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<!-- Generated by BEAUTi v1.10.1                                             --><!--       by Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut and Marc A. Suchard         --><!--       Department of Computer Science, University of Auckland and        --><!--       Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh        --><!--       David Geffen School of Medicine, University of California, Los Angeles--><!--       http://beast.community/                                           --><beast version="1.10.1">
	

	<!-- The list of taxa to be analysed (can also include dates/ages).          -->
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	<taxa id="Acrodonta">
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	<taxa id="Phrynosomatinae">
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	<taxa id="Pleurodonta">
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		<taxon idref="Uma_notata"/>
		<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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	<taxa id="West_Uma">
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		<taxon idref="Uma_notata"/>
		<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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	<taxa id="East_Uma">
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		<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTGAGAGTAAGACAAGAAGTTAACAGGGACCGACCCCTCTTGGTTAAGCTAAACCGCGCGGGGACGCCAAAGAAGATTCGCCGAGTAAGGAGGAGAACCAATTCCTTAGGCAATAATCTGATTCAAACGGTCCCTCATGGTGGTTCGGAAAAAGCACCAAAATAAGTAGGAAAACAAACACGACAATGAAAGATAAACCAAAACGGGTCGGTGATATTCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment5" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			CAATCTAGATTTACGAATGATTCGAGAAATTCTGAAGTTAAAACAGCAAAATTTCAAGTGTTAAAAAAATAATTACTGTATAATAGTAAAAATTAAATCGTAATGATATCAATTCATAACTAACATTACGG-------CTTAACCGTTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CACCCTATAGGTCTACCTTCACTCCCGAGGCATAATAACTAATAGGTTGAAAATGATTCATACAACATGATAGCTGATAAATCATACAACAGTTTGATAATGTATACAAAAGCTTTAGCCTACGACGAATGTGTATATCATCAGCAATCTTTACTAGAAAGATCGCTAGCTGTCTTAACAGCCGAAAAATTACACATTCT?????????????????????????????????????????ACTTTACAGCCGCAAGCGTATGTAAAG--ATCATCCGTACCATAATCTCGCGGTTATACCTGTTTTGTTTACCACTTAACCTTTTACTCAATATGCTAAATGATAATACTAATATGATCGGGTTGCCATAGAACACATATCAATAATTAAAGTACCCTACATCTTACA?????????????????????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			??ATCTAGATTTACGAATGATTCGAGAAATTCTGAAGTTAAAACAGCAAAATTTCAAGTATTAAAAAAATAATTACTGTATAATAGTAAAAATTAAATCGTAATGATATCAATTCATAACTAACATTACGGAAAAAAACTTAACCGTTAAATAAAATAAAAAACTTAAAAAAAATGAATAGTATAGTTCAGACTGGTCTACCAAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCTATAGGTCTACCTTCACTCCCGAGGCATAATAACTAATAGGTTGAAAATGATTCATACAACATGATAGCTGATAAATCATACAAGGGTTTGATAATGTATACAAAAGCTTTAGCGTACGACGAATGTGTATATCACCAGCAATCTTTACTAGAAAGATCGCTAGCTGTCTTAACAGCCGAAAAATTACACAT????TGAACCTATATAAACGCATATGGTTTATTGACTGCTTTTTACTTTACAGCCGCAAGCGTATGTAAAGCAATCATCCGTACCATAATCTCGCGGTTATACCTGTTTTGTTTACCACTTAACCTTTTACTCAATATGCTAAATGATAATACTAATATGATCGGGTTGCCATAGAACACATATCAATAATTAAAGTACCCTACATCTTACATGTACTGAGATCGGCAGCTAAGGGCCAACCCAA
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			??ATCTAGATTTACGAATGATTCGAGAAATTCTGAAGTTAAAACAGCAAAATTTCAAGTGTTAAAAAAATAATTACTGTATAATAGTAAAAATTAAATCGTAATGATATCAATTCATAACTAACATTACGG-AAAAAACTTAACCGTTAAATAAAATAAAAAACTTAAAAAAAATGAATAGTATAGTTCAGACTGGTCTACCAAAC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCTATAGGTCTACCTTCACTCCCGAGGCATAATAACTAATAGGTTAAAAATGATTCATACAACATGATAGCTGATAAATCATACAAGGGTTTGATAATGTATACAAAAGCTTTAGCGTACGACGAATGTGTATATCACCAGCAATCTTTACTAGAAAGATCGCTAGCTGTCTTAACAGCCGAAAAATTACACATTCTATGAACCTATATAAACGCATATGGTTTATTGACTGCTTTTTACTTTACAGCCGCAAGCGTATGTAAAGCAATCATCCGTACCATAATCTCGCGGTTATACCTGTTTTGTTTACCACTTAACCTTTTACTCAATATGCTAAATGATAATACTAATATGATCGGGTTGCCATAGAACACATATCAATAATTAAAGTACCCTACATCTTACATGTACTGAGATCGGCAGCTAAGGGCCAACCCA?
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			GCCTTTAATTTTCTCCATCCGTAGTAAAACATTTTAATTAACTGACGAGGGGATCATTTACAGGAACTAGATATCTAT--GTCGACTTGAAAAGGAGGCCCCCGCCGTCTCAGAAAAGTTGGTCTTCAGGGCAATAGAGTTATGCCAGATTGTCTACAGAACATATTCTGACGATGGGGCAACTCTGGATTTAAGTAAAGTCATTCTTATTGCGCCACAACAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CAAACTTTGTACAAGGTTCCAATATAGATATTATGTTCGGTGAACCAACGATGCGTCCCACTTTGGTAGCTTAGATTTGATTTTATCTGAATACCCACGCCTCTTATACAGTTAACGCTAGATCAAGCTGGCTGACCGGCACCGTTTGAGAGCGACTAGATTGTACCGACATCTACTCTTAGATTAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TACCTAGCTTGCCGTAATTAGCCTGGATTGAGGTCCCCAAAGTGCCGATTAGTTACTGTTTGTCATTAGCCCGATATTCTATAATTGATACTTGCCTCTGTCTACTTATTACGCTTAGCATGTCGACATC---GGGGCGTCCCACAGGGAAGGGAGCTGGAATGGAATGTAAGATGAGACGGCTGGCACGTTCCCGCGTTAGAGA????????????????TTATCCATACTCACCCTACGAAATATCTACGCCGGCTGGGATCGGGGTCACAACTAGGGAACTAGGTCATTCATAGGACGAGAAGGTTTTTAGGTGTCTTTGACAAAAATTGACCATCTAGAAGCATTGTGCCGGATTAGTCCTTCTTTTTGAGGTCTTACGGCACTACTTTGTGAAAGAGCCTAAAGTCGCGGATC?TCCTCTCTGGTTATTTTACCGTAATTTCTATTGTAATAAGTCAATCTTGCATTGTGTCTTTTTTCTTAACTTGGTCAGTACAAGATTATTCCGTATATTAGTGAGTCCGGCATCAGTAATCCCTGATTAGATTTTTACGACCAGAATAACTAGTTGGAAACGCTCTTCAATGTAATTGAGAGTTGATTCCAGATGCCTGAATCTGCATGTTGTGCATATTCACATTGGGTTGATAGTTAGG
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			???????????????CATCCGTAGTAAAAAATTTTAATTAACTGACGAAGGGAGCATTTACAGGAAC--GATATCTAT--GTCGACTTGATAAGGAGGCCCCCGCCGTCTCAGACAAGTTGGTCTTCAGGGCAATCGGGTTACGCCGGATTGTCTACAGAACATATTCTAACGATGGAGCAGTTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTACATTAGCCGTTCCATGGAACGATCCTCAAACTTTGTACAAGGTTCCAATATAGATATTATGTTCGGTGAACCAACGATGCGTTTCAGTCTGGTAACTTAGATTTGATTTCATCTGAATACTCACGCCTCTTATACAGTTAACGCTAGATCATGCTGGTTGACCGACACCATTTGAAAGCGACTAGATTGTACCAACATCTACTCTTGGATTAAGTTACACTTCTCCGTTAACGACCGTGTTCCCTATTAACAAGCGAGACCCCTGTTTAGTCAGGGTTAGTTTGTTTGATCGCTTTCTATATCGACGTGTTAGCATTTAAAAGAGAGGATT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATACCTAGCTTGCCGTAGTTAGGCTGGATTGAGGTCCTCAAGGTGCCGATTAGTTACTGCTTGTCATTAGCCTGATATTCTATAATTGATACTTGTATTTGTCTACTTATTACGCTTGGCATGTCGGCATC-------CGTGCCACAGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????TTATTATCTATATTTACCCTACGAAATACCTAAGCCAGCTGGGATCGAAATCACAATTAGGGAACTGGGTCATTCATAGGACTAGAAGGTTTTCAGGTGTCTTTGACAAAAATTGCCTATCTAGATCCATTGTGTCGGTTTAATCCTTCTTTTTGAGATCTTGCGACACCACTTTGTATACTAGCCTAAAGTTATGGATC?????????????????????????????????????????TCAATCTTGTACTGTGTCTTCTCTCTT--CTTGGTCAGTATAAGATTATTCCGTATATTAGTGAGTCTGACGTTAGTAATCCCTGGTTGGATTTTTGCGACCAGAATAACTAGTTGGATACGCTCTTCAATGTAAGTGAGAGTTGGTTCTAGATGCCTGAATCTGCAT?????????????????????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			TTGAACTACAGTTCAAACATAGCGATACGACAAAATATTATATAATAAATAACAAAAAATGAATCAATATTCTAACCTAAATAATGAATGTCGAATAGCAACTAAAACATAATATTAACTGATGCATCCCCATAAATATAAACATCAAATATATTAANNNNNNNNNNNCAACATAGTGCATTTGAAAATCATGAATAAAAGTATAATAAATCTACAAATAATAAATGAATACTATAAAATTGAAAATCTATCGTAATAACTTACACAATTTATGATAAATATTGAAAAAAGTTAAATAATATACATTAAATAAGAACTAAAGCTTACAAATTAAAAACTAAATAAACTGATAAGTTTCAGTGCACAATATAAGTAATTCAAAATTAAACAAACATAATAAATCTCAGATAAAAAATAAAACCTTATATATAAACGAAACAAACGTATTTCAATAGATCTTTACAACTTAGAGAATTGCACAATAATTAAA
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTAACTGATGCATCCCCATAAATATAAACATCAAATATATTAGAAACTTAGTCACAACATAGTGCATTTGAAAATCATGAATAAAAGTATAATAAATCTACAAATAATAAATGAATACTATAAAATTGAAAATCTATCGTAATAACTTACACAATTTATGATAAATATTGAAAAAAGTTAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			AAGATACGTAGTTCAAAATGGATGTATTTTTTACAACAGTTATTGGTGGAATTTCGGAGAGATGTAGTAAGCAAGTTAGTATATTCAGGTCAAGGTGACAATATAATCGATATCTAACTTATAGTGTTTTTGCGAAAAAATAAATATCAAATAGAAGAATATATGGTATAATGGGGAGTGTGCTTAAGGAATATTAGAACAACTAAAAGTGTGATAGGATTAATAGCAGAATGATGTCCAAAAGTGAAAAAAGAATGTGTTATCATAAGGTATTTCAAGAATTAGAAAAGTATGGATGGGATAAAGGAAAGAAAGTTTAAATAGTAGATTTTA----TGAAAAGATTTGTGAACAACTTTTCCGAG--CAAAAAATTATATAGTAAGTTATAAGTTGAACATATTGATTGTGTAACGAATTTAAAAAGTAAGCGTGAGTATACGCGAGGCGTGAAAAATGAATACGCTTCGAGACGAAAATTTAGTAAAT
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGATGAACATATGACATATCTATAAAAAGATCAATATCAAATAGAAAAATACGCGGTATAATAAGAGGTATACTTAAGAAATATCGAAGCAACAATTAGTGTGATGGGATCAATAGCAGAATGATATTTAAAAGTGTAAAAATAATGTGTTATTAAAAGATACTCCAAGAATTAGAAAAGTGGAGATGGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			ATAATATGTAGTTCAAAATGGATGTATTTTTTAGGACAGTTAGTGGTGGGGTTCTGAATAAATGTAGTAGACGAGTTAATATTTTTAGGCTAAGATGATGATATAATCGGTGATGAACTTATGACGTATCTGTAAAAAAATAAATATCAAATAGAAAAGTACGCGGTATAATACGAGGTATACTTAAGAAACATCGAAGCAACAATTGGTGTGATGGGATCAATAGCAGAATGATATTCAAAAGTGTGAAAATAATGCGTTATTAAAAGGTACTTCGAGAATTAGAAAAGTGGAAATGGGATAAAAGGGAGAAAATATAAATGGTAAATTTTATATTTGAGAAGTTTTGTGAACGTCTTATTCGAGCTTGAAAAAGGATATAGAAAATTATAAGTGGAGCTTATTGGCTGTTTGGCAAGTTTAAGAAATAATCACGAGTACACGCGAAGCGTAAATGATAGGTACATTTTGGGACAATAATTTAGAAAAT
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGATGAACTTATGACGTATCTGTAAAAAAATCAATATCAAATAGAAAAGTACGCGGTATAATAAGAGGTATACTTAAGAAATATCGAAGCAACAATTGGTGTGATGGAATCAATAGCAGAATGATATTCAAAAGTGTAAAAATAATACGTTATTAAAAGGTACTCCGAACATTAGAAAAGTGGAGATGGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGATGAACTTATGACGTATCTGTAAAAAAATCAATATCAAATAGAAAAGTACGCGGTATAATAAGAGGTATACTTAAGAAATATCGAAGCAACAATTAGTGTGATGGAATCAATAGCAGAATGATATTCAAAAGTGTAAAAATAATGCGTTATTAAAAGGTACTCCGAGAATTAGAAAAGTGG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			ATAATATGTAGTTCAAAATGGATGTATTTTTTAGGACAGTTAGTGGTGGGGTTCTGAAGAAATACAGTAGACGAGTTAATATTTTTAGGCTAAGATGATGATATAATCGGTGGTGAACTTATGACGTATTTGTAAAAAGATCAATATCAAATAGAANNNNNNNNNNNCTAATARGAGGTATACTTAAGAAATATCGAAGCAACAATTAGTGTGATGGAATCAATAGCAGAATGATATTCAAAAGTGTAAAAATAATGCGTTATTAAAAGGTACTCCGAGACTTAGAAAAGTGGAGATGGGATAAAAGGGAGAGAATATAAATAGTAAATTTTATATTTGAGAAGTTTTGTGAACGTCTTATTCGAGCTTGAAAAAGGATATAGAAAATTATAAGTGGAGCTTATTAGCTGTTTGGCAAGTTTAAGAAATAATCACGAGTACACGCGAAGCGTAAATGATAGATACATTTTGGGACAATAATCTGGTAAAT
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			??????????????????????????????????TCGTCAAATTATCTCAGACAAGACGGGGTGGAGGGATCAGTACATCTAATGGGCAGGGTTTCGCAACATGTGTGAGTATGTGTCTCATAATCAGCGAGAGCAGGAATAAAGACAAAAATCCCAGTAAAGAACATGGTGAGTCGCATTGGCGGGGGGGAGGTWAGAGTGTCAAGTTAGAAGTGTGACATTATGCGCTCCTTTAGTGCTTATATAGACAAAGGGGAAGGGAGG-GGTACAAAAA-GGGCCTATCTTGAGAAAAGTCAACAAGGAGAGGCCGAGTTAGGTAAGAGTCGATTCGTCAGTTGCATAGAAAGTCTTGACAAGACGCGCCAATAATATGATCTAAACAAGAAAGAAAGGTGCGCCCGCTCT??????????????????????????????????????????????????????????????CGGTAGATGGAATGTAAACTAAGAGAGACCAATGTGGTGCAAGATGGAATAAAGTAGTAATAGTCTTGACGCAGCTCGAGTCCAAGATGTATGGGTACTTGTATAGGAATGCTTTTATGGAAGAAAAGCTGAACGTGTTGGAAAGAACAGCGAGAGTGAAGAGGCATAACCGCTGAGAAGAGGGCC
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????GAGGAAATCAGTACATCCAGTGGGCAGGGCCCCGTAAAATGCAGGAGCGTGTGACTCATAATCAGTGAGAGCGGGTATAAAGGCGATGGAACCAGCAAAGGACAACGTGGGCCGTATGGGCAAAGGGGACGTTAGAGTGTCAAGTTTGAAGTTTGCCATTGGACGCTCCCCTACTGCTT--ACGGACAATGGGGAAGAGAAATGGTACGGGTA-GGAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTATCGTTGCGAAAAGTGATGTGGAACGCCGGTAGATGGGGTGTCAGTCAAAACAGACCAATGTGGTGCAAGATGGAATAAAGTAGTATTAGTCTTGACGTAGCTCGAGTCTAAGATGCATGAATACTTATATAGGAATGCTGTTATGGACGAAAAGTCAAGCGTGTTAAAAAGCACAGCGAGAGTGAG??????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			GGGGTATGGTTGGCGAGGTTTCTCATATCGAACGCCGTCAAATTACCTCAGTCAAGGGGGGGTGAGGGAATCAGTACATCCAGTAGGCAGGGCCCCGTAAAATGTGGGAGCGTGTGACTCATAATCAGTGAGAGCGGGTATAAAGGCGATGGAACCAGCAAAGGACAACGTAGGCCGTATGGGCGAAGGGGACGTTAGAGTGTCARGTTTGAAGTGTGCCATTGGACGCTCCCTAACTGCTT--ACGGACAATGGGGAAGAGAAATGGTACGGGTACGGTTCTATCTTGAGAAAAATCAACAAGGAGAGGCCGAGTTAGGTAAGAGTCGACTCGTGAGTTGCGTTGAAAGTCTTGACAAGACGCGCCAATGATATGATCTAAATAAGAGAGAAAGGTGTGCCYGCTCTGTGGATGGGT???????????????????????????????????????????GTGGAACGCCGGTAGATGGGAAGTCAGTCAAAACAGACCAATGTGGTGCAAGATGGAATAAAGTGGTATTAGTCTTGACGTAGCTCGAGTCTAAGATGCATGATTACTTATATAGGAATGCTGATATGGACGAAAAGTAGAACCTGTTAAGAAGAACAGCAAGAGTGAGAAGGCATGACTGTTGACGAGAAAGTC
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????GGAATCAGTACATCCAGTGGGCAGGGCCCCGTAAAATGTAGGAGCGTGTGACTCATAATCAGTGAGAGCGGGTATAGACGCGATGGGACCAGCAAAGGACAACGTGGGCCGTACGGGCGAAGGGGACGTTAGAGTGTCAAGTTCGAAGTGTGCCATTGGACGCTCCCTAACTGCTT--ACGGACAATGGGGAAGAGAAGTGGTACGGGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTCGCCGCGTGAGAAAGGCCCCCCTATCGTTGCGAAAAGTGATGTGGAACGCCGGTAGATGGGAAGTCAGTCAAAACAGACCAATGTGGTGCCAGATGGAATGAAGTGGTATTAATCTTGACGTAGCTCGAGTCTAAGATGCATGATTACTTATATAGGAATGCTGTTATGGATGAAAAGTAGAACTTGTTAAGAAGAACAGCAAGAGTGAG??????????????????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????GAGGGAATCAGTACAGCCAGTGGGCAGGGCCCCGTAAAATGTAGGAGCGTGTGACTCATAATCAGTGAGAGCGGGTATAAACGCGATGGGACCAGCAAAGGACAACGTGGGCCGTATGGGCGAAGGGGACGTTAGAGTGTCAAGTTCGAAGTGTGCCATTGGACGCTCCCTAACTGCTT--ACGGACAATGGGGAAGAGAAGTGGTACGGGTA-GGTT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTCGCCGCGTGAGAGAGGCCCCCCTATCGTTGCGAAAAGTGATGTGGAACGCCGGTAGATGGGAAGTCAGTCAAAAAAGACCAATATGGTGCAAGATGGAATGAAGTGGTATTAGTCTTGACGTAGCTCGAGTCTAAGATGCATGATTACTTATATAGGAATGCTATTATGGACGAAAAGTAGAACTTGTTAAGAAGAACAGTAAGAGTGAG??????????????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CAGAAAAAATGGATGGAAACTCACAATAAATGCATAAGAATGAAGATGATGGAAAGAAAAGAACAACGAAGTGGAAAAAGGACAAAACGGATTAGCTATCTCAACATTGTGGTCCTGACTGATCGAGAAGTTTCAACATGCTGCTTCTGCAGCAGTGCATAAAAAAGAATGGAGAGAAAGGGGCAGGGAGCTTTTATATATTGTGCCGATGTAGAGTTGGTGGACCTCCCATCCAAAACATGTGGCTCAGCTCTTGAAGTTTCTGGCTAGTTTTATACCAATGTGGGTCGTARAGACCACAATTCAGAAATATGCAGACCTCAACCTGCTGATATGGACAGATGCATCAGTTAACAAAGTTCATGCATTGCACRGGTATATTGAGAACATGCCAGGGTAAGAAMAGCTACACTKRCAACTTTTTTTAAAAGAAATGCATTTATCCCATGTATGTCCCAGCATAAGGCACGGGTGAGCAAAGGCAGTCTGACCTCCATACCAAGCCCAAAAGCAGAAAGATTTCTGATGTAGCCATCAGCAGAAACATCGCAGTAGGGTAAGTTTAAGCCTTTTCTCCAAAGCAGAAGCATAGTCCACCAAAAAGAACGTGTAGGCTAACCAGTCTTCTCAGAGCTTATGATCATGTGCTTCCAAATAAGATAATTCTGAAATGAGAAGGCATTTTCAAGTAGAAAACAATTTCTTTTCTAATATCTGGCCAGCTATTTGAGGAATAATGAAAGAGATTT-GGAAATACATTAGGACTTCTTTCATCCAGTAATTCACACAGTGGACGTTTTCACACAGGCGCCAAGAAGCACCGAGAAAATATCATTTAATTGGCGCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACAACGACTCAGGTTTGTACAGCAAGATAACTGGAATCTTACGCATAATATCCCCCTAACACACGGCTAAATAGCCTACACAGCACATATAAAGCAATTAACTCTTAGTACCCAATAGCTACAACCCCCAGTACCCTTACAAAAG--TAGGTAGACATCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CAGAAAAAATGGATGGAAACTCACAATAAATGCATAAGAATGAAGATGATGGAAAGAAAAGAACAACGAAGTGGAAAAAGGACAAAACGGATTAGCTATCTCAACATTGTGGTCCTGACTGATCGAGAAGTTTCAACATGCTGCTTCTGCAGCAGTGCATAAAAAAGAATGGAGAGAAAGGGGCAGGGAGCTTTTATATATTGTGCCGATGTAGAGTTGGTGGACCTCCCATCCAAAACATGTGGCTCAGCTCTTGAAGTTTCTGGCTAGTTTTATACCAATGTGGGTCGTAAAGACCACAATTCAGAAATATGCAGACCTCAACCTGCTGATATGGACAGATGCATCAGTTAACAAAGTTCATGCATTGCACAGGTATATTGAGAACATGCCAGGGTAAGAAAAGCTACACTTGCAACTTTTTTTAAAAGAAATGCATTTATCCCATGTATGTCCCAGCATAAGGCACGGGTGAGCAAAGGCAGTCTGACCTCCATACCAAGCCCAAAAGCAGAAAGATTTCTGATGTAGCCATCAGCAGAAACATCGCAGTAGGGTAAGTTTAAGCCTTTTCTCCAAAGCAGAAGCATAGTCCACCAAAAAGAACGTGTAGGCTAACCAGTCTTCTCAGAGCTTATGATCATGTGCTTCCAAATAAGATAATTCTGAAATGAGAAGGCATTTTCAAGTAGAAAACAATTTCTTTTCTAATATCTGGCCAGCTATTTGAGGAATAATGAAAGAGATTTTGGAAATACATTAGGACTTCTTTCATCCAGTAATTCACACAGTGGACGTTTTCACACAGGCGCCAAGAAGCACCGAGAAAATATCATTTAATTGGCGCT?????AGAGAAAAAAAGTCCGTTAAATAGTAAATTAGGGTCATGCACCGGACACTATTTGCTTTTAGTATTGCTCTATGACGCCGAAGATAGATTCAAGGCTACACAAATCAAAAAACGGATAAAAAATTTCAAAGCAGACATTTGTGCAGGCAGCTGCGTCTGTCAGACGAGATAGCTTTGTCCTATCTTTAGTTCGAGGAAGGAGTCCTTGGTTA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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	<alignment id="alignment12" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			????????????????????????????????????????????????????ATTCTCTGACTTTTTAACTGAAATTGGGATTTATTTTTTCAAGCTAAAGAACGGCTTTCTCTTCGGAGGATGATTGTCTAGGGCTTTAGCTAGAGCAATTTCGAATAGTGATTCTCTTTTAGGGTATAGGCGTACTGTATTGCTGTAATTGTTGATTACGTAAACTCGGAATCGCTACATGATCTG??????????????????????????????????GGGTCAGATTAACTGAACTATCGATTGTAAATTGTTGATACTGCTGTACTGAAATAAGTTGACTTTGATGTAAAGTTCTTATCGCCGTGGCGATAGTTACTCGGCTCTTACCGAATTACTTGTCATCTTTAAATTATATGTATAATATTGAAGAATAAAGCGAGCTTATACGATTTAGGTTTTCCTTTTTTTTATTTTACATATTATTCGTGTTGGCTAAGTAAATTTTA-TATCTGCTAT-TTGAATAATGGTCAACGTTAACCTACTGGAAAAAAAAAATGTTTCCATTATAACGTTTATAATAGACTGAGATGTTGATCGCTCTTGTTTAGTTATGCTAACCCCTCACCGCTTCCTTGTTTAGCAAAACT?????????????????CACATTTAGTGAAACTGTGTAAGCATCCACAATTTAAATAAAGTAATATTTAGGAATCGGAATTACGTTGATTTTTGCCTGGGAAACGGCCCCCTCCTTATTTTGTATCTACGAACGTTACTCTATTCCGATGGCTTTTAAATTATCTCTTTAGACACATACGTCGTTTTTTCTTTCTTTGGTGGACTTTCGAGTGAG??????????????????????????????????
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			????????????????????TTTTCCCTGCGAGGTCATGTTATCTAACTAATTTTCTCTAATTTTTCTAATGAAACTTGGTTTTATTCTTCTAAAATAAAAACAGATTTTCTTTTCGGAGAATGTTCGTCTAATACTTGAGTCATGATGATATCGAATAGTGATTCTCTTTTATCGGATAATCATATTGTATCGCTAAAATGATTGGTTGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAATTATTGATCCTGCTGGGCTGTAATAGTTTGATTTTAATGTAAAAATCTTAACGTCATGGCAATAATTACATGGCTACTAATGAATTACTTGTCATCTTTAAACTATATGTATAATTTTGAAGATTGAAGCGAAATTACACTCTAAGGGTTTTGCTTTTTCTTATTTTTCATGTTACT--GGATGGCTAGATAAACTTCCTTATCGTTTGT-TTGCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTACTATACGCTTAATGAAATTGTGTAAGCATACACAATTTAAATAAAGTAACGTCTAGGAATCGAAATTACATTGGTCTCTGACTAGGATTAGGTTTTCTATTTGCATTGTACCCATGGCCATTATTTTGTTCTGATGGCTTTTAAATAATCTCTTCAAATACGTACGTAGTTTTTTTTTTCTTTAACGGACTCTAGAGTGAGCCTTCGTACCTATTCCGATCTAATGGTTAACGAT
