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                    <taxon id="HSU057" spec="Taxon"/>
                    <taxon id="HSU059" spec="Taxon"/>
                </taxon>
                <taxon id="maculata" spec="TaxonSet">
                    <taxon id="Holbrookia maculata" spec="Taxon"/>
                </taxon>
            </taxonset>
        </tree>
        <parameter id="birthRate.t:Species" lower="0.0" name="stateNode">1.0</parameter>
        <parameter id="popMean" name="stateNode">1.0</parameter>
        <tree id="Tree.t:r35" name="stateNode">
            <taxonset id="TaxonSet.r35" spec="TaxonSet">
                <alignment id="r35" spec="FilteredAlignment" filter="1479-2063">
                    <data idref="uma_coalescent_B2_FINAL"/>
                </alignment>
            </taxonset>
        </tree>
        <tree id="Tree.t:bdnf" name="stateNode">
            <taxonset id="TaxonSet.bdnf" spec="TaxonSet">
                <alignment id="bdnf" spec="FilteredAlignment" data="@uma_coalescent_B2_FINAL" filter="1-817"/>
            </taxonset>
        </tree>
        <tree id="Tree.t:pnn" name="stateNode">
            <taxonset id="TaxonSet.pnn" spec="TaxonSet">
                <alignment id="pnn" spec="FilteredAlignment" data="@uma_coalescent_B2_FINAL" filter="818-1478"/>
            </taxonset>
        </tree>
        <tree id="Tree.t:rag1" name="stateNode">
            <taxonset id="TaxonSet.rag1" spec="TaxonSet">
                <alignment id="rag1" spec="FilteredAlignment" data="@uma_coalescent_B2_FINAL" filter="2064-2980"/>
            </taxonset>
        </tree>
        <parameter id="mutationRate.s:pnn" name="stateNode">1.0</parameter>
        <parameter id="gammaShape.s:pnn" name="stateNode">1.0</parameter>
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        <parameter id="gammaShape.s:bdnf" name="stateNode">1.0</parameter>
        <parameter id="ucldStdev.c:bdnf" lower="0.0" name="stateNode">0.1</parameter>
        <stateNode id="rateCategories.c:bdnf" spec="parameter.IntegerParameter" dimension="180">1</stateNode>
        <parameter id="ucldMean.c:pnn" name="stateNode">0.00223</parameter>
        <parameter id="ucldStdev.c:pnn" lower="0.0" name="stateNode">0.1</parameter>
        <stateNode id="rateCategories.c:pnn" spec="parameter.IntegerParameter" dimension="180">1</stateNode>
        <parameter id="ucldMean.c:r35" name="stateNode">0.00425</parameter>
        <parameter id="ucldStdev.c:r35" lower="0.0" name="stateNode">0.1</parameter>
        <stateNode id="rateCategories.c:r35" spec="parameter.IntegerParameter" dimension="180">1</stateNode>
        <parameter id="ucldMean.c:rag1" name="stateNode">0.00219</parameter>
        <parameter id="ucldStdev.c:rag1" lower="0.0" name="stateNode">0.1</parameter>
        <stateNode id="rateCategories.c:rag1" spec="parameter.IntegerParameter" dimension="180">1</stateNode>
        <parameter id="popSizeTop" name="stateNode">1.0</parameter>
        <parameter id="ucldMean.c:bdnf" name="stateNode">0.0022</parameter>
        <parameter id="kappa.s:bdnf" lower="0.0" name="stateNode">2.0</parameter>
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        <parameter id="kappa.s:r35" lower="0.0" name="stateNode">2.0</parameter>
        <parameter id="kappa.s:rag1" lower="0.0" name="stateNode">2.0</parameter>
    </state>

    <init id="SBI" spec="beast.evolution.speciation.StarBeastStartState" birthRate="@birthRate.t:Species" popMean="@popMean" speciesTree="@Tree.t:Species">
        <gene idref="Tree.t:r35"/>
        <gene idref="Tree.t:bdnf"/>
        <gene idref="Tree.t:pnn"/>
        <gene idref="Tree.t:rag1"/>
        <speciesTreePrior id="SpeciesTreePopSize.Species" spec="beast.evolution.speciation.SpeciesTreePrior" bottomPopSize="@popSize" gammaParameter="@popMean" popFunction="linear_with_constant_root" taxonset="@taxonsuperset" topPopSize="@popSizeTop" tree="@Tree.t:Species"/>
    </init>

    <distribution id="posterior" spec="util.CompoundDistribution">
        <distribution id="speciescoalescent" spec="util.CompoundDistribution">
            <distribution idref="SpeciesTreePopSize.Species"/>
            <distribution id="treePrior.t:bdnf" spec="beast.evolution.speciation.GeneTreeForSpeciesTreeDistribution" speciesTree="@Tree.t:Species" speciesTreePrior="@SpeciesTreePopSize.Species" tree="@Tree.t:bdnf"/>
            <distribution id="treePrior.t:pnn" spec="beast.evolution.speciation.GeneTreeForSpeciesTreeDistribution" speciesTree="@Tree.t:Species" speciesTreePrior="@SpeciesTreePopSize.Species" tree="@Tree.t:pnn"/>
            <distribution id="treePrior.t:r35" spec="beast.evolution.speciation.GeneTreeForSpeciesTreeDistribution" speciesTree="@Tree.t:Species" speciesTreePrior="@SpeciesTreePopSize.Species" tree="@Tree.t:r35"/>
            <distribution id="treePrior.t:rag1" spec="beast.evolution.speciation.GeneTreeForSpeciesTreeDistribution" speciesTree="@Tree.t:Species" speciesTreePrior="@SpeciesTreePopSize.Species" tree="@Tree.t:rag1"/>
        </distribution>
        <distribution id="prior" spec="util.CompoundDistribution">
