mpiexec -n 128 Ray \
 -k \
 31 \
 -p \
 Sample/100_1.fasta \
 Sample/100_2.fasta \
 -p \
 Sample/10_1.fasta \
 Sample/10_2.fasta \
 -p \
 Sample/11_1.fasta \
 Sample/11_2.fasta \
 -p \
 Sample/12_1.fasta \
 Sample/12_2.fasta \
 -p \
 Sample/13_1.fasta \
 Sample/13_2.fasta \
 -p \
 Sample/14_1.fasta \
 Sample/14_2.fasta \
 -p \
 Sample/15_1.fasta \
 Sample/15_2.fasta \
 -p \
 Sample/16_1.fasta \
 Sample/16_2.fasta \
 -p \
 Sample/17_1.fasta \
 Sample/17_2.fasta \
 -p \
 Sample/18_1.fasta \
 Sample/18_2.fasta \
 -p \
 Sample/19_1.fasta \
 Sample/19_2.fasta \
 -p \
 Sample/1_1.fasta \
 Sample/1_2.fasta \
 -p \
 Sample/20_1.fasta \
 Sample/20_2.fasta \
 -p \
 Sample/21_1.fasta \
 Sample/21_2.fasta \
 -p \
 Sample/22_1.fasta \
 Sample/22_2.fasta \
 -p \
 Sample/23_1.fasta \
 Sample/23_2.fasta \
 -p \
 Sample/24_1.fasta \
 Sample/24_2.fasta \
 -p \
 Sample/25_1.fasta \
 Sample/25_2.fasta \
 -p \
 Sample/26_1.fasta \
 Sample/26_2.fasta \
 -p \
 Sample/27_1.fasta \
 Sample/27_2.fasta \
 -p \
 Sample/28_1.fasta \
 Sample/28_2.fasta \
 -p \
 Sample/29_1.fasta \
 Sample/29_2.fasta \
 -p \
 Sample/2_1.fasta \
 Sample/2_2.fasta \
 -p \
 Sample/30_1.fasta \
 Sample/30_2.fasta \
 -p \
 Sample/31_1.fasta \
 Sample/31_2.fasta \
 -p \
 Sample/32_1.fasta \
 Sample/32_2.fasta \
 -p \
 Sample/33_1.fasta \
 Sample/33_2.fasta \
 -p \
 Sample/34_1.fasta \
 Sample/34_2.fasta \
 -p \
 Sample/35_1.fasta \
 Sample/35_2.fasta \
 -p \
 Sample/36_1.fasta \
 Sample/36_2.fasta \
 -p \
 Sample/37_1.fasta \
 Sample/37_2.fasta \
 -p \
 Sample/38_1.fasta \
 Sample/38_2.fasta \
 -p \
 Sample/39_1.fasta \
 Sample/39_2.fasta \
 -p \
 Sample/3_1.fasta \
 Sample/3_2.fasta \
 -p \
 Sample/40_1.fasta \
 Sample/40_2.fasta \
 -p \
 Sample/41_1.fasta \
 Sample/41_2.fasta \
 -p \
 Sample/42_1.fasta \
 Sample/42_2.fasta \
 -p \
 Sample/43_1.fasta \
 Sample/43_2.fasta \
 -p \
 Sample/44_1.fasta \
 Sample/44_2.fasta \
 -p \
 Sample/45_1.fasta \
 Sample/45_2.fasta \
 -p \
 Sample/46_1.fasta \
 Sample/46_2.fasta \
 -p \
 Sample/47_1.fasta \
 Sample/47_2.fasta \
 -p \
 Sample/48_1.fasta \
 Sample/48_2.fasta \
 -p \
 Sample/49_1.fasta \
 Sample/49_2.fasta \
 -p \
 Sample/4_1.fasta \
 Sample/4_2.fasta \
 -p \
 Sample/50_1.fasta \
 Sample/50_2.fasta \
 -p \
 Sample/51_1.fasta \
 Sample/51_2.fasta \
 -p \
 Sample/52_1.fasta \
 Sample/52_2.fasta \
 -p \
 Sample/53_1.fasta \
 Sample/53_2.fasta \
 -p \
 Sample/54_1.fasta \
 Sample/54_2.fasta \
 -p \
 Sample/55_1.fasta \
 Sample/55_2.fasta \
 -p \
 Sample/56_1.fasta \
 Sample/56_2.fasta \
 -p \
 Sample/57_1.fasta \
 Sample/57_2.fasta \
 -p \
 Sample/58_1.fasta \
 Sample/58_2.fasta \
 -p \
 Sample/59_1.fasta \
 Sample/59_2.fasta \
 -p \
 Sample/5_1.fasta \
 Sample/5_2.fasta \
 -p \
 Sample/60_1.fasta \
 Sample/60_2.fasta \
 -p \
 Sample/61_1.fasta \
 Sample/61_2.fasta \
 -p \
 Sample/62_1.fasta \
 Sample/62_2.fasta \
 -p \
 Sample/63_1.fasta \