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			???????????????????????????????????????????CTAACTAATTTTCTCTAATTCTTTTAATGAAACTTGGTTTTACTTTTCTAAAATAAAAATAGATTTTCTTTCCGGAAAATGTTCGTTTAAGATTTGAATCATGATAATATCGAATGGTGATTCTCTTTTATAGGATAATCATAATGTATTTTTAAAATGATTTATTAAATGAATGTAGGATCGCTATATGGCTCG?????????????CCGAATCGGTCACATGCTAACAGACAAGAGTAATTGGGCTAATGATTGTAAATTGTTGATCCTGCTGGGCCATAATAATTTGATTTTAATGTAAAGATATTAGCATCACGGCAATAATTACATTACTATTAATGAATTACTTGTCATCTTTAAACTATATGTATAATTTTGAAGACTAAACCGAGATTACACTCTAAGGGTTTTGCTTTTTCTTATTTTTCATCTTATT--GGATGGCTAGATAATCTTCTTTATCGTTTAT-TTGCATGATCGTCAATGCTTATCTCCTGGGGAAAAAAAATGCTTCCATACTAACGTTCCGAATAGGCTTAGACATCGATCGCTCCAGTTTNATTGTGT???????????????????????????????????????????????CTACACGATTAGTGAAATTGTGTGAACATACACAATCTAAATAAGGTAATTTCTATGAATCGAAATTACATTGGTCGCTGACTAGGTTTAGGTTTTTTATTTGCATTATACCTATGGCCATTATTCTGTTCTGATGGCTTTTAAATAATGTCTCCGAATACGTACGGAGCTTTTTTTTTCTTTAGTGGACCCTAGAATGAGCCTTCGTACTTATTCCGATCTAATG?????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			ATTAGTGAATAACGTTTATTTTTTCCCTGCGAGGTCATGTTATCTAACTAATTTTCTCTAATTCTTTAAATGAAACTTGGTTTTACTTTTCTAAAATAAAAATAGATTTTCTTTCCGGAAAATGTTCGTTTAAGATTTGAATCATGATAATATCGAATGGTGATTCTCTTTTATAGGATAATCATAATGTAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTTAATGTAAAGATATTAGCATCACGGCAATAATTACATTACTATTAATGAATTACTTGTCATCTTTAAACTATATGTATAATTTTGAAGACTAAACCGAGATTACACTCTAAGGGTTTTGCTTTTTCTTATTTTTCATGTTATT--GGATGGCTAGATA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTACACGATTAGTGAAATTGTGTGAACATACACAATTTAAATAAGGTAATTTCTATGAATCGAAATTACATTGGTCGCTGACTAGGTTTAGGTTTTTTATTTGCATTATACCTATGGCCATTATTCTGTTCTGATGGCTTTTAAATAATGTCTCCGAATACGTACGGAGCTTTTTTTTTCTTTAGTGGACTCTAGAATGAGCCTTCGTACTT???????????????????????
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment13" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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		<sequence>
			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			???????????????????????????????????????????ACTAAGAGTACAGGTCCAAGCACACGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTTCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCACGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGTACCTGTCT???GGCCCTAGGTGAGGGCTGTGTGAATAATGTAACCTTTCGATCAGACGCCCGATCAGAGGAGGCAAACAAAAGAGGGGAATATAATCAGGGGAATTGACCAAGCGCTCTGGCATATGATTTGGCAGAGAACAGGACACAAGTAGTGAGTAGTAAGGCGTGAGGTAGGTGTGACCGGTTAGGCACGGCTGCGTGGCACTCTGGGGCAGGAGTCCGTCTGTTACGGCTGCGAAATAAGGCCCGGGAAGGGGAGACACTGTGGAAGACGACCAGCTTGC???????????????????CTCCGAAGAAACTCAAGATTTATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGCAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATTGTACAAAAGATTACGGTAATACATATTAGGACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCCCAACTGGGAGAGAGGTGGAACA
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		<sequence>
			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			AGCGGAGAGATTAGCAATACGGACGTGTCAACCATCGACAAGAACCAAGAGTACAGGTCCAAGCACACGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTTCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCACGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGT?????????GAGGCCCTAGGCGAGGGCTGTGTGAATAATGCAACCTTCCGCTCAGACGCCCGATCAGAGGAGGCAAACAAAAGAGGGGAATATAATCAGGGGAATTGACCAAGCGCTCTGGCATATGATTTGGCAGAGAACAGGACACAAGTAGTGAGTAGTAAGGCGTGAGGTAGGTGTGACCGGTTAGGCACGGCTGCGTGGCACTCTGGGGCAGGAGTCCGTCTGTTACGGCTGCGAAATAAGGCCCGGGAAGGGGAGACACTGTGGAAGACGACCAGCTTGCTGAATAGCGATCCCTCTA??????????????????????ATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGCAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCACAGCTACTTTGAATAGAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGTAAGAAAAGGTCTAAAGA????????????????????????????????ACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCCCAACTGGGAGAGAG????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			??????????????????????????????????????????AACTAAGAGTACAGGTCCAAGCACGCGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTTCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCAAGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGTACCTGTC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTCCGAAGAAACTCAAGATTTATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGCAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATTGTACAAAAGATTACGGTAATAC?????AGGACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCCCAACTGGGA?????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			??????????????????????ACGTGTCAACCATCGACAAGAACTAAGAGTACAGGTCCAAGCACGCGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTTCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCAAGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGTACCTGTCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTCCGAAGAAACTCAAGATTTATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGCAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATTGTACAAAAGATTACGGTAATACATATT?GGACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCCCAACTGGGAGAGAGGTGGAACA
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			??????????????????????ACGTGTCAACCATCGACAAGAACTAAGAGTACAGGTCCAAGCACGCGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTTCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCACGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGTACCTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTCCGAAGAAACTCAAGATTTATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGCAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATTGTACAAAAGATTACGGTAATACATATT???ACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCCCAACTGGGAGAGAGGTGGAACA
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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		<sequence>
			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			AGCGGAGAGATTAGCAATACGGACGTGTCAACCATCGACAAGAACTAAGAGTACAGGTCCAAGCACGCGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTCCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCACGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGT??????????AGGCCCTAGGCGAGGGCTGTGTGAATAATGCAACCTTCCGCTCAGACGCCCGATCAGAGGAGGCAAACAAAAGAGGGGAATATAATCAGGGGAATTGACCAAGCGCTCTGGCATATGATTTGGCAGAGAACAGGACACAAGTAGTGAGTAGTAAGGCGTGAGGTAGGTGTGACCGGTTAGGCACGGCTGCGTGGCACTCTGGGGCAGGAGTCCGTCTGTTACGGCTGCGAAATAAGGCCCGGGAAGGGGAGACACTGTGGAAGACGACCAGCTTGCTGAATAGCGATCCCTCTA??????????????????????ATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGTAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATT??????????????????????????????ACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCCCAACTGGGAGAGA?????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGTAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			??????????????????????ACGTGTCAACCATCGACAAGAACTAAGAGTACAGGTCCAAGCACGCGGGGCACGTTCAAACCGTACGACGGTGATAAATAGATAGGAAGGGCGGCCCCAAGAGACGTCAGAATTAACGAGTCTTCTAAAGTACAGCAGCGATCCTCGGGCAGACGTTCGCGGAGAAATGTAGTCCACAGCGTTCAAGCACACTTTTAGATGGGCACGTCAGGCGGGGCTACGGAATATAGTACCTGTCT??????????????AGGGCTGTGTGAATAATGCAACCTTCCGCTCAGACGCCCGATCAGAGGAGGCAAACAAAAGAGGGGAATATAATCAGGGGAATTGACCAAGCGCTCTGGCATATGATTTGGCAGAGAACAGGACACAAGTAGTGAGTAGTAAGGCGTGAGGTAGGTGTGACCGGTTAGGCACGGCTGCGTGGCACTCTGGGGCAGGAGTCCGTCTGTTACGGCTGCGAAATAAGGCCCGGGAAGGGGAGACACTGTGGAAGACGACCAGCTTGCTGAATA????????????GCTCCGAAGAAACTCAAGATTTATAAGGCAAGGACAGCGATGTCGCCACGATGACGGCAGGAAGTATTGGATGCGAGGCCGGCCGACCAAGAAGGGTTTTCGACAACGCTGCCCCTCCGGTAATTGGGAATAAGCCCTGCGCCGGTAGTGAAAGTGAGGGAAAGGGATGGAGAGCGAGCGCAGCCACTTTGAATATAGTAAGGTAGAGAATTATCTCAACTTGCGCAAGAAAAGGTCTAAAGATTGTACAAAAGATTACGGTAATACATATT???ACTGATACAAGGACGATAACAGGTGATATGGCAAGGGGAAGGAAAGAGACCGGACGCAATGACGGTCTACGTTAGATAGAATATATTTGAAAAGACCAATAGAGCGGGCGTACACTCCTAGTGGTCAGTAACCCACATTGAGAAAAGGTGCGAAGCGAAAGCGGGAGTATGGAACGTGTGTGGAATAAAATCCTTAATACAATTACCAGCTCC??????????????????????
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment14" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			AATTTATTCGTATACAAAGTTAACCTAGTAAATAAGAGATCATTACTGTCTTCCTATTAATCCAATTCAAGAGAATTAACTGGATATTAAAGTTCGTGCGCGACGACTTTTGGACTTGAATATTAAACAATTCACATCGCGAATGCGCTGGATATCGGGGCAAGTCAATGTAACTAAAGCACCCTTTCGTGAGCCATAAGTATTGGACCCCGGTCCCCCTCTAATAAAACTCAAGCTTCCTGAGTGACCTTGCATATTCTGGCGTGAAATCATAGAATGAAGGCTCCCGCACGGACGTGTTCTAGGTGAATACGCCCACTCCCCCACCTCATGAATAAGACTGTCAACGTTATACACTATAAAATTTCCAGTCGCGCTTAGGTGCCGCTGTACCCAGCTAATGTGTACCTTGTCCTGGATGATAATTATTAACTCGAATAGGCAATCATAGAATAACGCACAAAGTCCCGTCCTGTCTTGAAGCCAGTTAACTAATAACACGTAGTCCACGGATAATAAAATGCTTATTCAAATTAAAATCCCTCGATGAAGTCGCTCTAAAAGATGATAAATACTTACAAATCCGACGTAGACGATAATGTTTTCCCGGTTCATGTATTTCTTCCGTTATGAGTTCTTTTCTGTTTCGTCAGGTTTAAATAAAAGCAAAGGTTTACAGAACAGTATAGATTACATTAGATTCTAGAATAACGAATTGTTAATAAAACAAATAATTATCAAACTCAAAAGGCTAGTACCGTTCGCGATTAAACCAACAGGTGTAATGCAACAATTCATATACGCAAGTAAGGCTTTCTTGAGGATCACTATAAACAAGCCACGCAAATCAGCTTTACGACAAATCTGTTAAATTAAAAATTTGTGATGTTACAA--ATAATCACACTTCCCGTCCTCTTAAAACGTTCTAGATTATGAGTGTTATATTGCC??????????????????????????????????????????????????GGTACCCTAATGTGGAGGTCACGTACAGATAAGGGCAACCGGTCCTCACTAATTAATTAAAACTACGAAAAACATACCGTTTGGATCTACCTTTTTAAAAAATACCATCTGTGGACACCGGGATGTGAGCGAGTCCCAAACCTATCGCCTCTTAATCTCAGATAAATAACAGACAGACAAGGGGTAAGAGACAGGCCACATGCTCTAAAAGTGGGTTGTACCG????????????????????????????????????????????????????????????????????CAGRCGACCTGTGAACTCATCTTCTGCCCCATTTCTTATGGAGTCCGATGCGCTTGGCCTATTTTTCTGTATTCAGATGATAATGTTTTCCCGGTTCACGTATTTCTTCCGTTATGAGTTCTTTTCTGTTTCGTCAGGTTTAAATAAAAGCGAAGGTTTAAAGAGCACACATATAGATTACATAGTTAGCTTTATAAAAAAAAACGGATCGTTAATAAAACAAATAATTATCAAATTGAAAAGGCTAGTACCGTTCGCGATCAGACCAACGACTGTAAT????????????ACTTAATATACTCATACTGTAAAAGTCACTCACATGGAATTAGACACCGCTTCATTTAGTCACTTGAAGATCGCCATCCAGAATTGTAATAGTTGTACTCTGGATAACTATACATATCATCTACCTCACAAAATTGGGCCACATTTTATCCGATATTAGTAACTACAAGCGAGAAGTTAGGGTTGAATTCCCAACTTTTAGGTAATA???????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			AATTTATTCGAATACAAAGTTAACCTAGTAAATAAGAGATCATTACTGTCTTCCTATTAATCCAATTCAAGAGAATTAACTGGATATTAAAGTTCGTGCGCGACGACTTTTGGACTTGAATATTAAACAATTCACATCGCGAATGCGCTGGATATCGGGGCAAGTCAATGTAACTAAAGCACCCTTTCGTGAGCCATAAGTATTGGACCCCGGTCCCCCTCTAATAAAACTCAAGCTTCCTGAGTGACCTTGCATATTCTGGCGTGAAATCATAGAATGAAGGCTCCCGCACGGAC?TGTTCTAGGTGAATACGCCCACTCCCCCACCTCATGAATAAGACTGTCAACGTTATACACTATAAAATTTCCAGTCGCGCTTAGGTGCCGCTGTACCCAGCTAATGTGTACCTTGTCCTGGATGATAATTATTAACTCGAATAGGCAATCATAGAATAACGCACAAAGTCCCGTCCTGTCTTGAAGCCAGTTAACTAATAACACGTAGTCCACGGATAATAAAATGCTTATTTAAATTAAAATCCCTCGATGAAGTCGCTCTAAAAGATGATAAATACTTACAAATCCGACGTAGACGATAATGTTTTCCCGGTTCATGTATTTCTTCCGTTATGAGTTCTTTTCTGTTTCGTCAGGTTTAAATAAAAGCAAAGGTTTACAGAACAGTATAGATTACATTAGATTCTAGAATAACGAATTGTTAATAAAACAAATAATTATCAAACTCAAAAGGCTAGTACCGTTCGCGATTAAACCAACAGGCGTAATATAACAATTCATATACGCAAGTAAGGCTTTCTTGAGGATCACTATAAACAAGCCACGCAAATCAGCTTTACGACAAATCTGTTAAATTAAAAATTTGTGATGTTACAA--ATAATCACACTTCCCGTCCTCTTAAAACGTTCTAGATTATGAGTGTTATATTGCC??????????????????????????????????????????????????GGTACCCTAATGTGGAGGTCACGTGCAGATAATGGCAACCGGTCCTCACTAATTAATTAAAACTACGAAAAACATACCGTTTGGATCTACCTTTTTAAAAAATACCATCTGTGGACACCGGGATGTGAGCGAGTCCCAAACCTATCGCCTCTTAATCTCAGATAAATAACAGACAGACAAGGGGTAAGAGACAGGCCACATGCTCTAAAAGCGGGTTGTA??????????????????????????????GCCTATTCTTATTTGTCTTCAGTTCCTATTCCAAGATCTAACAGACGACCTGTGAACTCATCTTCTGCCCCATTTCTTATGGAGTCCGATGCGCTTGGCCTATTTTTCTGTATTCAGATGATAATGTTTTCCCGGTTCACGTATTTCTTCCGTTATGAGTTCTTTTCTGTTTCGTCAGGTTTAAATAAAAGCGAAGGTTTAAAGAGCCCACATATAGATTACATAGTTAGCTTTATAAAAAAAAACGGATCGTTAATAAAACAAATAATTATCAAATTGAAAAGGCTAGTACCGTTCGCGATTAGACCAACGACTGTAATAGATCAAACTGA????????????????CTGTAAAAGTCACTCACAGGGAATTAGACACCGCTTCATTTAGTCACTTGAAGATCGCCATCCAGAATTGTAATAGTTATACTCTGGATAACTATACATATCATCTACCTCACAGAATTGGCCCACATTTTATCCGATATTAGTAACTACAAGCGAGAAGTTAGGGTTGAATTCCCAACTTTTAGGTAATA???????????????????????????????????????????????????
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		<sequence>
			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGTTATACACTATAAAATTTCCAGTCGCGCTTAGGTGCCGCTGTACCCAGCTAATGTGTACCTTGTCCTGGATGATAATTATTAACTCGAATAGGCAATCATAGAATAACGCACAAAGTCCCGTCCTGTCTTGAAGCCAGTTAACTAATAACACGTAGTCCACGGATAATAAAATGCTTATTTAAATTAAAATCCCTCGATGAAGTCGC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTAGAATAACGAATTGTTAATAAAACAAATAATTATCAAACTCAAAAGGCTAGTACCGTTCGCGATTAAACCAACAGGCGTAATATAACAATTCATATACGCAAGTAAGGCTTTCTTGAGGATCACTATAAACAAGCCACGCAAATCAGCTTTACGACAAATCTGTTAAATTAAAAATTTGTGATGTTACAACCATAATCACACTTCCCGTCCTCTTAAAACGTTCTAGATTATGAGTGTTATATTGCCGCGGCTTTCTGCTAGCCAGGGAATAACAAATAATAGTTCTTTTCTTTCATGGTACCCTAATGTGGAGGTCACGTGCAGATAATGGCAACCGGTCCTCACTAATTAATTAAAACTACGAAAAACATACCGTTTGGATCTACCTTTTTAAAAAATACCATCTGTGGACACCGGGATGTGAGCGAGTCCCAAACCTATCGCCTCTTAATCTCAGATAAATAACAGACAGACAAGGGGTAAGAGACAGGCCACATGCTCTAAAAGTGGGTTGTACCGTGCTCTAGGGAGTACTATTTGAATTAT???????CTTATTTGTCTTCAGTTCCTATTCCAAGATCTAACAGACGACCTGTGAACTCATCTTCTGCCCCATTTCTTATGGAGTCCGATGCGCTTGGCCTATTTTTCTGTATTCAGATGATAATGTTTTCCCGGTTCACGTATTTCTTCCGTTATGAGTTCTTTTCTGTTTCGTCAGGTTTAAATAAAAGCGAAGGTTTAAAGAGCCCACATATAGATTACATAGTTAGCTTTATAAAAAAAAACGGATCGTTAATAAAACAAATAATT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAGTCACTCACAGGGAATTAGACACCGCTTCATTTAGTCACTTGAAGATCGCCATCCAGAATTGTAATAGTTATATTCTGGATAACTATACATATCATCTACCTCACAAAATTGGCCCACATTTTATCCGATATTAGTAACTACAAGCGAGAAGTTAGGGTTGAATTCCCAACTTTTAGGTAATAGATCATAGGACTTGTGACAACAATCCAGTTTAATCTATTTAATCTTTGAAT
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGTTATACACTATAAAATTTCCAGTCGCGCTTAGGTGCCGCTGTACCCAGCTAATGTGTACCTTGTCCTGGATGATAATTATTAACTCGAATAGGCAATCATAGAATAACGCACAAAGTCCCGTCCTGTCTTGAAGCCAGTTAACTAATAACACGTA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTAGAATAACGAATTGTTAATAAAACAAATAATTATCAAACTCAAAAGGCTAGTACCGTTCGCGATTAAACCAACAGGCGTAATATAACAATTCATATACGCAAGTAAGGCTTTCTTGAGGATCACTATAAACAAGCCACGCAAATCAGCTTTACGACAAATCTGTTAAATTAAAAATTTGTGATGTTACAACCATAATCACACTTCCCGTCCTCTTAAAACGTTCTAGATTATGAGTGTTATATTGCCGCGGCTTTCTGCTAGCCAGGGAATAAC?AATAATAGTTCTTTTCTTTCATGCTACCCTAATGTGGAGGTCACGTGCAGATAATGGCAACCGGTCCTCACTAATTAATTAAAACTACGAAAAACATACCGTTTGGATCTACCTTTTTAAAAAATACCATCTGTGGACACCGGGATGTGAGCGAGTCCCAAACCTATCGCCTCTTAATCTCAGATAAATAACAGACAGACAAGGGGTAAGAGACAGGCCACATGCTCTAAAAGTGGGTTGTACCGTGCTCTAGGGAGTACTATTTGAATTAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCACAGGGAATTAGACACCGCTTCATTTAGTCACTTGAAGATCGCCATCCAGAATTGTAATAGTTATATTCTGGATAACTATACATATCATCTACCTCACAAAATTGGCCCACATTTTATCCGATATTAGTAACTACAAGCGAGAAGTTAGGGTTGAATTCCCAACTTTTAGGTAATAGATCATAGGACTTGTGACAACAATCCAGTTTAATCTATTTAATCTTTGAAT
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTTAAGATGGCATGCTTAAAAGATAACTTATCAGGCGTGRGCCGCCGACGTACGCRTGTGACTAGTGGTAGCTGTGGTACCGTTACGCGGCACCTTTTTTAGGTGTYTTTGGAAGTGAGTGGCGAGAATCCGAAAAATACAGGATTTACACCAGATGAGACGCACGGCGTCGCATCGTCGCTCCGTCAGATAGGTAAACTCT???????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGCAATGTACCTGTGTGAGTTGTGACACTACCCTGTCACGGATTTATTAAATTATCTTTGGTCCACAAACCACAGGTGGGTACTTTTTCGGCCTGCGCACTGAGCTGCACTTCGCGTCCCCTACCTCGTGCGACGGACGCCTGCCTCTGTACTGATCCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATA-GACTAATGTAGCTTATCTGGCTACGGTAAGTATAATAACATACGATCCGATCCT-GCGCACTTCATAGAAACGTCATATGGCCGGCAGATAGGACGGGATCAT?????????????????????????AGCCAGAAGGCCTCTTGTTACCTCGATCAGAATCCAAACCGTTCTTAAGATGGCATGCTTAAAAGATAACTTATCAGGCGTGGGCCGCCGACATACGCATGTGACTAGTGGTAGCTGTGGTACCGTTACGCGGCACCTTTTTTAGGTGTCTTTGGAAGTGAGTGGCGAGAATCCGAAAAATACAGGATTTACACCAGATGAGACGCACGGCGTCGCATCGTCGCTCCGTCAGATAGGTAAACTCTGTAGCAAGAAGGTTTAGTAGAAGTCTG
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?AACGTAAATCTATAACACCAGTAACCTAAAATATCGTAATTAGCTGACACACAACAATAACCTAGCAACGCACTTAACAGCAATATTTAGACTCCGGGTCTGTACCACTAGAGCCCCCAGGACAAATAAACGCTCAGATCGACGACGCACCCCAATCCGCAGCTACCCCAGGCCAATATGTCTAACTTATAACATGTAGAGAAA????????????????????????????????????????????????????????CTCACTATAGAAGTCTTAGCTCACGGAAGGGACACAGGAGGATAAAACACATAATAAACATAACTAAGTGCTAAAGAACCCAACGTATCAA-AAATGGATTGCCCGGTTGCACAACCTGTCTATTCCCCCCATCTTAAGGACCCTCTTACGTCCCCCCTCGTTGCAATCCCTTTCAA?????????????????????????
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment17" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			GGATGCACGTCGAGAGCGCCCCGCAGTTGTGGTATTGGTATTTTATGCCGAGTTTGCATTGATGATTGTGCGATTTCCTAGGYTTCACACTATAAAGAATCCATCAATTAGGTACACTCGAACTACAAGTGCAGCAGCGGAAAGG-ACCTTTCATCTTACTCGTTCCCGCTGCTTCTATACTAACCGTGGGGTGTGCTGTTGTACCATTTAATAGAGCAGAGTTTACGTGACATTATCCCCGCTTTGCACGGGGTTTCGTAGCATGGTCTCTTCGCCTATCGGCGCTGCCCATGCGAGACGCCGCCTTTTCCGTGAACAAGTCTATGCAATTCCGCGCTCTGGGGGCCGGTAGTGGGGCCCTGCTCAGTGAGAGACGACAGGCTTTGTGGAACAAACACAGGGGCTCTCATTAAGTAACTGTGACGGGAAAATTAAGTATAACGGCTCGTGGGNGGAGGCTCACTTTTTCCGCGGCTTTCCGTTCGAAATATGATTGCTACGTTTCCTATCTGTAAGACTGGAGGCGGGCCACCTTTCTTAACGTCTACCCTGGGTAGGA--GCCCGGTCGCAGCTCTGATGTTACTCTAGCCTTGTTTGTCTACTTAGGGATTGAT????????????????????????????TAGAGAATCATTCGGGATCAGTCTTTGACTCAACCATAGCGTGTCCAGACCATGCTATAGTATCGTTCATTTTCCTCTCCGGGACCATTAGCTCATGTACCGCATGGAAGGGGTTGTGAGATCCCACTGTAGTAAACGGAGGTGTGTTATATCACTTGGTAGGTCTGACATTACTATGTCTACGCGTAGATCTCCCGCTAGAGTAGTGCCCTGACCTTTAAGTTCGATGGGAGGCAAATTTCGCCGCCTTCCGCCTCGCCGCGCACGAAGTAACCTGGAGGGCCCTCTACGACCCGCCAAAGGGACGG??????????????????CCGCAGGCGTGGGGCTACTACTGCGTAGCCTGTGAGAAGGCCCAAAAATCTAGAAGTATCTTAGACCTTATCGCTCACCCTTGCCATGCATCGTGGTTTCATAGTATTTGGGTGGAGGAATGAAGAGACTATAAAAAAGAACGTCGGGTCATAATCGCAGGGAGTGTTCATCCCCGGCCTTCCACTCGTCGCTCAACCCCCCTAACTCCTTGCATCACCTCCCCTCCCCCGGCTTTCCCCGATTACCGGGCGTGCTTTTGGTACAGCCG
