))))))..)))))))))))... >BX572599.1/247113-247314 UUAACCCGAGGUUGUACCGGUGCCUCUCGCCGAGAGAGGUGAAACGGGAAUGCGGUGCGGGGCGAUGCCCCAAUGCCGCAGCUGCCCUCGCAACUGUGGGCGGAUCGGAGCGUCCUCGCAUGCCACUGACCAGAUCGGUCGGGAAGGCGGACGCGCCGGAUAUCCGCGAGCCAGGAGACCGGCCGGUACAAGGUGUGCAACU ...((((....(((((((((((((((((.....)))))))....(((...(.(((..((((((...)))))....((((((.(((....))).))))))(((((((((.((((((......(((.((((((.....))))))...))))))))).)))...)))))))..)).).)..))))))))))))))).))...... >AF010496.1/116971-117194 GCUACUCCAACAGGCGAUGGUUCCCAACUGGACGGGAUUAAUAGGGAACACGGUGAGGAUUACCCAUCAGGGGCCUAAUCCGUGGCUGCCCCCGCAACUGUGAGCGGCGAGACGACGGUCGAAGACCACUGGCCCCCCCGAUCCACCGGGGAGAACGGCCGGGAAGGUGACCCGAGUUGAUCGAACCGCAAGUCAGGAGACCUGCCAUCGCUCUGGCGUCGCAA ((.((.(((...(((((((((((((........)))).....(((...(((((..(((....(((....))).)))...)))))(((((...(((....))).)))))..(((..(((((((.((((...((((.(((((......))))).....))))(((.......)))).)))..)))).)))...)))......)))))))))))).))).)).)).. >AE005849.1/870-1059 AGCUCUAGCUUCGCGUCAGGUUCCUCGAAAGAGGAUGAAAAGGGAACGAGGUUGAAGACCUCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCUUCGCGUCACAUGCCACUGGGCCCAAAAGGCCUGGGAAGGCGACGCCCAGAAGCAUUGACCCGUGAGCCAGGAGACCUGCCCGGCGCAGUCGUUCAUCG .((....))...(((((.((((((((....))))).....(((....((((((...))))))((((((..((((........))))(((((((((((((....(((.(..((((.....))))..)...))))))))...))))).)))....)).))))......)))))).)))))............ >AE017248.1/199120-198939 CAAUUUUCAAACCAUACAGGUGCCGAGAUUCGGUUAAAAGGGAAGCACGGUGUAAUUCCGUCACGGUCCCGCCGCUGUAAGAGAAUAGUCUUUUUAAAAUAUGUCACUCGGGAAAUCGGGGAAGGCUUAAAAAGAUGAUGAAGCUCGAAGUCAGAAUACCUGCCUGUAAAGGACUAAGCCUU ...........((.(((((((((((.....)))).....(((..((((((((.....(((...)))...))))).)))..(((.((.((((((((((.....(((.(((((....)))))...))))))))))))).))....)))............))))))))))..)).......... >AJ278144.1/22351-22163 CAGUAAUAUCCAGUUGUCGGUCCUGCGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGCAAAUCCGAAACUGACACGCAGCGGUAAGGAAAGGUGCGAUGAUUGCGUAAUGUGGACACGGUCAUCCGGUGGGUGGUCAUCUCUUUGUAUCUUCAGAUGCCCUUCUAGGUCUGAAGACCUGUCGGUUAACGUCGCAUCUGG .................(((...(((((((((((((((.(((.(((((((((((...((((........))))..))).....(.((((((..(.((...((((........)))).)).)..)))))).))))))).))...))).))))..((((((....))))))...)))))).))))).))). >AP005330.1/173115-173487 AUUUUUUUGGCAGGUUUAGGUUUUCUGUCCGUCUAUGUUGCAGGGAAAGUAAGAACGCGAAUCUCAUGAUUCUCAAUGGUCUAAUUGAAUAAAAAGUUAGACAGACCAUAAGAGAAUGUGAAAAAUUUAGACAGUGAUACGGAUUGGGCAGAUAUUUUCAGUUUUAGACGCACUAGCUCCCAUUCUUAAAGGCUUUAUCCUUAUCUAAUCUAUUUUUUAAACGUAUUCUUUCCCAACUGUAAGUCUGUGACGCGCAGCGGUAAGAGAGAACGAAAGCUUAAUAAGACACUGCAUGACGGAAUCGUGUGGGAAGUCAGGCGAGUAGGUUAACAGCUCUUGAGUCCGAAUACCUGCCAGCAACUGAGCAAACACU .......((((((((........((((((((((..((((((.((((..((......))...))))...((((((.(((((((..((((........))))..)))))))..))))))................))))))..)).))))))))..........((..(((((.((..(((((..(((((.(((((((.........(((........)))..(((.((((((..(..((((..(((...)))..))))..)..)))))).))))))))))..)))))....((((((.....))))))))).))..))))((((.(.....).))))....)))..)).))))))))((......))....... >AP003011.2/321703-321523 AGGUCGCCGCCACUGCCUGGUGCCCGCCGCAAGCGGGAGAAUCGGGAACACGGUUGAACUCCGUGGCGUGCCCAACGCUGUAAGGGGGACCGCGCCGGUAAAUGCCACUGUCGAUGACGGGAAGGCACCGGACGCGGGUUGAUCCCGAGCCAGAAGACCGGCCUGGCAGGCAUCGUCAUCC .....(((((((..(((.(((.((((.(....))))).(..((((((.(((((.......)))))....((((..........((....))((((((((....(((.(((((...)))))...)))))))).)))))))...))))))..).....)))))).)))).))).......... >AP002997.2/104964-105169 CCUAAAUCCGCUCCAGACGGUCCCUUGCCCGCAACGGCAGGGGCUAAGAGGGAAUGCGGUGCGGGAUUUCGAUCUCAAAUCCGCGGCUGUCCCCGCAACUGUAAGCGAAGAGCCAAGGCCGAAAGCCACUGGGACGUUCCCGGGAAGGCGGCACCCAAGGCGAUGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCUGCGACAAAAGAAUC .........(.((((((((((((((((((......)))))))).....(((....((((...(((((....)))))....))))(((((((..(((........)))....(((..((.(....))).(((((.....)))))...)))))).......(((......))).))))......))))))))))).)))......... >AL591978.1/56481-56658 GUACUAAACAACUAAAUAGGUGAAUAUAUUAAUCCGGGAAAGAGGUGAAAAUCCUCUACAGGCCCUAGCUACUGUAAUACGGACGAAAACCAAACAUAUGUCACUGGAAGCAAUUCCGGGAAGACUGGUGAGUAGGAUGAUGUUAAGUCAGGAGACCGCUUUUAUAUUCGAUAUCCAA ...............(((..((((((((....((((((..(((((.......))))).....)))...(((((.......((.......))...(((..(((.((((((....))))))...)))..))))))))..((((.....))))))).........)))))))).))).... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_4.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:474 3764 Sample 4:602 3595 Cost: 3556 >AE004721.1/1492-1697 CCUAGGCGGGUUGUCCCAGGUGUCUCGUGCCGGCGCGCACGAGGUGAAACGGGAAGCCGGUGACGCUCUCCGAGCCAGUCCGGCGCUGCCCCCGCAACGGUAAGCGCAUCGCGCGCGAGCCCGGAGACCGGCCUGGAACCUUUCGUUUGAUUCACCCGCGGUGGGCGGGCGCAAGCGUGAAGCGGGCCGUCCGGGCCUGUUCCUCG .....(((((((.((((...(..(((((((......)))))))..)....))))))))((((.((((..(((.(((.....)))..(((....))).)))..)))))))).)))(((.(((((((...(((((((((((.....))))..(((((((((.....))))((....))))))).)))))))))))))).)))...... >AF263012.1/9229-9015 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Sample 2:638 3603 Sample 3:701 3548 Sample 3:823 4266 Sample 4:643 3573 Cost: 3525 >AE004105.1/5235-5438 UACUAUCAGCGCCAAGCUGGUGCUAUUUAGAUGCCUGGAUGGCUAAAAAUGGCUGAAAAGGGAAUCCGGUGUAACUCCGGAACUGACGCGCAGCGGUAAGAGAGAACGAACGCUCAAACGACACUGCUUUUCGAGUGGGAAGUCGAGCCAGUAGGCCAACAGUGCUCUCAAGUCCGAAGACCUGCCAGCAACUGAGUUAUGCAG ....((((((.....))))))((.((((((..(((((..(((((....((.((((....((...(((((.......))))).))......)))).))..(((.(......).)))...((((.((((((...))))))...))))))))).)))))......((((..((.(((....))).))..)))).))))))...)).. >AE009122.1/6687-6504 CCAUAGCUUCUCCGGUCAGGUGCCCGCCCUUGCGGCGGGAGAAUCGGGAAUCCGGUGAAAGACCGGAACGUGCCCAACGCUGUAAGGCGGAUGCUCUUUUUCUCAUGCCACUGAAGCAAUUCGGGAAGGCGAAAGGGGCGGAUGAAGCUUAGUCAGAAGACCGGCCUGGCAGGAUAGACCGAAC ((..(((((((((.(((.(((.((((((.....))))))...)))(((..((((((.....)))))).....)))..((((....)))))))(((((((((.....(((.(((((....)))))...))))))))))))))).))))))..(((((.........))))).))........... >AE014432.2/6200-5972 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AAUACCGUGACCAGCGACGGUUCCCGAAAGGGAUCAAUAGGGAACGCGGUGCGGGCUUUAGGGCUCUAUUCCGCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCCAUUCGCCACACGCCACUGGGCUUUCGUCCUGGGAAGGCGGUGAACGGCAACGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAGUCGUGGUCACACG ......(((((((.(((((((((((....))))((....(((..(((((...(((((....)))))....)))))....)))((((........)))).))(((.((((((.(...((...((((....))))..))...).)))))).)))....))).(((.((..(....)..)))))..)))))))))))... >AJ278144.1/22351-22163 CAGUAAUAUCCAGUUGUCGGUCCUGCGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGCAAAUCCGAAACUGACACGCAGCGGUAAGGAAAGGUGCGAUGAUUGCGUAAUGUGGACACGGUCAUCCGGUGGGUGGUCAUCUCUUUGUAUCUUCAGAUGCCCUUCUAGGUCUGAAGACCUGUCGGUUAACGUCGCAUCUGG .........