Additional file 4 for "Gene conversion and purifying selection shape nucleotide variation in gibbon L/M opsin genes" by T. Hiwatashi et al.

A "sequential" (fasta) format of the sequence alignments for the gibbon L and M opsin gene exon 4.

Species name abbreviations:
Hag, Hylobates agilis; Hla, H. lar; Hpi, H. pileatus; Nle, Nomascus leucogenys; Ssy, Symphalangus syndactylus.

Sequence names can be interpreted as in the following examples.
In 1_Hag_M_L, 1 stands for individual ID number, Hag for Hylobates agilis, M for male, L for L opsin gene.
In 2_Hag_F_L_1, F stands for female, L_1 for a tentative sequence type 1 of the L opsin gene.
In 57_Hag_M_M_1, M_1 stands for a tentative sequence type 1 of the M opsin gene.

>1_Hag_M_L
GTACTGGCCCCATGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTTCAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGGTCACCTGCTGCATCATCCCACTCGCTATCATCGTGCTCTGCTACCTCCAAGTGTGGCTGGCCATCCGAGCG
>41_Hag_M_L
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>57_Hag_M_L
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>86_Hag_M_L
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>88_Hag_M_L
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>93_Hag_M_L
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>95_Hag_M_L
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>98_Hag_M_L
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>100_Hag_M_L
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>101_Hag_M_L
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>147_Hag_M_L
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>149_Hag_M_L
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>2_Hag_F_L_1
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>2_Hag_F_L_2
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>62_Hag_F_L_1
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>62_Hag_F_L_2
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>69_Hag_F_L_1
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>69_Hag_F_L_2
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>73_Hag_F_L_1
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>73_Hag_F_L_2
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>92_Hag_F_L_1
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>92_Hag_F_L_2
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>99_Hag_F_L_1
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>99_Hag_F_L_2
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>102_Hag_F_L_1
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>102_Hag_F_L_2
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>148_Hag_F_L_1
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>148_Hag_F_L_2
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>1_Hag_M_M
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>41_Hag_M_M
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>57_Hag_M_M_1
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>57_Hag_M_M_2
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>86_Hag_M_M
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>88_Hag_M_M
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>93_Hag_M_M
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>95_Hag_M_M_1
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>95_Hag_M_M_2
GTACTGGCCCCATGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTTCAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGGTCACCTGCTGCATCACCCCACTCAGCATCATCGTGCTCTGCTACCTCCAAGTGTGGCTGGCCATCCGAGCG
>98_Hag_M_M
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>100_Hag_M_M
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>101_Hag_M_M
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>147_Hag_M_M
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>149_Hag_M_M
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>2_Hag_F_M_1
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>2_Hag_F_M_2
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>62_Hag_F_M_1
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>62_Hag_F_M_2
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>69_Hag_F_M_1
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>69_Hag_F_M_2
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>73_Hag_F_M_1
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>73_Hag_F_M_2
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>92_Hag_F_M_1
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>92_Hag_F_M_2
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>102_Hag_F_M_1
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>102_Hag_F_M_2
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>148_Hag_F_M_1
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>148_Hag_F_M_2
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>110_Hla_M_L
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>132_Hla_M_L
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>133_Hla_M_L
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>135_Hla_M_L
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>139_Hla_M_L
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>142_Hla_M_L
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>145_Hla_M_L
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>150_Hla_M_L
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>153_Hla_M_L
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>154_Hla_M_L
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>156_Hla_M_L
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>157_Hla_M_L
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>159_Hla_M_L
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>160_Hla_M_L
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>119_Hla_F_L_1
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>119_Hla_F_L_2
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>126_Hla_F_L_1
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>126_Hla_F_L_2
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>129_Hla_F_L_1
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>129_Hla_F_L_2
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>138_Hla_F_L_2
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>151_Hla_F_L_2
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>151_Hla_F_L_1
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>161_Hla_F_L_1
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>161_Hla_F_L_2
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