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			?????????????????????CACAGCTGTGGTCCCAGAATTGTGCGCGAAGTTTGCATTATCGACTGTGTGGTTCCCTTGATTTCACACTATAAAGAACCCATTGGTTAGCTACGTTCAGACTCCGAGTGCATGAGCGGAGAGT--CCTCTTGTCTTCCTCGTTTCCGATGCGTCTGTACAAACCGTGGAGTGCACAAACGTCCCATCTAATAGAGCAGAGTTTAAGTAGCTTAAATT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTGGGAGGTGTCAGGCGCTGCGGAGCAAGTGCGGGGGCTCTCATCGAGCATCCGTGACGGGGAAATTCAGTATGACGGTTCGCAGGGGGTGCTCAACTTTTCCCGTGGCTTTTCCCTCGAAGTGCATTTGCTGAGTTTCTTATCTGTAAGTTTGGAGGCGAGCCAAACCTCCTAATGTCTACCCCAAGTAATATTAGCCGACCGCAGCTCTTTTGTAATTCTATCCCTGTTGATCTGCTAAGGGATTGATTCATACACCTAATAAAAAACAGTTATTT?????TGTCACTCGAAGTCAGTCCCCGAGTCAGCCATAACGCGTCCGGAACATCCTACAGTATCGTTCATTCTTCCATCCTGCACCACCATCTCGCGTGCCGCGTGAATGGGGCAGCAGGACGCCGCTGTTGTAAACGAGGGTCTCTAATATCCCCTGGCACGTCCGATTCTACCTTATTTACGCGCGGCTTATGCGCGAGAGTAGAGGTCTAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTATCCGAGGTTATCGACTAAAGGCACTGGCCCACTATTGCGAAGCAGATAGGAGGAACCATGAGTCTGAAGATATTTTAGAACTTATCGCTCACCCCTGTCTTAAGTTGTTGTTTTGTAATACCGGGGTGGAGAGATAAGAAGTTTACAAAGGAAAACGGTAGGCCATAATTGCGGGGATTGTTCACCCCCGGCCTGCCACTCGTCGCTCAACTTTCCTAACCTCTTATC???????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			?????????????????????CACAGCTGTGGACCCAGAATTGTGCGCGGAGTTTGCATTGTTGACTGTGTGGTTCCTTTGGTTTCACACTATAAAAAATCCATCGGTTAGCTACGTTCAGACTTCGAGTACATCAGCGGAGAGT-ACCTCTTGTCTTCCTCGTTTCCGATGCGTCTGTACAAACCGTGGAGTGCATTAGCGTCCCATCTAATAGAGCAGAGTTTAATTGGCTTAAATT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTGGGAGGTGTCAGGCGCTGTGGAGCAAGTGCGGGGGCTCTTATCGAGCATCCGTGACGGGAAAATTCAGCATGACGGTTCGTAGGGGGTGCTCAACTTTTCCCGTGGCTTTCCCCTCGAAATGCATTTGCTGAGTTTCTTATCTGTAAGTTTGGAGGCGAGCCAAATTTCCTAATGTCTACCCCAAGTGATATTGACCGATCGCAGCTCTGTTGTCTTTCTATCCCTGTTGATGTGCTAAGAGATTGATTCATACACCTACTAAAAAATAGTTATTT?????TGTCATTCGGGATCAGTCCCCGAGTTAGCCATAACGCGTCCGTAACATCCTACAGTATCGTTCACTCTTCCATCCTGCACCACCAACTCGTGTGCCGCGTGAATGGAGCAGCAGGACGCCGCTGTTGTAAACAAGGGTCTCTAATATCTACTGGTACGTCCGATTCTACCTTATTTACGCGCGGCTTATGTGCGGGAGTAGGGGTCTAATTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTATTCGAGGTTATTGAATAAAGGCATTGGCCCACTATTTTGAAGCAGATAGGAGGGACCATGAGTCTGGAGATATTCTAGAACTTATCGTTCACCCTTATCTTAAGTTGTTGTTTTGTAACACCGGGGTAGAAGGATAAGAAGTTTACAAAGGAAAATGACAGGTCATAATTGCAGAGATTGTTCACCCCCGGCCTGCCACTCGTCGCTCAACCTTCCTAACCTCTTGTCTCATCTCCTTT????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		</sequence>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			GGATGTATGTCGAAATCGCCCCACAGCTGTGGACCCAGAGTTGTACGCGGAGTTTGCATTGTTGACTGTGTGGTTCCTTCGGTTCCACACTATAAAAAATCCATTGGTTAGCTACGTTCAGACTCCGAGTGCATCAGCGGAGAGT-ACCTCTTGTCTTCTTCGTTTCCGATGCGTCTGTACAAACCGTGGAGTGCATTAACGTCCCATCTAATAGAGCAGAGTTTAATTGGCTTAAATTCCGCTTTGT????????TCGAGGAGTGGTCTCTTTGCCTATCGGCGCTATCCATGCGGGACTCTCCCTATTCCGTGAACAGGTCTGTACAACCCCGCATCATGAGGTCCATTAGTTGGGCCCTATTCAGTGGGAGGTGTCAGGCGCTGTGGAGCAAGTGCGGGGGCTCTTATCGAGCATCCGTGACGGGAAAATTCAGCATGACGGTTCATAGGGGGCGCTCAACTTTTCCCGTGGCTTTCCCCTCGAAGTGCATTTGCTGAGTTTCTTATCTGTAAGTTTGGAGGCGAGCCAAATTTCCTAACGTTTACCCCAAGTGATA--GACCGATCGCAGCTCTGTTGTCTTTCTATCCCTGTTGATCTGCTAAGAGATTGAT????????????????????????????AAAAATGTCACTCGGGGTCAGTCCCCGAGTTAGCCATAACGCGTCCGTAACATCCTACAGTATCGTTCACTCTTCCATCCTGCATCACCAGCTCGTGTGCCGTGTGAATGGGGCAGCAGGACGCCGCTGTTGTAAACGAGGGTCTCTAATATCTCTTGGCACGTCCGATTCTACCTTATTTACGCGCGGCTTATGCGCGGGAGTAGGGGTCTAACTTTCCTACTTGAGTGGATTTGAAGTTCGTTGCTTCCCCTTTCGTTAAGCAGGATGTAACCTAGAGGGTTTTCAACGGCTCGCCCAAGGGCCG?????????????????????????????????CCACTATTGCGAAGCAGATAGGAGGGACCATGAATCTGGAGATATTCTAGAACATATCGCTCACCCCTGTCTTAAATTGTTGTTTTATAACACCGGGGTAGAAGGATAAGAAGTCTACAAAGAAAAATGACAGGTCATAATTGCAGGGATTGTTCACCCCCGGCCTGCCACTCGTCGCTCAACCTTCCTAACCTCTTATCTCATCTCCTTTCCCC????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????TGCATTGTTGACTGTGTGGTTCCTTCGGTTCCACACTATAAAAAATCCATTGGTTAGCTACGTTCAGACTCCGAGTGCATCAGCGGAGAGT-ACCTCTTGTCTTCTTCGTTTCCGATGCGTCTGTACAAACCGTGGAGTGCATTAACGTCCCATCTAATAGAGCAGAGTTTAATTGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGGAGCAAGTGCGGGGGCTCTTATCGAGCATCCGTGACGGGAAAATTCAGCATGACGGTTCACAGGGGGCGCTCAACTTTTCCCGTGGCTTTCCCCTCGAAGTGCATTTGCTGAGTTTCTTATCTGTAAGTTTGGAGGCGAGCCAAATTTCCTAACGTTTACCCCAAGTGATATAGACCGATCGCAGCTCTGTTGTCTTTCTATCCCTGTTAATCTGCTAAGAGATTGATTCA??????????????????????????????TGTCACTCGGGGTCAGTCCCCGAGTTAGCCATAACGCGTCCGTAACATCCTACAGTATCGTTCACTCTTCCATCCTGCATCACCAGCTCGTGTGCCGTGTGAATGGGGCAGCAGGACGCCGCTGTTGTAAACGAGGGTCTCTAATATCTCTTGGCACGTCCGATTCTACCTTATTTACGCGCGGCTTATGCGCGGGAGTAGGGGTCTAACTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTATTCGAGGTTATTGACTAAAGGCATTGGCCCACTATTGCGAAGCAGATAGGAGGGACCATGAATCTGGAGATATTCTAGAACATATCGCTCACCCCTGTCTTAAATTGTTGTTTTATAACACCGGGGTAGAAGGATAAGAAGTCTACAAAGGAAAATGACAGGTCATAATTGCAGGGATTGTTCACCCCCGGCCTGCCACTCGTCGCTCAACCTTCCTAACCTCTTATCTCATCTCCTTT????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			?????????????????????????????GTCTCAATAGACAAAAGAAACTCCCATCACATCGAGGGAACAGGAAGACATGAGGGACAAATCATCGTAAACCCCGCGAATAGGCAGTGCTCGAGGACGCCGAAAAAGGGAGGAGAGGAGAC-GGGAGCTCACTCAACGACTGGCCCACCAAGCGTGGAAAATTAACTTGATAGAGTAGTAAGCGGTCGATTGGGTCACAGGATGTACTTCTAGAACTCAAGCACTTACATTTGCAACACATACTTGGGCAAAAAGAC??????AACGGGGTAGCGAACTGACTACCAGAATGATGGACGAAATGGCGCCACGTGGGGGCTGAAAAGTAACGAAAATTCCGAGATTCAACCCGATGCGGAGCCCCACGACCGATAGCACCATCTAACCTTGGTAGGGTAGTAGGCCGTAGTCTCGGTCTCTGGCCATAACGAGCATGATGATAACAGTTGCAGCACATAC???????????????????????????????????????????GAAGATCAGTACCCGAAGAAAACTGTCCTACCGATCCTGCGTGGGCTGACGTACGCATCGCGCGGTTTGGTCGCAGTAAGTCTAGAAAGCAAGCTAGTTTTGTGGTCCCCGACGGACATGAAGGAGGCAGGACCCTCTCCGCATTCGTGGCAGAGTTCTTCGAGGAGCCGCCCACGGAGGTGGTGA
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			????GCGAAACCTGATAGGAGTTGGGCGGGTCTCAGTAGACAAAAGAAACTCCCATCACATCGAGGGAACAGGAGGACATGAGGGACAAATCATCGTAAGCACCGCGAATAGGCAGTGCTCGAGGACGCCGAAAAAGGGAGGAGAGGAGACGGGGAGCTCACTCAACGACTGGCCCACCAAGCGTGGAGAATTAACTTGATAGAGTAGTAAGCCGTCGATTGGGTCACAGGATGTACTTCTAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGGATGAATGAAGATCAGTACCCGAAGAAAACTGTCCTACCGATCCTGCGTGGGCTGACGTACGCATCGCGCGGTTTGGTCGCAGTAAGTCTAGAAAGCAAGCTAGTTTTGTGGTCCCCGACGGACATGAAGGAGGCAGGACCCTCTCCGCATTCGTGGCAGAGTTCTTCGAGGAGCCGGCCACGGAGGTGGTG?
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment19" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			?????????????????????GTATGCATCGTACCGGTTTAATACGAAGGGCCCCAGGAGAGTGAGTAGGGAGACTATCGGCTCGAAGGGAGCAAACAAAGAGGAGGGTGACAATCATGGGTCGTTAGGCCTAGTGATAACAGGCTGGTTTGAGAAGAACAGCCACGGTCTAAAAATAGGAGCTGCTCAACTAGTTTACGGCCAACATGAAGGGAGAAGATGGGGTGCTTAAGGTAGTCTAGCAGACTAGAGTTAAAATATAATTACAGACCAACTCGTTACGTTAAACGAGACTATCCCTGGGTCAGACAAGTTTATTATAAAGGTCAGATGTGGCTAAAAGGGCATGCTTTCTGAAGAGACTAGGAAGACAAAAGAGAACAGAGACTATATAATGGAAGTTCCCGAGCTAGGGAGCTCTCAATACCAACTTACTTACTACATCACGGTCCATGCTCTTATAAAAATTTAAAAATTTAGGGGGGAGGACAGCT???????????????CAGTATATGCCGCAAAACGTCGGGGGATGTTCGTTTCCGTGTTTGGTTTTAATCTAAACAGTAGGAAGACTCACCGTTCCATACCTACGAATACTCGGGGTGGACTCAAATTAGTTCCTGAAAAAATAGTTTACTGGCATCCCAGATAATTGCGTATCATAGGGCACT????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			??????????????????????ATGCATCGCTATTTAGTAAATCGTCCTACTCTTCGCCTATATGCTTGAGTCTTCCTTGAAAGCTATGCTCCTATTTAAAGAGTCCCTTACTTAATCCTTGAGATATCATCTGTTCCTCATACCCTCATGGCTTAATTGTTGCCTTAGGCTGCTTATTACTTTCGCGATGATATTGTTCGCTACAGCCTCAAACAACTCAGTCCTCGCGCAAGCCTTGATTAATAACGCCACTGTTCTTCCGTCGATTTTTTTGAAAATGGTCAAAGTATCTCATTTTTCTCTGCTACTTGGATGATTGACTATTACTATAGGTTTTCTTGTAGATCTTACCAGAGCGATTCAGTTATGTGTCCTTTCTCATTTCGCGATGGAATGAGTACAACGTTCTGTAATTTGTTTCGTTTTCGAGTTTCATCACAGAAAGACTACCTTTTTCTTCGGTCAATGTGTACTTTT????????????????????????????????CTGCACGACTCTCCTTTTTGTTGATTCTTTTGACGAAAAACCTACTTGGTCTCATTGCGTTGCTCTCCATAAAGCGGACTGAAGCTTTTTTGTCGTGTTGCTCTAGATCTAACATAGAATAAATCCTCTTCTATCATTTGCTCGTGTGGCATAACACGGTTAGGCATCCACCACATACGTGCTTTTTC?????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			CCGCGCATAAATTGAATATGGTCCGATAAACATTTAAAGGGCTTTAATACACATGGTGCTCTTGGTTTAGTAATACCTAGAATAATCTCTCATTTTTCATATAGCAACATTAAACGGATACAATAAATTTCTGATCAGGTAACTTTTAAAATTTATCAAATATGTTGCTCGAGGGGAACCAATTATCTACTTCCTTTTTAAATGCAATTATTCAGCCTACCTCAGTCTCGTAAACCCGAACTGAAAATATCATTTGGTTCACAAATTGATTCCCGTAAAGATTTCATCAGTATATAGTCGCGTAAAA????????????????????????????????????????????CCCAATCATCAAAGGATAGTAGAGCCAATAGTATCGACCATTTATGCACAATATAATACTTTAGTATACACTAATTAAATTGTCGTAACTTTTTCCCACTCACTCAATTCTTCAGGATTGTCCCTCTGGTGTAGAAATTACTACTTTCACAAGATATATGTGGATTAAATTAATATTACTGATAGCAAATTTTAT
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?????CATAAATTGAATATGGTCCGATAAACGTTTAAAGGGCTTTAATACACATGGTGCTCTTGGTTTAGTAATACCTAGAATAATCTCTCATTTTTCATATAGCAACATTAAACGGATACAATAAATTTCTGATCAGGTAACTTTTAAAATTTATCAAATATGTTGCTCAAGGGGAACCAATTATCTACTTCCTTTTTAAATGCAATTATTCAGCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AACAATAATCAAATGCGAAAATATCGGAAGTATAAGCTACTATCCCAATCATCAAAGGATAGTAGAGCCAATAGTATCGACCATTTATGCACAATATAATACTTTAGTATACACTAATTAAATTGTCGTAACTTTTTCCCACTCACTCAATTCTTCAGGATTGTCCCTCTGGTGTAGAAATTACTACTTTCA??????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			CATAGCCGTGAAAGCAGCCAGTCGCAGAGGCGGAGCACAAGACCAGGGGGGGTCGGACAAGCGCGAAGAATGGGGAGAGAGAGGAATGAAGTACCGTCACTGCTTGAGGGGATAAGGGTGGAGATCCACCACCGTCGCTCGAGGATAGAA--TAGACG-TAGGTTA-AAAAA---ACGAGGCGAGCACCGAGACAGGCACACACACCCGGACACCCGAGACTCCCCCGAGGGGGGAGGGCGCCGTGACGAAGAGTGATCTAGCCATCAGCTACACAAACAGATGAATGCAAGGAGACGGCGGGAGCTTAATATTCGCCGGGTAGCAAGGCCC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGACCCCATGATTAGTAGGAGAGTCAGGAGAGCCGTGCGCAGGCCAGAACTTCACCAGTTGGGGGTCCGCAACAACGGCATCGGAAGAAGCACTACGGCGAACTTAAGCATAAGATCCAGCGGGGGGTGAATGCGGGTTTACAGTGCTGAGGAATAGGTGCGTTGGCACGGTAGTGAGACGGGGCGGGGTTCACACTGGGGCCCTCAACAT????????????????????????????????????????????????????????AGTGTTTTTACTCAGGCTAACTAGGCT--AAACATGCAAGAGTGAACAGGCTTGCTTGCGCTCAAGTATCTAATCCCAGTGCACTCAGCACAGACTTAGACCACGGGGGGCGTCGTCCGGAAAAGAGCAATAGCGATAAGGAGAAGATCGGGACGAAACCGTGAGGTG?????????????????????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGTCACTGCTTGAGGGGATAAGGGTGGAGATCCACCATCGTCGCTTGAGGATAGAA--TAGACG-TAGGTTA--AAAA---ACGAGGCGAGCACCGAGACAGGCACACACACCCGGATACCCGAGACTCCCCCGAGGGGGGAGGGCGCCGTGACGAAGAGTGATCTAGCCATCAGCTACACAAACAGATGAATGCAAGGAGACGGCGGGAGCTTCATAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGGGGACCCCATGATTAGTAGGAGAGTCAGGAGAGCCGTGCGCAGGCCAGAACTTCACCAGTTGGGGGTCCGCAACAACGGCATCGGAAGAAGCACTACGGCGAACTTAAGCATAAGATCCAGCGGGGGGTGAATGCGGGTTTACAGTGCTGAGGAATAGGTGCGTTGGCACGGTAGTGAGACGGGGCGGGGTTCACACTGAGGCCCTCAACAT????????????????AAACTTCGAGGGGGAAGCCAACGGTCCGCGGGTGTGAGGGAGTGTTTTTACTCAGGCTAACTAGGCTGGAAACATGCAAGAGTGAACAGGCTTGCTTGCGCTCAAGTACCTAATCCCAGTGCACTCAGCACAGACTTAGACCACGGGGGGCGTCGTCCGGAAAAGAGCAATAGCGATAAGGAGAAGATCGGGACGAAACCGTGAGGTGGGTGGGGATGTCTAACTGCACTTGGGGAAAGA?
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			??????????????????????CGCAGAGGCGGAGCACAAGACCAGGGGGGGTCGGACAAGCGCGAAGAATGGGGAGAGAGAGGAATGAAGTACCGTCACTGCTTGAGGGGATAAGGGTGGAGATCCACCATCGTCGCTTGAGGATAAAA--TAGACC-TAGGTAA--AAAA---ACGAGGCGAGCACCGAGACAGGCACACACACCCGGACACCCGAGACTCCCCCGAGGGGGGATGGCGCCGTGACGAAGAGTGATCTAGCCATCAGCTACACAAACAGATGAATGCAAGGAGACGGCGGGAGCTTCATATTCGCCGGGTAGCAAGGCCCAATCAACCAACGTAGAAAATTGGAGGGGCAGACGACCAATTACAGGCTAGAGAGAGATCGCAAGTAGGAGCAGCATGAGGGGACCTCATGATTAGTAGGAGAGTCAGGAGAGCCGTGCGCAGGCCAGAACTTCACCAGTTGGGGGTCCGCAACAACGGCATCGGAAGAAGCACTACGGCGAACTTAAGCATAAGATCCAGCGGGGGGTGAATGCGGGTTTACAGTGCTGAGGAATAGGTGCGTTGGCACGGTAGTGAGACGGGGCGGGGTTCACACTGAGGCCCTCAACATCCAGCTGCAGAAAGTA????????????????????????????????????????AGTGTTTTTACTCAGGCTAACTAGGCT--AAACATGCAAGAGTGAACGGGCTTGCTTGCGCTCAAGTACCTAATCTCAGTGCACTCAGCACAGACTTAGACCACGGGGGGCGTCGTCCGGAAAAGAGCAATAGCGATAAGGAGAAGATCGGGACGAAACCGTGAGGTG-----GGATGTC?????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
			TATGCTCTCGCATATTAGTGCAAAAAGCCGGCATCCACACCTTCACCATTTCTCCCGTGCGCGTTGCGTCCCATTTCCTCGAGTTATGGCGCCCCTCCGCCAGCTTGCTAAACCGGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCAGGCCCAGCGATTCACACGT-GGGG---GCAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCTC--TAGCCCCCACCTTGCGTAAAAGTTGGACCGACGGACAATGCTACCGATACCACGCTCAATTTTAAATCCTACACCGAGCCTTTGAATGGTGATTACCCCCTTTGTGCCCACAAACCTGCCCCCATCAATGCACAATTACCCAAAAAGCCTGATAAAACGACCATTTACATTAAGGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTGAACCCCATAGAATCTTTATAAAACCAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAG???????????????????????????????????????ATTGAACCTCTACCACAATCTGATAGAACTCATATCCACTAGAAGACATGATACGTCTTACGATCCCCCCAGATGTTAAAGATTCTGCAGTTCTATCAACCCACTACGATATATACCATGTCCAGCGTATGCTACACGTGAAAGATATAGAGGGAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATTGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGCTCGCAGCGTCCTGAAAACACAGCATTCGTCGAATACCCCCCGTACCCTGTCACATAATAAGGCAATAGATAACCTG
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			TATGCTCTCGCACATTAGTACAAAAAGCCGGCTCCCACACCTTCACCATTTCTCCCGTGCGCCTTGCGTCCCATTTCCTCGAGTTATGGCGCCCCTCCGCCAGCTTGCTAAACCAGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAACAGGC--GGCAAT-CGCACCTGGAGGGGGGAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTTCTCTGAAGCCCTCACCCTGCATAGAAGTCGGACCGACGGACAATAACACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCATTTGAATGGTGATTAGCCCCTTTGTGCCCACAAACCTGCCCCCATCAGTGCACAATTAGCGAGAAGACTTGATAAGACGACCATTTACATTAAGGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTGAACCCTATAGAATCTTTATAAAATCAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAG???????????????????????????????????????ATTGAACCTCTACCACGATCTGATAGGACTCATATCCACTAGAAGACATGATACGTCTTACGATCGCCCCAGATATTAAAGATTCTGCAGTTCTATCAACCCACTACGATATATACCATGTCAATCGTATGCTACACGTGAAAGATATAGGGGGAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGCTCGCAGCGTCCTGAAAACACAGCATTCGTCGAATACTCCCCGTACCCTGTCACATAATAAGGCAACAGATAACCTG
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCCCCCAGCTTGCGAAACCAGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCAGGC--GGCATT-CGCACGTGGGGG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCTCTGAAGCCCTCACCTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACAAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAACAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAGCCCACTTACTCTAGAACCGGTTGTACCGTGTTGGACAAT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAAAGATTCTGCAGTTCTATCAACCCACTACGATATATACCATATCGATAGTATGCTACACGTGAAAGATAAAGGGGGAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGGTCGCAGCGTCCTGACAACACAGCATTCGTGGAAT??????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			TATGCTCTCGCACATTAGTACAAAAAGCCGGTTCCCACACCTTCACCATTTCTCCCGTGCGCCTTGCGTCCCATTTCCTGGAGTTATGGCGCCCCTCCCCCAGCTTGCGAAACCGGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCGGAC--GGCATT-CGCACGT-GGGG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCTCTGAAGCCCTCACCTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGGCCGTTTGAAGGGTGATTAGCCCCCTTGTGCCCACAAACCTGCCCCCATCAGGGCACGATTACCGAGAAAGCGCGACAAAACGACCATTTACATTAAGGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAACAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGATTCTGCAGTTCTATCAATCCACTACGATATATACCATATCGATAGTATGCTACACGTGAAAGATAAAAGGGCAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGGTCGCAGCGTCCTGACAACACAGCATTCGTGGAATACTCCCCGTACTCTGTCACATAATGA????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCGGGC--GGCATT-CGCACGT--GGG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCTCTGAAGCCCACACTTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAACAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAGCCCACTTACTCTAGAACCGGTTGTACCGTGTTGGACAAT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAAAGATTCTGCAGTTCTATCAATCCACTACGATATATACCATATCGATAGTATGCTACACGTGAAAGATAAAAGGGCAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGGTCGCAGTGTCCTGACAACACAGCATTCGTGGAATACTCCCCGTACTCTGTCACATGATGA????????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCCCCCAGCTTGCGAAACCGGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCGGGC--GGCATT-CGCACGT--GGG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCTCTGAAGCCCACACTTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAACAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAGCCCACTTACTCTAGAACCGGTTGTACCGTGTTGGACAAT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAAAGATTCTGCAGTTCTATCAATCCACTACGATATATACCATATCGATAGTATGCTACACGTGAAAGATAAAAGGGCAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGGTCGCAGTGTCCTGACAACACAGCATTCGTGGAATACTCCCCGTACTCTGTCACATGATGA????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TACCCTATTTAAAGCGGGC--GGCATT-CGCACGT--GGG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCTCTGAAGCCCACACTTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGTACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAACAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAGCCCACTTACTCTAGAACCGGTTGTACCGTGTTGGACAAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			??????????????????????AAAAGCCGGTTCCCACACCTTCACCATTTCTCCCGTGCGCCTTGCGTCCCATTTCCTGGGGTTATGGCGCCCCTCCCCCAGCTTGCGAAACCGGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCGGGC--GGCATT-TGCACGT--GGG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCCCTGAAGCCCACACTTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCGTTTGAAGGGTGATTAGCCCCTTTGTGCCCACAAACCTGCCCCCATCAGGGCACGATTACCGRGAAAGCGCGACAAAATGACCATTTACATTAAGGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAGCAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAG???????????????????????????????????????ATTGAACCTCTACAACGCTCTGATAGAACTCATATCCACTAGAAGACACGATACGTCTTACGATCGCCTCAGATATTAAAGATTCTGCAGTTCTATCAATCCACTACGATATATACCATATCGATAGTATGCTACACGTGAAAGATAAAAGGGCAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGGTCGCAGCGTCCTGACAACACAGCATTCGTGGAATACTCCCCGTACTCTGTCACATGATGAAGCAATAGATAACCTG