((((..........(((((((((((((((.(((.........(((...((((........))))..)))(((((((((((((..(.((...((((........)))).)).)..)))))).....)))))))..))).))))..((((((....))))))...)))))).))))).)))) >AE005849.1/870-1059 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UUUACACAAUUCGUAACAAGUUAAAAGCAUUCGCUUUAGGGAAACUGGUGCAAAUCCAGUGCUGCCCCCGCAACGGUAAAAAUGUAAACCAUAUUAAAAAAGUCAUUUAGACUUACGCCACUGCAUGCAUAGAUGUGGGAAGGUGAAUAUGCUUGUCUCUUUUUGAGAUGCCAUUUGAGUCCGGAGACCUGCUUGUUACAUCUAUCCACUC ............(((((((((..(((((....))))).(((..(((((.......)))))....)))......(((...(((((.....((((((....(((((.....))))).((((.((((((......))))))...))))))))))..((((((.....)))))).)))))....))).......)))))))))............ >AE007744.1/3364-3542 AAAUAAUACCAUAUUUUAGGCACCUAAUCUUAGGUUUAAUAGGGAAAUUGGUGAAAAUCCAAUGCAACCCCCGUUACUGUAUACAGUUACAAAACCAAUGUCCACUGGAGUUUUCUCUGGGAAGGAUGGUUGAGGCUAAACUGUGAGCCAGGAGACCUACCUAAAAUAUUAUGGAACUU ........((((((((((((.(((((....)))))....((((...((((((....).))))).(((((...((.((((....)))).)).........((((.((((((....))))))...))))))))).((((........))))......)))))))))))...)))))..... >BX572595.1/100553-100338 UUUGAUCGCGCCCGUUCAGGUGUGCCGGGAAUCGUCCGGCACAGGGAAGCCGGUGCGGGCCCAAGCUUAUGGCCGCAAACCCAAAUCCGGCGCUGCGCCCGCAACUGUGAGCGGUGAGCGAUCCUUCAAUCGGCCACUGGGCAGCACUUGCCCGGGAAGGCGAAGGAUUGCGACGACCCGUGAGCCAGGAGACCGGCCUGAGUACGUCAUCUUCCA ........(((.((((((..(((((((((.....)))))))))((....))..(((((((...(((.....((((............)))))))..)))))))....))))))))).((((((((((.....(((.(((((((.....)))))))...)))))))))))))((((((.((.(.(((.(....).)))))).)).))))........ >AE005721.1/1901-2129 GUCUGUUGCCGUUGUCGUGGUCUGCGGACGUUCGCGUCCGGAGCUAAGAGGGAAGUCGGUGAGGGCGUGAAACCCUGAAUCCGGCGCUGCCCCCGCAACUGUGAGCGGCGAGCCGCUGUCCGUUUCGUGUCACUGACGCGCCGAAGCUGGUUCGGGGAUGCGUCGGGAAGGCCAGGGCAGGGGUGACGACCCGUGAGCCAGGAGACCUGCCUCGACAGAUAACGUCCUC .........(((((((.(((.((.((((((....)))))).))))).((((.(.((((((..((((((...(((((...((((((((..(((((((........))))(((((((((...((...((((((...)))))).)).))).)))))))))..))))))))...((....)).))))).))).)))....)))....))).).))))....)))))))..... >AE010542.1/7559-7740 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Sample 3:654 3598 Sample 4:672 3600 Cost: 3598 >AE017037.1/59439-59627 CCUUUCAAAAGGAAAAUAGGUACACGAACAUUUCGUUUCGUGUUUAAAAGGGAAGCUUGGUGAAACUCCAACACGGUCCCGCCACUGUAAAUGCUGAGAUUUCUUUUUGAUACCACUGUGAAAACGGGAAGGUAAAAGAAAUUAUAUGAAGCAUAAGUCAGGAGACCUGCCUGUUUUAACAACACUGAU ((((....))))((((((((((((((((........)))))))......((((...((((.......)))).....)))).(..(((...(((((..(((((((((....((((.((((....))))...)))))))))))))......)))))....)))..)....)))))))))............ >AE017249.1/124649-124462 AAUAACGGUUUCGGUCUUGGUGCUCCUUUUAGCUAAGGAGUGAAAAGGGAAUCAGGUGAAAGUCCUGAGCAGUCCGGCUGACGUAAGUGAGAGAGUUGUUUUUCAAAAUGCCACUGGUUUAUUCCGGGAAGGCGAAAAUCAAUGAUGACCUCCGAGCCGUAAGACCUGCCAAUGACUAUAAGGGUAAA ......(((...(((((((..(((((((......)))))))......(((.(((((.......)))))....)))((((.((....))..(((.((((((........((((.((((......))))...)))).........)))))))))..)))).))))))).))).................. >AE014432.2/6200-5972 UCGCAAUUUUCAGGAGACGGUUCCGCCAUUGCGGCGGAUGAAAAGGGAACACGGUGAAGCCAUAGGGCUGAAACCGAGACUGCCCCCGCAACUGUAACCGGAGAGCUAUCCUCCACAGGCCGCGCAAGCGGCCAAAGCCACUGAAAGCAGCAAUAUGCUGCAAUCGGGAAGGCGGAGGCAAAGCGAAGACCCGGAAGUCAGGAGACCUGCCGUAUCCGGUCACCCAUGC ((((..(((((.((..(((((((((((.....))))).......(((..((((((..((((....))))...))))....))..)))..))))))..)).)))))....(((((...((((((....))))))...(((.((((..(((((.....)))))..))))...))))))))....)))).((.(((((.(.((((...)))).)...)))))))........ >AE014429.2/552-315 GUGUCAAACCAUGUGACAGGUUUUGCCGGAACGAAUCCCCGGCAAUACCAAAAGGGAAUGCGACGGACGGACCCACGCCGGGCGUCUUUAUCGCAGCCGACCCCGCGACUGUAGAGCGGAGAGGGAAGAGGCAAGCCGGGCAACCGGCAGCCACUGGAAAUCAGAUAGAUUUCUGGGAAGGCGCUUUAUUCCCCAAGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCUGUUGCAUGAGGGCAUUG .((((....((((..((((((.(((((((.........)))))))........(((..(((((.(((((..(((.....))))))))...)))))......))).(..(((....((((...((((((((((..(((((....))))).(((.(((((((((.....)))))))))...)))))))).)))))......))))....)))..)....))))))..))))..))))... >AE009122.1/6687-6504 CCAUAGCUUCUCCGGUCAGGUGCCCGCCCUUGCGGCGGGAGAAUCGGGAAUCCGGUGAAAGACCGGAACGUGCCCAACGCUGUAAGGCGGAUGCUCUUUUUCUCAUGCCACUGAAGCAAUUCGGGAAGGCGAAAGGGGCGGAUGAAGCUUAGUCAGAAGACCGGCCUGGCAGGAUAGACCGAAC ......((..(((.(((((((((((((.(((((((((.(.....)(((..((((((.....)))))).....)))..))))))))))))).((((((((((.....(((.(((((....)))))...)))))))))))))......))...(((....)))..))))))).))).))....... >M57569.1/218-26 CGGUAGCAUCCGUGGGCCGGUCCUGUGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGAAAAUCUGGAGCUGACGCGCAGCGGUAAGGAAAGGUGAGAUGAGAGCGUAAGCAGACACCUGUCCGGCGGGAAGUCAUCAUUUCUGCUAUCCAGCCAACGGAUAACCCUCCAAGCCCGAAGACCUGCCGGCUAACGUCGCAUCUGG .(((.((...(((..(((((((((((......)))))...(((((.......)))))((((.....))))(((..(((..((((((((((..((....)).(((.((((.....))))..))).)))))))...(((((.......)))))))).)))..))).........))))))..)))..)))))... >AE004105.1/5235-5438 UACUAUCAGCGCCAAGCUGGUGCUAUUUAGAUGCCUGGAUGGCUAAAAAUGGCUGAAAAGGGAAUCCGGUGUAACUCCGGAACUGACGCGCAGCGGUAAGAGAGAACGAACGCUCAAACGACACUGCUUUUCGAGUGGGAAGUCGAGCCAGUAGGCCAACAGUGCUCUCAAGUCCGAAGACCUGCCAGCAACUGAGUUAUGCAG ....((((((.....))))))((.((((((..(((((..(((((....((.((((....((...(((((.......))))).))......)))).))..(((.(......).)))...((((.(((((.....)))))...))))))))).)))))......((((..((.(((....))).))..)))).))))))...)).. >AP005947.1/24717-24919 AUCCUAGAUGCUCGCGACGGUUUCCCCCGAGAGGGGAUGAAAAGGGAAUGCGGUGCGGGGAUGUUUCCCCAAUGCCGCGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGAUAAUCCUUCGUCAGAAGCCACUGGGUCCUCGGUCCCGGGAAGGCGACGAAGUGGUGACGACCCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAGCCGUGGUCACACG .((((....(((((((..((((((((((....)))).......(((..((((((..(((((....)))))...))))))....)))((((........))))...((((((((((....(((.(((((.(....).)))))...)))))))))).))))).))))))))))).))))((((.............))))..... >AP003190.2/44501-44328 AAUAAAAUAAGAGCAUUAGGUGUUUAGUAACUUAAUAGGGAAAGUUAAAAACUGCAGCCCCCGCUACUGUUGAUAAGGACGAGAAUAAAAAGCCACUGUGAUAAAUAGUCAUGGAAAGGAUUGUUUUAGGAUGAUUUAUUAGCCAGGAGACCUGCCUAGUAUGCUAUUCUUAUU .....((((..((((((((((........))))))).(((...((........))..)))..)))..))))(((((((((.(((((((....((.(((((((.....)))))))...)).))))))).).......((((((.(((.....))).)))))).....)))))))) >AE016867.1/236456-236654 UUUACCAUGCCGGCCGUCGGUUUCCGAGAGGAACUAACAGGGAAUUCGCCAGCUUUGUUUCAAAGGCCAAAACGAAACUGCCCCCGCAACUGUAGGCAUCGAGCCUGCUCCAAGACUGCCACUGGAUUCAGAUCCGGGAAGGCCGGAGCAUGGUGAUGACAUGCCAGUCAGGAGACCUGCCGACCCGAUUCAACCAACU .((((((((((((((((((((((((....))))......(((..((((...(((((......))))).....))))....))).....)))((((((.....)))))).....))).....((((((....))))))...)))))..)))))))))((((......))))(....)....................... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/cobalamin_10_5.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:555 3869 Sample 1:752 3951 Sample 2:692 3815 Sample 3:686 3928 Sample 4:718 3948 Cost: 3815 >AE016932.1/22310-22515 UAUCUUUGUCCCCGCAUUGGUUUGCGACUCUCAUCACGAGGGAAGCGAUUAAAAGGGAAUCAGGUGUAAAUCCUGAACAGUCCCGCUGCUGUAAGUUCCAUAGAUAUGUUGCGAGCAAUCUACUCAAAGCCACUGGAAAGAAAAUUCCGGGAAGGCGCCCGCAACAGGAAUAAGUCAGAAGACCUGCCAUGUAAAAUCCGUUUCAC .............((((.(((((((..(((((.....)))))..))))......((((.(((((.......)))))....)))).((.(((...(((((.......(((((((.(((......)....(((.((((((......))))))...))))).))))))))))))....))).))....))))))).............. >AE010542.1/7559-7740 UUAAUAUCAUGUCAAUUAUGUUCCUUAUUUUUUAAGGCUAAGAGGGAAUUUGGUGAGAUACCAAAACGAGCCCGUCGCUGUAAUUGAGUUUUUUCUUGUUUUAUACCACUGGAUUUUUAUUUGGGAAGGUAAAGAAAUAUAAAUCAUAAGUCAGAAGACCUGCAUAAUUGAAUUACUCUAUC ...........((((((((((.(((((.....)))))......(((..((((((.....)))))).....)))(((.(((....(((.....(((((......((((.(..(((....)))..)...))))))))).......))).....)))..)))..))))))))))........... >BX294140.1/211185-211419 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GUGUACUAGGGUCAAUGUGCUGGCCUCGGCCAGCGCGCGUCCGCAGCGAAGCCGGUGGGAAUCCGGCGCUGUCCCGCAACGGUGAUGGGGCCCGGCCCCGAGUCCGGUCGACUGUGGACGUGUCCCCACAUUGCCCCGGCGCAGGGUCAGCCCCACGAGCUGCCUGCGCGUGCACCGCGAAGGACGGCCCGUGGAUUUGAGGUUCUUGUCCGAGCCCGCAGGCUCACGAGGGCAGCAGCGCCCUG ........(((.((((((((((((....))))))((((((((((((((..(((((((((...(((((.(..(((((...))).))..).).)))).))))...))))))).))))))))))))....)))))).)))(((((....((((..(((((.(((((((.((((.....)))).))).)))).)))))..)))).(..(((((..(((((....))))))))))..)....)))))... >BX572608.1/190529-190732 ACUUCUAAUGGCGGUGACGGUUCCCGAGAGGGAUGAAAAGGGAAUACGGUGCGGACGCAGACACUUUCGCGUUCUAGGCCGUAGCUGUUCCCGCAACUGUAAGCGGAUCGUCUUUCGUCGGAUGCCACUGGGAACCUCGGUCCUGGGAAGGCGACGGAAGAUCAACCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAUUCGUGGUCACACG ......(((((((((...(((((((....))))......(((((((((((..((((((.((.....))))))))...)))))....)))))).(..(((...((((...((((((((((....(((.(..(((.(....))))..)...)))))))))))))...))))....)))..)))).)))))))))((((....)))) >AE007744.1/3364-3542 AAAUAAUACCAUAUUUUAGGCACCUAAUCUUAGGUUUAAUAGGGAAAUUGGUGAAAAUCCAAUGCAACCCCCGUUACUGUAUACAGUUACAAAACCAAUGUCCACUGGAGUUUUCUCUGGGAAGGAUGGUUGAGGCUAAACUGUGAGCCAGGAGACCUACCUAAAAUAUUAUGGAACUU ........((((((((((((.(((((....)))))....((((...((((((....).))))).......((((.((((....)))).))..(((((...(((.(..(((....)))..)...))))))))..((((........)))).))...)))))))))))...)))))..... >AE016990.1/90583-90393 CUGUAGCAUCCACUUGCCGGUCCUGUGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGCGAAUCUAGAGCUGACGCGCAGCGGUAAGGAAAGGUGCGAUGAUUGCGUUAUGCGGACACUGCCAUCCGGUGGGAAGUCAUCAUCUCUUAGUAUCUUAGAUACCCCUCCAAGCCCGAAGACCUGCCGGCCAACGUCGCAUCUGG .....(((((..(((((((.((((((......))))))......(((((..((.......)))))))..)))))))....)))))((((...(((((..((((...))))...(((((((((((.........))).(((((...))))).................))))))))..)))))..))))... >BX572595.1/100553-100338 UUUGAUCGCGCCCGUUCAGGUGUGCCGGGAAUCGUCCGGCACAGGGAAGCCGGUGCGGGCCCAAGCUUAUGGCCGCAAACCCAAAUCCGGCGCUGCGCCCGCAACUGUGAGCGGUGAGCGAUCCUUCAAUCGGCCACUGGGCAGCACUUGCCCGGGAAGGCGAAGGAUUGCGACGACCCGUGAGCCAGGAGACCGGCCUGAGUACGUCAUCUUCCA ...(((.((((((((.(...(((((((((.....)))))))))((....)).).))))))....(((((.(((((....((....(((((((((((...(((....))).)))))).((((((((((.....(((.((((((((...))))))))...)))))))))))))......))).))....))....))))))))))..)).)))..... >M34485.1/360-150 UUUACACAAUUCGUAACAAGUUAAAAGCAUUCGCUUUAGGGAAACUGGUGCAAAUCCAGUGCUGCCCCCGCAACGGUAAAAAUGUAAACCAUAUUAAAAAAGUCAUUUAGACUUACGCCACUGCAUGCAUAGAUGUGGGAAGGUGAAUAUGCUUGUCUCUUUUUGAGAUGCCAUUUGAGUCCGGAGACCUGCUUGUUACAUCUAUCCACUC ............(((((((((..(((((....))))).(((..(((((.......)))))....)))..((..(((...(((((.....((((((....(((((.....))))).((((.(..(((......)))..)...))))))))))...(((((.....)))))..)))))....)))..).)..)))))))))............ Complete/log_glms.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/glms_10_1.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:399 3086 Sample 1:498 2983 Sample 2:493 2963 Sample 3:521 2930 Sample 4:495 2967 Cost: 2930 >AL935254.1/94449-94600 UAAAGCGGAAUAGCGCCAGGACUUUAGAAUCUAAAGUUGACGAGGAUGACGUUUAUCGAUAAUCGACGGGUGACGUCAGGGACUGCACUCUACAGGUCAAUUACAAAAACCGACUGUGAGGUUGGUGACAGAUAUAUUGACCACGCAGCUAG ..........(((((.(((((((((((...))))))))........(((((((..((((...)))).....)))))))....))))........(((((((.......(((((((....))))))).........))))))).....)))). >AE016953.1/223108-222961 CAAUAUCGGAUAGCGCCAGACCUGAACGUUCAGGUGACGAGGAGAGAGCUUAUCGAAGAUUCGGCGGGUGGCUCUAGGGACUGCACUCUACAGAUAACAAAGAAAAACUAAUUGUGAAGUUAGAACAAAGCGGUUAUCACGCAGGUAG ............(((((..((((((....)))))).....((((...(((..((((....))))..)))..)))).))..............((((((.........((((((....)))))).........)))))).)))...... >AE016998.1/163176-163331 UAAAUUAUAAAAGCGCCAGAACUACAAAUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG .............((((..(((((((.....)))))))........(..((((....))))..))))).....(((.(((((((.....)))))))((..(((((((((....(((((((....))))))).....)))))))))..))..))).. >AE010557.1/24-169 UAUGUAAAAGAAGCGCCAGAACUCUUUUUAGAGUUGACGAGGAUUGGAAUUAUCGAAGUUUUCGGCGGAUGUUCCAAAGGUGGUUACAACCAUUAUCAACAAAAACACAGAGCAAUUUGUGUAACAAAGAGAUAAUAGUAACAAUC ............(((((..((((((....))))))...(((((((.((....))..))))))))))((.(((.((......))..))).))((((((.......(((((((....)))))))........)))))).))....... >AP004593.1/258876-259044 CUAUAAUCAAAAGCGCCAGGACUAUUCUUCGGACGGAUAGGAAGGAUAGUUGACGAGGUAGGAGGUUAUCGAAUUUUCGGCGGGUGCCUCCCGGCUGUCAUCACAGUCGAAACUUUAUCACUAAAACAGUAGGGUGACCUAUUGCACAAAAGGAUAAAGAAAGAUGUCU ............(((((..(((((((((((..........)))))))))))......((.(((((((....))))))).)).)))))....((((((......))))))...(((((((.......(((((((....)))))))........))))))).......... >AE017024.1/157527-157682 UAAAUUAUAGAAGCGCCAGAACUACAAGUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG .............((((..(((((((.....)))))))........(..((((....))))..))))).....(((.(((((((.....)))))))...(((((((((....((((((((....)))))))).....))))))))).....))).. >AC078934.3/32621-32405 AGUACAGUUAAAGCGCCUGUGCAAAUAAAUAUUUGUAUUUGAAGAUUAAAGGUUAAUAUAUGAGUGGCCUUUAUAGAGUGCAAUAUAUGUAUUUGUAGACGAGGAGGAUAGUGAUCGAAUAGAUCGGCGGAUGCUAUCCCGGAUGUGGCUCAUUCGUUAGCUUAUUAAGUAAAACAUUAGGGUGACUUAAUGGACAAAGUUAAUAAGAUCGCCAGAA ............(((((((((((((((.((((((((((((......(((((((((.........)))))))))..)))))))).)))).)))))))..)).))).(((((((((((.....)))).......)))))))((((((.....))))))....((((((((.(....(((((((....))))))).....).))))))))..)))..... >AP001507.1/288766-288933 AUGACAGUUGAAGCGCCAGGACUAUUCCACGGACGGUAACGGAAUAGUUGACGAGGAGAGGGUUUAUCGAAGGUUCGGCGGAUGCCCUCCGGUUGCACAUGACAGCCGCAAGCUUUUGUAAAAAACAGAGGGGCGACCUUCUGGACAAAGGCAAAAGCGUUCAUGCUA ...........