 Sample/63_2.fasta \
 -p \
 Sample/64_1.fasta \
 Sample/64_2.fasta \
 -p \
 Sample/65_1.fasta \
 Sample/65_2.fasta \
 -p \
 Sample/66_1.fasta \
 Sample/66_2.fasta \
 -p \
 Sample/67_1.fasta \
 Sample/67_2.fasta \
 -p \
 Sample/68_1.fasta \
 Sample/68_2.fasta \
 -p \
 Sample/69_1.fasta \
 Sample/69_2.fasta \
 -p \
 Sample/6_1.fasta \
 Sample/6_2.fasta \
 -p \
 Sample/70_1.fasta \
 Sample/70_2.fasta \
 -p \
 Sample/71_1.fasta \
 Sample/71_2.fasta \
 -p \
 Sample/72_1.fasta \
 Sample/72_2.fasta \
 -p \
 Sample/73_1.fasta \
 Sample/73_2.fasta \
 -p \
 Sample/74_1.fasta \
 Sample/74_2.fasta \
 -p \
 Sample/75_1.fasta \
 Sample/75_2.fasta \
 -p \
 Sample/76_1.fasta \
 Sample/76_2.fasta \
 -p \
 Sample/77_1.fasta \
 Sample/77_2.fasta \
 -p \
 Sample/78_1.fasta \
 Sample/78_2.fasta \
 -p \
 Sample/79_1.fasta \
 Sample/79_2.fasta \
 -p \
 Sample/7_1.fasta \
 Sample/7_2.fasta \
 -p \
 Sample/80_1.fasta \
 Sample/80_2.fasta \
 -p \
 Sample/81_1.fasta \
 Sample/81_2.fasta \
 -p \
 Sample/82_1.fasta \
 Sample/82_2.fasta \
 -p \
 Sample/83_1.fasta \
 Sample/83_2.fasta \
 -p \
 Sample/84_1.fasta \
 Sample/84_2.fasta \
 -p \
 Sample/85_1.fasta \
 Sample/85_2.fasta \
 -p \
 Sample/86_1.fasta \
 Sample/86_2.fasta \
 -p \
 Sample/87_1.fasta \
 Sample/87_2.fasta \
 -p \
 Sample/88_1.fasta \
 Sample/88_2.fasta \
 -p \
 Sample/89_1.fasta \
 Sample/89_2.fasta \
 -p \
 Sample/8_1.fasta \
 Sample/8_2.fasta \
 -p \
 Sample/90_1.fasta \
 Sample/90_2.fasta \
 -p \
 Sample/91_1.fasta \
 Sample/91_2.fasta \
 -p \
 Sample/92_1.fasta \
 Sample/92_2.fasta \
 -p \
 Sample/93_1.fasta \
 Sample/93_2.fasta \
 -p \
 Sample/94_1.fasta \
 Sample/94_2.fasta \
 -p \
 Sample/95_1.fasta \
 Sample/95_2.fasta \
 -p \
 Sample/96_1.fasta \
 Sample/96_2.fasta \
 -p \
 Sample/97_1.fasta \
 Sample/97_2.fasta \
 -p \
 Sample/98_1.fasta \
 Sample/98_2.fasta \
 -p \
 Sample/99_1.fasta \
 Sample/99_2.fasta \
 -p \
 Sample/9_1.fasta \
 Sample/9_2.fasta \
 -p \
 Sample/h_1.fasta \
 Sample/h_2.fasta \
 -o \
 Assembly \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/ARDB \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/Bacteria-Genomes \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/Bacteria-ProteinCodingGenes \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/Bacteria-RNAGenes \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/HumanChromosomes \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/NCBI-Bacteria_DRAFT \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/Viruses-Genomes \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/Viruses-ProteinCodingGenes \
 -search \
 /rap/nne-790-ab/genomes/RayKmerSearchStuff/last-build/Viruses-RNAGenes \
 -with-taxonomy \
 /rap/nne-790-ab/genomes/taxonomy/last-build/Genome-to-Taxon.tsv \
 /rap/nne-790-ab/genomes/taxonomy/last-build/TreeOfLife-Edges.tsv \
 /rap/nne-790-ab/genomes/taxonomy/last-build/Taxon-Names.tsv
