// The predicted structures of RNAspa whose MCC scores is reported in // Table 4. The dataset used from the supplementary data of: Jens Reeder and Robert // Giegerich: Consensus Shapes: An Alternative to the Sankoff Algorithm for RNA // Consensus Structure Prediction. Bioinformatics 2005 21(17): 3516-3523. 5srna.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./5srna.seq 150 5 Sample 0:83 439 Sample 1:128 375 Sample 2:147 375 Sample 3:157 397 Sample 4:146 396 Cost: 375 >Haloferax volcanii UUAAGGCGGCCAGAGCGGUGAGGUUCCACCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCACCUGCGUUCUGGUCAGUACUGGAGUGAGCGAUCCUCUGGGAAAUCCAGUUCGCCGCCCCU ....((((((..((((((((.((......)).))))....(((....))).......))))......(..((((......((((((.((....)))))))).....))))..)))))))... >LT50091 Mycobacterium phlei GUUACGGCGGUCAAUAGCGGCAGGGAAACGCCCGGUCCCAUCCCGAACCCGGAAGCUAAGCCUGCCAGCGCCAAUGAUACUACCCUUCCGGGUGGAAAAGUAGGACACCGCCGAACAU (((.(((((((.....(((((((((.....)))(((....(.(((....))).).....))))))).))(((.((....((((((....))))))....)).)).))))))))))).. > Porphyromonas gingivalis(Cytophagales) CUCAGGUGGUUAUUACGUUGGGGAUCCACCUCUUCCCAUUCCGAACAGAGAAGUUAAGCCCAACGGUGCCGAUGGUACUGCGUUAUAGUGGGAGAGUAGGACGCCGCCGCC ....((((((..((((...((((.....))))((((((((...(((......)))........(((((((...)))))))......)))))))).))))...))))))... > Arthrob.globiformis AUUACGGCGGUCAUAGCGUGGGGGAAACGCCCGGUCCCAUUCCGAACCCGGAAGCUAAGACCCACAGCGCCGAUGGUACUGCACCCGGGAGGGUGUGGGAGAGUAGGUCACCGCCGGACAC ....(((((((....((..((((....).)))((((...(((((....))))).....))))....))(((.((....((((((((....))))))))....)).))).)))))))..... >Lactobacillus plantarum(Firmicutes,Clostridiobacteria) UGUGGUGACGAUGGCGAGAAGGAUACACCUGUUCCCAUGUCGAACACAGAAGUUAAGCUUCUUAGCGCCGAGAGUAGUUGGGGGAUCGCUCCCUGCGAGGGUAGGACGUUGCCAUGC .(((((((((..(((((..(((.....)))..((((....((.....(((((.....)))))...))((((......))))))))))))).(((((....))))).))))))))).. sbox.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./sbox.seq 150 5 Sample 0:114 1406 Sample 1:153 887 Sample 2:138 880 Sample 3:139 926 Sample 4:147 913 Cost: 880 >AP003193.2/9 5783-95678 Clo.per. CUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGAAAAAGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAGUGAGAAAUCACUACGGUGCCAAUUCCGGUAAAGAAAUUCUUUACAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.......)))).....))))(((.((((((((....)))))..))))))...))..((((((.....))))))..)))))))) >AL596169.1/221462-221354 Lis.inn. CUCUUAUCCAGAGCGGUAGAGGGACUGACCCUUUGAAGCCCAGCAACCUACACAUAUAAGUGAAAGGUGCUAAUCUGUUGCAGGAGUAAUAUCUCCUGAACGAUGAGAG (((((((((((((.(((((((((.....))))))...))))(((.((((.(((......)))..)))))))..))))...((((((......))))))...)))))))) >AP004824.1/261550-261653 Sta.aur. CUCUUAUCGAGAGUGGUGGAGGGAUGUGCCCUACGAAGCCCGGCAACCGUCUUAUAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUUUUAACUUUUGAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))(((.(((((((.....)))..)))))))...)).((.(((((....)))))))..)))))))) >AE007608.1/12720-12617 Clo.ace. UCCUUAUCAAGAGAAACGGAGGGACUGGCCCAAUGAUGUUUCAGCAACCAAGGUUUUAUACUUAUGGUGCUAAUUCCAGCAGGAUAUUUUCUGAAAGAUGAGGA ((((((((..(((((((...