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCCCCCAGCTTGCGAAACCGGACTGATTCCCTCATCTACCCTATTTAAAGCGGGC--GGCATT-TGCACGT--GAG---GAAATATAAAAATTAAAAAATAATCGTTAAAAATTATTATATAGAAGCAACTCCCCTGAAGCCCACACTTTGCATAGAAGTTGGACCGACAGACAATACCACCGATACCACGCTCAACTTTAAATCCCACACCGACCGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTACCGTTTGCACCCTCGAGAGTATTAGCACTAGATGCAGCCACTAAGGAACTGAGTGTGTCAACCCCATAGAATCTTTATATAAGCAAAATTACAGGACACTCGGGGGTACGAGACAGCCCACTTACTCTAGAACCGGTTGTACCGTGTTGGACAAT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAAAGATTCTGCAGTTCTATCAATCCACTACGATATATACCATATCGATAGTATGCTACACGTGAAAGATAAAAGGGCAGAAGCTTTGATATGAGGTTATATCAGGGGATATGCAGGAGATCGAATCGTTTCTTATACCCGACCACGCGGGTAGGTCGCAGCGTCCTGACAACACAGCATTCGTGGAATACTCCCCGTACTCTGTCACATGAT??????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGCTGACGCGGGTCTGTTGCCCCAGCAGCCCAAAAACCGCGCACGGGACGACGGTGTATGAACAGGAAGCCACCGCACCAGGAGATGGCCGGCGAGGTCCGTCAGCGTTCCGGCTCGCGGTGCTAATAGGCTACCTGAGTTATTATTATGTCTCTTTCCCCGTTAACCTTCACATCCTTCCGATTGAAAT??????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGTTGTCGCTGGTCCGTTGCTTCAGCAGCCTGAAAACTTCTCACGGAACGACGGTGTATCGAGAGGAAGCCGTCGTGCCAAGAGATGTCCGGAGAGGTCCGTCAGCGGTCCGGCTCGCGGCGCTGACAGGGTGCCCGAGTTCTTCTTATGTCTCCACCCCCGTCAACCTTCACATCCTTCCGATTGAAATGTCTATAGTTTTCTACAGCCCCACA?????????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGTTGTTGTTGGTCCGTTGCTTCAGTAGCCTAAAAACCGCTCACGGAACGACGGTGTATCGACAGGAAGCCGTCGTGCCATGAGATGTCCGGAGAGGTCCGTCAGCGGTCCGGTTCGCGGCGCTGATAGGGTGCCCGAGTTCTTCTTATGTCTTCACCCCCGTTAACCTTCACATCCTTTCGATTAAAATGTTTATAGTCTTCTACAGCCCTACA?????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGTTGTCGCTGGTCCGTTGCTTCAGCAGCCTAAAAACCGCCCACGGAACGACGGTGTATCGATAGGAAGCCATCGTGCCAAGAGATGTCCGGAGAGGTTCGTCAACGGTCCGGTTCGCGGCGCTGATAGGGTGCCCGAGTTATTCTCATGTCTCTACCCCCATTAACCTTCACATCCTCCCGATTGAAATGTCTATAGTTTTCTACAGCCCCAC??????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			?????????CCTTTGCTGCCCGGCCCGCGGGCTGGCCGCCAGCCCCCAGTTACCCTCCGCCCGAGACGCGGGCTCCGGCCAAGGCCCACCCCCCCCCCCCTCCCGCCCCCTCGCGCGGTCCCGCGGCTGCTTCTGGGTACGCGCGCGACCGGCCGCACGCGCAGCCTCTTCGCATTTGGCGCGGGCAGCCTAGCG???????????????????????????GGCGCGTCCCTTGCCGCTTCGCCGCCCCTCGTGGTGGCCGGGCCCCTGCCCCCCCCCGGCCCCCTGGGTGCCCGCCCCGGGCGCGGGCTCAGTTAGCCGGCCTCGCCTGCCCGCTCCGCCCCGTCCGAGGCTTACGACTGC???????????????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			???????????????CTGCTCGGCCTGCGGGCCGGCCGCCAGCCCCTAATTACCCTCCGCCCGAGACGCGGGTTCCGGCCAAGGCCCACCTCTCCCTCCCTCATGCCCCCTTTCGCGGTCCTGCGGCTGCTTCTGGGTAAGCCCGCGATCGGCCGCGTGCGCAGCCTCTCCGCATTTGGCGCG????????????CTGTCTGCCCCGGGGCCCGCCGGGCGCGGCACGCCCCTTGCCGCTTCGCCGCCCCTCGTGGTGGCCGGGCCCCTGTCCCCCCCCGGCCCCCGGCGTGCCCGCTCCGAGCACGGGCCCACTCAGCCGGCCTCGTCTGCCCGCTCCGCCCCGTCCGAGGCCTGCGACCGCCCTCTGCGATGGCCGTTCTGATATGCT
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		<sequence>
			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			GGGATGCGCCCTTTGCTGCTCGGCCCGTGGGCTGGCCGCCAGCCCCCAATTATCCTCCACCCGAGACGCGGGCTCCGGCCAAGGCCCACCCCTCCCTCCCTCCCGCCCCCTTTCGCGGTCCTGCGGCTGCTTCTGGGTAAGCCCGCGATCGGCCGCATGCGCAGCCTCTCCGCATTGGGCGCGGGCAGCTTAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			??????????CTTTGCTGCTCGGCCCGCGGGCCCGCCGCCAGCCCCCAATTGCCCTCTGCCCGAGACGCGGGCTCCGGTCAAGGCCCACCCCTCCCTCCCTCCCGTCCCCTCTCGCGGTCCTGCGGCTGCTTCTGGGTAAGCGCGCGACCGGCCGCGCACG?????????????????????????????????????????????????????????????GGCACGCCCCTTGCCGCCTCGCCGCCCCTCGGGGTGGCCGGGCCCCTGCCCCCCCCCGGCCCCCTGCGTGCCCGCTCCGAGCACGAGCTCGGTCAGCCGGCCTCGCCTGCCCGCTCCGCCCCGTCCGAGGCTTGCGACTGC???????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?????????????????????????????????????????GCCCCCAATTGCCCTCTGCCCGAGACGCGGGCTCCGGTCAAGGCCCACCCCTCCCTCCCTCCCGTCCCTTCCCGCGGTCCTGCGGCTGCTTCTGGGTAAGCGCGCGACCGGCCGCGCGCGCAGCCTCTTCGCACTTTGCGCGGGCAGCTTAG??????CTGCTCCGGGGCCCGCCGGGCGCGGCACGCCCCTTGCCGCCTCGCCGCCCCTCGGGGTGGCCGGGCCCCTGCCCCCCCCCGGCCCCCTGCGTGCCCGCTCCGAGCACGAGCTCGGTCAGCCGGCCTCGCCTGCCCGCTCCGCCCCGTCCGAGGCTTGCGACTGCCCTCTGTGATGGCCGTTTTGATATACT
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	<alignment id="alignment27" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
			AGATTTGTTGGAAGAGGGGAGAGGTGCAAAGAAGTAGCTGGAATGAGAGGGTGAGAATTATGGAATTAATGGATTGATTAGAAATGTCAAAAAAGAGTCAAAGGGTTTCGGGGGCCGAAGATATATCAGGAAGAGTGCGCAAAGTACGTGAGTGTGAATGAG-GACTGTAGTGAC-AATAGTGGGTATGTGAGGCAATAGACGTGCGCGTAAGCACCGTGCCCTCTCTCTTCCATTTTCCTCCTCTTTTGTCCTCTCTTTAGCTAATTTTTTCTGCATACGGTGCTGTGGCGGCGAGGAGTTACACATCGTAATACATGAAAGTATGGTGTCCGGAGGAAATGTACTCGTAGGTCGAAGGAGGCAGGCCGGACCTGACTTATTTGAGGCGTAAAAGGAGAGCAGACTGCTGTGCCGTGACTGAAATGGATATACAAGGTTCTTTATTACTCTTTACGTGTATAAACGAGATCTGCCTCCCTGCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGTGGGGGGTGCCCTGCTTATAGCTGGCCGTTTTGTCGTAGTTGACAGTCATCAAACTTGYCTCGGGATTATCTTGGAGTCGGGAACTATGACAAGTCGTGTAAACGATTAGAGCCTTTTTATAGTCCATCTCAAAGTTTTTCC-TCTGATTTCAAGAGCTGAGCGTCTTCAGGAATGCTTATGGTTTGAGCATAAAGGATACA-CTTTAATGTTCTGTGTAGAAAACCTATCCTGCGATCTCATTGTACCACGTAATTAGATTTCACTGTTCTCTTTTCCCTAACTTTAACAAGCATAACTTGTGTTAAAAGATTCTTAACGGGGGTAGTAACGAAGGTA????????????????????????????????????ACGTAGCGTTAAAGTATGGAGCGTCGTGTCTTGTACCTTAAAAAGTGAGTTTACCTAGGTAATAAGTCGAGACAGGAAAAAGCAGGTGGTTTACCTGTAGTAATCTCGTTAAAACTGTTAGCGCCAAAGGCTAATCTACAAAGTTATTTTTACTTTTCAATGTACTATTGGTTATTAGGCGTTCGTTTGTTTTTTACACTTTCAAGCTACTTCAACCCGTCAGAAAATCTGACAGCGTCATAATACTGAACTAGGGATTTCCCTTCTTGACATGTTCGTACAGATACCCCGAGATA
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
			GGATTCTTTGGAAGAGG---AAGAGGTAAAGAGGTAGTTGGATTG---GGTTGAAAATTACTGGATAGGTGGATCGATTAGAAACGTCAAGAAAGAGTTAAAGGGTTTCGGAGACCGAATATA----AGGAAGGGAAC-TGCGGTGTGTCAGTGTGAGTAAC-GATTATAGTGACAAAGAGTAGGTATGACACGAAAAACGCGTGCACGTGAGCACCGTATGTTCTTTTTTCTCTTCTCCTTCTCCTTCGTTCCCCC---ATCTAATCTTTTCTGCATACAGTGCTGTGGTGGTGTGGAGTTAAACGTCGTAAT--ATAAAGGTA???TGTCTGAAGGGAATGTTTCCGCAGATCGGAGGGGGAAGGTAGACCCTGTTATATCTATGGTATTAAGGGAGCACAGACAACTGTGCAGTGGCTGAATCGCTTAGACAATGTTCCTTCTTACTTTTCGCGTGTGTATGTAAAATTCGCCTGCCTTCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTAGCCGGGCATCCTCAGTGTTGTTTTTGGCCTGGCCCCAACGGAGACATCTTGGATGTTCTGCGTGCAAAATCTGACCTGCGATATCGGTGTAACACGTAATTAAATTTGACTGTTGATCTTTTCCTAATTTCAACAGGAATAATTTGCTTTAAAAGATTATTAATGGGGGTTGTAACGAAGGTC????????????????????????????????????ACGTAGTACTAAGGTACGGAGTGACGTGTCTTGTACCTTGAAGGGTGAGTTGTCCTCGGTATTGGTTCGCGGCACTAAAAAGCAGGTGGTCTACCTGTAGTAATCTGATTGAGATTGTCGACGTCAAAGGCTGATCTACAGAGCCATTTCCACTTTTCATTATACTATTGGTTTTTAGGCGCTCGATAATCTTTTACACCTTTAACCCACTTTTAAGTAACAAAAAGTCYGCTAGAGTTGTAAAACTATAGTAGGGTTTTATCTCCTTGACATGTTCGTGCAGAAACCCCGAGACT
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			?????????????????????????????????????GTTCCGTCGCGGTTCTGCGTCCCCGGCGTGTTGTTCCGCCGTCTATTCTCTCCCCTCGTGGGTTCCCTACGCGGGCCGCACGGATAGCGTATTCTTCTCTCGTGTATGTGCCCGCATATGCAGTGCGAGCACTGGGACCCCTCGGCTCG??????????????????????AGCCTTGACGGTGTTGCCACCCATGCACCACAGCTTCTACCCACCTAGCTACATGGCATGTCCTCTCGACTTTCTATCCCTTTCTATCACAATCCAGAAGCCTCTCGAGCCACCTGTAACTGTGAGCTCCCACCTCATACCCCGACCCCGCGTTATCTCGACCGTGGAACCGTCCCCCCCCCCCCCTGGTCTCCACCCCCGTCATGTCGTCACCCCGACCCTTCAAATCGCTCCCGC
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			???CCCCCCTCTTTGAACCGGCGGGTCGCGTGGGTCCGTTCCGTCGCGGTTCTGCGTCCCCGGCGTGTTGTTCCGCCGTCTATTCTCTCCCCTCGTGGGTTCCCTACGCGGGCCGCACGGATAGCGTATTCTTCTCTCGTGTATGTGCCCGCATATGCAGTGCGAGCGCTGGGA???????????????????????????????????GCCTTGACGGTGTTGCCACCCATGCACCACAGCTTCTACCCACCTAGCTACATGGCATGTCCTCTCGACTTTCTATCCCTTTCTATCACAATCCAGAAGCCTCTCGAGCCACCTGTAACTGTGAGCTCCCACCTCATACCCCGACCCCGCGTTATCTCGACCGTGGAACCGTCCCCCCCCCCCCCTGGTCTCCACCCCCGTCATGTCGTCACCCC?????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			???????????????????????????????????????????????????TGTCAAAAGCCGTAGTAGTAGTCGTAGGACTAAGACGTAACAGGCGTACACACCTGAGAGTTTCGTCGAGAATAGGCAGCCAGGAAGTACAAGTAAGGATACAGTCAAGCTTCCGGCGGATCGACCGGCCGGACAGGAAAAAGTATGAGAGGAGTCCATAAGTAACCAAAAAGACCCCAGCGAGGAAAGACAACACTTTCTTAGATCGC???????????????????????????????????????TGAATGCGGCGATTGAAGCGAAACGACCAAAAATGCACAAGGTGTTCTTACTCTAGTACCATGCGATATATACTTTAGTACGAATACTGATGGCTGGAGCTCCTTTCCGTCAGATGGGGATCCTAGAGTCGGCCCAAGCCGAAACATTTGGTCACCCAAGTGATATATGTCTCCCCATTTTGAGAA??????GGGAAAGCAACAGATATGGGGACAGAGGCTATCAGCAGAATTATGTGCGGAGTCGATCGACGAAGATCAAGTCGGCCCTGTAATACCTTGCTGCAAATGATAGCTCGAACGTTTACTGGAACGGCACTGATGTAGCTTGTCAAGCGAAACCTCCATTTAGTCAAATACGGTTTATGGTATTCATGAGGTAGTGTA????????????????CAGAAGATGCCTCAGATGAAAAACGGTATCGAAAAAACTCTAAGTTGCCATCTACCGCTCCTCTCCTATGGCCTACTCTGAGATATGAACAAAGCAGGATTGGTTCCTGAGGAAAGAGACGACTCTGGTTGAGGCATGTGGGGCGAGAACCGAAGTCAAGTGACTGCCAAAGTATAATTTCCGTTTAGCTACAG
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			?AGTATGAGCAAAAAAAGTTCATGTTTCAATGAACTAAACGAGACCAATGCTGTCAAAAGCCGTAGTAGTAGACGTAGGACTAAGACGGAACAGGCGTACACACCTGGGAGTTTCGTCGAGAATAGGCAGCCAGGAAGTACAAGTAAGGATACAGTCAAGCTTCCGGCGGATCGACCGGCCGGACAGGAAAAAGTATGAGAGGAGTCCATAAGTAACCAAAAAGACCCCAGCGAGGAAAGACAACACTTTCTTAGATCGCACCCCCGCTCTAAAGGAAGGCCCCGAAGCAACGG???????????????????????????ACGACCAAAAATGCATAAGGTGTCCTTACTCTAGTACCATGCGATATATACTTTAGTATGAATACTGATGGCTGGAGCTCCTTTCCGTCAGCCGGGCATCCTAGAGTCGGCCCAAGCCAAAACATTTGGTCACCCAAGTGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCTAAGTTGCCATCTACCGCTCCTCTCCTATGGCCTACTCTGAGATATGAACAAAGTAGGATTGGTTCCTGAGGAAAGAGACGACGCTGGTTGAGGCATGTGGGGCGAGAACCGAAGTCAAGTGACTGCCAAAGTATAATTTCCGTWT????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			???????????????????????????????????????????????????TGTCAAAAGCCGTAGTAGCAGACGTAGGACTAAGACGGAACAGGCGTACACACCTGGGAGTTTCGTCGAGAATAGGCAGCCAGGAAGTACAAGTAAGGATACAGTCAAGCTTCCGGCGGATCGACCGGCCGGACAGGAAAAAGTATGAGAGGAGTCCATAAGTAACCAAAAAGACCCCAGCGAGGAAAGACAACACTTTCTTAGATCGC??????????????????????????????????GACGGTGCATGCGGCGATTGAAGCGAAACGACCAAAAATGCATAAGGTGTTCTTACTCTAGTACCATGCGATATATACTTTAGTATGAATACTGATGGCTGGAGCTACTTTTCGTCAGCTGGGCATCCTAGAGTCGGCCCAAGCCGAAACATTTGGTCACCCAAGTGATATGTGTCTCCCCATTTTGAGAAAGTAGGGGGTAAGCAACAGATATGGGGACAGAGGCTATCAGCAGAATTATGTGTGGAGTCGATCGACGAAGATCAAGTCGGCCCTGTAATACCTTGCTGTAAATGATAGCTCGAACGTTTACTGGAACGGCACTGATGTAGCTTGTCAAGCGAAACCTCCATTTAGTAAAATACGGTTTATGGTATTCACGAGGTAGTGTAGCACACCCTACCATCG???????TACCTCAGATGAAAAATGGTATCGAAAAAACTCTAAGTTGCCATCTACTGCTCCTCTCCTATGGCCTACTCTGAGATATGAACAAAGCAGGATTGGTTCCTGAGGAAAGAGACGACGCTGGTTGAGGCATGTGGGGCGAGAACTGAAGTCAAGTGACTGCCAAAGTATAATTTCCGTTTAGCTACA?
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			???????????????????????????????????????????????????TGTCAAAAGCCGTAGTAGCAGACGTAGGACTAAGACGGAACAGGCGTACACACCTGGGAGTTTCGTCGAGAATAGGCAGCCAGGAAGTACAAGTAAGGATACAGTCAAGCTTCCGGCGGATCGACCGGCCGGACAGGAAAAAGTATGAGAGGAGTCCATAAGTAACCAAAAAGACCCCAGCGAGGAAAGACAACACTTTCTTAGATCGC???????????????????????????????????????TGCATGCGGCGATTGAAGCGAAACGACCAAAAATGCACAAGGTGTTCTTACTCTAGTACCATGCGATATATACTTTAGTATGAATACTGATGGCTGGAGCTCCTTTCCGTCAGCTGGGCATCCTAGAGTCGGCCCAAGCCGAAACATTTGGTCACCCAAGTGATATGTGTCTCCCCATTTTGAGAAAGTAGGGGGTAAGCAACAGATATGGGGACAGAGGCTATCAGCAGAATTATGTGTGGAGTCGATCGACGAAGATCAAGTCGGCCCTGTAATACCTTGCTGTAAATGATAGCTCGAACGTTTACTGGAATGGCACTGATGTAGCTTGTCAAGCGAAACCTCCATTTAGTAAAATACGGTTTATGGTATTCACGA?????????????????????????????AAATGCCTCAGATGAAAAACGGTATCGAAAAAACTCTAAGTTGCCATCTACCGCTCCTCTCCTATGGCCTACTCTGAGATATGAACAAAGTAGGATTGGTTCCTGAGGAAAGAGACGACGCTGGTTGAGGCATGTGGGGCGAGAACCGAAGTCAAGTGACTGCCAAAGTAT???????????????????
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			GGGGAGTGATCGTTATGGCGTTATGTTATCAACTTAGCTGATGAGTTAGGATCTTTGGTAGTAGTTGCTTAAGTCGCACTCTTGGATTCACATTTGATCCTGCCGGTTGTGTGCTGTCTGAGGTTTGTGTCGAAGTGATGGGAACCACCT--TTATGG-AAAGCTT-CCTC---CAACGATATACGGTGGATAGAGGGACGGAGGGGGGGGGGGGAAAAGGTGGAGATGTTAAGCATACTGATGTTCTTGTAACTGTCACAGGTCCATCAAACAGCACAGCCATACAGAGATAGGGGGGATTGCGAACGCATTCTCGAAGCCTCCCGACTCTATTATTGCGCCGTAAGATATCACGACTATTACAGAGCGCGACTCACCGCATATGTGTTCTATGGTGCTTTAACCTTCTAGTCTCCTAGCTGACCCAATACTCGTCCACTTTTTCTTAACGGTGTCTGTTCTATGCCTCCTGTCATGACAATTAAGCGACGCTCCCCACTGGTAGCTCGGCGTCGTCCGGCGTCGGGCGCCGTATAGAAGATCTAGTGGATTTTTATCGTCTGCCGATGGTATTAACGGAGTGTTAGGAGGTGCACTGGGAAGTCTGTGTGGAGTACTCACACTAAGTGACTAGGATGACAAGGACCGCGCCTGAGCTCTTTG
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGACCCTGCTGGTTGTGTGCTGTCTGAGGTTTGTGCCGAAGTGATGGGAACCACCT--TTATGG-GAAGCTT--CCC---CAACGATATACGGTGGATAGTGGGACGGAGGGGGGGGGGGGAAAAGGTAGAGATGTTAAGCCTACTGATGTTCTTGTAACTGTCACAGGTCCATCAAACAGCACAGCCATACTGAGATAGGGGGGATTGCGAACGCAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTATGGTGCTTTAGCCTGCTAGTCTCCTAGCAGACCCAATACTCGTCCACTTTTTCTTAACGATGTCTGTTCTATGCCTCCTGTCATGACAATTAAGCGACGCTCCCCACTGGTAGCTCGGCGTCGTCCGGCGTCGGGCGCCGTATAGAAAATCTAGTGGATTTTTATCGTCTGCGGATGGTATTGACGGAGTGTTAGGAGGTGCAATGGGA??????????????????????????????????????????????????????????????
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment32" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTAAGCCGCCTTAAAACAGTGTGGATTGTATTCTGGGATGCCAACTCGTACCATTGGCTAAGTCTCATTACTATTCGAAACAGGTGATACATTCTTAGAGGATTTGAGTTATAGAGTTAATCACCCTAAGTAAAGGAATTCATAGTGTCATATACCGCATGACCTTGGATATCAG??????TAAATACACTAATAGGTTCGGAGATAATACATCCTCATGAAATTTTTAGGACGGTCTAGGGTCTCTACCAGACAAAATCCAGCGAAATCAATAGGCATAACGGTGTAGAAAATTGGTCGGTTGGAGGGATTTAGATTGTAAGGATATTTA-TACATGTTATTAGCACAAAGTAGCTAACAGGTATAGTAGTTCGTTATTGGATTATGTATATATGTAGATTCAAG-GTATAG-TCCGGTCGGCTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			GARGATTAGTTTTGACGAACTCGGAATTGTTTAGGGGCATCATATAGAAATCGCGAGYTTAACAAACACACTAAGCCGCTTTAAGACAGTGTGGATTGTGTTCTGGGATACGAACTCGTACRATTGGCTAAGGTTCATTTCTANTCGAAACAGGTGATACATTCTTAGAGGATTTGAGTTATAGAGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCATGAAA---TTAGGACGGTCTAGGGTCTTTATCGGACAAAATCCAGCGAAATCAATAGGCGTAACGGTGTAGAAAATTGGTCGGTTGGAGGGA-TTAGACTATAAGGATATTTA-TACATGTTATTAGCACAAAGTAGCTAATAGGTATAGTAGTTCGTTATTGGATTATGTATATACGTAGATTCAAG-GTACAA-TCCGGTCGGCTTAATTATAGTTGATCATTGGACTGGTATTGTATACC-TAAATAAAACTTAATTTCAACC-----AATACCAATTTAATGGATAGTCTCACCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????TAACAAACACACTAAGCCGCTTTAAGACAGTGTGGATTGTGTTCTGGGATACGAACTCGTACGATTGGCTAAGGTTCATTTCTATTCGAAACAGGTGATACATTCTTAGAGGATTTGAGTTATAGAGTTAATCACCTTAAGTAAAGGAATTCATAGTGTCATATACCGCATTACCCTGGATATCAGGTGTCT??????????????AGTTCGGAGACAATTCATCCTCATGAAATTTTTAGGACGGTCTAGGGTCTTTATCGGACAAAATCCAGCGAAATCAATAGGCGTAACGGTGTAGAAAATTGGTCGGTTGGAGGGATTTAGACTATAAGGATATTTA-TACATGTTATTAGCACAAAGTAGCTAATAGGTATAGTAGTTCGTTATTGGATTATGTATATACGTAGATTCAAG-GTACAA-TCCGGTCGGCTTAATTA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
			AGGGGACAGGGAGCGGGGGGCAGGAGGAGGGGGGGAGAAACCGACGGGGGGGGTGAGGAGGACCGGGGCGCAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGGCGAGTAGCGGCAGAGGGCGAGGGAACGGGGGGGGGAGGGGGAGCGTACAGTGGGGCCCGGTGGCCCCCCCT-GTACGCGTCGGA-GTGGCGACCGACGGCGCGAAGGAGAAGAAAAAGCGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATTAAAAAAGAAACGAAAATAAAGACACAAGCGCAAGCACAAAGGCACAGATGAGCACATTAGAAAGGAGTAGAATA
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			AGGGGACAGGGAGCGGG---CAGGTGTAGGGGGGGAGAGACCGAC---GGGGGTGAGGGGAACCGGGGCGCAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGGTGAGTAGCCGCGATGGGCG-GGGAACGGGGGGGGG-GGGGGAGTGTA-CATGGGGCCCTGTGGCCCCCYCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACGGCACGGAGGAGAAGAAAAAGCGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAA---GAAACGAAAATAAAGAAACAAGCGCAAGAACAAATGCACAGATGGGAACATTAG--AGGAGTAGA???
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
			AGGGGACAGGGAGCGGG---CAGGAGGAGGGGGGGAGAGACCGAC---GGGGGTGAGGGGAACCAGGGCGGAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGGCGAGTAGCCGAGGCGGGCGAGGGAACGGGAGG----GGGGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGACGGAGGTGCGGACCGACGGCGCGGAGGAAAAGAAAAAGAGAAAAAAAAACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAA---GAAACGAAAATAAAGAAACAAGCGCAAGAACAAAGGAACAGATGGGAACATTAG--AGGAGTAGA???
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGAAGGGCGGCTGAGAAAGGGCGAGTAACCGCGGCGGACGAGGGAACGG--GG----GGGGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACCGCGCGGAGGAAAAGAAAAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAAAAAGAAACGAAAATAAAG?????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			????GACAGGGAGCGGG---CAGGGGGAGGGGGGGAGAGACCGAC---GGGGGTGAGGAGAACCAGGGCGGAGAAGGGCGGCCAAGAAAGGACGAGTGACCGCGGCGGGCGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGTCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAACAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAA---GAAACGAAAATAAAGAAACAAGCGCAAGAACAAATGCACAGATGGGAACATTAG--AGGAGTAGAATA
