Largest clique program, PHYLIP version 3.64 Input file 9 63 R 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 J 000000011100101100000000110000000110000000000000001011001010001 K 100000010000100100000001010000000111000000100100001011001010001 L 101000010010100100100001011000000111100000100101001011001010001 M 010110010000111110000010010001000110000000010000111111011010001 N 000001110001100000011100000110100100010111000010001010101100010 O 010010010000110000001000000010010100011011001000001010111001010 P 000000010000100001001000000010000100010011000000001010101000110 Q 000001010001100000011100000110001100010111000010001010101000010 Options used A Use ancestral states in input file? No F Use factors information? No W Sites weighted? No C Specify minimum clique size? Yes, at size 59 O Outgroup root? Yes, at species number 1 M Analyze multiple data sets? No 0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? IBM PC 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out compatibility matrix Yes 4 Print out tree Yes 5 Write out trees onto tree file? Yes Character Compatibility Matrix (1 if compatible) --------- ------------- ------ -- -- ----------- 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111..1111.1111.11.11111.11.11..11111111111..111.11.. 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111..1111.1111.11.11111.11.11..11111111111..111.11.. 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111..1111.1111.11.11111.11.11..11111111111..111.11.. 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 11111111111111..1111.1111.11.11111.11.11..11111111111..111.11.. 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 1.11.11111111.11111111111111111111111111111111111111111.1111111 Cliques with at least 59 characters ------- ---- -- ----- -- ---------- Characters: ( 1 3 4 6 7 8 9 10 11 12 13 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 57 58 59 60 61 62 63) Tree and characters: 8 13 34 51 53 57 16 21 26 29 35 38 41 42 54 55 59 62 63 1 6 12 15 20 22 24 28 36 40 43 46 47 3 4 7 9 10 11 17 18 19 23 25 27 30 31 32 33 37 39 44 45 48 49 50 52 58 60 61 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 +---1--------------1--------1--------1--------------1-----------1-------------------L +1-----------------1-----1-----1--1-+ ! 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