// The predicted structures of RNAspa whose MCC scores is reported in Table 5. 5srna_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./5srna_contamination.seq 150 5 Sample 0:140 720 Sample 1:200 721 Sample 2:211 672 Sample 3:195 700 Sample 4:211 686 Cost: 672 >Lactobacillus plantarum(Firmicutes,Clostridiobacteria) UGUGGUGACGAUGGCGAGAAGGAUACACCUGUUCCCAUGUCGAACACAGAAGUUAAGCUUCUUAGCGCCGAGAGUAGUUGGGGGAUCGCUCCCUGCGAGGGUAGGACGUUGCCAUGC .(((((((((..(((((..(((.....)))..((((....((.....(((((.....)))))...))((((......))))))))))))).(((((....))))).))))))))).. > Arthrob.globiformis AUUACGGCGGUCAUAGCGUGGGGGAAACGCCCGGUCCCAUUCCGAACCCGGAAGCUAAGACCCACAGCGCCGAUGGUACUGCACCCGGGAGGGUGUGGGAGAGUAGGUCACCGCCGGACAC ....(((((((....((..((((....).)))((((...(((((....))))).....))))....))(((.((....(..(((((....)))))..)....)).))).)))))))..... >U01838.1/544-613 GCCUGCUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGUACUGUAGAUGCUUCACACCUGGGCUCUCUGGGUACCAGG .((((.((((.(((((((...((((((((((.......)))).))))))..))).)))).))).).)))) > Porphyromonas gingivalis(Cytophagales) CUCAGGUGGUUAUUACGUUGGGGAUCCACCUCUUCCCAUUCCGAACAGAGAAGUUAAGCCCAACGGUGCCGAUGGUACUGCGUUAUAGUGGGAGAGUAGGACGCCGCCGCC ....((((((..((((...((((.....))))((((((((...(((......)))........(((((((...)))))))......)))))))).))))...))))))... >LT50091 Mycobacterium phlei GUUACGGCGGUCAAUAGCGGCAGGGAAACGCCCGGUCCCAUCCCGAACCCGGAAGCUAAGCCUGCCAGCGCCAAUGAUACUACCCUUCCGGGUGGAAAAGUAGGACACCGCCGAACAU (((.(((((((.....(((((((((.....)))(((......(((....))).......))))))).)).((.((....((((((....))))))....)).))..)))))))))).. >Haloferax volcanii UUAAGGCGGCCAGAGCGGUGAGGUUCCACCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCACCUGCGUUCUGGUCAGUACUGGAGUGAGCGAUCCUCUGGGAAAUCCAGUUCGCCGCCCCU ....((((((..((((.(.((..((((....((((....((.((((((....))...((......)))))).))...)))).((((.((....))))))))))..))).))))))))))... U12_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./U12_contamination.seq 150 5 Sample 0:130 830 Sample 1:123 691 Sample 2:186 728 Sample 3:221 713 Sample 4:206 693 Cost: 691 > L43844.1/2-149 Gal.gal. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACAACUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUACUGAUGUGAGAGGAAUUUUUGUGCGGGUACAGGUCGUCCCCGGGUGACCCGCUUACUUCGCGGGAUGCCCAGGUGCAAUGAUCUGCCCG ..(((((..(....)..))))).........(((((((......))))))).(((((.......))))).............((((..(((((((((((.(((((.(((((.......))))).))))).)).)..)))))))))))) > L43846.1/332-460 Hom.sap. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCGGGUAAAGGUCGCCCUCAAGGUGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCC ..(((((..(....)..)))))...((..(((((((((......))))))))(((((.......)))))..........(((..(((...(((((((.....))))))).)))..)))...)..))... >THE.THE. AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU .(((((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).)))))).....))))))...))))))))).... > L43843.1/2-150 Mus.mus. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUGCUUAUGUGAGAAGAAUUUUUGAGCGGGUAUAGGUUGCAAUCUGAGCGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCCUGGGUGACGCGAUCUGCCCG ..(((((..(....)..)))))........((((((((......))))))))(((((.......))))).............(((((..(((((((.(((((.(((.(((((.......))))).))).)))))