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGACGAGTAACCGCGGCGGGCGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCTCGTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAACAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAAAAAGAAACGAAAA??????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGACGAGTAACCGCGGCGGGTGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAACAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAAAAAGAAACGAAAATAAAGAAACAAG??????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGACGAGTAACCGCGGCGGGCGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGACCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAACAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAAAAAGAAACGAAAATAAAGAAACAAG??????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			AGGGGACAGGGAGCGGG---CAGGGGGAGGGGGGGAGAGACCGAC---GGGGGTGAGGAGAACCAGGGCGGAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGAAGAGTAACCGCGGCGGGCGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAAAAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAA---GAAACGAAAATAAAGAAACAAGCGCAAGAACAAATGCACAGATGGGAACATTAG--AGGAGTAGA???
		</sequence>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????GGAGAACCAGGGCGGAGAAGGGCGGCCGAGAAAGGAAGAGTAACCGCGGCGGGCGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAAAAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAAAAAGA??????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGAAGAGTAACCGCGGCGGGCGAGGGAACGGGGGG----GGTGGAGCGTA-CGTGGGGCCCTGTGCCCCCCCCT-GTACGCGCCGGAGGTGGCGACCGACAGCGCGGAGGAAAAGAAAAAGAGAAAAAAACACAAAAAAAAAATAAAAAGAATAAGAAAACAATAAAAAAAGAAACGAAAATAAAGAAACAAG??????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			AATGCCAGAGATAAAAA---AAAATATACAAGTACAAAAGAAAAA---AAATTTTAAAGAGTACTAGAAAATGCAACAACACTAAAAGAATACATAGATACAAAGCTCCTG-AACGACACATTCAC-ACGCAAAACAC-CCTCACATACACACTTACACCCA-TACYAAAACATAAAACTTCAATTATACACTACTCTATCGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGGCGGGG---GCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGGGGAAGAGAGGGGTAGAGGAACGTAGGAACCAG--GACAGCAAA???
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
			AATGCGAGAGATAAAAA---AAAATATATAAGTATAAAAGAAAAA---AAATTTTAAAGAGTTTTAGAAACTACAACAACGCTAAAAGAATTCATAGACACAAAGCTCCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTCACACCCT-TACCAAAACATAAAACTTCAATCATACAATACTCTATAAATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGG---GCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGGGGAAGAGAGGGGTAGAGGAACGTAGGAACCAG--GACAGCAAA???
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????TTACAACAACACTAAAAGAATTAATAGACACAAAGCTCCTAAAACGACAT--A----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACTCCCT-TACCAAAACATAAAACTTCAATCATACAATACTCTAAAAATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGGGCGGCGGGAGGGGCGGGA?????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			????CGAGAGATAAAAA---AAAATATATAAGTATAAAAGAAAAA---AAATTTTAAAGAATTCTAGAAATTACAACAACACTAAAAGAATTCATAGACACAAAGCTCCTAAAACAACATACA----TAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCT-TACCAAAACATAAAACTTCTATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGG---GCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGGGGAAGAGAGGGGTAGAGGAACGTAGGAACCAG--GACAGCAAAGCG
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????TTACAACAATACTAAAAGAATTCATAGACACAAAGCTCCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCTTTACCAAAACATAGAACTTCAATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGGGCGGCGGGAGGGG??????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????CTACAACAATACTAAAAGAATTCATAGACACAAAGCTCCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCT-TACCAAAACATAGAACTTCAATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGGGCGGCGGGAGGGGCGGGAGGGGGG???????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????TTACAACAATACTAAAAGAATTCATAGACACAAAGCTCCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCT-TACCAAAACATAGAACTTCAATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGGGCGGCGGGAGGGGCGGGAGGGGGG???????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		</sequence>
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			AATGCGAGAGATAAAAA---AAAATATATAAGTATAAAAGAAAAA---AAATTTTAAAGAATTCTAGAAATTACAATAACACTAAAAAAATTCATAGACACAAAGCTGCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCT-TACCAAAACATAAAACTTCAATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGG---GCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGGGGAAGAGAGGGGTAGAGGAACGTAGGAACCAG--GACAGCAAA???
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????AAGAATTCTAGAAATTACAATAACACTAAAAAAATTCATAGACACAAAGCTGCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCT-TACCAAAACATAAAACTTCAATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGGGGGGC??????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AATTCATAGACACAAAGCTGCTAAAACGACATACA----CAACAAAACAC-CCTTACACACTCACTTACCCCCT-TACCAAAACATAAAACTTCAATCATACAATACCCTAAAGATGGGGGGGCGAACGAGGGGGCGGGCGGCGCCGGGGGGGCGGGGGGGGGCCGGGGGGGGCGGGAGGGGCGGGAGGGGGG???????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
			????????????????????????????GACTCTTGACAGAAACCGCAATAAAGACAAAGAAAACGCCGAGCGGCCCTAAAGGCCGTATCGGCGCATCACATTTCGAGGGTAAGCAAAAAAATCCTAGAAAAACCTCTCACAGAGCAAGCAATAGGGATCTAGGAGCGAATTGCCAAGCATTAAC??????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
			?????????????????????GTGMGATGACTCTTGACAGGAACCGCAACGACGGCAAAGAAAACGATAAGTGGCCCTTAAGGCCGTATCGACCCATCGCATTACGTAGATAAGCAGAAGAACCGTAAAGGGCACTCCCAAAGAAAAGATGACGAGAATCTAGTAGCAGTTTTCCGATCTTTAACAG????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			????????????????????????????????????????????????????????AAAGAAAACGATAAGTGGCCCTTAAGGCCGTATCGGCACATCACATTACGACGGTAAACAGAAGAATCGCAAAGGAGCCTCCCAAGGTAAAGACGATGGGAACCTAGCAGCAGGTTTCCGATCTTTAACAGTGGGCAGACGGGCGGTCACAGAGCAGGAACGGCGGAGTAAGTAGGAACATGTTCGCAAGGTCTT
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			?????????????????????????????????????????????GCAACGACGGCAAAGAAAACGGTAAGTGGCCCTTAAAGCCGTATCGGCCCATCACATTACGACGGTAAACAGAAGAATCGCAATGGAGCCTCTCAAAGAAAAGACGATGGGAATCTAGCAGCAATATTCTGATCTTTGACAGTGGGCAGACGGACGGTCACAGGGCATGAACGTGGAAGTAAGTAGGAACATGTTCGCAAGGTCTT
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			?????????????????????????????????????????????GCAACGACGGCAAAGAAAACGGTAAGTGGCCCTTAAGGCCGTATCGGCCCATCACATTACGACGGTAAACAGAAGACTCGTAAAGGAGCCTCCCAAAGAAAAGACGATGGGAATCTAGCAGCAATATTCTGATCCTTAACAGTGGGCAGACGGACGGTCACAGAGCATGAACGGGGAAGTAAGTAGGAACATGTTCGCAAGGTCTT
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			CCCACACGAACCGTGCCGAGAGTGAGATGACTCTGGACAGGAACCGCAACGACGGCAAGGAAAACGGTAGGTGGCCCTTAAGGCCGTATCGGCCCATCACATTACGACGGTAAACAGAAGAATCGTAAAGGAGCCTCCCAAAGAGAAGGCGATGGGAATCTAGCAGCAATATTCCGATCTTTGACAGT???????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????GAAAACGGTAGGTGGCCCTTAAGGCCGTATCGGCCCATCACATTACGACGGTAAACAGAAGAATCGTAAAGGAGCCTCCCAAAGAGAAGGCGATGGGAATCTAGCAGCAATATTCCGATCTTTGACAGTGGGCAGACGGACGGTCACAGAGGATGAACGTAGAAGTAAGTGGGAACATGTTCGCAAGGTCTT
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			????????????????????GGCCGCCCGCCCGCCGGGGGCCCCGGGCCGCCCCGGCCCGGCGGCCCCCGGCGGCCGGGCCGCCCCCCCCCCGGGGCCCCCGCCGCCGCCCTCCCCCCCGCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCGCGCCCGCGCGGCGCCCCGGCCCCGCCCCCCG?????????????????????????????????????
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			??GCGCCGCGCCGGGGCCCCGGCCGCCCGCCCGCCGGGGGCCCCCGCCCGGCCCGGCCCGGCCCCCCCCGGCGGCCGACCCGCCCCCCCCCCCCCGCCCCCGCCGCCGCCCTCCCCCCCGCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCGCGCCCGCGCGGCGCCCTGGCCCCCCGCTCCGCCCCCCCCCGCGGCCCCGCCG????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			TAGCGCCGCGCCGAGGCCTCGGCCGCCCGCCCGCCGGGGGCTCCCGCCCGGCCCGGCCCGGCCCCCCCCGGCGGCCGACCCGCCCCCCCCCCCCCGCCCCCGCCGGCGCCCTCCCCCCTGCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCGCGCCCGCGCGGTGCCCCGGCCCCCCGCTCCGCCCCCCCCCGGGGCCCCGCCGTGCGGCCGCGCCCCGC
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			CGGCGCCGCGCCGGGGCCTCGGCCGCCCGCCCGCCGGGGGCTCCCGCCCGGCCCGGCCCGGCCCCCCCCGGCGGCCGACCTGCCCCCCCCCCCCCGCCCCCGCCGGCGCCCTCCCCCCTGCGAGCCCCCCCCTCCCCCCCCGCCGCGCCCGCGTAGTGCCCCGGCCCCCCACTCCGCCTCCCCTCGGAGCCCCGCCGTGCGGCCGCGCCCCGC
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			CGGCGCCGCGCCGGGGCCCCGGCCGCCCGCCCGCCGGGGGCGCCCGCCCGGCCCGGCCCGGCCCCCTCCGGCGGACGATCCGCCCCCCCCCCCCCGCCCCCGCCGGCGCCCCCCCCCCCGCGGGCCCCCTCCCCCCCCCCCGCCGCGCCCGCGCGGGGCCCCGGCCCCCCGCTCCGCCCCCTCCCGG??????????????????????????
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
			GTTCCCTTTTATGTAATTCCCTGCCCCTTATTAGTCGATTGCTTTCAATAGTAATGAGAGCCAACTGTTGCTTCTGTTGTTTGTTCTGGGGCACCACGGTTCAGCGCATTTTTTTACTGTGTTTTTCTCTTAATTGCAAATATAAAAAATCGGATCCGTCCTGGACCCTCCAGCTTAATAATAACGAACACATGAACCAAAGGTAAAGCAATCAGGGATCTATCAAGTCTTTCTCAAGGCGAGTACACTTAGACCTACTAATGCCTCTCGTTAACAGTTGGATATTTCAACGAAGGGAACCGAAATGGCAATAGATCATATCCTGTGATATATTGTTAGTAATTATTCTAATTTTTTCCGGCTGCCATCTCTTGGCCCCTGGTCCAACGTTTCGTCTAGACAGGTTCGGAGAAATACTCGGTCATGCGGACACGGGCTACACTGACTGCTAGCATAGGTGCACTTCACGCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
			?????????TATGTAATTCCTTGCCCCTTATTAGTCGATTGCTTTCAATAGTAATGAGAGCCAACTGTTGCTTCTGTTGTTTGTTCTGGGGCACCACGGGTCAGCGCATTTTTTTACTGTGTTTTTCTCTTAATTGCAAATATAAAAAATCGGATCCGCCCTGGACCCTCCAACTTACTAGTGACGAACACATGGACCAAAGGTAAGGCAACCAGGGATCTATCAAGTCTTTCTCA?????????CACTTAGACCTACTAATGCCTTTCGTTAACAGTCGGTTATTACAATGAAGGGAACCGAAATGGCAATAGACCATATCCTGTGGTATATTGTTAGTAATTATTCTACTTCTTTCCGGCTACCATCCCTTGGCCCCTGGTCCAACGTTTCGTCTGGACACTCTCGGAGAAATACTCGGTCATGCAGACACGGACTACGCTGCCAGCCAACATAGGTGCACTTCACGCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
			??TCCCTTTTATGTAATTCCCTGCCCCTTATTAGTCGATTGCTTTCAATAGTAATACGAGCCAGCTGTTGCTTCTGTTGTTTGTTCTGGGGCACCCCGGGTTAGCGCATTTTTTTACTGTTTTTTTCTCTTAATTGCAAATATAAAAAATCGGATCCGCCCTGTACTCTCCGACGCAGTAAGAACGAACACGTCAGCCAAGGGTAGAGCAATCAAGGATCTATCAAGTCTTTCTCA??GCGAATACACTTAGATCCATTAATGCCTTTCGTTAACAGTCGGTTATTACAAAGAACAGAAACGAAATGGCAATAGATCATATCCTGTGATGTATTGTTAGTAATTATTCTAGTTTTTTCCCGCTACCATCCTTTGGCCCCTGGTCCAACGTTTCGTCCGGACACTCTCGGAGAGACACTCGGGCATGCAACCGCGGGCTAGGCTGACAGCTCACATAGGTGCACTTCACGCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
			???????????TGTAATTCCTTGCCCCTTATTAGTCGATTGCTTTCAATAGTAATACGAGTCAGCTGTTGCTTCTGTTGTTTGTTCTGGGGCAGCCCGGGTCAGCGCATTTTTTTACTGTTTTTTTCTCTTAATTGCAAATATAAAAAATCGGATCCGCCCTGTAGTCTCCAACAAAGTAATAACGAACACGTAAGCCAAGGGTAA?????????????????????????????????????????CTCAGACCCACTAATGCCTTTCGTTAACAGTTGGTTATTACAAAGAACAGAAACGAAATGGCAATAGATCATATCCTGTGATGTATTGTTGGTAATTATTCTAATTTTTTCCCGCTGCCATCCTTTGGCCCCTGGTCCAACGTTTCGTCCAGACACCCTCGGAGAAACACTCGGGCATGCAACCGCGGGCTACGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
			AGAGTTGGAGTATCGGTAAGGCTATTAGGAATCGAGAAAAACAGGAAAAAGAGTAGAGTACACAGTGTTGCGACCTGAGGTGCGTAGGGCGCAAAGGAGGTAATGAAGCTGTGGCGGGAAAAACCCGTTGAGGTAATGTATCTCATTGATCGGGGGTGGTCATTTTCATGGTGTGGGAACTTTATGTAATAGGACAGAAAGCGGGGCCTAGGAGAGGAGGATCGGATTGGACGCGGGGAGCGGGGGAAGAGAACAGCACACCGAGGGCCAGTGATCGCACCCAACGTTCACGACCAAGGGAATAACGGGCGAAGGAACGGATGGGGAGCGAAGGGAAAAACTAGTTGAGGTAATGTATTTAACGGTTCGGGCGTGGCCACATTCATGTTGTAGGAATTAAATGCAATCAAACAGAAAGAGGGCCAGAGAGGAAAATCTCGGACGCAGGAGGGGTCAGAACACAGCACACCGAGTGCTGGAGATTGTTCCCAAAGTTCACGAAAAAGGGAACAACGGGCGAAAAATCGGCCGGAGGTATAGTTGCTTTCTCGATGGGCCAGGCAGGGGTAAGTGGTAAGGGTGAGGGGTGTAGGAAGTATGGACAGTTAGAAGGGATGGGGCTTGCCAACCGGGGGG--GCAATCTCAGATGTCTGGAGAACGGGCGGATATGTGGACGAGAAGAAGGAGCAAT????????????????????????????
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			AGAGTTGGAGTATCGGTAAGGCTATTAGGAATCGAGAAAAACAGGAAAAAGAGTAGAGTACACAGTGTTGCGACCTGAGGTGCGTAGGGCGCAAAGGAGGTAATGAAGCTGTGGCGGGAAAAACCCGTTGAGGTAATGTATCTCATTGATCGGGGGTGGTCATTTTCATGGTGTAGGAACTTTATGTAATAGGACAGAAAGCGGGGCCGAGGAGAGGAGGATCGGATTGGATGCGGGGAGCGGGGGAAGAGAACAGCACACCGAGGGCCAGCGATCGCACCCAACGTTCACGACCAAGGGAATAACGGGCGAAGGAACGGATGGGGAGCAAAGGGAAAAACTAGTTGAGGTAATGTATTTAACGGTTCGGGCGTGGCCACATTCGTGTTGTGGGAATTAAATGCAATCAAACAGAAAGAGGGCCAGAGAGGAAAATCTCGGACGCAGGAGGGGTCAGAACACAGCACACCGAGTGCTGGAGATTGTTCCCAAAGTTCACGAAAAAGGGAACAACGGGCGAAAAATCGGCCGGCGGTATAGTTGCTTTCTCGATGGGCCAGGCAGGGGTAAGTGGTAAGGGTGAGGGGTGTAGGAAGTATGGACAGTTAGAAGGGATGGGGCTTGCCAACCGGGGAG--GCAATCTCAGATGTCTGGAGAACGGGCGGATATGTGGACGAGAAGAAGGAGCAAT????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
			????ACCAAAACAGCGAAATCGAACCCATTACAACACAAAGTCGCTAGCACCCCTACCATATTCTGCAACACTCCCCCTTATAGCACTCCTCARCTT---ATACCCACCC----TA------CTCCGC-GGCAAACGCCCTCTGAC-GAATGGCGCCGACTACCTTCTCGATCCCGGCCCGTCCAAGCC--GTTCGCGTCCCGACCGGCCCGCTTAACTTCAATCTTCCCGGCATGCGGGC??????????????????????????????????
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATAGCACTCCTCAGCTTAAAATACCTACCG----TACCCCCCCTCCGC-GCCAACCACCCTCTGAC-GAACAGCGCCGACTACCTTCTCGATCCCGGCCCGTCCAAGCCCGATTCGCGTC-CGACCGGCCCGCTTAACTTCAATCTTCCCGGCATGCGGGCAGTCATTCCCTACCTTGGCCCCCCTCTGACTAAC
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATAGCACTCCTCAGCTTAAAATACCTACCG----TACCCCCCCTCCGC-GCCAACCGCCCTCTGAC-GAACAGCGCCGACTACCTTCTCGATCCCGGCCCGTCCAAGCCCGATTCGCGTC-CGACCGGCCCGCTTAACTTCAATCTTCCCGGCATGCGGGCAGTCATTCCCTACCTTGGCCCCCCTCTGACTAAC
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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		<sequence>
			<taxon idref="Uma_paraphygas"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_scoparia"/>
			????????????????????????????????????????????????????CCTACCATATTCTGCAACACTCCCCCTTATAGCACTCCTCAGCTT---ATACCTACCG----TA------CTCCGC-GCCAACCGCCCTCTGAC-GAACAGCGCCGACTACCTTCTCGATCCCGGCCCGTCCAAGCC--ATTCGCGTC-CGACCGGCCCGCTTAACTTCAATCTTC???????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_inornata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_notata"/>
			???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAC-GAACAGCGCCGACTACCTTCTCGATCCCGGCCCGTCCAAGCCCGATTCGCGTC-CGACCGGCCCGCTTAACTTCAATCTTCCCGGCATGCGGGCAGTCATTCC?????????????????????????
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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	<alignment id="alignment43" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Chamaeleo_calyptratus"/>
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			<taxon idref="Leiolepis_belliana"/>
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			<taxon idref="Basiliscus_basiliscus"/>
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			<taxon idref="Urosaurus_ornatus"/>
			GACACTATACTACACCAG-TGTCCGCCAGAAAATTACGAGCGAAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCCCCAAA-CCAACTTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACTCCACGATAAACCTAACCAATTTTAGCC-CTTTCAGCCTATATACCGCCGTCGCCAACCTACTCCCTGAGGAAAAAACAGTAAGTAAAAAAGTTTA-ATAACTAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAATAAATTGGAAGAGATGGGCTACATTTTTTAAAA-TAAAAAA-TACGGCACGGAGCTGTGAAATCAGCTCCTAAAGGAGGATTTAACAGTAAAATTAGCAAGAAAACTAATTTTTTCTTCGACCAATTTGCAATCCCTCAAGTACTAGGTATTCCACTAATCTTAATTGCTACTATTACCCCAACTTTACTAATTTTAAGCTCATCAAAACGATTAATTCAAAACCGCCTATTAACCCTACAGACATGACTATCAAAAACCTTTACAAAACAACTAATACTACCAATTAACCTACCCGGACATAAATGAGCATCAATACTGTTAGCCCTGACACTTCTACTCTTATCATTAAATTTACTAGGCCTATTACCTTACACATTTACCCCAACAACCCAACTATCAATAAACATAGCACTTGCAGTACCAATATGACTAGCAACAGTATTAATTGGAATACGAAACCAACCAACAATTTCATTAGGACACCTACTACCAGAAGGTACTCCAACACCTTTAATCCCAATCTTAATTATTATTGAGACTATTAGTCTGTTTATCCGACCACTAGCTCTTGGAGTACGGCTCACTGCAAACTTAACAGCAGGACACCTACTAATCCAACTAATCTCAACAGCAGCTTTTGTGCTTATACCATCAATAACCTTAACAGCATCAATAGCCTTTGTTGTCCTCATTTTATTAACCGGGTTAGAAGTAGCAGTTGCAATAATCCAAGCCTATGTATTCGTACTTCTATTAAGCCTATACCTACAAGAAAA-----CTTCGGCTCACTATTAGGCATCTGCCTAGTAATACAAATCCTAACTGGACTTTTCCTAGCCATACACTACACAGCAGACATCTCATCTGCCTTTTCATCAGTAGCCCACATCTGTCGAGATGTACAATACGGCTGATTAATCCGAAACCTCCATGCAAATGGAGCTTCAATATTCTTTATCTGCATTTATATGCATGTTGGACGAGGCCTGTACTACGGATCCTATATATTTAAAGAAACATGAAACCTAGGTGTTATCTTACTCCTACTAGTAATAGCTACCGCCTTCGTTGGGTACGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCTACAGTAATTACCAATCTTCTATCAGCAGTTCCATATATCGGAACAACCCTAGTAGAGTGAATCTGAGGGGGTTTCTCAGTTGATAATGCAACACTAACTCGATTTTTTACCTTCCACTTCCTCCTACCATTTGCCATTATTGGTGTTTCAATAATTCACCTTCTTTTTCTTCATGAAACCGGATCAAATAACCCAACCGGACTAGAATCAAACACAGACAAAATCCCATTCCACCCTTACTTCTCATACAAAGACATCCTAGGCGCCCTACTACTAATCATTATTTTATTACTTCTAGCCTTATTTTCACCAAACCTATTAGGAGACCCAGAAAACTTCACACCCGCCAACCCACTCGTCACACCCCCACACATTAAACCAGAATGATACTTTCTATTTGCCTACGCCATTTTACGATCAATTCCAAACAAACTAGGAGGAGTTTTAGCTCTACTATTTTCAATCTTAATCCTAATACTAGTCCCACTTTTACACACATCAAAACAACGAAGCACTATATTCCGCCCAATATCACAAATTATATTCTGACTACTAATCTCAGACGTACTTATTCTCACATGAATTGGAGGCCAACCAGTTGAACACCCATTTATTATTATTGGTCAACTAGCCTCAATTATTTACTTCGCATTATTCCTTATTCTTATGCCAATAACATCCATTTTAGAAAACAAACTACTCAAATGATAAC-------------CTAAGCCTCTGTAGCTAAAATC---CTAAGCACTGCAATTCCTACCTCTAACCCTTGCCATATGCCTCTGACATACAGCCCTTCCAATCTCAACATTTAGCCTACCACCACAACAATAAACCGGACGTGTGCCCGAATTCCTAAGGGTTA---------CTTTGATAGAGTAAACAACAGAGGTTAAAATCCTCTCACTTCC-TAGAAGAAC---AGGACTCGAACCCGCACATAAAGACTCAAAATCTTTAGCACTCCATTATACTACCTTCT-----AGTAAAATCAGCTAAC-TAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTTAAACCCTTCTTTTACTAATGAGCCCAACAACAGCCACAATCCTAATTTCAAGTCTAGCCACAGGCACAATCATTACAGCATCCAGCTTCCATTGACTTATAGCCTGAATCGGCCTAGAAATAAACACCCTAGCTATTATTCCACTAGTATCAAAACAACACCACCCTCGAGCAACAGAAGCTGCAACAAAATACTTCATAACACAAGCAGCGGCATCTGCCACAATCCTATTCGCAAGCACAATAAATGCATGACAAACGGGAACCTGAGACATCATCAACTCTACACAACCAACAGCAAATACACTACTAACAATAGCCCTGGCAATAAAACTAGGACTTGCCCCAATACACTTCTGACTACCAGAAGTACTGCAAGGATCAAACATAAAAACTGCAATAATCATTGCAACATGACAAAAACTAGCCCCAATAGCCCTAATTGTTCAAATCCACAATAACCTATCAACCACAATTCTACTAACAATAGGAATAATCTCATCACTAATAGGGGGCTGGGCCGGACTAAACCAAACTCAAACACGAAAAATCATAGCCTATTCATCAATCGCCCACCTCGGCTGAATAGCTGCAATCACCACAATTATACCAAATATTATACTACTAAACCTAACATTATACCTATTAATAACAACCTCAATATTTTATACACTAATCCTATTAAACTCCAAAAACATCAAAGATTTAGCAACCTCATGAACAACCTCCCCTACAACGACCTCCATAACAATACTGATCCTTTTATCCCTAGGAGGACTACCACCACTAACAGGGTTTATACCAAAATGATTAATCCTCGAAGAACTTACAACCCAAAACCTAACAACAATAGCAACAATCATAGCCATCTCAGCCTTACTTAGCCTTTTCTTCTACCTACGGCTAAGCTATACATCAACTATTACCCTTTCCCCAAACACAACAACAACAAAACACAAATGACGATTCAAACAAACAACAAACACACTACTACTAACGACCACTA---TTCCAATATCAACATTAATATTACCCATAACCCCAATACTATTAATATAGAAGCTTAGGATAA--TTTAAACCAAGGGCCTTCAAAGCCCTAAATAGGGA--CCACACCCCTAGCTTCTGATCAATAAAACCTGTGTAACACTAATACACATCTCCTGAATGCAAACCAGGCACTTTAATTAAGCTAAGGCTTCTCT---ACTAGATAGGCGGGCCTTGATCCCACGA-AAAATTAGTTAACAGCTAAACACCCAATCCAGCGGGCTTCTATCCGCTTTCTCCCGTCACTTCTAAAACGGGA--GAAAGCCCCGGGGCAC-TTTATGGCCCTACTTCAAACTTGCATTTTGACGTG-TAAACACCTCGAGACT-TGATAGAAAGAGGAATTAAACCCCTGTAAATAGGAC-TACAGCCTACCGCCTAAACTCTCGGCC---------ACCCTACCCGTGTCCATTAACCGTTGATTCTTCTCAACA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Phrynosoma_platyrhinos"/>