(((.....)))......)))))(((.((((((((.....)))).)))))))...))...(((((....)))))...)))))))) >AE016745.1/287368-287470 Sta.epi. CUCUUAUCGAGAGAGGUGGAGGGAUGUGCCCUAAGAAGCCCGGCAACCGUCUAAAAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUAUAACUUUAGAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.....)))).....))).(((.(((((((.....)))..)))))))..)))...(((((.....)))))...)))))))) >AB090330.1/380-279 Clo.spo. UACUUAUCAAGAGCGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAGCCCAGCAACCUAUAUGAAAAUAUAUAAGGUGCUAAAUCCUGCAGCAUAAGCUGAGAGAUGAGGA ..((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))(((.((((((((....)))))...))))))...))((.((((....)))))).)))))).. >AP001518.1/300422-300310 Bac.hal. CUCUUAUCAUGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCCAGCAACCGCCAAGCAGCAAAUCGCUUGGAAAAGGUGCUAAUUCCUGCAAAGCGAUGCUUUGAGAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))).(((.(((.((((((........))))))....))))))..)))...((((((...))))))...)))))))) >AP004595.1/126926-127031 Oce.ihe. GACUUAUCAAGAGAGAUGGAGGGAUUGGCCCGAUGAAGUCUCAGCAACCAGCCUAGAUAAGGUAUGGUGCUAAUUCCAAUAGGCUUACAAGCCUUAAAGAUAAGAA ..((((((..(((((((...(((.....)))......)))))(((.((((((((.....)))).)))))))...))....(((((....)))))....)))))).. >AE007554.1/96-198 Clo.ace. UUCUUAUCAAGAGUGACGGAGGGAUAGGCCCUAUGAAGUCCGGCAACAUCCAAUUAUUUUGGAGAUGUGCUAAUUCCUACAGGUUUAUCCUGAGAGAUGAGAA .(((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))(((.((((((((.....)))))..))))))...))((.((((.....)))))).))))))). >AF270301.1/145-36 Sta.epi. CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUAUUUAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAUGGUCUGAACGAUAAGAG ((((((((..((..(((...(((.((((....).)))...))).(((.(((((((....))))..))))))...)))..)).(((((.......)))))...)))))))) >AP004602.1/9845-9739 Oce.ihe. UUCUUAUCAUGAGAGGCGGAGGGAAAUGGCCCAACGAAACCUCGGCAACAGGUUCUUAUUAGAAUACUGUGCCAAUUCCAUCAAGCAAAUUGCUUGAAAGAUAAGAG ((((((((..((((((((..(((......)))..))...))))(((.((((((((......)))).)))))))...))..((((((.....))))))..)))))))) u12.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./U12.seq 150 5 Sample 0:69 296 Sample 1:78 286 Sample 2:126 286 Sample 3:123 281 Sample 4:104 278 Cost: 278 > Z93241.11/76641-76790 Hom.sap. AUGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCGGGUAAAGGUCGCCCUCAAGGUGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCCUGGGAGUUGCGAUCUGCCCG ...(((((..(....)..)))))........((((((((......))))))))(((((.......)))))..............((((..(((((((.(((.(((((.(((((.......))))).)))))..)))..))))))))))). > L43845.1/357-512 Hom.sap. AUGUCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUGUUAUUCGGGGUGAUGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCUGGUAAAGGUCGCCCCUAAGGUGACCAGCCUACUUUGCGGGAUGCCUAGGAGUCGCGAUCUGCCUG ..((((((........(((.((((...((((....))))((((((......)))))))))).))).......)))))).............(((..(((((((((((.(((((.((.((.......)).)).)))))))).)..)))))))))).. > L43844.1/2-149 Gal.gal. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACAACUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUACUGAUGUGAGAGGAAUUUUUGUGCGGGUACAGGUCGUCCCCGGGUGACCCGCUUACUUCGCGGGAUGCCCAGGUGCAAUGAUCUGCCCG ..