(((((...(((((((((((.....))...))))))))).....((((.(.(((..((((....))))..))).).))))((((((....).)))))))..((((((((......(((((((....))))))).......))))))))......))). >AE013165.1/2616-2459 UUUAAUUUAGAAGCGCCUGGACUUAAAGCCUUAAGGCUUUAAGUUGACGAGGGCAGGGUUUAUCGAGACAUCGGCGGGUGCCCUGCGGUCUUCCUGCGACCGUUAGAGGACUGGUAAAACCACAGGCGACUGUGGCAUAGAGCAGUCCGGGCAGGAAA ............((((((.(((((((((((....))))))))))).......((.((((((....)))).)).))))))))(((((((((.......))))......((((((.(....((((((....)))))).....).))))))..)))))... >AE015944.1/292739-292466 AAAUAUAAUAAAGCGCCAGGACUUAGGUGAUGAAACUCAGACUAUGGUCUGAGUAAGUUCGACUAACCAAAUCACAGAUUUGGAGUAAGAUUAAUGAAACUCAGACUAUGGUCUGAGUAAGUUCCACCAACCAAAUCACAGAUUUGGGGUGUCACUUAAGUUGACGAGGAUGGGGAGUAUCGAAUCUUCGGCGGGUGCCCCACGGUACUGCACUACCGUUAAAGAUUGACAAAACCAAGGAGUAAUUUUUGGUACAAAUCAAUCAGGUGUUAAA ...........((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((..(((..(((((((...))))))))))..))))......))))))))))))))))))))...)))((((..(((((((...)))))))))))))))))))))...(((((((.((.....))..)))))))((.((((((....))))))))....))......((((((....((((((((....)))))))).....)))))).))))))... Complete/log_lysine.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/lysine_10_1.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:282 2677 Sample 1:462 2438 Sample 2:476 2490 Sample 3:477 2417 Sample 4:483 2472 Cost: 2417 >AE017007.1/287994-288186 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAGAGUACGACGGACGAGACACAGAGAAUGUCACCGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUCUCCGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG ...((((((((.(((((((((((((........((((((((.((((.......))))..))..)))))).......)))))))))(..(((((((((((((.....)))))))))))))..).((((.(((....)))))))))))..((((((((((.........)))))))))).....))))))))... >AL596166.1/112469-112272 UGGUGAGGUAGAGGUUGCGAGAUGCACUAGUAAUUUUUUCGAGGCGAAACAAAGACGCCAAUGACAAAAAACGAACAGGUUAAUCGCCGAAGUGACUAUUUUUUCUUUGUAUCGAAAUAGUUGUUGGGACAGUUUCCUAAAGGAGCUGGACUGCUAUAAGAAUUUGUCGAAAUUUCUUAUAGGUGUGCUAUCUGACAA ..((.((((((.((((..........(((..((((.((((((((((.........))))....(((((.(((......)))..((((....))))..........))))).)))))).))))..)))..(((((((.....))))))))))).(((((((((.((.....)).))))))))).....)))))).)).. >AE007856.1/5090-5262 ACCUAGGGUAAAGGUGCUGUAGUUAUUAUUAUUUAUUCUUAGCUGGCAAGCUUUGAGGGAUAAAGAAAGGAAUUGCAGCCGAAGAAGGAUUUCCGGCAGGAACUUUUUCUGGUUUUGUAUAAAAUAUAUGCAGAACUGUCACUAUUCUUUUAUAGUGGAGAGCUACAAGGUGC ((((...(((...(.(((((((((.......(((((((((((((....))))...)))))))))......))))))))))..(((((((.((((....)))).)))))))(((((((((((.....))))))))))).(((((((......))))))).....))).)))).. >AE004127.1/7715-7538 UCUAGCAGAAGAGGAGCACUGCCCAGGCAGAUGUUUUGUGGAGCCUCAACUCCAAUACAGAACAUUCAGGGGGAGUAGUGCCGAGGUGAAUCAAAGUUGUGGCUUUGGUUUAUCGGUUGAACGGGCUGAAUCCCUUCAACUGUCAUCAGCUCGAAUCUGAUGAAGAGCUUCUGAGGGA (((..((((((....(((((((((......(((((((((((((......))))...)))))))))......)).)))))))...((((((((((((......))))))))))))(((((((.(((......)))))))))).(((((((.......)))))))....))))))..))) >AE013149.1/9167-9356 AGGUGAGGUAGAGGCGCGGGUCAUCAAGAGUAACAUGCCAGAGGUGUUAAGGGCCGAUGAAGGUGUGUGAAAGGGGUGCCCGCCGAAGCGCGUAAACUUCCUUAAGGUUUACGCAGCUGGGCCUAUGCCGAACAGGUAUAGGACUGUCACUGAAGGCUCCCCAGGCCUUCAGUGGAGAGCUAUCUCGCUA .((((((((((....(((((.((((.......(((((((...(((.......)))......)))))))......)))))))))...(((((((((((((.....)))))))))).)))((.((((((((.....)))))))).)).((((((((((((.....))))))))))))....)))))))))). >AF270308.1/2156-2331 AAUAGAGUUAGAGGUUGCAUUAUUAAUGACUAACUUAUCAGAAGUCGUAUGGGACAUGUGUUGAAUAAGUGAAAGGUAAUAAUGCCGAAAUGAUGUUAUUUCCAUAAAUUAGCAUUGUUGGGACAACUUUCGAAUAGAAGUUGUACUGUCACUUUAUGUGAUGUGCUACCUUAUAU ..........(((((.(((((((((.......(((((((((..(((......))).....))).))))))......))))))).((..((..((((((...........))))))..)).))((((((((......))))))))...(((((.....)))))..)).))))).... >AE001799.1/20444-20268 GACCCGACGGAGGCGCGCCCGAGAUGAGUAGGCUGUCCCAUCAGGGGAGGAAUCGGGGACGGCUGAAAGGCGAGGGCGCCGAAGGGUGCAGAGUUCCUCCCGCUCUGCAUGCCUGGGGGUAUGGGGAAUACCCAUACCACUGUCACGGAGGUCUCUCCGUGGAGAGCCGAUCGGGUC ((((((((((.(((((((((..(.......(((((((((.((.......))....)))))))))......)..))))))......(((((((((.......))))))))))))..((((((((((.....)))))))).)).((((((((....))))))))....))).))))))) >X00008.1/296-492 CAGGCCAGAAGAGGCGCGUUGCCCAAGUAACGGUGUUGGAGGAGCCAGUCCUGUGAUAACACCUGAGGGGGUGCAUCGCCGAGGUGAUUGAACGGCUGGCCACGUUCAUCAUCGGCUAAGGGGGCUGAAUCCCCUGGGUUGUCACCAGAAGCGUUCGCAGUCGGGCGUUUCGCAAGUGGUGGAGCACUUCUGGGUGA ...(((......)))...((((((.......(((((((.((((.....))))....)))))))...((..((((..((((..(((((.((((((........))))))....(((((.((((((.....)))))).)))))))))).((((((..((....))..))))))......))))..))))..)))))))) >AE017274.1/20257-20449 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAUAGUAAAACGGACGAGACACAGAGAAUGUCUUAGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUCUCCGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG 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150 samplings 5 comprehensive Sample 3:453 2357 Sample 0:248 1920 Sample 1:316 1830 Sample 2:343 1863 Sample 4:430 2330 Cost: 2302 >AE004193.1/5679-5861 UUUCGCCGUAGAGGAGCGGUUACGAAAAGUAUCCACAGUUGGGGUGAUGCCAAUGAAUUGUGGAAAAAGGCGUUGCCGCCGAAGUCAACUUGCCCAUCAACGCAGUUGGCUGGGGUUACAUUCAAUAGGUGUAACACUGCCAUAGUCUAUAUUGUUGUUAAACUAUGGAGCGCUACUGUAGGG .....((.((.((.((((((.(((.......(((((((((..((.....))....)))))))))......))).)))((...(((((((.(((........)))))))))).((((((((((.....)))))))).)).(((((((..(((....)))...))))))).))))).)).)).)) >AE010489.1/2647-2468 AUAAAAAAUAGAGGUGCAUAUAUGUAGGUAGUGUGAAAAUGUUAAGGUAUAAGCCACCAAUGUUUCACAUGAAGGGCAUAGUUGCCGAAAGAAAGUUAAUUGCUUAUGAUUAAUUUUCUUGGUCAAUGUCAACAAGCAUUGACUGUCAUAUUCUUUUGAAUAUGGAGAGCUAUUUAUAGU .....((((((..(.(((..(((((.....(((((((.(..((..((......))...))..)))))))).....)))))..))))..(((((((((((((......)))))))))))))(((((((((......))))))))).((((((((....))))))))....))))))..... >AP001517.1/215539-215348 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AAAAGAGGUAGAGGCGCGAGAAUCAAGAUUACUAAAAUGGAGUUAAGUAGCGUAGAAGUUUUAGGAAAGGGAUUAUCGCCGAAGUUUUUGGCUAAUACUUUAAGGCUAAAUGCUGGGGUUGUAUAGAAUAUAUACAACACUGUCACAAAAUGUGGAGAGCUAUCAUCUUA ..(((((((((....((((.((((.......(((((((...(((....)))......)))))))......)))).))))...(((.(((((((..........))))))).)))((.((((((((.....)))))))).)).((((.....))))....))))).)))). >AL591976.1/186683-186486 UGGUGAGGUAGAGGUUGCGAGAUGCACUAGUAAUUUUUUCGAGGCGAAACAAAGACGCCGACGACAAAGAAUGAACAGGUUGAUCGCCGAAGUGACUAUUUUCUCUUUGUUUAGAAAUAGUUGUUGGGACAGUUUCCUAAAGGGGCUGGACUGCUAUAAGAAUUUGUCGAAAUUUCUUAUAGGUGUGCUAUCUGACAA ..((.((((((.....((((...((.......(((((((((.((((.........))))..)))..))))))......))...))))...((..(((((((.((........)))))))))..))((..((((..(.....)..))))