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			<taxon idref="Cophosaurus_texanus"/>
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			<taxon idref="Callisaurus_draconoides"/>
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			<taxon idref="Holbrookia_maculata"/>
			GACACCTCAATACACAAGATGTCCGCCAGAAAATTACGAGCGAAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCCCCACACCCGACTTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACTCCACGATAAACCTCACCATTCATTGCC-CAAACAGCCTATATACCGCCGTCGACAACTTACCCTCTGAAGGCAAAACAGTAAGTATAATAGTTTT--TAACTAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCTTACAGAATGGAAGAGATGGGCTACATTTTTTATAA-TAAAACA-CACGGCATAGAACTGTGAAACCGGTTCTTAAAGGAGGATTTAATAGTAAAATTAACAAGAAAATTAAT---------------TTTATAATTCCTAAAGCTCTGGGCATCCCTTTAATTCTTAGCGCAATTATTATACCTCTAATAATTATCCTAAACCCATCAGGTCGGTTAATCTCAAACCGCCTATCAACACTACAATCATGAACAATCAAAACCTTCACAAAACAACTAATGCTCCCTATTGCCATTTCTGGTCACAAATGAGCATCAATACTCCTGGCCCTTACACTTCTTCTAATGTCATTAAACCTGCTAGGACTACTTCCATATACATTTACACCAACAACACAACTATCAATAAACATAGCACTTGCAGTACCAATATGACTAACAACTGTTTTAATCGGGATACGAAACCAACCTACAATTTCTCTTGGGCACCTACTACCAGAAGGCACACCAACCCCACTAATCCCAATCTTAATCATTATTGAAACTATTAGCCTTTTTATTCGACCTTTAGCCCTAGGGGTACGACTAACAGCCAACCTAACAGCCGGACATCTACTAATCCAACTAATTTCAACAGCAGCATTTGTACTATTACCATCAATAACACTAACAGCAACCACGGCCTTTATTGTTCTCTTACTCTTAACTGGACTTGAAATTGCTGTAGCAA---------------------------------------------------------CTTCGGCTCATTATTAGGAATTTGCTTAATTATCCAAATTTTAACAGGTTTATTCTTAGCCATACACTACACAGCTGACATTACATCAGCCTTTTCATCAGTAGCCCACATTTGTCGAGACGTACAATACGGCTGACTTATCCGAAATATCCATGCCAACGGCGCTTCCATATTCTTTATCTGCATTTATCTTCACATTGGTCGAGGCCTATACTATGGATCATACATATTTAAAGAAACATGAAATATTGGAGTAGTACTTCTACTGCTAGTTATAGCAACAGCATTCGTAGGTTATGTTTTACCATGGGGCCAAATATCATTTTGAGGAGCTACAGTTATTACCAACCTACTCTCAGCCATCCCATATGTAGGAACAACCCTAGTAGAGTGAATCTGAGGGGGGTTTTCTGTCGACAACGCAACGTTGACCCGATTCTTTACATTTCACTTCCTCCTCCCATTTGCTATTATTGGTGTTACCCTAATACATCTCCTATTCCTACACGAAACAGGGTCTAATAACCCAACTGGACTAACCTCAAACTCAGATAAAGTCCCATTTCACCCATACTTTTCATACAAAGATCTTCTAGGCGCAATACTTTTAGTTATTCTTCTACTTCTACTTGCATTATTTTCACCAAACCTATTAGGAGACCCAGAAAATTTCTCACCAGCAAACCCACTAGTAACCCCCCCTCATATCAAACCAGAATGATACTTCTTATTCGCCTATGCCATCTTACGATCTATTCCAAACAAACTAGGGGGCGTACTTGCCCTTCTTTTCTCAATTTTGATTCTCATATTAGTTCCTTTACTACACACATCAAAACAACGAAGCACCTCCTTCCGTCCAGCCTCCCAAACTATATTTTGACTTTTAATTTCAAACGTACTTATCCTCACATGAATTGGAGGACAACCTGTAGAACACCCATTTATTATCATTGGGCAACTTGCCTCAACAATCTACTTCTTATTATTTTTATTTTTTATACCAATAACAGCAATACTAGAAAACAAGCTTCTAAAATGGTAAC-----CAAACACTTTATGCCCCTGTAGCTTAAACAT--TAAAGCATTGCAATTCCTCCCAATTACACTAGCCCTTTGCCTATGACACACATCTTTACCAATTTCAACATTTAGTTTACCACCACAACAATAAG-CGGAAATGTGCCCGAATTTTTAAGGGTTA---------CTTTGATAGAGTAAACTATAGAGGTTAAAATCCACTCATTTCCTTAGAAGAAC---AGGACTTGAACCTGCACATAAAGACCCAAAATCTTTAGTACTCCACTATACTATCCTCTAATAAAGTAAAGTCAGCTAAC-TAAGCTATTGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTTAAACCCCTCCTTTACTAATGAACCCAATAACAACAACTATTCTAATTTCAAGCCTAGCTACCGGAACAATCATCACAGCCTCAAGTTACCACTGACTAATAGCCTGAGTAGGATTAGAAATAAATACATTAGCCATTATCCCAATAATCTCAAAAAAACACCACCCACGAGCCACAGAAGCTGCAACAAAATATTTTTTAACCCAAGCAGCTGCTTCAGCCATATTACTATTTGCCAGCACCACAAATGCATGACAAACAGGAACCTGAGACATTACCAATATAACAAATCAAACCGCAAATATACTTCTCACTATAGCCATTGCAATAAAACTAGGACTTGCACCAGTACACTTCTGACTGCCAGAAGTATTACAAGGATCAACCATAAAAACAGCCCTAATCATTACAACATGACAAAAGCTTGCTCCAATAGCCTTAATCCTAATTCTATCAAACAACCTATCAACACCCGCCCTTTTAACAATAGGAATATTTTCAACCCTTCTAGGAGGCTGAGCCGGACTTAACCAAACCCAAACTCGAAAAATCATAGCCTATTCATCAGTCGCCCACCTAGGATGAATGGCTGTAATTACTACAATCATGCCAGAAATCTTAATACTCAACCTAGTATTGTACTTACTTATAACAATATCAATATTCTTTATCCTAATTTTGTTAGATTCTAAAAACATTAAAGACATAGCAGCCTCATCAACAGCTTCCCAAACAATTACTGCCACCGCAATACTAACACTTCTATCGCTAGGAGGACTACCACCCCTAACCGGATTCTTGCCAAAATGACTTATTCTAGATGAATTAATCACACAAAACCTAGCCACAACAGCAACAGTAATGGCTCTATCAGCACTACTAAGCCTATTTTTTTACCTACGACTAGGCTACTCAACCACAATTACACTAGCCCCTAACACAACAATAACAAAACATAAATGACGATTCAAACCAACCGACTATACACTTCTACTTACAATAACAC---TACCAGCATCACTACTTATACTTCCACTTACCCCAATAATAT---GTTAGGAGCTTAGGATAA--ATTAAACCAAGAACCTTCAAAGTTCTAAATAGGGA-CTAAAACCCCTAGCTCCTG----ATAAGACCTGCGAAACACTAACACGCATCCTCTGAATGCAAATCAGACACTTTAATTAAGCTAAGGCCTCTA-----CTAGATAGGCGGGCCTCGATCCCGCAA-AAACTTAGTTAACAGCTAAACACCCAATCCAGCGGGCCTCTATCCGC-TTCTCCCGTCAGG-GGAAAAACGGG--AGAAGCCCCGGGACTC-GCCAGGGTCCTTCTTCAAATTTGCATTTTGACGTG--AAACACCTCAGGGCTGTGATAAAAAGAGGAATTAAACCCCTATAAATAGGAC-TACAGCCTACCACCTAAACATTCGGCC---------ATTTTACCTGTGTCTATCAACCGTTGATTTTTCTCAACT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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			<taxon idref="Uma_exsul"/>
			GGTATCCAAACACACAAGATACCCGCCAGAAAATTACGAGCGAAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTCCATA-CCGGATTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACTCCACGATAAACCTTACCATTCATTGCC-AAATCAGCCTATATACCGCCGTCGCCAACTTACCCCATGAGGACACAACAGTAAGTATAATAGTTCT-TAAACTAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCTTATAGAATGGAAGAGATGGGCTACATTATTTATAA-TAAAATATAACGGCATGGAACTATGAAATTAGTACCTAAAGGAGGATTTAATAGTAAAATTAACGAGAAAATTAAT---------------TTTATAATTCCACAAGCCCTTGCGATTCCATTAATCTTAATTGCAATTATTATACCACCCCTACTCATTTTAAACTTCTCAAATCGCTTAATCTCAAACCGCCTATCAACCCTGCAAACATGACTATTTAAAACTTTCACAAAACAACTAATACTACCCATTAGCATTTCTGGACACAAATGAGCATCCATACTATTAGCCCTTACACTACTCCTTATATCACTTAACCTACTTGGACTTTTACCGTATACATTTACTCCTACAACACAACTTTCAATAAACATAGCACTAGCAGTACCAATATGACTGACAACCGTTTTAATTGGACTTCGAAACCAACCCACCATTTCCCTTGGACACCTATTACCAGAAGGCACCCCAACCCCATTAATTCCAATCCTAATCATTATTGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCTCTTGCCCTAGGGGTCCGATTAACTGCTAATTTAACAGCAGGACATCTATTAATTCAATTAATCTCAACAGCAGCTTTCGTCCTAATACCATCAATAACCTTAACAGCAACAATAGCTTTTATAGTACTACTACTATTAACCGGACTTGAAGTTGCTGTAGCAA---------------------------------------------------------TTTTGGCTCATTATTAGGAATCTGCCTAATTATTCAAGTCCTAACAGGATTATTTCTAGCCATACACTACACAGCCGACATTTCATCAGCATTTTCATCTATCGCCCATATCTGCCGAGATGTCCAATATGGGTGACTAATCCGAAACATCCACGCCAATGGCGCCTCCATATTTTTTATTTGCATTTATCTACATATTGGTCGAGGCCTATATTATGGATCATACATATTTAAAGAAACATGAAATATTGGAGTAATCTTATTATTACTAGTGATAGCAACAGCATTTGTTGGCTACGTCTTACCATGAGGCCAAATATCATTTTGAGGGGCAACAGTCATTACTAACCTCCTTTCCGCCATCCCTTATGTAGGAACAACCCTAGTAGAATGAATTTGAGGAGGATTTTCTGTCGACAACGCAACACTAACCCGATTTTTCACCTTCCACTTTTTACTCCCATTCGCTATTATTGGTATTACCATAATACACCTACTATTTCTACACGAGACCGGATCAAACAATCCAACAGGACTGTCCTCAAATACAGACAAAGTCCCATTTCACCCATACTTTTCATACAAGGACATCCTGGGCGCCCTACTATTAATTTTAACACTATTACTACTAGCATTATTTGCCCCAAACATACTAGGAGACCCAGAAAACTTTTCACCGGCCAACCCATTAGTAACACCCCCACACATCAAACCAGAATGATATTTTTTATTTGCTTACGCCATCTTACGATCAATTCCAAATAAACTAGGCGGAGTCCTAGCCCTACTCTTCTCAATTTTAATCCTTATACTCGTCCCCATACTCCACACATCAAAACAACGAAGCAACTCTTTTCGTCCAATATCTCAAATCATCTTCTGACTTTTAATTTCAGATGTCCTTATCCTCACATGAATTGGAGGTCAACCAGTAGAACATCCCTTCATTATTATTGGCCAACTTGCCTCCATCATTTATTTCTTATTATTCCTAATTGCCATACCAACAACAGCAATCTTAGAAAATAAACTATTAAAATGATAAATTAATTAAACTCCCCATGTCTTTGTAGCTTAATAAC--CAAAGCATTGCAATTTTTACCCATAACACTAGCCCTTTGCCTATGACACACATCACTACCAATCTCAACATTTAGCCTTCCACCACAACAGTAAA-CGGAAATGTGCCCGAA-TTTTAAGGGTTA---------CTTTGATAGAGTAAATTATAGAGGTTAAAATCCACTCATTTCCTTAGAAGAAC---AGGACTTGAACCCGTACATGAAAACTCAAAATCTTCAGCACTTCATTATACTACCTTCT-----AGTAGAGTCAGCTAAT-CAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTTAAACCCTTCCTCTACTAATGAGCCCTATAACAACAACCATTTTAATTTCAAGCCTGGCCACTGGTACAGTTATCACAGCGTCAAGCCACCATTGATTGATAGCCTGAATCGGACTAGAAATAAATACACTAGCTATCATTCCAATAATCTCAAAAAAACATCACCCACGAGCCACAGAAGCCGCAACAAAATATTTCCTTACACAAGCAGCCGCCTCCGCCACAATTTTATTCGCCAGCACAATTAATGCATGATACACAGGAACCTGAGACATTATTAATATAATAAACCCAATTGCAAACACACTACTCACCATGGCACTAGCAATAAAACTAGGCCTAGCACCCATACACTTTTGACTTCCAGAAGTACTGCAAGGCTCCACCATAAAAACCGCCCTAATCATTACAACCTGACAAAAACTTGCCCCAATAGCCCTAATCCTAATTACGTCCAACAACTTATCTACAACAACTTTACTAACAATAGGAATAATATCTACACTGCTCGGGGGCTGAGCAGGGCTTAATCAAACTCAAACCCGAAAAATCATAGCCTACTCATCAATTGCCCACCTAGGATGAATAGCCTCAATTACCTCAATTATACCAAACATCCTTATATTAAACCTAACACTTTACTTATTAATAACAACCTCAATATTCTATGCACTAATTTTACTGAACTCAAAGAACATTAAAGACTTAGCAACCTCCACAACAACCTCCACCACAACTACCACCATCTCTATACTAGTATTACTCTCACTAGGTGGCCTTCCACCTCTCACCGGATTTATACCAAAATGACTAATTCTCGAAGAATTAACTACACAAAACTTAACCACAACAGCAACAGTACTAGCAATATCAGCATTACTTAGTCTCTTCTTCTACCTGCGACTTAGCTATTTAACCACAATTACACTAGCCCCCAACACAACAACAATAAAACATAAATGACGTTTTAAACCAACCCTCAACACACTTCTATTAACACTAACCC---TACCAGCATCACTACTAATACTTCCACTAACACCAATAATCT---GTTAGAAGCTTAGGCTAA--CTTAAACCAAGGGCCTTCAAAGCCCTAAATAGGGA-CTCAACCCCCTAGCTTCTG----TCAAGACCTGCGAAATACTAATACGCATCTTCTGAATGCAAATCAAACACTTTAATTAAGCTAAGGCCTCAT-----CTAGATAGGCGGGCTTCGATCCCACAA-AAACTTAGTTAACAGCTAAACACCCAATCCAGCGGGCTTCTATCTGC-TTCTCCCGTTGC--TTAAAAACGGG--AGAAGCCCCGGGACTC-TCCTGAGTCCTTCTTCAAACTTGCATTTTGACGTG-AAAACACCTCGGGGCTGTGGTAAAAAAAGGAATTAAACCTCTATAAATAGGAC-TACAGCCTACCACCTAAACATTCGGCC---------ATTTTACCTGTGTCTATTAACCGTTGATTTTTCTCAACT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=205                                                           -->
	<patterns id="Subset10.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment10"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=187                                                           -->
	<patterns id="Subset11.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment11"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=348                                                           -->
	<patterns id="Subset12.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment12"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=99                                                            -->
	<patterns id="Subset13.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment13"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=124                                                           -->
	<patterns id="Subset14.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment14"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=257                                                           -->
	<patterns id="Subset15.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment15"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=83                                                            -->
	<patterns id="Subset16.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment16"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=414                                                           -->
	<patterns id="Subset17.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment17"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=135                                                           -->
	<patterns id="Subset18.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment18"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=109                                                           -->
	<patterns id="Subset19.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment19"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=183                                                           -->
	<patterns id="Subset20.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment20"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=64                                                            -->
	<patterns id="Subset21.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment21"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=105                                                           -->
	<patterns id="Subset22.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment22"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=168                                                           -->
	<patterns id="Subset23.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment23"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=128                                                           -->
	<patterns id="Subset24.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment24"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=150                                                           -->
	<patterns id="Subset25.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment25"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=204                                                           -->
	<patterns id="Subset26.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment26"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=416                                                           -->
	<patterns id="Subset27.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment27"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=67                                                            -->
	<patterns id="Subset28.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment28"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=201                                                           -->
	<patterns id="Subset29.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment29"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=124                                                           -->
	<patterns id="Subset30.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment30"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=267                                                           -->
	<patterns id="Subset31.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment31"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=125                                                           -->
	<patterns id="Subset32.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment32"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=242                                                           -->
	<patterns id="Subset33.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment33"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=326                                                           -->
	<patterns id="Subset34.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment34"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=77                                                            -->
	<patterns id="Subset35.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment35"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=85                                                            -->
	<patterns id="Subset36.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment36"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=92                                                            -->
	<patterns id="Subset37.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment37"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=52                                                            -->
	<patterns id="Subset38.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment38"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=132                                                           -->
	<patterns id="Subset39.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment39"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=286                                                           -->
	<patterns id="Subset40.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment40"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=96                                                            -->
	<patterns id="Subset41.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment41"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=97                                                            -->
	<patterns id="Subset42.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment42"/>
	</patterns>
	