(((((..(....)..))))).........(((((((......))))))).(((((.......))))).............((((..(((((((((((.(((((.(((((.......))))).))))).)).)..)))))))))))) > L43843.1/2-150 Mus.mus. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUGCUUAUGUGAGAAGAAUUUUUGAGCGGGUAUAGGUUGCAAUCUGAGCGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCCUGGGUGACGCGAUCUGCCCG ..(((((..(....)..)))))........((((((((......))))))))(((((.......))))).............(((((..(((((((.((((..(((.(((((.......))))).)))..))))...)))))))))))) > L43846.1/332-460 Hom.sap. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCGGGUAAAGGUCGCCCUCAAGGUGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCC ..(((((..(....)..)))))........((((((((......))))))))(((((.......)))))....(((((.(((..(((...(((((((.....))))))).)))..)))...)))))... ires.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./ires.seq 150 5 Sample 0:23 102 Sample 1:19 78 Sample 2:20 85 Sample 3:19 109 Sample 4:14 78 Cost: 78 > EMCBCG CCUUUGCAGGCAGCGGAAAUCCCCACCUGGUAACAGGUGCCUCUGCGGCCAAAAGCCACGUGUAUAAGAUACACCUGCAAAGG (((((((((((((.((........(((((....))))).)).))))(((.....)))..(((((.....)))))))))))))) > FMDVALF GCAUGAUGGCUGUGGGAACUCCCCCUUGGUAACAAGGACCCACGGGGCCAAAAGCCACGUCCUCACGGACCCAUCAUGC ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((....))))))))))))) > FDI251473 GCACGCAAGCCGCGGGAACUCCCCCUUGGUAACAAGGACCCGCGGGGCCGAAAGCCACGUUCUCUGAACCUUGCGUGU ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((...))))))))))))) > FAN133359 GCAUGACGGCCGUGGGAACUCCUCCUUGGUAACAAGGACCCACGGGGCCAAAAGCCACGCCCACACGGGCCCGUCAUGU ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((....))))))))))))) > PIFMDV2 GCAUGUUGGCCGUGGGAACACCUCCUUGGUAACAAGGACCCACGGGGCCGAAAGCCAUGUCCUAACGGACCCAACAUGU ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((....))))))))))))) > MNGPOLY CCUUUGCAGGCAGCGGAAUCCCCCACCUGGUGACAGGUGCCUCUGCGGCCGAAAGCCACGUGUGUAAGACACACCUGCAAAGG (((((((((((((.((........(((((....))))).)).))))(((.....)))..(((((.....)))))))))))))) > TMEPP CACACAAAGGCAGCGGAACCCCCCUCCUGGUAACAGGAGCCUCUGCGGCCAAAAGCCACGUGGAUAAGAUCCACCUUUGUGUG (((((((((((((.((........(((((....))))).)).))))(((.....)))..(((((.....)))))))))))))) srp.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./srp.seq 150 5 Sample 0:68 157 Sample 1:62 153 Sample 2:87 159 Sample 3:62 153 Sample 4:88 159 Cost: 153 >AGR.TUM. GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCAGGCACGGGUCGCCGUGCCAGCCUCCCACCUUUU (((((((((((.((((.((((...))))))....((((....(((....)))....))))..))..))))(((((((....))))))).)))))))....... >THE.THE. AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... >AQU.AEO. GCCCUGCGGCGGGACAGGGUGAACUCCCCCAGGCCCGAAAGGGAGCAAGGGUAAGCCCGCCGUCCCGUGCGCAGGGU (((((((((((((((.((((......(((....(((....))).....)))...))))...))))))).)))))))) >DEI.RAD. GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU ((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... u2.