CG	Dmel.Chr	Dmel.geneSTART	Dmel.geneSTOP	Dmel.geneORIENT	Dpse.Chr	Dpse.geneSTART	Dpse.geneSTOP	Dpse.geneORIENT	inv.num	Dmel.invSTARTREL	Dmel.invSTOPREL	Dmel.invSTART.genome	Dmel.invSTOP.genome	Dmel.invPOS.relgene	Dmel.exon.overlap	Dmel.gene.overlap	Dmel.invLEN	Dpse.invSTARTREL	Dpse.invSTOPREL	Dpse.invLEN
CG32815	X	789287	791580	+	XL_group3a	2672724	2674815	+	1	-949	-364	788337	788922	5	1	CG3706	586	-1591	-1016	576
CG11380	X	1048232	1053493	+	XL_group1a	4925589	4930029	-	1	6071	6146	1054302	1054377	3	0	NA	76	6290	6362	73
CG32613	X	13784259	13801268	-	XL_group1e	6346099	6370164	+	2	17321	17666	13783602	13783947	3	0	NA	346	23779	24163	385
CG9774	X	16459046	16471356	-	XL_group1a	5643819	5654500	+	1	-1354	-454	16471810	16472710	5	1	CG4464	901	-1986	-1116	871
CG5529	X	17231438	17237216	+	XL_group1e	1602415	1607747	+	1	-1294	-1234	17230143	17230203	5	0	NA	61	-1602	-1550	53
CG8611	X	17247734	17256092	-	XL_group1e	1625134	1636172	-	1	9341	9626	17246466	17246751	3	0	NA	286	11517	11877	361
CG11326	2L	6686819	6709085	-	4_group1	3798030	3829901	-	2	-1609	-829	6709914	6710694	5	0	NA	781	-892	82	975
CG4389	2L	9573563	9576768	-	4_group3	599248	602623	+	1	-1714	-1459	9578227	9578482	5	0	NA	256	-1797	-1493	305
CG4220	2L	14387122	14409547	-	4_group1	3526930	3564453	+	2	24206	24401	14385146	14385341	3	0	NA	196	38292	38504	213
CG31834	2L	14990779	14996104	+	4_group1	2655368	2661828	-	1	5471	6026	14996249	14996804	3	0	NA	556	6848	7416	569
CG7644	2L	15901062	15958361	-	4_group4	4719801	4794832	-	1	-1894	-1699	15960060	15960255	5	0	NA	196	1972	2196	225
CG9079	2R	6768034	6768798	-	3	10997748	10998319	-	1	-829	-769	6769567	6769627	5	0	NA	61	-784	-730	55
CG13678	3L	8196090	8196898	+	XR_group3a	97252	97869	+	1	-1624	-1144	8194465	8194945	5	0	NA	481	-1988	-1406	583
CG5842	3L	14151503	14154907	-	XR_group6	4860888	4864499	-	1	4256	5171	14149736	14150651	3	0	NA	916	4450	5498	1049
CG10295	3R	2176620	2185974	+	2	20153924	20163843	-	1	-1624	-1579	2174995	2175040	5	1	CG10296	46	-272	-227	46
CG1030	3R	2648842	2675886	-	2	19637724	19667549	+	1	27416	27671	2648215	2648470	3	1	CR32864	256	30465	30717	253
CG14597	3R	3428822	3429463	-	2	26730755	26731080	-	1	1211	1991	3427472	3428252	3	0	NA	781	1195	1775	581
CG5252	3R	7238244	7241864	+	2	29111019	29114639	-	1	-1819	-1774	7236424	7236469	5	1	CG5247	46	-672	-628	45
CG31216	3R	15497183	15524272	+	2	29936316	29971830	+	1	27866	28856	15525048	15526038	3	0	NA	991	34787	35487	701
CG31209	3R	16050937	16070401	+	2	27533069	27557349	-	1	-1204	86	16049732	16051022	5	0	NA	1291	658	1984	1327
CG6015	3R	17857865	17860116	-	2	16408185	16410228	+	1	3536	4241	17855875	17856580	3	1	CG13409	706	2910	3632	723
CG1470	3R	26960191	26997242	+	2	130023	180605	-	1	38471	38786	26998661	26998976	3	0	NA	316	50593	50974	382