            <distribution id="YuleModel.t:Species" spec="beast.evolution.speciation.YuleModel" birthDiffRate="@birthRate.t:Species" tree="@Tree.t:Species"/>
            <prior id="YuleBirthRatePrior.t:Species" name="distribution" x="@birthRate.t:Species">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.0" meanInRealSpace="true" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.19" estimate="false" name="M">0.0261</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.20" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">0.205</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="GammaShapePrior.s:bdnf" name="distribution" x="@gammaShape.s:bdnf">
                <Exponential id="Exponential.0" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.0" estimate="false" name="mean">1.0</parameter>
                </Exponential>
            </prior>
            <prior id="GammaShapePrior.s:pnn" name="distribution" x="@gammaShape.s:pnn">
                <Exponential id="Exponential.0.pnn" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.0.pnn" estimate="false" name="mean">1.0</parameter>
                </Exponential>
            </prior>
            <prior id="GammaShapePrior.s:r35" name="distribution" x="@gammaShape.s:r35">
                <Exponential id="Exponential.0.r35" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.0.r35" estimate="false" name="mean">1.0</parameter>
                </Exponential>
            </prior>
            <prior id="GammaShapePrior.s:rag1" name="distribution" x="@gammaShape.s:rag1">
                <Exponential id="Exponential.0.rag1" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.0.rag1" estimate="false" name="mean">1.0</parameter>
                </Exponential>
            </prior>
            <prior id="KappaPrior.s:bdnf" name="distribution" x="@kappa.s:bdnf">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.4" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.24" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.25" estimate="false" name="S">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="KappaPrior.s:pnn" name="distribution" x="@kappa.s:pnn">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.4.pnn" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.24.pnn" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.25.pnn" estimate="false" name="S">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="KappaPrior.s:r35" name="distribution" x="@kappa.s:r35">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.4.r35" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.24.r35" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.25.r35" estimate="false" name="S">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="KappaPrior.s:rag1" name="distribution" x="@kappa.s:rag1">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.4.rag1" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.24.rag1" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.25.rag1" estimate="false" name="S">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="popMean.prior" name="distribution" x="@popMean">
                <Exponential id="Exponential.9" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.26" estimate="false" name="mean">1.0</parameter>
                </Exponential>
            </prior>
            <prior id="MeanRatePrior.c:bdnf" name="distribution" x="@ucldMean.c:bdnf">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.1" meanInRealSpace="true" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.27" estimate="false" name="M">0.0022</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.28" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="MeanRatePrior.c:pnn" name="distribution" x="@ucldMean.c:pnn">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.2" meanInRealSpace="true" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.29" estimate="false" name="M">0.00223</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.30" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="MeanRatePrior.c:r35" name="distribution" x="@ucldMean.c:r35">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.3" meanInRealSpace="true" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.31" estimate="false" name="M">0.00425</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.32" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="MeanRatePrior.c:rag1" name="distribution" x="@ucldMean.c:rag1">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.41" meanInRealSpace="true" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.33" estimate="false" name="M">0.00219</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.34" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="ucldStdevPrior.c:bdnf" name="distribution" x="@ucldStdev.c:bdnf">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.01" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.16" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.17" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="ucldStdevPrior.c:pnn" name="distribution" x="@ucldStdev.c:pnn">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.11" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.18" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.191" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="ucldStdevPrior.c:r35" name="distribution" x="@ucldStdev.c:r35">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.21" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.201" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.21" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <prior id="ucldStdevPrior.c:rag1" name="distribution" x="@ucldStdev.c:rag1">