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./U2.seq 150 5 Sample 0:97 369 Sample 1:129 361 Sample 2:131 353 Sample 3:75 329 Sample 4:103 356 Cost: 329 > X07913.1/1061-1251 mus. mus. AUCGCUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUACGUCCUCUAUCCGAGGACAAUAUAUUAAAUGGAUUUUUGGAAGUAGGAGUUGGAAUAGGAGCUUGCUCCGUCCACUCCACGCAUCGACCUGGUAUUGCAGUACCUCCAGGAACGGUGCACCCCCU ..(((((((..(((....)))..)))...))))....(((..((..((((((........)))))).((((((.....)))))).........))..)))....((..((.((((.((((...((((....)))).))))))))..((((((.(((((.............)))))..))))))))..)). > M19204.1/1-187 Hom.sap. AUCGCUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUACGUCCUCUAUCCGAGGACAAUAUAUUAAAUGGAUUUUUGGAGCAGGGAGAUGGAAUAGGAGCUUGCUCCGUCCACUCCACGCAUCGACCUGGUAUUGCAGUACCUCCAGGAACGGUGCACC ..(((((((..(((....)))..)))...))))......((((((.((((((........)))))).((((((.....)))))).....................))))))((((.((((...((((....)))).))))))))..((((((.(((((.............)))))..))))))... > X69326.1/1-193 Tri.aes. AUACCUUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUAUGUGGGCCAUGUGUCCACAACGAUAUUAAAUUUAUUUUUUGUGGGGAGGGUCCACCACAGUGGCUUGCCACUGGGGCCCUCACGUGUUCCCUGGACGUUGCACUACUGUCCAGGUGUGGCGCACCC .(((...(((..(((....)))..)))....)))(((((((......((((((........)))))).((((((.....))))))...)))))))..............(((((((((((....((((((....))))))))))))))..(((((((((((((((......)).))))))).).))))).))) > X06474.1/512-707 Ara.tha. AUACCUUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUAUGUGGGCCAUCGGCCCACACGAUAUUAACUCUAUUUUUUAAGGGAGAAAGCCCACUAAGAUAGCUUGCUAUCUGGGCUUUCACGAGUCGCCCAUGCGUUGCACUACUGCACGGGCCUGGCUCAACCCGC .(((...(((..(((....)))..)))....)))(((((((......((((((........)))))).((((((.....))))))..)))))))..............(((.((((((((....((((((....))))))))))))))..(((((((((.(((((......)).))).))))..)))))..))).. > X04212.1/1-187 Rat.nor. AUCGCUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUACGUCCUCUAUCCGAGGACAAUAUAUUAAAUGGAUUUUUGGAACUAGGAGUUGGAAUAGGAGCUUGCUCCGUCCACUCCACGCAUCGACCUGGUAUUGCAGUACCUCCAGGAACGGUGCACC ..(((((((..(((....)))..)))...))))........((((.((((((........)))))).((((((.....)))))).....................))))..((((.((((...((((....)))).))))))))..((((((.(((((.............)))))..))))))... lin4.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./lin4.seq 150 5 Sample 0:49 290 Sample 1:48 321 Sample 2:58 272 Sample 3:48 266 Sample 4:45 271 Cost: 266 >U01837.1/538-607 GCCUGCUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGCACUGUUGAUGCUUCACGCCUGGGCUCUCUGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).)))...)))) >AP001359.4/67794-67724 UCUCAGUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAUGUUUACCGUUUAAAUCCACGGGUUAGGCUCUUGGGAGCUGCG .(.(((..(((((((.(((((((((((((.............)).))))))))))).)))))))..))).) >AP000962.2/168508-168577 UCCUAGUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAGGUAUUUUAGUAACAUCACAAGUCAGGCUCUUGGGACCUAGG .(((((..(((((((.(((.(((((((((............).)))))))).))).)))))))..))))) >U01838.1/544-613 GCCUGCUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGUACUGUAGAUGCUUCACACCUGGGCUCUCUGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).)))