..)).(((((((((.((.....)).))))))))).....)))))).)).. >AP004827.1/261938-261763 AAUUGAGUUAGAGGUUGCAUGUUUAAUUAGUAACUUGUCAGAAGUAUUUAUGGUACAUAAGUUGAACAAGUGAAAGGUAAAGAUGCCGAAAUAGAUAUAAACCAUAAAUUAUAUCUAUUGGGACAGUUUUCGAAUAGGAACUGUACUGUCACAGAAUGUGAUGUGCUACCUUAUAU 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GGUGAAGAUAGAGGUGCGAACUUCAAGAGUAUGCCUUUGGAGAAAGAUGGAUUCUGUGAAAAAGGCUGAAAGGGGAGCGUCGCCGAAGCAAAUAAAACCCCAUCGGUAUUAUUUGCUGGCCGUGCAUUGAAUAAAUGUAAGGCUGUCAAGAAAUCAUUUUCUUGGAGGGCUAUCUCGUUG ..(((.(((((((((....)))))........((((((.(((((.(((((.((((.(((....(((.((...(....).)))))..(((((((((.(((.....))).)))))))))((((.((((((.....)))))).)))).))))))).)))))))))).)))))))))))))... >AE013039.1/9145-9323 CGCAUAAAUAGAGGAGCUGCCAAGCAUGUAUUUGGCGAGGUGUUAAGGAGAAGAACCUCCAAUACUCGCUGAAGAAGGUUUGGCUGCCGAAAGGGUGAGCUUGUUCUUGAGCUCAUCCUUGGUGGUAAACACAAAGUUUACCACUGUCAUGGGACCUCCCAUGAAGCGCUAUUUAUGCA .((((((((((.......(((((((.....((..((((.(((((..((((......)))))))))))))..))....))))))).((...((((((((((((......))))))))))))((((((((((.....)))))))))).(((((((....))))))).)).)))))))))). Sample 2:339 1844 Sample 3:347 1929 Sample 4:345 1859 Cost: 1844 >AE007576.1/1562-1747 ACCUUUUGUAGAGGUGCUUUAAGUCAAGAGUAACCGUUUGGAGUUGGCAAACUUAGAUGAACGGUAAAAGGGGCUUUUAGCCGAAGCAUUUAGAUUGGCAGAUUUAUUUGCUGGCUUUUCAUACAACAUAUGAAUGGCUGUCACUUUAUUAGUUAGUUAUUAGGUAAGUGGAGCGCUACAAGGUAC ((((..(((((....(((..(((((.......(((((((.(((((....)))))....)))))))......)))))..)))...((((..((((((....))))))..))))((((.((((((.....)))))).)))).((((((..(((((.....)))))..))))))....))))))))).. >AE017033.1/217118-217310 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAGAGUAAAACGGACGAGAUACAGAGAAUGUCUAAGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUGUCUGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG ...((((((((.....(((((((((.......(((((((..(((((.......))))).....)))))))......)))))))))...(((((((((((((.....)))))))))))))((..((((.(((....)))))))..))..((((((((((.........)))))))))).....))))))))... >AE017154.1/86844-87014 ACAAAUUGUAGAGGUGCAAAUCCGAUAAGUAUUUCUUCUGAGUGGAAAGCGAUGAAGGGGAAGGAAAGGCGUAUUUGCCGAAAUCAAUUAAGCGUCAUCUUAGUUGGUUGGGGUCGUUGCCGAAAGGGACGACACUGUCGUAAUUCAAUAUUACGGAGUGCUACUAUUAGG .......((((.(((((...(((........((((((((..((.(....).))..))))))))....((((....))))..(((((((((((......))))))))))))))((((((.((....))))))))....(((((((.....))))))).))))).)))).... >AE017000.1/234265-234084 CGGUGAGGUAGAGGUUGCAAUCAUUAAGAGUAUCAUUUCAGGAGAUGUAGUGGCAUUGAUGAAGGAAUGAGAAAGGAAUGGUUGCCGAAGUAAGUCGUGUCCACCAUGCACGCUUGCUGGGUCUGCAUUUAAUAAGUGCAGAACUGUCACAAACGUUUCGUUUGUGGAGAGCUAUCGAGAGG ......(((((.....(((((((((.......(((((((.(..((((......))))..)...)))))))......)))))))))...((((((.(((((.......)))))))))))((.((((((((.....)))))))).)).(((((((((...)))))))))....)))))...... >AE017269.1/77627-77808 CUCAAAGGUAGAGGCCGCGAUAGGAAAGAGUAAGCUAUGGGAGAUUUAAUGGGAUCUGUGAUCAUAGGUUGAAAGGGACUAUUGCCGAAAUAUAAGAAUAACCAUCUUAUUCAUAUAUUGGGACUGCAUUGAAUAAAUGUAGUACUGUCAUAAGAUUUAUUUUAUGGAGAGCUAUUUGGAGA 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AAAAGAGGUAGAGGUCGCGGUUUUUAUUACGCUUGUGGAGUGAGAGGACACUGGGAAGCAAGUUUAGGAUCAAUCGCCGAAAUGCAUAACGGAGCCUCUUCUGUUGUGUGUUGGGACGUAAGUUAAGAGCUUGCGGACUGUCUUAGUAGUGAUGCUAAGUUGUGCUAUGUUUCGU ...(((.((((...((((((((....(((.((((((..((((......)))).....)))))).)))....))))).)))((((((((((((((....))))))))))))))((..(((((((.....)))))))..))..(((((((....))))))).....)))).)))... >AP005335.1/123141-123320 UAUCGACGUAGAGGCGCAAUGGUAAAGAGUAACUAUUAUUGGGGUGAUGCCAAUGAAUAAUAGUGAAAGGUAUCCAUUGCCGAAGUGAAUUGCAUAUCAAAGCAGUUUGCUGGGGUUGCAUCCGAAAGGAACAACACUGCCAUAGUAUUUAAUGUAUAACUAUGGAGCGCUACUGUAGGU .(((.((((((..(((((((((.........(((((((((.(((.....))..).))))))))).........)))))))...((((((((((........))))))))))((.((((..(((....))).)))).)).(((((((((.......)).))))))).)).)))).)).))) >U32832.1/9495-9319 UACAAAAGUAGAGGCGCAAUUAUUAUAAGUAUUUUUUCAGAGUGGAUAACGAAGAAGAAAAAAGAAAGGAAUAGUUGCCGAAAUCAAAUAAAAGUCGUUUUGUUUGGUUGGUGGCGUGCUCGAAAGGGGCGACACUGUCAUAGUUUUUCUGAUUAACUAUGGAGUGCUACGGUUGUU 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CGCAUAAAUAGAGGAGCUGCCAAGCAUGUAUUUGGCGAGGUGUUAAGGAGAAGAACCUCCAAUACUCGCUGAAGAAGGUUUGGCUGCCGAAAGGGUGAGCUUGUUCUUGAGCUCAUCCUUGGUGGUAAACACAAAGUUUACCACUGUCAUGGGACCUCCCAUGAAGCGCUAUUUAUGCA .((((((((((....((((((((((.....((..(((((.(((...((((......)))).))))))))..))....)))))))......((((((((((((......))))))))))))((((((((((.....)))))))))).(((((((....)))))))))).)))))))))). >J03294.1/2297-2476 GGUGAAGAUAGAGGUGCGAACUUCAAGAGUAUGCCUUUGGAGAAAGAUGGAUUCUGUGAAAAAGGCUGAAAGGGGAGCGUCGCCGAAGCAAAUAAAACCCCAUCGGUAUUAUUUGCUGGCCGUGCAUUGAAUAAAUGUAAGGCUGUCAAGAAAUCAUUUUCUUGGAGGGCUAUCUCGUUG ......(((.(((((....)))))..(((...((((((.(((((.((((..((((.(((....(((.((...(....).)))))..(((((((((.(((.....))).)))))))))((((.((((((.....)))))).)))).)))))))..))))))))).))))))...)))))). >AP003194.2/187997-187828 AAAAGAGGUAGAGGCGCGAGAAUCAAGAUUACUAAAAUGGAGUUAAGUAGCGUAGAAGUUUUAGGAAAGGGAUUAUCGCCGAAGUUUUUGGCUAAUACUUUAAGGCUAAAUGCUGGGGUUGUAUAGAAUAUAUACAACACUGUCACAAAAUGUGGAGAGCUAUCAUCUUA 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Complete/log_purine.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/purine_10_1.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:127 789 Sample 1:134 897 Sample 2:138 829 Sample 3:128 792 Sample 4:130 874 Cost: 789 >AF270087.1/2580-2679 AAAAUAAUUUAUAUGACUCAUAUAAUCUAGAGAAUAUGGCUUUAGAAGUUUCUACCGUGUCGCCAUAAACGACACGACUAUGAGUAACAAUCCAAUACAU ..........((...(((((((...(((((((.......))))))).........(((((((.......)))))))..)))))))....))......... >AP001509.1/209873-209971 UUAAUCGAGCUCAACACUCUUCGUAUAUCCUCUCAAUAUGGGAUGAGGGUCUCUACAGGUACCGUAAAUACCUAGCUACGAAAAGAAUGCAGUUAAUGU ........((......((.((((((..(((((((.......)).))))).......(((((.......)))))...)))))).))...))......... >AE015944.1/141656-141558 CUCUAUAAUAAAUUAUUGACUCAUAUAUCCCCUUAAUAAGGUAGGGAGUAUCUACCAGAAGCCUUAAACUUCUGACUAUGAGUGAAUAAAGCAUUGUCA ....((((....(((((.(((((((....((((.........)))).........((((((.......))))))..))))))).)))))....)))).. >AE016809.1/202496-202595 ACUUUCGGCGAUCAACGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUCUGUCGCUUUAUCCG .......(((((....((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..))))))))..)))))........ >AE007768.1/1788-1690 AAUCGUUAAUAUAGUUUAACUCAUAUAUUUCCUGAAUAUGGCAGGAUGUUUCUACAAGGAACCUUAAAUUUCUUACUAUGAGUGAUUUGUUUGUAUGCA ....((....((((....(((((((....(((((.......))))).........((((((.......))))))..)))))))...))))......)). >AL591975.1/251119-251020 AAUCCGCUACAAUAAUAUAGUCGUAUAAGUUCGGUAAUAUGGACCGUUCGUUUCUACCAGGCAACCGUAAAAUGCCAGGCUACGAGCUAUUGUAAAAUUU .......(((((.....((((((((...(..((((.......))))..).......((.((((.........)))).)).))))).))))))))