                <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.31" name="distr">
                    <parameter id="RealParameter.22" estimate="false" name="M">1.0</parameter>
                    <parameter id="RealParameter.23" estimate="false" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
                </LogNormal>
            </prior>
            <distribution id="sand lizards.prior" spec="beast.math.distributions.MRCAPrior" monophyletic="true" tree="@Tree.t:Species">
                <taxonset id="sand lizards" spec="TaxonSet">
                    <taxon idref="cowlesi"/>
                    <taxon idref="draconoides"/>
                    <taxon idref="inornata"/>
                    <taxon idref="maculata"/>
                    <taxon idref="notata"/>
                    <taxon idref="rufopunctata"/>
                    <taxon idref="scoparia"/>
                    <taxon idref="sp."/>
                    <taxon idref="texanus"/>
                </taxonset>
                <Exponential id="Exponential.4" name="distr" offset="8.77">
                    <parameter id="RealParameter.211" estimate="false" name="mean">16.88</parameter>
                </Exponential>
            </distribution>
            <distribution id="western Uma.prior" spec="beast.math.distributions.MRCAPrior" monophyletic="true" tree="@Tree.t:Species">
                <taxonset id="western Uma" spec="TaxonSet">
                    <taxon idref="cowlesi"/>
                    <taxon idref="inornata"/>
                    <taxon idref="notata"/>
                    <taxon idref="rufopunctata"/>
                    <taxon idref="scoparia"/>
                    <taxon idref="sp."/>
                </taxonset>
            </distribution>
        </distribution>
        <distribution id="likelihood" spec="util.CompoundDistribution" useThreads="true">
            <distribution id="treeLikelihood.bdnf" spec="TreeLikelihood" data="@bdnf" tree="@Tree.t:bdnf">
                <siteModel id="SiteModel.s:bdnf" spec="SiteModel" gammaCategoryCount="4" mutationRate="@mutationRate.s:bdnf" shape="@gammaShape.s:bdnf">
                    <parameter id="proportionInvariant.s:bdnf" estimate="false" lower="0.0" name="proportionInvariant" upper="1.0">0.0</parameter>
                    <substModel id="hky.s:bdnf" spec="HKY" kappa="@kappa.s:bdnf">
                        <frequencies id="empiricalFreqs.s:bdnf" spec="Frequencies" data="@bdnf"/>
                    </substModel>
                </siteModel>
                <branchRateModel id="RelaxedClock.c:bdnf" spec="beast.evolution.branchratemodel.UCRelaxedClockModel" clock.rate="@ucldMean.c:bdnf" rateCategories="@rateCategories.c:bdnf" tree="@Tree.t:bdnf">
                    <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.c:bdnf" S="@ucldStdev.c:bdnf" meanInRealSpace="true" name="distr">
                        <parameter id="RealParameter.161" estimate="false" lower="0.0" name="M" upper="1.0">1.0</parameter>
                    </LogNormal>
                </branchRateModel>
            </distribution>
            <distribution id="treeLikelihood.pnn" spec="TreeLikelihood" data="@pnn" tree="@Tree.t:pnn">
                <siteModel id="SiteModel.s:pnn" spec="SiteModel" gammaCategoryCount="4" mutationRate="@mutationRate.s:pnn" shape="@gammaShape.s:pnn">
                    <parameter id="proportionInvariant.s:pnn" estimate="false" lower="0.0" name="proportionInvariant" upper="1.0">0.0</parameter>
                    <substModel id="hky.s:pnn" spec="HKY" kappa="@kappa.s:pnn">
                        <frequencies id="empiricalFreqs.s:pnn" spec="Frequencies" data="@pnn"/>
                    </substModel>
                </siteModel>
                <branchRateModel id="RelaxedClock.c:pnn" spec="beast.evolution.branchratemodel.UCRelaxedClockModel" clock.rate="@ucldMean.c:pnn" rateCategories="@rateCategories.c:pnn" tree="@Tree.t:pnn">
                    <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.c:pnn" S="@ucldStdev.c:pnn" meanInRealSpace="true" name="distr">
                        <parameter id="RealParameter.16.pnn" estimate="false" lower="0.0" name="M" upper="1.0">1.0</parameter>
                    </LogNormal>
                </branchRateModel>
            </distribution>
            <distribution id="treeLikelihood.r35" spec="TreeLikelihood" data="@r35" tree="@Tree.t:r35">
                <siteModel id="SiteModel.s:r35" spec="SiteModel" gammaCategoryCount="4" mutationRate="@mutationRate.s:r35" shape="@gammaShape.s:r35">
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                    <substModel id="hky.s:rag1" spec="HKY" kappa="@kappa.s:rag1">
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</beast>