...)))) >U01830.1/508-577 GCCUGUUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGUGUACUAUUGAUGCUUCACACCUGGGCUCUCCGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).)))...)))) >U01829.1/524-593 GCCUGUUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGUUCUGAACAUGCUUCACGCCUGGGCUCUCCGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).)))...)))) >AC018755.3/120411-120479 UCUAGGUCCCUGAGACCCUUUAACCUGUGAGGACAUCCAGGGUCACAGGUGAGGUUCUUGGGAGCCUGG .(((((..(((((((.((((..(((((((..............))))))))))).)))))))..))))) >AC122451.3/2004-1935 GCCUAGUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAGGUAUUUUAGUAACAUCACAAGUCAGGUUCUUGGGACCUAGG .(((((..(((((((.(((.(((((((((............).)))))))).))).)))))))..))))) >AC006590.11/38290-38358 GCUGAUUCCCUGAGACCCUAACUUGUGACUUUUAAUACCAGUUUCACAAGUUUUGAUCUCCGGUAUUGG .(((((..((.((((.(..(((((((((...............)))))))))..).)))).)).))))) trna.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./trna.seq 150 5 Sample 0:98 1089 Sample 1:123 998 Sample 2:141 883 Sample 3:130 828 Sample 4:119 837 Cost: 828 >RE6781 TCCGTCGTAGTCTAGGTGGTTAGGATACTCGGCTCTCACCCGAGAGACCCGGGTTCGAGTCCCGGCGACGGAACCA ((((((((......((((.......)))).(((((((....))))).))((((.......)))))))))))).... >RE2140 GCCCCCATCGTCTAGAGGCCTAGGACACCTCCCTTTCACGGAGGCGACAGGGATTCGAATTCCCTTGGGGGTACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... >RD1140 GGCCCCATAGCGAAGTTGGTTATCGCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCACGGGTTCGAGTCCCGTTGGGGTCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... >RL6371 GGTTCTCTGGCCGAGTGGTCTAAGGCGCATGGTTAAGGTCCATGTCTCTTCGGAGGCGCGAGTTCGAACCTCGCGGGAATCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... >RD0260 GCGACCGGGGCTGGCTTGGTAATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... >RE6320 TCCGTTGTGGTCCAACGGCTAGGATTCGTCGCTTTCACCGACGGGAGCGGGGTTCGACTCCCCGCAACGGAGCCA ((((((...((((........)))).(((((.......)))))...((((((.......)))))))))))).... >RL1141 CCCCAAGTGGCGGAATAGGTAGACGCATTGGACTTAAAATCCAACGGGCTTAATATCCTGTGCCGGTTCAAGTCCGGCCTTGGGGACCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((........)))).(((((.......)))))))))))).... >RL0503 GCGGGGGTGGCTGAGCCAGGCCAAAAGCGGCGGACTTAAGATCCGCTCCCGTAGGGGTTCGCGAGTTCGAATCTCGTCCCCCGCACCA ((((((((((((......))))).....((((((.......))))))(((....)))...(((((.......)))))))))))).... >RS1141 GGAAGATTACCCAAGTCCGGCTGAAGGGATCGGTCTTGAAAACCGAGAGTCGGGGAAACCGAGCGGGGGTTCGAATCCCTCATCTTCCGCCA (((((((..(((..((((........))))((((((((.....))))).)))))).........(((((.......)))))))))))).... >RS0380 GCCGAGGTAGCATAGCTTGGCCAATGCGGTTGCTTCGAGAGCAACGTTCCACACGGACTCAGGAGTTCAAATCTCCTCCTCGGCGCCA (((((((..((((..........)))).((((((.....))))))..(((....)))...(((((.......)))))))))))).... >RD0500 GCCCGGGUGGUGUAGUGGCCCAUCAUACGACCCUGUCACGGUCGUGACGCGGGUUCGAAUCCCGCCUCGGGCGCCA ((((((((((.(......)))))).(((((((.......)))))))..(((((.......)))))..))))).... riboswitch.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./riboswitch.seq 150 5 Sample 0:65 300 Sample 1:62 323 Sample 2:69 301 Sample 3:65 281 Sample 4:67 295 Cost: 281 >AP001509.1/51442-51541 Bac.hal. ACAUGUAGAUAUCAUCCCUUUCGUAUAUACUUGGAGAUAAGGUCCAGGAGUUUCUACCAGAUCACCGUAAAUGAUCUGACUAUGAAGGUGGAAUGGCUCG ...............