...)))))))))))) > Z93241.11/76641-76790 Hom.sap. AUGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCGGGUAAAGGUCGCCCUCAAGGUGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCCUGGGAGUUGCGAUCUGCCCG ...(((((..(....)..)))))........((((((((......))))))))(((((.......))))).............(((((..(((((((.(((.(((((.(((((.......))))).)))))..)))..)))))))))))) > L43845.1/357-512 Hom.sap. AUGUCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUGUUAUUCGGGGUGAUGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCUGGUAAAGGUCGCCCCUAAGGUGACCAGCCUACUUUGCGGGAUGCCUAGGAGUCGCGAUCUGCCUG ...(((((..(....)..)))))........((((((.((((.((((....((((....(((((.......)))))..........(((..(((...(((((((.....))))))).)))..)))..))))..))))..)))).))))))...... U1_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./U1_contamination.seq 150 5 Sample 0:149 627 Sample 1:235 612 Sample 2:191 589 Sample 3:229 582 Sample 4:212 585 Cost: 582 >Z11882.1/353 -508 Sol.tub. AUACUUACCUGGACGGGGUCAAUGGGCGAUCAAUAAGACCCAUGGCCUAGGCUUGUGACCUCCAUUGCACUUUGGAGGGGUGCCUGCCUAAGGUCGACCUAAGUGGUCGGGCCUAUGUCAUAAUUUGUUGCUGUGGGGGCCUGCGUUCUGCGCGCC ..........((((((((((.........((.....))((((((((.(((((..(((.((((((........))))))..)))..)))))(((((((((.....)))))).)))...............))))))))))))).)))))........ >DEI.RAD. GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU ((((((((((...((.(((..((((.((((((....((((....(((....)))....))))(((((....)))))))))))))))))))).)))))))))).... >X15927.1/1-160 Pis.sat. AUACUUACCUGGAUGGGGUCAAUGGGUGAUCAAGAAGGCCCAUGGCUAGGCAAGUGACCUCCAUUGCACUUAGGAGGGGUGCUAGCCUAAGGUCUACCCAAGUGGUGGAGCCUACAUCAUAAUUUGUUGCUGUGGGGGCCUGUGUUCGCGCGGCCCCCUC ...........((.((((((...(.((((.((...((((((((((((((((.(((..(((((..........)))))...))).)))))(((((((((.....)))))).)))...............))))))))..))).)).)))).))))))).)) >X69334.1/1-160 Tri.aes. AUACUUACCUGGACGGGGUCGACGAGCGAUCAAGAAGGCUCGUGGCCUGGGUCAGUGGUCCACAUUGCACUUGGUGGAUGCCUGGCCCACCAUCUCCCCAAGUGGGAGAGUGGAUGUCAUAAUUUGUGGUAGAGGGGGUACGCGUUCGCGCGGCCCCUGC ....(((((......(((((.((((((..........)))))))))))(((((((..((((((..........))))))..))))))).(((((((((.....)))))).)))..............))))).((((((.((((....)))))))))).. >X06880.1/1-162 'Ch.sac. AUACUUACCUGUCCGGCCUGCGACCUCGAGCAAGAAGGGGGUCUAGGUAGUGCUUGUACCUCGCCUUGUACUAUGCUUGGGGUAGCGCUGUGUGCGGGGCAAGUCCUCGUUACAACGGAAUAAUUUCUGGCAGGCCGUUGCACGCGCUUGCGCGUCCUCGGC .......((.((.((((((((.((((((((((((.(.(((((..(((((.......))))).))))).).)).))))))))))..((.((((.((((((.....)))))))))).))............))))))))..))(((((....)))))....)). U2_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./U2_contamination.seq 150 5 Sample 0:130 770 Sample 1:241 773 Sample 2:226 803 Sample 3:269 781 Sample 4:262 786 Cost: 770 > X07913.1/1061-1251 mus. mus. AUCGCUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUACGUCCUCUAUCCGAGGACAAUAUAUUAAAUGGAUUUUUGGAAGUAGGAGUUGGAAUAGGAGCUUGCUCCGUCCACUCCACGCAUCGACCUGGUAUUGCAGUACCUCCAGGAACGGUGCACCCCCU ...((((((.((((....))))((((((.....((((((.......((((((........)))))).((((((.....))))))...))))))....)))))).)))))).((((.((((...((((....)))).))))))))..((((((.(((((.............)))))..))))))