...... >AP003186.2/121422-121520 UGUACUUAUAUAAGUAUAUCGUAUAUGCUCGACGAUAUGGGUUGAGUGUUUCUACUAGGAGGCCGUAAACAUCCUAACUACGAAUAUAUAGGUGAUUUC ..(((((((....((((.(((((.(..((((((.......))))))..)......((((((........).)))))..))))))))))))))))..... >U51115.1/15592-15691 GAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGCAGGGAAGUGAUCGAUAAA 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UAGUCUAUAAUAGAACAAUCUUAUUUAUACCUAGGAUAUGGCUGGGCGUUUCUACCUCGUACCGUAAAUGCGAGACAAUAAGGAAAUUCGAUUUUUUAG ..................(((((((....(((((.......))))).........((((((.......))))))..)))))))................ >AP004596.1/203844-203943 AACCUUAUAUAUAGUUUUUUCAUAUAAUCGCGGGGAUAUGGCCUGCAAGUUUCUACCGGUUUACCGUAAAUGAACCGACUAUGGAAAAGCGGAAAAUUCG .............((.((((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))).)).......... >AP004595.1/186669-186768 GACAAUUGAAAAUGAACCUCAUAUAAAUUUGAGAAUAUGGCUCAGAAGUUUCUACCCAGCACCGUAAAUGGCUGGACUAUGAGGGAAGAUGGAUCAUUUC ................(((((((.....(((((.......)))))..........(((((.(.......))))))..)))))))................ >AP001509.1/79478-79577 UCUUUAUAUAAAGUACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAAAAGUUUCUACCUGCUGACCGUAAAUCGGCGGACUAUGGGGAAAGAUUUUGGAUCUU ...............(((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))................ >AP004595.1/160373-160472 CAAUUUUUAUCCAAUGCCUUUCGUAUAUCCUCGAUAAUAUGGUUCGAAAGUAUCUACCGGGUCACCGUAAAUGAUCUGACUAUGAAGGCAGAAGCAGGUU ...............(((.((((((.....((((.........))))..........(((((((.......)))))))..)))))))))........... >AP004595.1/169586-169685 UGAUGUAAUUGAAUAGAAAUGCGUAUAAUUAAGGGGAUAUGGCCCACAGUUUCUACCAGACCACCGUAAAUGGUUUGACUACGCAGUAAUUAUAUUUGUA ....(((((((........((((((.......(((.......)))...........(((((((.......)))))))..)))))).)))))))....... >Z99107.2/86084-86183 GAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGCAGGAAAGUGAUCGAUAAA ...............(((((((......((((.......))))...........(((((((.......)))))))..)))).)))............... >AP003194.2/163700-163601 UAAAAAAAUAAAUUUUGCUUCGUAUAACUCUAAUGAUAUGGAUUAGAGGUCUCUACCAAGAACCGAGAAUUCUUGAUUACGAAGAAAGCUUAUUUGCUUU .................(((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..)))))))...((......))... >AP001512.1/93773-93674 UUUACAUUAAAAAAAGCACUCGUAUAAUCGCGGGAAUAGGGCCCGCAAGUUUCUACCAGGCUGCCGUAAACAGCCUGACUACGAGUGAUACUUUGACAUA .................(((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))).............. /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/purine_10_3.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:106 757 Sample 1:122 767 Sample 2:121 797 Sample 3:112 641 Sample 4:113 778 Cost: 641 >AP003193.2/214121-214023 AAAACGGAAUAUAAACAAACUCGUAUAAGCUUUGAAUAAGGCAAGGCGUUUCUACCGGAAACCUUAAAUUUCCGUCUAUGAGUGAAUUUGAUAUACUAU ..................(((((((...((((((.......))))))........((((((.......))))))..)))))))................ >AE007476.1/6452-6548 AAAAUUGAAUAUCGUUUUACUUGUUUAUGUCGUGAAUUGGCACGACGUUUCUACAAGGUGCCGGAACACCUAACAAUAAGUAAGUCAGCAGUGAGAU ................(((((((((...((((((......)))))).........(((((......)))))...))))))))).............. >Z99123.2/194904-195003 CUUAGAAAAAGACAUUCUUGUAUAUGAUCAGUAAUAUGGUCUGAUUGUUUCUACCUAGUAACCGUAAAAAACUAGACUACAAGAAAGUUUGAAUAAAUUU ...........((.((((((((...((((((.........))))))........(((((...........)))))..)))))))).))............ >AL596170.1/223345-223246 AUAACUUAAAACCGAAAUACUUAUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .................((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))))............. >AL591981.1/205922-205823 AUAACUUAAAACCGAAAUACUUGUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .................((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))))............. >AB008757.1/115-16 AAUGAAUCACGCUGACUCACUCAUAUAAUCGCAAGAAUACGGCUUGCGAGUCUCUACCAGCCGACCGUAAAUCGGCUGACUAUGAGUGGCAAUGUCAGGA .............((((((((((((...(((((((.......)))))))........(((((((.......)))))))..)))))))))....))).... >AE010606.1/4680-4581 UAAAUAAUUUUAAUAAAAAUUCGUAUAAGCCUAAUAUAUGGAAGGGUGUCCCUACGGUUAACCAUAAAUUAACCAGCUACGAAAAAUGUUUUACUGUGUU ...................((((((....((........))..((.....))...((((((.......))))))...))))))................. >Z99107.2/14363-14264 AAUUAAAUAGCUAUUAUCACUUGUAUAACCUCAAUAAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGAUUACAAAAUUUGUUUAUGACAUU ....................(((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..)))))................. >X83878.1/168-267 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC .................((((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))).............. >AP003186.2/211688-211589 UAAGUGUAUUAAAUUUUAACUCGUAUAUAAUCGGUAAUAUGGUCCGAAAGUUUCUACCUGCUAACCGUAAAAUAGCAGACUACGAGGAGUUGUACUAUAA ...................((((((.....((((.........))))..........((((((.........))))))..)))))).............. 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Complete/log_s_box.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_1.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:177 1415 Sample 1:244 1415 Sample 2:248 1294 Sample 3:244 1417 Sample 4:227 1285 Cost: 1285 >AP004828.1/56121-56010 CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUUUUUAUAAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAGGUCUGAACGAUAAGAG ((((((((..((..(((...(((.(((.......)))...))).(((.((((((((.....)))))..))))))...)))..)).(((((......)))))...)))))))) >AP003193.2/95783-95678 CUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGAAAAAGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAGUGAGAAAUCACUACGGUGCCAAUUCCGGUAAAGAAAUUCUUUACAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.......)))).....))).(((.((((((((....)))))..))))))..)))..((((((.....))))))..)))))))) >AE007554.1/96-198 UUCUUAUCAAGAGUGACGGAGGGAUAGGCCCUAUGAAGUCCGGCAACAUCCAAUUAUUUUGGAGAUGUGCUAAUUCCUACAGGUUUAUCCUGAGAGAUGAGAA .(((((((..(((((((..((((.....)))).....))).((((.(((((((.....)))))..)))))).))))...((((.....))))...))))))). >AL596165.1/180914-180814 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1653 Cost: 1625 >AE016745.1/287368-287470 CUCUUAUCGAGAGAGGUGGAGGGAUGUGCCCUAAGAAGCCCGGCAACCGUCUAAAAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUAUAACUUUAGAAGAUGAGAG ((((((((....(((((..((((.....)))).....))).(((.((((((((...))))..)))))))...))...(((((.....)))))...)))))))) >AE007573.1/4052-3947 AUCUUAUCAAGAGUGGUGGAGGGACUGGCCCUUUGAAACCCGGCAACCAGUAUAUUUUUUAAUAUAUGUGGUGCUAAAUCCUGCAGCAAACGCUGAUAGAUGAGAA .(((((((....(.(((..((((.....)))).....))))((((.((((((((((....))))))).)))))))........((((....))))...))))))). >AE016744.1/15971-16071 ACCUUAUUUUGAGAAGCAGAGGGAUUUGGCCCGUAGAAGCUUCAGCAACCGACUUUAAAUAGCACGGUGCUAAUACCAACGAGCAACUCGAAUGAUAAGUA ..((((((....(((((...