	

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=1346                                                          -->
	<patterns id="Subset43.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment43"/>
	</patterns>
	

	<!-- A prior on the distribution node heights defined given                  -->
	<!-- a Yule speciation process (a pure birth process).                       -->
	<yuleModel id="yule" units="years">
		<birthRate>
			<parameter id="yule.birthRate" value="0.021" lower="0.0"/>
		</birthRate>
	</yuleModel>

	<!-- This is a simple constant population size coalescent model              -->
	<!-- that is used to generate an initial tree for the chain.                 -->
	<constantSize id="initialDemo" units="years">
		<populationSize>
			<parameter id="initialDemo.popSize" value="100.0"/>
		</populationSize>
	</constantSize>
	

	<!-- Generate a random starting tree under the coalescent process            -->
	<coalescentSimulator id="startingTree">
		<coalescentSimulator>
			<coalescentSimulator>
				<taxa idref="Acrodonta"/>
				<constantSize idref="initialDemo"/>
			</coalescentSimulator>
			<coalescentSimulator>
				<coalescentSimulator>
					<coalescentSimulator>
						<coalescentSimulator>
							<coalescentSimulator>
								<coalescentSimulator>
									<taxa idref="West_Uma"/>
									<constantSize idref="initialDemo"/>
								</coalescentSimulator>
								<coalescentSimulator>
									<taxa idref="East_Uma"/>
									<constantSize idref="initialDemo"/>
								</coalescentSimulator>
								<taxa idref="Uma"/>
								<constantSize idref="initialDemo"/>
							</coalescentSimulator>
							<taxa idref="Sand_lizards"/>
							<constantSize idref="initialDemo"/>
						</coalescentSimulator>
						<taxa idref="Phrynosomatinae"/>
						<constantSize idref="initialDemo"/>
					</coalescentSimulator>
					<taxa idref="Phrynosomatidae"/>
					<constantSize idref="initialDemo"/>
				</coalescentSimulator>
				<taxa idref="Pleurodonta"/>
				<constantSize idref="initialDemo"/>
			</coalescentSimulator>
			<taxa idref="Iguania"/>
			<constantSize idref="initialDemo"/>
		</coalescentSimulator>
		<taxa idref="taxa"/>
		<constantSize idref="initialDemo"/>
	</coalescentSimulator>
	

	<!-- Generate a tree model                                                   -->
	<treeModel id="treeModel">
		<coalescentTree idref="startingTree"/>
		<rootHeight>
			<parameter id="treeModel.rootHeight"/>
		</rootHeight>
		<nodeHeights internalNodes="true">
			<parameter id="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
		<nodeHeights internalNodes="true" rootNode="true">
			<parameter id="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
	</treeModel>

	<!-- Statistic for sum of the branch lengths of the tree (tree length)       -->
	<treeLengthStatistic id="treeLength">
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</treeLengthStatistic>
	

	<!-- Taxon Sets                                                              -->
	
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Acrodonta)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Acrodonta"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Acrodonta)">
		<mrca>
			<taxa idref="Acrodonta"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Iguania)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Iguania"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Iguania)">
		<mrca>
			<taxa idref="Iguania"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Phrynosomatidae)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Phrynosomatidae"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Phrynosomatidae)">
		<mrca>
			<taxa idref="Phrynosomatidae"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Phrynosomatinae)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Phrynosomatinae"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Phrynosomatinae)">
		<mrca>
			<taxa idref="Phrynosomatinae"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Pleurodonta)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Pleurodonta"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Pleurodonta)">
		<mrca>
			<taxa idref="Pleurodonta"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Sand_lizards)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Sand_lizards"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Sand_lizards)">
		<mrca>
			<taxa idref="Sand_lizards"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(Uma)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="Uma"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(Uma)">
		<mrca>
			<taxa idref="Uma"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(West_Uma)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="West_Uma"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(West_Uma)">
		<mrca>
			<taxa idref="West_Uma"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>
	<tmrcaStatistic id="tmrca(East_Uma)" absolute="false" includeStem="false">
		<mrca>
			<taxa idref="East_Uma"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</tmrcaStatistic>
	<monophylyStatistic id="monophyly(East_Uma)">
		<mrca>
			<taxa idref="East_Uma"/>
		</mrca>
		<treeModel idref="treeModel"/>
	</monophylyStatistic>

	<!-- Generate a speciation likelihood for Yule or Birth Death                -->
	<speciationLikelihood id="speciation">
		<model>
			<yuleModel idref="yule"/>
		</model>
		<speciesTree>
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</speciesTree>
	</speciationLikelihood>
	

	<!-- The uncorrelated relaxed clock (Drummond, Ho, Phillips & Rambaut (2006) PLoS Biology 4, e88 )-->

	<!--   Continuous quantile implementation (Li & Drummond (2012) Mol Biol Evol 29:751-61)-->
	<continuousBranchRates id="branchRates">
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<distribution>
			<logNormalDistributionModel meanInRealSpace="true">
				<mean>
					<parameter id="ucld.mean" value="0.001175" lower="0.0"/>
				</mean>
				<stdev>
					<parameter id="ucld.stdev" value="0.3333333333333333" lower="0.0"/>
				</stdev>
			</logNormalDistributionModel>
		</distribution>
		<rateQuantiles>
			<parameter id="branchRates.quantiles" value="0.5" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</rateQuantiles>
	</continuousBranchRates>
	
	<rateStatistic id="meanRate" name="meanRate" mode="mean" internal="true" external="true">
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
	</rateStatistic>
	
	<rateStatistic id="coefficientOfVariation" name="coefficientOfVariation" mode="coefficientOfVariation" internal="true" external="true">
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
	</rateStatistic>
	