....... > X04212.1/1-187 Rat.nor. AUCGCUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUACGUCCUCUAUCCGAGGACAAUAUAUUAAAUGGAUUUUUGGAACUAGGAGUUGGAAUAGGAGCUUGCUCCGUCCACUCCACGCAUCGACCUGGUAUUGCAGUACCUCCAGGAACGGUGCACC ..(((((((..(((....)))..)))...))))(((((((..((..((((((........)))))).((((((.....)))))).........))..))).......))))((((.((((...((((....)))).))))))))..((((((.(((((.............)))))..))))))... >X69334.1/1-160 Tri.aes. AUACUUACCUGGACGGGGUCGACGAGCGAUCAAGAAGGCUCGUGGCCUGGGUCAGUGGUCCACAUUGCACUUGGUGGAUGCCUGGCCCACCAUCUCCCCAAGUGGGAGAGUGGAUGUCAUAAUUUGUGGUAGAGGGGGUACGCGUUCGCGCGGCCCCUGC ....(((((.((...(((((.((((((..........)))))))))))(((((((..((((((..........))))))..))))))).)).((((((.....))))))(..(((......)))..)))))).((((((.((((....)))))))))).. > X69326.1/1-193 Tri.aes. AUACCUUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUAUGUGGGCCAUGUGUCCACAACGAUAUUAAAUUUAUUUUUUGUGGGGAGGGUCCACCACAGUGGCUUGCCACUGGGGCCCUCACGUGUUCCCUGGACGUUGCACUACUGUCCAGGUGUGGCGCACCC ...(((.(((..(((....)))..)))..((((.(((((((......((((((........))))))(((((((.....)))))))..))))))).)))).........)))((((((((....((((((....))))))))))))))..(((((((((((((((......)).))))))).).))))).... > M19204.1/1-187 Hom.sap. AUCGCUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUACGUCCUCUAUCCGAGGACAAUAUAUUAAAUGGAUUUUUGGAGCAGGGAGAUGGAAUAGGAGCUUGCUCCGUCCACUCCACGCAUCGACCUGGUAUUGCAGUACCUCCAGGAACGGUGCACC ...(((((..((((....))))((((((.....((((((.......((((((........)))))).((((((.....))))))...))))))....)))))).)))))..((((.((((...((((....)))).))))))))..((((((.(((((.............)))))..))))))... > X06474.1/512-707 Ara.tha. AUACCUUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUAUGUGGGCCAUCGGCCCACACGAUAUUAACUCUAUUUUUUAAGGGAGAAAGCCCACUAAGAUAGCUUGCUAUCUGGGCUUUCACGAGUCGCCCAUGCGUUGCACUACUGCACGGGCCUGGCUCAACCCGC .......(((..(((....)))..)))...((..(((((((......((((((........))))))((((((((...)))))))).)))))))...)).........(((.((((((((....((((((....))))))))))))))..(((((((((.(((((......)).))).))))..)))))..))).. ires_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./ires_contamination.seq 150 5 Sample 0:145 953 Sample 1:242 913 Sample 2:148 912 Sample 3:125 898 Sample 4:256 943 Cost: 898 > TMEPP CACACAAAGGCAGCGGAACCCCCCUCCUGGUAACAGGAGCCUCUGCGGCCAAAAGCCACGUGGAUAAGAUCCACCUUUGUGUG (((((((((((((.((........(((((....))))).)).))))(((.....)))..((((((...))))))))))))))) > FDI251473 GCACGCAAGCCGCGGGAACUCCCCCUUGGUAACAAGGACCCGCGGGGCCGAAAGCCACGUUCUCUGAACCUUGCGUGU ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((...))))))))))))) > MNGPOLY CCUUUGCAGGCAGCGGAAUCCCCCACCUGGUGACAGGUGCCUCUGCGGCCGAAAGCCACGUGUGUAAGACACACCUGCAAAGG (((((((((((((.((........(((((....))))).)).))))(((.....)))..((((((...))))))))))))))) > FAN133359 GCAUGACGGCCGUGGGAACUCCUCCUUGGUAACAAGGACCCACGGGGCCAAAAGCCACGCCCACACGGGCCCGUCAUGU ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((....))))))))))))) > FMDVALF GCAUGAUGGCUGUGGGAACUCCCCCUUGGUAACAAGGACCCACGGGGCCAAAAGCCACGUCCUCACGGACCCAUCAUGC ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((....))))))))))))) > X06474.1/512-707 Ara.tha. AUACCUUUCUCGGCCUUUUGGCUAAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGUUUAAUAUCUGAUAUGUGGGCCAUCGGCCCACACGAUAUUAACUCUAUUUUUUAAGGGAGAAAGCCCACUAAGAUAGCUUGCUAUCUGGGCUUUCACGAGUCGCCCAUGCGUUGCACUACUGCACGGGCCUGGCUCAACCCGC .......(((..(((....)))