(((......)))......)))))(((.((((.((......))..)))))))........((((...))))...)))))).. >AE015937.1/3369-3474 CUCUUAUCGAGAGAGGUGGAGGGAAAGGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAAUAUUUUUAGAAGUAUUAAGGUGCCAAUUCCUGCAGAAAGUUCUGCAAGAUAAGAG ((((((((....(.(((..((((......)))).....))))((((.(((((((((....)))))))..)))))).......(((((....)))))..)))))))) >U52812.1/691-829 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...(((((....((((((..(((.....))).....))))))(((.((((((((...))))).))))))...........)))))...((((........))))... >Z99123.2/188544-188650 UCCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUGCGAUACCCGGCAACCGCUGUUUAACAGAAUGGUGCUAAAUCCUUUAGAGCAAUGAUUGCUCUUGAAGAUAAGGU .(((((((....((((.(.((((.....)))).).......(((.(((((((.....)))..)))))))....)))).((((((.....))))))....))))))). >AE013162.1/3974-3865 CUCUUAUCAAGAGUGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAACCCGGCAACCGGCACGUAAGUGCUUGGUGCCAAUUCCUGCAGGUUGGGGUUACCCAGCCUGAGAGAUGAGAG ((((((((....((((.((((((.....)))..........(((.((((((((....)))).)))))))..)))))))((((((((....))))))))....)))))))) /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/s_box_10_3.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:200 1452 Sample 1:270 1392 Sample 2:231 1435 Sample 3:281 1407 Sample 4:266 1502 Cost: 1392 >Z99111.2/15242-15342 UUCUUAUCAAGAGCAGGCAGAGGGACGAGCCCGAUGAAGCCCGGCAACCGACUUAUAAAGCACGGUGCUAAUUCUUGCAGCUAGCGGCUGAGAGAUAAGAU 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>AE015940.1/248618-248510 AGCUUAUUAAGAGCGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAGCCCGGCAACCUGUAUAUGUGUUUGCAUAUUAUAAGGUGCUAAAUCCUGCGGUGUAAACCGAGAGAUGAGGA ..((((((...((((((..((((.....)))).....))).....((((..((((((....))))))....))))))).....((.((((....)))))).)))))).. >AL591974.1/109385-109266 CUCUUAUCGAGAGCGGCAGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCCGGCAACCUAACUUUAUUUAAGCAUAAAGUGAAGGUGCUAAUUCCAGCAAAAUGGUGUAUUCCGUUUUGGUAGAUAAGAG .(((((((..(.((..((..(((.....)))..))..)).)((((.(((.(((((((......)))))))..)))))))........((((((((......))))))))...))))))). >L42943.1/254-144 CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUUUUAUAAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAGGUCUGAACGAUAAGAG ((((((((..(((((((...(((.......)))...........(((.((((((((....))))))..)))))...))))))).(((((......)))))...)))))))) >AE012834.1/3852-3958 CUAUCAUCCAGAAAGGCGGAGGGACUGGCCCUGCGAAGCCUUGGCAACCUUCAUUCCACAUGAGCGGUGCCAAAUCCAUCCCGGAGGAAAUCCGGGAAAGAUGAUGU .(((((((....((((((.((((.....)))).)...)))))(((.((((((((.....))))).)))))).......(((((((.....)))))))..))))))). >AP001518.1/137068-136956 CUCUUAUCCAGAGUUGGUGGAGGGACAGGCCCGAAGAAACCCCAGCAACCAACACCUGUUAAACAAAGGUGAAAAGGUGCUAACCUGCAAGGCGUUGCCUUGAAAGAUAAGAG ((((((((.((.((((((...(((.....)))......)))..(((.(((..(((((.........)))))....))))))))))).((((((...))))))...)))))))) Complete/log_trna.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_1.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:68 430 Sample 1:69 451 Sample 2:78 406 Sample 3:67 393 Sample 4:73 405 Cost: 393 >U51030.1/22201-22130 UCCGAUGUAGUGUAACGGCUAUCACAUCACGUUCUCACCGUGGAGACCGGGGUUCGACUCCCCGCUUCGGAG (((((.(..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))).))))). >J01435.1/4494-4561 ACUCCCUUAGUAUAAACAAUACAACUGACUUCCAAUCAGUUAAUUCUGAAAAAACUCAGAAGAGAGUA ((((.((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......))))))).)))). >M68929.1/152677-152605 GUCGGAAUAGUUUAGUAGGGUAGAACAGCGGGAUCAUAAUUCGCACACGGGGGUUCAAAUCCCUCUUCCGAUA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). >AC008443.10/9027-8955 GUUUCCGUAGUGUAGUGGUCAUCACGUUCGCCUAACACGCGAAAGGUCCCCGGUUCGAAACCGGGCGGAAACA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....((((((.....))))))))))))). >X72895.1/1-72 GGCGACAUGGCCGAGUGGUAAGGCAGAGGACUGCAAAUCCUUUUUUCCCCAGUUCAAAUCCGGGUGUCGCCU (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((.(.......).)))))))))). >M25659.1/553-621 GUCUACGUAGCUUAACCCCCAAAGCAAGACACUGAAAAUGCCUAGAUGGAUUCACACAUCCCAUAGACA (((((.(..((((........)))).((.((.......)).)).((((........)))).).))))). >AE005128.1/6659-6734 GCCAAGGUGGCAGAGUUCGGCCUAACGCGGCGGCCUGCAGAGCCGCUCAUCGCCGGUUCAAAUCCGGCCCUUGGCU (((((((((((........))).)..(((((.(....)...))))).....(((((.......)))))))))))). >AC008670.6/83597-83665 GUAAAUAUAGUUUAACCAAAACAUCAGAUUGUGAAUCUGACAACAGAGGCUCACGACCCCUUAUUUACC (((((((..((((.....)))).((((((.....))))))....((.((.......)).))))))))). >AL589879.21/171955-172027 GCCUGGAUAGCUCAAUUGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUUCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCAGGCG (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >M68929.1/79613-79540 GCAUUCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACAACCUUCGAAGUUGAUGGUCACAGGUUCAAAUCCUGUAGGAUGCG (((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_2.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:72 487 Sample 1:89 440 Sample 2:79 427 Sample 3:70 486 Sample 4:87 540 Cost: 427 >X54300.1/105-177 GGGGGUAUAGCUUAGUUGGUAGAGCGCUGCUUUUGCAAGGCAGAUGUCAGCGGUUCGAAUCCGCUUACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >L36887.1/650-721 UGAGUCGUAGACAAUAGGUAAGUUACCAAAAUUUGAGUUUGGAGUUUGUUUGUUCGAAUCAAACCGAUUCAA (((((((.(((((((......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))). >D11467.1/1-72 UGGGGCGUGGCCAAGCGGUAAGGCAGCAGGUUUUGAUCCUGUUAUUCGGAGGUUCGAAUCCUUCCGUCCCAG (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >AF041468.1/43811-43739 GGGCUCAUCGUCUAAUGGAUCAGGACAGGGACCUUCUAAGUCUCUAAUGUAGGUUCGAAUCCUACUGAGCCUA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). >X05914.1/238-306 UAUAUUUUGGUGUACGAUGCACAAAAGUUUUUGAUACUUUUAGUAAUAGUUUAAUUCUAUUAAAUAUAA (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). >AE003556.3/16759-16677 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2:129 811 Sample 3:114 725 Sample 4:142 752 Cost: 725 >X14822.1/1-73 UGAAUCGUAGACUAAUAGGUAAGUCACCAAAAUUUGAGUUUGGAAUUUGUUUGUUCGAAUCAAACCGGUUCAA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >X59562.1/71-144 GGGACUAUAGUUUAGUUGGAUAUAACGACCGGCUACGAACCGGUAGGUCUCAGGUUCGACCCCUGAUGGUCUCG ((((((((.........((((......(((((.......)))))..))))((((.......)))))))))))). >AE008747.1/6317-6401 GGAAGUGUGGCCGAGCGGUUGAAGGCACCGGUCUUGAAAACCGGCGACCCGAAAGGGUUCCAGAGUUCGAAUCUCUGCGCUUCCG (((((((..((((.(...((.(((((....))))).))..)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))). >X61068.1/393-465 GGAGGAUUAGCUCAGUUGGGAGAGCACCUGCCUUACAAGCAGGGGGUCGGCGGUUCAAGCCCGUCAUCCUCCA (((((((...(((......)))....(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >M86495.1/1026-1092 CAAGAUAUAGCUUAAACAAAGCACCUAGUUUACACCUAGAAGAUUUCACACACUAUGAAUAUCUUGA (((((((..