((((((((((....((((((.......)))))).........(((((((.......)))))))..)))))))).))......... >AB008757.1/115-16 Geo.ste. AAUGAAUCACGCUGACUCACUCAUAUAAUCGCAAGAAUACGGCUUGCGAGUCUCUACCAGCCGACCGUAAAUCGGCUGACUAUGAGUGGCAAUGUCAGGA .............((((((((((((...(((((((.......)))))))........(((((((.......)))))))..)))))))))....))).... >AP004595.1/186669-186768 Oce.ihe. GACAAUUGAAAAUGAACCUCAUAUAAAUUUGAGAAUAUGGCUCAGAAGUUUCUACCCAGCACCGUAAAUGGCUGGACUAUGAGGGAAGAUGGAUCAUUUC ................(((((((.....(((((.......)))))..........(((((.(.......))))))..)))))))................ >AL596170.1/223345-223246 Lis.inn. AUAACUUAAAACCGAAAUACUUAUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .................((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))))............. >AE007775.1/3558-3459 Clo.ace. GAAAAGUAAUAACAUAUUACCCGUAUAUGCUUAGAAAUAUGGUCUAAGCGUCUCUACCGGACUGCCGUAAAUUGUCUGACUAUGGGUGUUUAUAAGUAUU .................((((((((...((((((.........))))))........(((((...........)))))..))))))))............ >AE007476.1/6452-6548 Str.pne. AAAAUUGAAUAUCGUUUUACUUGUUUAUGUCGUGAAUUGGCACGACGUUUCUACAAGGUGCCGGAACACCUAACAAUAAGUAAGUCAGCAGUGAGAU ...............((((((((((...((((((......)))))).........(((((......)))))...))))))))))............. >Z99123.2/194904-195003 Bac.sub. CUUAGAAAAAGACAUUCUUGUAUAUGAUCAGUAAUAUGGUCUGAUUGUUUCUACCUAGUAACCGUAAAAAACUAGACUACAAGAAAGUUUGAAUAAAUUU ...........((.((((((((...((((((.........))))))........(((((...........)))))..)))))))).))............ u1.RNAspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./U1.seq 150 5 Sample 0:136 303 Sample 1:124 292 Sample 2:134 300 Sample 3:134 300 Sample 4:148 303 Cost: 292 >X69334.1/1-160 Tri.aes. AUACUUACCUGGACGGGGUCGACGAGCGAUCAAGAAGGCUCGUGGCCUGGGUCAGUGGUCCACAUUGCACUUGGUGGAUGCCUGGCCCACCAUCUCCCCAAGUGGGAGAGUGGAUGUCAUAAUUUGUGGUAGAGGGGGUACGCGUUCGCGCGGCCCCUGC ......(((..(((((((((.((((((..........)))))))))))(((((((..((((((..........))))))..))))))).(((((((((.....)))))).))).)))).........)))...((((((.((((....)))))))))).. >Z11882.1/353 -508 Sol.tub. AUACUUACCUGGACGGGGUCAAUGGGCGAUCAAUAAGACCCAUGGCCUAGGCUUGUGACCUCCAUUGCACUUUGGAGGGGUGCCUGCCUAAGGUCGACCUAAGUGGUCGGGCCUAUGUCAUAAUUUGUUGCUGUGGGGGCCUGCGUUCUGCGCGCC .......(((....)))......((((..((.....))((((((((.(((((..(((.((((((........))))))..)))..)))))(((((((((.....)))))).)))...............)))))))).))))((((...))))... >X06880.1/1-162 'Ch.sac. AUACUUACCUGUCCGGCCUGCGACCUCGAGCAAGAAGGGGGUCUAGGUAGUGCUUGUACCUCGCCUUGUACUAUGCUUGGGGUAGCGCUGUGUGCGGGGCAAGUCCUCGUUACAACGGAAUAAUUUCUGGCAGGCCGUUGCACGCGCUUGCGCGUCCUCGGC .......((....((((((((.((((((((((((.(.(((((..(((((.......))))).))))).).)).))))))))))....((((((((((((.....)))))).))).)))...........))))))))..(.(((((....))))).)..)). >X15927.1/1-160 Pis.sat. AUACUUACCUGGAUGGGGUCAAUGGGUGAUCAAGAAGGCCCAUGGCUAGGCAAGUGACCUCCAUUGCACUUAGGAGGGGUGCUAGCCUAAGGUCUACCCAAGUGGUGGAGCCUACAUCAUAAUUUGUUGCUGUGGGGGCCUGUGUUCGCGCGGCCCCCUC ...........((((.((((.((((((..........))))))))))((((.(((..(((((..........)))))...))).)))).(((((((((.....)))))).))).))))...............(((((((.(((....))))))))))..