..)))...((..(((((((......((((((........))))))(((((((.....))))))).)))))))...)).........(((.((((((((....((((((....))))))))))))))..(((((((((.(((((......)).))).))))..)))))..))).. > PIFMDV2 GCAUGUUGGCCGUGGGAACACCUCCUUGGUAACAAGGACCCACGGGGCCGAAAGCCAUGUCCUAACGGACCCAACAUGU ((((((((((((((((.......(((((....))))).)))))))(((.....)))..((((....))))))))))))) > EMCBCG CCUUUGCAGGCAGCGGAAAUCCCCACCUGGUAACAGGUGCCUCUGCGGCCAAAAGCCACGUGUAUAAGAUACACCUGCAAAGG (((((((((((((.((........(((((....))))).)).))))(((.....)))..((((((...))))))))))))))) lin4_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./lin4_contamination.seq 150 5 Sample 0:143 1161 Sample 1:141 1048 Sample 2:200 1061 Sample 3:211 1120 Sample 4:195 1098 Cost: 1048 >AP001359.4/67794-67724 UCUCAGUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAUGUUUACCGUUUAAAUCCACGGGUUAGGCUCUUGGGAGCUGCG .(.(((..(((((((.(((((((((((((.............)).))))))))))).)))))))..))).) >AP000962.2/168508-168577 UCCUAGUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAGGUAUUUUAGUAACAUCACAAGUCAGGCUCUUGGGACCUAGG .(((((((((.((((.(((.((((((((.(...........).)))))))).))).)))))))).))))) > L43844.1/2-149 Gal.gal. UGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACAACUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUACUGAUGUGAGAGGAAUUUUUGUGCGGGUACAGGUCGUCCCCGGGUGACCCGCUUACUUCGCGGGAUGCCCAGGUGCAAUGAUCUGCCCG .(((.....((((....))))((((((..(.(((((((......))))))).(((((.......))))).)..))))))).))(((..(((((((((((.(((((.(((((.......))))).))))).)).)..))))))))))). >AC006590.11/38290-38358 GCUGAUUCCCUGAGACCCUAACUUGUGACUUUUAAUACCAGUUUCACAAGUUUUGAUCUCCGGUAUUGG .(((((..((.((((.(..((((((((((...........)..)))))))))..).)))).)).))))) >AC018755.3/120411-120479 UCUAGGUCCCUGAGACCCUUUAACCUGUGAGGACAUCCAGGGUCACAGGUGAGGUUCUUGGGAGCCUGG .(((((..(((((((.((((..(((((((..............))))))))))).)))))))..))))) >U01838.1/544-613 GCCUGCUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGUACUGUAGAUGCUUCACACCUGGGCUCUCUGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).)))...)))) >U01829.1/524-593 GCCUGUUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGUUCUGAACAUGCUUCACGCCUGGGCUCUCCGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).)))...)))) >U01837.1/538-607 GCCUGCUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGCGCACUGUUGAUGCUUCACGCCUGGGCUCUCUGGGUACCAGG .((((.((((.((((.((((.((((((((...........)).)))))).)))).)))).))).).)))) >U01830.1/508-577 GCCUGUUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGUGUACUAUUGAUGCUUCACACCUGGGCUCUCCGGGUACCAGG .((((..(((.((((.((((.(((((((..............))))))).)))).)))).)))...)))) >AC122451.3/2004-1935 GCCUAGUCCCUGAGACCCUAACUUGUGAGGUAUUUUAGUAACAUCACAAGUCAGGUUCUUGGGACCUAGG .(((((..(((((((.(((.(((((((((............).)))))))).))).)))))))..))))) riboswitch_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./riboswitch_contamination.seq 150 5 Sample 0:121 712 Sample 1:141 669 Sample 2:138 618 Sample 3:142 640 Sample 4:110 622 Cost: 618 > MNGPOLY CCUUUGCAGGCAGCGGAAUCCCCCACCUGGUGACAGGUGCCUCUGCGGCCGAAAGCCACGUGUGUAAGACACACCUGCAAAGG (((((((.(((.(((((......((((((....))))))..))))).))).........(((((.....)))))..))))))) >AE007775.1/3558-3459 Clo.ace. GAAAAGUAAUAACAUAUUACCCGUAUAUGCUUAGAAAUAUGGUCUAAGCGUCUCUACCGGACUGCCGUAAAUUGUCUGACUAUGGGUGUUUAUAAGUAUU .............