	<rateCovarianceStatistic id="covariance" name="covariance">
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
	</rateCovarianceStatistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset1.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment1"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset1.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset1.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset1.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset1.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="30.675057208237988">
			<parameter id="Subset1.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset1.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset1.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset1.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset2.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment2"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset2.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset2.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset2.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset2.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="74.6103896103896">
			<parameter id="Subset2.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset2.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset2.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset2.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset3.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment3"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset3.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset3.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset3.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset3.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="24.46167883211679">
			<parameter id="Subset3.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset3.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset3.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset3.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset4.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment4"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset4.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset4.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset4.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset4.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="15.005597014925373">
			<parameter id="Subset4.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset4.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset4.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset4.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset5.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment5"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset5.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset5.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset5.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset5.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="39.4264705882353">
			<parameter id="Subset5.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset5.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset5.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset5.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset6.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment6"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset6.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset6.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset6.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset6.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="21.987424822307272">
			<parameter id="Subset6.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset6.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset6.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset6.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset7.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment7"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset7.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset7.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset7.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset7.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="43.19548872180451">
			<parameter id="Subset7.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset7.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset7.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset7.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset8.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment8"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset8.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset8.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset8.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset8.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="82.07142857142857">
			<parameter id="Subset8.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset8.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset8.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset8.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset9.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment9"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset9.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset9.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset9.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset9.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="82.07142857142857">
			<parameter id="Subset9.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset9.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset9.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset9.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset10.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment10"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset10.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset10.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset10.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset10.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="61.30335365853659">
			<parameter id="Subset10.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset10.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset10.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset10.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset11.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment11"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset11.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset11.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset11.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset11.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="25.549555273189327">
			<parameter id="Subset11.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset11.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset11.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset11.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset12.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment12"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset12.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset12.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset12.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset12.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="44.98322147651007">
			<parameter id="Subset12.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset12.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset12.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset12.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset13.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment13"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset13.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset13.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset13.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset13.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="37.68978444236176">
			<parameter id="Subset13.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset13.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset13.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset13.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset14.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment14"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset14.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset14.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset14.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset14.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="21.844106463878326">
			<parameter id="Subset14.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset14.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset14.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset14.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset15.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment15"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset15.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset15.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset15.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset15.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="51.62387676508344">
			<parameter id="Subset15.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset15.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset15.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset15.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset16.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment16"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset16.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset16.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset16.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset16.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="86.8574514038877">
			<parameter id="Subset16.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset16.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset16.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset16.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset17.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment17"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset17.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset17.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset17.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset17.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="32.431451612903224">
			<parameter id="Subset17.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset17.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset17.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset17.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset18.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment18"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset18.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset18.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset18.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset18.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="56.00974930362117">
			<parameter id="Subset18.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset18.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset18.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset18.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset19.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment19"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset19.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset19.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset19.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset19.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="58.367198838896954">
			<parameter id="Subset19.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset19.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset19.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset19.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset20.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment20"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset20.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset20.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset20.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset20.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="82.91752577319588">
			<parameter id="Subset20.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset20.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset20.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset20.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset21.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment21"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset21.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset21.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset21.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset21.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="55.62240663900415">
			<parameter id="Subset21.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset21.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset21.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset21.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset22.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment22"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset22.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset22.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset22.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset22.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="73.65384615384616">
			<parameter id="Subset22.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset22.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset22.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset22.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset23.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment23"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset23.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset23.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset23.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset23.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="45.69886363636363">
			<parameter id="Subset23.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset23.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset23.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset23.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset24.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment24"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset24.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset24.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset24.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset24.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="46.17106773823192">
			<parameter id="Subset24.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset24.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset24.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset24.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset25.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment25"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset25.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset25.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset25.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset25.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="130.99348534201954">
			<parameter id="Subset25.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset25.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset25.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset25.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset26.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment26"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset26.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset26.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset26.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset26.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="103.11538461538461">
			<parameter id="Subset26.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset26.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset26.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset26.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset27.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment27"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset27.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset27.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset27.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset27.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="32.748371335504885">
			<parameter id="Subset27.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset27.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset27.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset27.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset28.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment28"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset28.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset28.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset28.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset28.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="62.8359375">
			<parameter id="Subset28.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset28.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset28.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset28.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset29.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment29"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset29.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset29.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset29.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset29.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="90.37078651685393">
			<parameter id="Subset29.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset29.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset29.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset29.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset30.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment30"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset30.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset30.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset30.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset30.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="44.8828125">
			<parameter id="Subset30.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset30.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset30.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset30.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset31.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment31"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset31.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset31.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset31.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset31.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="60.56475903614458">
			<parameter id="Subset31.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset31.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset31.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset31.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset32.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment32"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset32.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset32.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset32.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset32.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="29.966467958271238">
			<parameter id="Subset32.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset32.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset32.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset32.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset33.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment33"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset33.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset33.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset33.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset33.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="58.11416184971098">
			<parameter id="Subset33.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset33.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset33.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset33.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset34.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment34"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset34.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset34.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset34.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset34.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="58.11416184971098">
			<parameter id="Subset34.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset34.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset34.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset34.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset35.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment35"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset35.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset35.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset35.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset35.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="122.60670731707317">
			<parameter id="Subset35.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset35.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset35.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset35.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset36.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment36"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset36.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset36.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset36.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset36.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="122.60670731707317">
			<parameter id="Subset36.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset36.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset36.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset36.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset37.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment37"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset37.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset37.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset37.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset37.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="160.21912350597609">
			<parameter id="Subset37.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset37.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset37.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset37.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset38.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment38"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset38.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset38.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset38.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset38.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="188.80281690140845">
			<parameter id="Subset38.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset38.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset38.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset38.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset39.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment39"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset39.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset39.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset39.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset39.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="24.732472324723247">
			<parameter id="Subset39.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset39.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset39.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset39.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset40.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment40"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset40.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset40.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset40.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset40.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="78.6986301369863">
			<parameter id="Subset40.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset40.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset40.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset40.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset41.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment41"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset41.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset41.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset41.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset41.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="55.77669902912621">
			<parameter id="Subset41.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset41.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset41.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset41.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset42.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment42"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset42.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset42.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset42.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset42.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="146.23636363636365">
			<parameter id="Subset42.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset42.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset42.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset42.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- The general time reversible (GTR) substitution model                    -->
	<gtrModel id="Subset43.gtr">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment43"/>
				<frequencies>
					<parameter id="Subset43.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<rates>
			<parameter id="Subset43.gtr.rates" dimension="6" value="1.0" lower="0.0"/>
		</rates>
	</gtrModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="Subset43.siteModel">
		<substitutionModel>
			<gtrModel idref="Subset43.gtr"/>
		</substitutionModel>
		<relativeRate weight="9.339294008360428">
			<parameter id="Subset43.nu" value="0.023255813953488372" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</relativeRate>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="Subset43.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!--                                                                         -->
	<statistic id="Subset43.mu" name="mu">
		<siteModel idref="Subset43.siteModel"/>
	</statistic>
	

	<!-- Collecting together relative rates for partitions                       -->
	<compoundParameter id="allNus">
		<parameter idref="Subset1.nu"/>
		<parameter idref="Subset2.nu"/>
		<parameter idref="Subset3.nu"/>
		<parameter idref="Subset4.nu"/>
		<parameter idref="Subset5.nu"/>
		<parameter idref="Subset6.nu"/>
		<parameter idref="Subset7.nu"/>
		<parameter idref="Subset8.nu"/>
		<parameter idref="Subset9.nu"/>
		<parameter idref="Subset10.nu"/>
		<parameter idref="Subset11.nu"/>
		<parameter idref="Subset12.nu"/>
		<parameter idref="Subset13.nu"/>
		<parameter idref="Subset14.nu"/>
		<parameter idref="Subset15.nu"/>
		<parameter idref="Subset16.nu"/>
		<parameter idref="Subset17.nu"/>
		<parameter idref="Subset18.nu"/>
		<parameter idref="Subset19.nu"/>
		<parameter idref="Subset20.nu"/>
		<parameter idref="Subset21.nu"/>
		<parameter idref="Subset22.nu"/>
		<parameter idref="Subset23.nu"/>
		<parameter idref="Subset24.nu"/>
		<parameter idref="Subset25.nu"/>
		<parameter idref="Subset26.nu"/>
		<parameter idref="Subset27.nu"/>
		<parameter idref="Subset28.nu"/>
		<parameter idref="Subset29.nu"/>
		<parameter idref="Subset30.nu"/>
		<parameter idref="Subset31.nu"/>
		<parameter idref="Subset32.nu"/>
		<parameter idref="Subset33.nu"/>
		<parameter idref="Subset34.nu"/>
		<parameter idref="Subset35.nu"/>
		<parameter idref="Subset36.nu"/>
		<parameter idref="Subset37.nu"/>
		<parameter idref="Subset38.nu"/>
		<parameter idref="Subset39.nu"/>
		<parameter idref="Subset40.nu"/>
		<parameter idref="Subset41.nu"/>
		<parameter idref="Subset42.nu"/>
		<parameter idref="Subset43.nu"/>
	</compoundParameter>
	

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeDataLikelihood id="treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<partition>
			<patterns idref="Subset1.patterns"/>
			<siteModel idref="Subset1.siteModel"/>
		</partition>
		<partition>
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			<siteModel idref="Subset41.siteModel"/>
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		<partition>
			<patterns idref="Subset42.patterns"/>
			<siteModel idref="Subset42.siteModel"/>
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		<partition>
			<patterns idref="Subset43.patterns"/>
			<siteModel idref="Subset43.siteModel"/>
		</partition>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
	</treeDataLikelihood>
	

	<!-- Define operators                                                        -->
	<operators id="operators" optimizationSchedule="default">
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset1.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset1.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset2.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset2.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset3.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset3.alpha"/>
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		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset4.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset4.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset5.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset5.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset6.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset6.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset7.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset7.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset8.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset8.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset9.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset9.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset10.gtr.rates"/>
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		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset10.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset11.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset11.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset12.gtr.rates"/>
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		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset12.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset13.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset13.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset14.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset14.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset15.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset15.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset16.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset16.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset17.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset17.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset18.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset18.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset19.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset19.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset20.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset20.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
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		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset21.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset22.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset22.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset23.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset23.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset24.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset24.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset25.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset25.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset26.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset26.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset27.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset27.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset28.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset28.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset29.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset29.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset30.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
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		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset31.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset31.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset32.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset32.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
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		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset33.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
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		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset34.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
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		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset35.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset36.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset36.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset37.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset37.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset38.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset38.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset39.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset39.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset40.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset40.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset41.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset41.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset42.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset42.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="1">
			<parameter idref="Subset43.gtr.rates"/>
		</deltaExchange>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="Subset43.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="ucld.mean"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="ucld.stdev"/>
		</scaleOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="ucld.mean"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<randomWalkOperator windowSize="1.0" weight="10" boundaryCondition="logit">
			<parameter idref="branchRates.quantiles"/>
		</randomWalkOperator>
		<deltaExchange delta="0.01" weight="3">
			<parameter idref="allNus"/>
		</deltaExchange>
		<subtreeSlide size="1.0" gaussian="true" weight="30">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</subtreeSlide>
		<narrowExchange weight="30">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</narrowExchange>
		<wideExchange weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wideExchange>
		<wilsonBalding weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wilsonBalding>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
		</scaleOperator>
		<uniformOperator weight="30">
			<parameter idref="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</uniformOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="yule.birthRate"/>
		</scaleOperator>
	</operators>
	

	<!-- Define MCMC                                                             -->
	<mcmc id="mcmc" chainLength="80000000" autoOptimize="true" operatorAnalysis="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.ops">
		<joint id="joint">
			<prior id="prior">
				<booleanLikelihood>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Uma)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Pleurodonta)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(East_Uma)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Acrodonta)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Sand_lizards)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Phrynosomatinae)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Iguania)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(Phrynosomatidae)"/>
					<monophylyStatistic idref="monophyly(West_Uma)"/>
				</booleanLikelihood>
				<trancated lower="98.17">
					<logNormalPrior mean="110.7" stdev="8.2" offset="0.0">
						<statistic idref="tmrca(Acrodonta)"/>
					</logNormalPrior>
				</trancated>
				<logNormalPrior mean="20.0" stdev="10.9" offset="168.9">
					<statistic idref="tmrca(Iguania)"/>
				</logNormalPrior>
				<logNormalPrior mean="7.0" stdev="7.0" offset="55.83">
					<statistic idref="tmrca(Pleurodonta)"/>
				</logNormalPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset1.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset1.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset2.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset2.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset3.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset3.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset4.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset4.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset5.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset5.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset6.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset6.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset7.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset7.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset8.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset8.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset9.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset9.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset10.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset10.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset11.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset11.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset12.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset12.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset13.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset13.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset14.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset14.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset15.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset15.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset16.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset16.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset17.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset17.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset18.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset18.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset19.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset19.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset20.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset20.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset21.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset21.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset22.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset22.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset23.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset23.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset24.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset24.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset25.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset25.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset26.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset26.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset27.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset27.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset28.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset28.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset29.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset29.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset30.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset30.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset31.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset31.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset32.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset32.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset33.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset33.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset34.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset34.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset35.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset35.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset36.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset36.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset37.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset37.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset38.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset38.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset39.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset39.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset40.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset40.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset41.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset41.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset42.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset42.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="6.0">
					<parameter idref="Subset43.gtr.rates"/>
				</dirichletPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="Subset43.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<dirichletPrior alpha="1.0" sumsTo="1.0">
					<parameter idref="allNus"/>
				</dirichletPrior>
				<logNormalPrior mean="0.001175" stdev="0.17" offset="0.0">
					<parameter idref="ucld.mean"/>
				</logNormalPrior>
				<exponentialPrior mean="0.3333333333333333" offset="0.0">
					<parameter idref="ucld.stdev"/>
				</exponentialPrior>
				<logNormalPrior mean="0.021" stdev="0.00414" offset="0.0">
					<parameter idref="yule.birthRate"/>
				</logNormalPrior>
				<speciationLikelihood idref="speciation"/>
				
				
				<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
			</prior>
			<likelihood id="likelihood">
				<treeDataLikelihood idref="treeLikelihood"/>
			</likelihood>
		</joint>
		<operators idref="operators"/>

		<!-- write log to screen                                                     -->
		<log id="screenLog" logEvery="1000">
			<column label="Joint" dp="4" width="12">
				<joint idref="joint"/>
			</column>
			<column label="Prior" dp="4" width="12">
				<prior idref="prior"/>
			</column>
			<column label="Likelihood" dp="4" width="12">
				<likelihood idref="likelihood"/>
			</column>
			<column label="rootHeight" sf="6" width="12">
				<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			</column>
			<column label="ucld.mean" sf="6" width="12">
				<parameter idref="ucld.mean"/>
			</column>
		</log>

		<!-- write log to file                                                       -->
		<log id="fileLog" logEvery="1000" fileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.log" overwrite="false">
			<joint idref="joint"/>
			<prior idref="prior"/>
			<likelihood idref="likelihood"/>
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			<treeLengthStatistic idref="treeLength"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Acrodonta)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Iguania)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Phrynosomatidae)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Phrynosomatinae)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Pleurodonta)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Sand_lizards)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(Uma)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(West_Uma)"/>
			<tmrcaStatistic idref="tmrca(East_Uma)"/>
			<parameter idref="yule.birthRate"/>
			<parameter idref="Subset1.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset1.alpha"/>
			<parameter idref="Subset2.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset2.alpha"/>
			<parameter idref="Subset3.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset3.alpha"/>
			<parameter idref="Subset4.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset4.alpha"/>
			<parameter idref="Subset5.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset5.alpha"/>
			<parameter idref="Subset6.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset6.alpha"/>
			<parameter idref="Subset7.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset7.alpha"/>
			<parameter idref="Subset8.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset8.alpha"/>
			<parameter idref="Subset9.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset9.alpha"/>
			<parameter idref="Subset10.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset10.alpha"/>
			<parameter idref="Subset11.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset11.alpha"/>
			<parameter idref="Subset12.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset12.alpha"/>
			<parameter idref="Subset13.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset13.alpha"/>
			<parameter idref="Subset14.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset14.alpha"/>
			<parameter idref="Subset15.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset15.alpha"/>
			<parameter idref="Subset16.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset16.alpha"/>
			<parameter idref="Subset17.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset17.alpha"/>
			<parameter idref="Subset18.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset18.alpha"/>
			<parameter idref="Subset19.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset19.alpha"/>
			<parameter idref="Subset20.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset20.alpha"/>
			<parameter idref="Subset21.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset21.alpha"/>
			<parameter idref="Subset22.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset22.alpha"/>
			<parameter idref="Subset23.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset23.alpha"/>
			<parameter idref="Subset24.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset24.alpha"/>
			<parameter idref="Subset25.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset25.alpha"/>
			<parameter idref="Subset26.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset26.alpha"/>
			<parameter idref="Subset27.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset27.alpha"/>
			<parameter idref="Subset28.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset28.alpha"/>
			<parameter idref="Subset29.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset29.alpha"/>
			<parameter idref="Subset30.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset30.alpha"/>
			<parameter idref="Subset31.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset31.alpha"/>
			<parameter idref="Subset32.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset32.alpha"/>
			<parameter idref="Subset33.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset33.alpha"/>
			<parameter idref="Subset34.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset34.alpha"/>
			<parameter idref="Subset35.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset35.alpha"/>
			<parameter idref="Subset36.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset36.alpha"/>
			<parameter idref="Subset37.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset37.alpha"/>
			<parameter idref="Subset38.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset38.alpha"/>
			<parameter idref="Subset39.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset39.alpha"/>
			<parameter idref="Subset40.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset40.alpha"/>
			<parameter idref="Subset41.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset41.alpha"/>
			<parameter idref="Subset42.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset42.alpha"/>
			<parameter idref="Subset43.gtr.rates"/>
			<parameter idref="Subset43.alpha"/>
			<statistic idref="Subset1.mu"/>
			<statistic idref="Subset2.mu"/>
			<statistic idref="Subset3.mu"/>
			<statistic idref="Subset4.mu"/>
			<statistic idref="Subset5.mu"/>
			<statistic idref="Subset6.mu"/>
			<statistic idref="Subset7.mu"/>
			<statistic idref="Subset8.mu"/>
			<statistic idref="Subset9.mu"/>
			<statistic idref="Subset10.mu"/>
			<statistic idref="Subset11.mu"/>
			<statistic idref="Subset12.mu"/>
			<statistic idref="Subset13.mu"/>
			<statistic idref="Subset14.mu"/>
			<statistic idref="Subset15.mu"/>
			<statistic idref="Subset16.mu"/>
			<statistic idref="Subset17.mu"/>
			<statistic idref="Subset18.mu"/>
			<statistic idref="Subset19.mu"/>
			<statistic idref="Subset20.mu"/>
			<statistic idref="Subset21.mu"/>
			<statistic idref="Subset22.mu"/>
			<statistic idref="Subset23.mu"/>
			<statistic idref="Subset24.mu"/>
			<statistic idref="Subset25.mu"/>
			<statistic idref="Subset26.mu"/>
			<statistic idref="Subset27.mu"/>
			<statistic idref="Subset28.mu"/>
			<statistic idref="Subset29.mu"/>
			<statistic idref="Subset30.mu"/>
			<statistic idref="Subset31.mu"/>
			<statistic idref="Subset32.mu"/>
			<statistic idref="Subset33.mu"/>
			<statistic idref="Subset34.mu"/>
			<statistic idref="Subset35.mu"/>
			<statistic idref="Subset36.mu"/>
			<statistic idref="Subset37.mu"/>
			<statistic idref="Subset38.mu"/>
			<statistic idref="Subset39.mu"/>
			<statistic idref="Subset40.mu"/>
			<statistic idref="Subset41.mu"/>
			<statistic idref="Subset42.mu"/>
			<statistic idref="Subset43.mu"/>
			<parameter idref="ucld.mean"/>
			<parameter idref="ucld.stdev"/>
			<rateStatistic idref="meanRate"/>
			<rateStatistic idref="coefficientOfVariation"/>
			<rateCovarianceStatistic idref="covariance"/>
			<treeDataLikelihood idref="treeLikelihood"/>
			<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
			<speciationLikelihood idref="speciation"/>
			
		</log>

		<!-- write tree log to file                                                  -->
		<logTree id="treeFileLog" logEvery="1000" nexusFormat="true" fileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.(time).trees" sortTranslationTable="true">
			<treeModel idref="treeModel"/>
			<trait name="rate" tag="rate">
				<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
			</trait>
			<joint idref="joint"/>
		</logTree>
		<logTree id="substTreeFileLog" logEvery="1000" nexusFormat="true" fileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.(subst).trees" branchLengths="substitutions">
			<treeModel idref="treeModel"/>
			<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
			<trait name="rate" tag="rate">
				<continuousBranchRates idref="branchRates"/>
			</trait>
		</logTree>
	</mcmc>
	

	<!-- START Marginal Likelihood Estimator                                     -->

	<!-- Define marginal likelihood estimator (PS/SS) settings                   -->
	<marginalLikelihoodEstimator chainLength="800000" pathSteps="100" pathScheme="betaquantile" alpha="0.3" printOperatorAnalysis="true">
		<samplers>
			<mcmc idref="mcmc"/>
		</samplers>
		<pathLikelihood id="pathLikelihood">
			<source>
				<joint idref="joint"/>
			</source>
			<destination>
				<prior idref="prior"/>
			</destination>
		</pathLikelihood>
		<log id="MLELog" logEvery="1000" fileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.mle.log">
			<pathLikelihood idref="pathLikelihood"/>
		</log>
	</marginalLikelihoodEstimator>

	<!-- Path sampling estimator from collected samples                          -->
	<pathSamplingAnalysis fileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.mle.log" resultsFileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.mle.result.log">
		<likelihoodColumn name="pathLikelihood.delta"/>
		<thetaColumn name="pathLikelihood.theta"/>
	</pathSamplingAnalysis>

	<!-- Stepping-stone sampling estimator from collected samples                -->
	<steppingStoneSamplingAnalysis fileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.mle.log" resultsFileName="uma_relaxed_clock_1rate_noSL_calib.mle.result.log">
		<likelihoodColumn name="pathLikelihood.delta"/>
		<thetaColumn name="pathLikelihood.theta"/>
	</steppingStoneSamplingAnalysis>

	<!-- END Marginal Likelihood Estimator                                       -->

	<report>
		<property name="timer">
			<mcmc idref="mcmc"/>
		</property>
	</report>
	
</beast>