((((.....))))..((((.......)))).....((((.......))))))))))). >V00676.1/23-88 GGUAAAAUGGCUGAGUAAGCAUUAGACUGUAAAUCUAAAGACAGGGGUUGAGCCCCCUUUUUACCA (((((((..(((.....)))..((((.......)))).....(((((......)))))))))))). >X04821.1/1-73 GUUUCUGUAGUGUAGCGGUUAUCACGUUCGCCUCACAUGCGAAAGGUCCCCGGUUCGAAACCGGGCAGAAACA (((((((..(((..((((.........))))..)))((.(....))).(((((.......)))))))))))). >X52392.1/11128-11195 AGAAAGUUAGUCUAACUAAGACAGCUGGUUUCGACCCAGCAAAUUAUAGACCCACCUAUAACUUUCUU (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......)))))))))))). >J04815.1/1380-1448 UGGGUUGUAGCUAAAUGUAAAGGCGCUUGGCCGUUAACCAAGAAAUAGUAGGAUAAAAACCUAUCUUCC ..(((((..((.....))...(((.....)))..)))))..(((...(((((.......))))).))). >D00552.1/73-146 GCCCAUGUAGCUCAGUAGGAUAGAGCACGCGCCUUCUAAGCGUGAGGUCGGAAGUUCGAGCCUUCUCGUGGGCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_4.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:104 876 Sample 1:120 778 Sample 2:146 876 Sample 3:140 775 Sample 4:117 812 Cost: 775 >X54421.1/14394-14476 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>X55342.1/30-101 GUUCCGUUGGCGUAAUGGUAACGCGUCUCCCUCCUAAGGAGAAGACUGCGGGUUCGAGUCCCGUACGGAACG (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >X15090.1/41-114 GGGUGUGUAGCUCAGUGGACUAGAGCACGUGGCUACGAACCACGGUGUCGGGGGUUCGAAUCCCUCCUCGCCCG (((((.(..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))). >X02173.1/256-326 GAGAGUAUUGUUUAAAGGUAAAACAGUUGUCUUUUAAGCAACCCAUGCUGGUUCGAAUCCAGCUAUUCUCA (((((((((((((((((..(.......)..)).)))))))).....(((((.......)))))))))))). >X04465.1/57877-57950 GGGUUUGUAGCUCAGUGGAUUAGAGCUCAUGGUUCCGAAUCAUGAAGUCAAGGGUUCGAAUCCCUUCUAACCCU (((((.(.(((((.........)))))((((((.....)))))).....(((((.......)))))).))))). /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/trna_10_5.set subopt 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:92 622 Sample 1:100 564 Sample 2:100 517 Sample 3:96 492 Sample 4:94 528 Cost: 492 >X03602.1/660-731 UCCCGUAUGGUCUAGUGGUUAGGAUACCUGGCUUUCACCCAGGAGGCUCGGGUUCGAUUCCCGGUACGGGAA 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(((((((..(((..........))).(((((.......)))))((((.....)))).(((((.......)))))))))))). >X55514.2/3882-3954 AAGAAAUUAGUUAAACCUAAUAACAUUGGGAUUGUCAGACCAAAGUUACUGGUAAUCAACCCAGUAUUUCUUA (((((((..((((.......))))((((((........((((.......))))......))))))))))))). >V00654.1/15791-15726 CAGGGAAUAGUUUAAAUAGAACUUCAGCUUUGGGGGUUGAUGGUGAGACUGCAGUUUCUUCCUUGA (((((((..((((.....)))).((((((.....))))))....((((......))))))))))). >X58792.1/174-245 GGUCCCAUGGUGUAAUGGUUAGCACUCUGGACUUUGAAUCCAGCGAUCCGAGUUCAAAUCUCGGUGGGACCU (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). Complete/log_tymo.RNASpa_comp_150_5 /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/tymo_10_1.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:91 479 Sample 1:83 488 Sample 2:75 577 Sample 3:62 438 Sample 4:80 517 Cost: 438 >U91413.1/613-696 UUAGCUCGCCAGUGCGAGGCCUCUUCCUACACAAGAGGUAUUGGGGUGCGACUCCCCCGUCUAUCCUGAACGUCAUCAGGACCA ....(((((....)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))......((((((......))))))... >AF035199.1/569-652 CCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >M58311.1/2-83 UUCUCUCGAGUGCGAGGCCCAUUCACACACAAUGGGUAUUGGGUGCAACCCCCCCGUCCAUCUCGAACGGUCAUCGAGACCA ...((((((...(((((((((((.......)))))))...(((.....)))..........))))........))))))... >M15284.1/14-96 AAUGAAGGCAGUCCUUCUCCCUUUAGCACACAAAGGUCAAAUGGGUGCGACUCCCCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAAACC ...(((((....)))))..(((((.......)))))......(((.......)))......((((((......))))))... >D00637.1/6279-6362 UCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCCAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >AF035198.1/571-654 UCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGAACGUCAUCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >M24801.1/102-178 UCAGCUCGCCAGUUAGCGAAGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCA ...((((((......)))).(((((((.......)))))))........)).........(((((....)))))... >AF035633.1/1296-1379 UAAUUGAGUCCAGUGACUCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCAAACCGGGUGCAACCCCCCCUCCCCCCGUAGGUUAACGGGACCA .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((.......)))......(((((......))))).... >AF035202.1/598-681 GUAGUCGGCCAGUGCCGAGGCCCUUCACACACAAGGGUUAAUGGGGUGCAACUCCCCCGCCCAUCUCGAGCGUCAUCGAGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >AF035201.1/605-688 CCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCACUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... /home/tirza/YairProject/RS_new /home/tirza/RFAMDB/tymo_10_2.set subopts 150 samplings 5 comprehensive Sample 0:84 498 Sample 1:70 489 Sample 2:71 482 Sample 3:63 476 Sample 4:79 478 Cost: 476 >X54354.1/598-681 UUAGCUCGCCAGUGCGAGGCUCGUUCCCACACAACAAGUAAUGGUGGUGCAACUCCCCCGUCCUCCCGAACGUCAUCGGGACCA ....(((((....)))))(((.(((.......))).)))...((.((........))))....((((((......))))))... >M58314.1/2-79 GAACUACAGUUCCGCUCCUCUAGCACACAGAGGUCAAUUGGGUGCGACCCCCCCCUCUCCCGUGGGUCAACGGGAACC ((((....))))....(((((.......)))))......(((......)))......((((((......))))))... >M58313.1/1-81 AAUGAAGGCAGUCCUUCUCCCUUUAGCACACAAAGGUCAAUGGGUGCGACUCCCCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAAACC ...(((((....)))))..(((((.......))))).....(((.......)))......((((((......))))))... >J04374.1/6247-6330 UAAUUGCGGACAGUUCCGCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCCAUUUGGGUGCGACUCCCCCCCCUCCCGUGGGUCAACGGGAACC .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((.......))).....((((((......))))))... >AF035200.1/578-659 UCAGUCGCCAGUGCGAGGCCCAUUCUCUCUCAAUGGGUAUUGGGUGCAACCCCCCCGUCCAUCUCGAACGUCAUCGAGACCA ....((((....))))((((((((.......)))))))...(((........)))).....((((((......))))))... >M54918.1/75-159 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACAGGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))......((((((......)))))).. >AJ277556.1/2880-2963 GAAGAGCGGCCAGUUGCUGCUGCGAUCAAGACACGAUCGUUCAAAAGGGUGCAACUCCCCCCCCCUUGGAGGGUAUCCAAGACC .....(((((.....))))).((((((.......))))))......(((.......))).....((((((.....))))))... >U88847.1/591-676 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))......((((((......))))))... >M24802.1/87-163 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUCUCCGAGGGUCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......)))).(((((....)))))... >Y16104.1/6590-6672 UAAUUGAGGACAGUUCCUCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCAAACUGGGUGCAACUCCCCCCCCUUCCGUGGGUAACGGAAACC .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((.......))).....((((((.....))))))...