(((.((((((((...((((((.........))))))........(((((...........)))))..))))))))..)))....... >AP001509.1/51442-51541 Bac.hal. ACAUGUAGAUAUCAUCCCUUUCGUAUAUACUUGGAGAUAAGGUCCAGGAGUUUCUACCAGAUCACCGUAAAUGAUCUGACUAUGAAGGUGGAAUGGCUCG ...............((((((((((....((((((.......)))))).........(((((((.......)))))))..)))))))).))......... >AL596170.1/223345-223246 Lis.inn. AUAACUUAAAACCGAAAUACUUAUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .............(((.((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))).)))......... >AP004595.1/186669-186768 Oce.ihe. GACAAUUGAAAAUGAACCUCAUAUAAAUUUGAGAAUAUGGCUCAGAAGUUUCUACCCAGCACCGUAAAUGGCUGGACUAUGAGGGAAGAUGGAUCAUUUC ................(((((((....((((((.......)))))).........(((((.(.......))))))..)))))))................ >Z99123.2/194904-195003 Bac.sub. CUUAGAAAAAGACAUUCUUGUAUAUGAUCAGUAAUAUGGUCUGAUUGUUUCUACCUAGUAACCGUAAAAAACUAGACUACAAGAAAGUUUGAAUAAAUUU .........((((.((((((((...((((((.........))))))........(((((...........)))))..)))))))).)))).......... >AB008757.1/115-16 Geo.ste. AAUGAAUCACGCUGACUCACUCAUAUAAUCGCAAGAAUACGGCUUGCGAGUCUCUACCAGCCGACCGUAAAUCGGCUGACUAUGAGUGGCAAUGUCAGGA .............((((((((((((...(((((((.......)))))))........(((((((.......)))))))..)))))))))....))).... >AE007476.1/6452-6548 Str.pne. AAAAUUGAAUAUCGUUUUACUUGUUUAUGUCGUGAAUUGGCACGACGUUUCUACAAGGUGCCGGAACACCUAACAAUAAGUAAGUCAGCAGUGAGAU ................(((((((((...((((((......)))))).........(((((......)))))...))))))))).............. sbox_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./sbox_contamination.seq 150 5 Sample 0:188 1695 Sample 1:184 1431 Sample 2:189 1364 Sample 3:213 1593 Sample 4:180 1569 Cost: 1364 >DEI.RAD. GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU ((((((((((.(((((((((..(((....)))...)))......(((....))).(((.((.(((((....))))).)).)))))))))...)))))))))).... >AP001518.1/300422-300310 Bac.hal. CUCUUAUCAUGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCCAGCAACCGCCAAGCAGCAAAUCGCUUGGAAAAGGUGCUAAUUCCUGCAAAGCGAUGCUUUGAGAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))))(((.(((.((((((........))))))....))))))...))((.(((((.....))))))).)))))))) >AP004595.1/126926-127031 Oce.ihe. GACUUAUCAAGAGAGAUGGAGGGAUUGGCCCGAUGAAGUCUCAGCAACCAGCCUAGAUAAGGUAUGGUGCUAAUUCCAAUAGGCUUACAAGCCUUAAAGAUAAGAA ..((((((..(((((((...(((.....)))......))))).(((.(((((((.....)))).))))))....))....((((......))))....)))))).. >AL596169.1/221462-221354 Lis.inn. CUCUUAUCCAGAGCGGUAGAGGGACUGACCCUUUGAAGCCCAGCAACCUACACAUAUAAGUGAAAGGUGCUAAUCUGUUGCAGGAGUAAUAUCUCCUGAACGAUGAGAG (((((((((((((.(((((((((.....))))))...))))(((.((((.(((......)))..)))))))..))))...((((((......))))))...)))))))) >AE007554.1/96-198 Clo.ace. UUCUUAUCAAGAGUGACGGAGGGAUAGGCCCUAUGAAGUCCGGCAACAUCCAAUUAUUUUGGAGAUGUGCUAAUUCCUACAGGUUUAUCCUGAGAGAUGAGAA ((((((((..(((((((..((((.....)))).....))).(((.((((((((.....))))..))))))).))))...((((.....))))...)))))))) >AP004602.1/9845-9739 Oce.ihe. UUCUUAUCAUGAGAGGCGGAGGGAAAUGGCCCAACGAAACCUCGGCAACAGGUUCUUAUUAGAAUACUGUGCCAAUUCCAUCAAGCAAAUUGCUUGAAAGAUAAGAG ((((((((..((((((((..(((......)))..))...))))((((.((((((((....))))).)))))))...))..((((((.....))))))..)))))))) >AE016745.1/287368-287470 Sta.epi. CUCUUAUCGAGAGAGGUGGAGGGAUGUGCCCUAAGAAGCCCGGCAACCGUCUAAAAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUAUAACUUUAGAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.....)))).....))).(((.(((((((.....)))..)))))))..)))...(((((.....)))))...)))))))) >AE007608.1/12720-12617 Clo.ace. UCCUUAUCAAGAGAAACGGAGGGACUGGCCCAAUGAUGUUUCAGCAACCAAGGUUUUAUACUUAUGGUGCUAAUUCCAGCAGGAUAUUUUCUGAAAGAUGAGGA ((((((((..(((((((...(((.....)))......)))))(((.((((((((.....)))).)))))))...))...(((((....)))))...)))))))) >AP004824.1/261550-261653 Sta.aur. CUCUUAUCGAGAGUGGUGGAGGGAUGUGCCCUACGAAGCCCGGCAACCGUCUUAUAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUUUUAACUUUUGAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))(((.(((((((.....)))..)))))))...)).((.(((((....)))))))..)))))))) >AB090330.1/380-279 Clo.spo. UACUUAUCAAGAGCGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAGCCCAGCAACCUAUAUGAAAAUAUAUAAGGUGCUAAAUCCUGCAGCAUAAGCUGAGAGAUGAGGA ..((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))(((.((((((((....)))))...))))))...))...((((....))))...)))))).. >AP003193.2/9 5783-95678 Clo.per. CUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGAAAAAGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAGUGAGAAAUCACUACGGUGCCAAUUCCGGUAAAGAAAUUCUUUACAAGAUGAGAG .(((((((..(((.(((..((((.......)))).....))))(((.((((((((....)))))..))))))...))..((((((.....))))))..))))))). >AF270301.1/145-36 Sta.epi. CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUAUUUAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAUGGUCUGAACGAUAAGAG ((((((((.....((((...(((.((((....)).))...))).(((.(((((((....))))..))))))...))))....(((((.......)))))...)))))))) srp_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./srp_contamination.seq 150 5 Sample 0:67 297 Sample 1:97 297 Sample 2:89 288 Sample 3:119 292 Sample 4:96 299 Cost: 288 >AGR.TUM. GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCAGGCACGGGUCGCCGUGCCAGCCUCCCACCUUUU (((((((((((.((((.((((...))))))....((((....(((....)))....))))..))..))))(((((((....))))))).)))))))....... >AP004824.1/261550-261653 Sta.aur. CUCUUAUCGAGAGUGGUGGAGGGAUGUGCCCUACGAAGCCCGGCAACCGUCUUAUAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUUUUAACUUUUGAAGAUGAGAG (((((((((((.((..((.((((.....)))).))..))..((((.((.(((.....)))...))))))..))).((.(((((....)))))))..)))))))) >DEI.RAD. GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGCUUUU ((((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))))).... >THE.THE. AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).))))))...))))))))).... >AQU.AEO. GCCCUGCGGCGGGACAGGGUGAACUCCCCCAGGCCCGAAAGGGAGCAAGGGUAAGCCCGCCGUCCCGUGCGCAGGGU (((((((((((((((.((((.......(((...(((....))).....)))...))))...))))))).)))))))) trna_contamination.seq.rnaspa_150_5 /home/tirza/RNAcastData/RNAspa ./trna_contamination.seq 150 5 Sample 0:196 1483 Sample 1:195 1406 Sample 2:211 1384 Sample 3:172 1357 Sample 4:191 1484 Cost: 1357 >RE6320 TCCGTTGTGGTCCAACGGCTAGGATTCGTCGCTTTCACCGACGGGAGCGGGGTTCGACTCCCCGCAACGGAGCCA ((((((...((((........)))).(((((.......)))))...((((((.......)))))))))))).... >AP001518.1/300422-300310 Bac.hal. 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