Additional file 8: Sequence of 10 lncRNAs and deletions. 

GAATAG - other non-coding RNA annotations
ATGTTT - protein coding genes
ACGTGG - lncRNA exon
TTATTT - lncRNA deletion
(agct) - lncRNA insertion

>XLOC_003573(mj447)

GACATTAAGAATAGACGCAGACAACGAGATACTCTTTTTCTATGCGTCTCAATCCCACTTTACTTCTGGCGATTTCTGTCTCTCAAAAAAAAAACTCCTGAAAAAGTAATGCAAGAGAAACGAGAAAAAATTGAAAAGAATAGTTGTACTAGGAACTAAAAGATAATCTACGTATTCGTAACTTCCTATTGAAAAGTGCAATAACTTGCTTCATCTTTTCCTTCTCTTTGCTCTCAAGAAGACTCAAAAAGCAGAGCTTATGTCTCTGATCGCCTGTCGTCTCTTCCATGTGTCTTCCAATTCCTCCCGTGTTTCTTCTCTTCTTTTTTAATACGCTCTTTGTAGTAGTGGCCCTCTATATGTGACACATTCTCAAGCACACTCACACACACAATATTTGTTTCTTTTTCTCCTACCACGTATGTATCCCTTAAGATTCTCGGATCATCCGGTTTCTCAGATTTCAGATGTTCCCCTGCTTTTCCCCCTCTAATTTTTATCTCAAATTTCTATTTTTGTCATTACAGAGTTGTTATGGATAGTACGGAAATTGATCTTATCATATGGTTTCTGGGATTTTTTGTAGTTTCAACTGTGAGTTTTTTGGAAAATTTTTAGATTTGGATTACCAGGTGCCTGATTTCTATTTATTCTGAAAATCGAAAAAATAAAAATCTGAAAAAGCATGTTTTCAAAATTCTTTTTTTGATATTCCGAATTTTTTAAGAGTACGAAAATTTGGAATATAATTTTTTCAATTCTTTGTTCTAATTGAATTATTTTAAACATCTAGAAATGTTTGGTTTTGATTTTGTTTAAAAGTTTTTGGAAACATTTCAAATTGTCTGATTATTTTGGTAGAAATTATAGTATATTTTCCCACTTTTTCGATTTCAAAAACGAAAAAAATCTATAATTTTCGCAAAATTTCTTACAAATAAAATTCCCAAATTTTAAAAATCGAAAATTGGTTTTAATTTTAAAAATTTGTTTTCCAAAAAAAAAATTCCCAAAGAAGCAAAAAATACAAACATTTTCAACCAGAAAAATTACTTAAAATATTTGCCTATATGCCTGCCTGCCTGCCGCCTATTTTTTTTTGAATTTTGTCGTAAACTTGCCCCAGGTGTTTGGTTTATATTTCGAAGAGCAAATTTACTAAATTAGACTAATTTTGAGATGGGAATTTCGGAAAAAAAACTCTGGCCAGGCAAGCATGAAGCAGTAGAAGTGAGAACACTTGGAAAAAGTGTATTTTTAAGTAATTTTTCTGTAAAAAGAAAAATTGAAGACAAATGTGGAGTTAAGGAAATTTGGAAAAATTGTAAATTTCCATCAAAACCTGTAAAGCAATTTTCTAATTTTTTTAGAAGAATCACTATACAAATTCCAAACAAATTTTTAGATAATCACAATTTTCTGTATCTGCATTCGAATTCTCCGTTCACAAGCTCACATCTCCCAAACAGACTGTTGTCATTGTGTATGTGCATGGCCACGTGGATTTGTGAAAAGACCTCCAAAACGGATAGTTCTTCTAGAACCAACTACACGAATTCAACAGTCTGGTTTCACAATTTACTGCGTTGACAGACCAATGCCTGTTACTAATCTGCCTTATCACTATGATAAGGTAAAAGTTGAAACGTGTCTGAACACCTTATTCGGCACAAAATCAATATTCCTACCGGAAACTACCGTAGCTGTTTCAATACCGGCACGTGGATTCTCGAGTATGTCGGAATTCCACATGTTCTCGAAAACTGATTCTCAACGGGAAAGTCTTTCTGGTTACTCTTATGAAATGTTATCGAGTAGTGTTCAAGCATCAAGTACTGATACTTCAAACTGTTTATTTGGATGTACATCACATTCACTGGCAGGTGTTACTGTTTATTTGGGAATTGGTGGAAGTTCAGAAAGGATTAATTCGGATGCGATTTTGATTCGAATGATTCATAATGTTCATCGATATGGGGGAAGATGGATTCCATTTTCCAGAAGTTACATTTGGATGAGAAGCTTTTTGAGAAACTGGTGGAAGCCTACAGTACCAAATGTAGCGGTAAGTAACACTTTAAACACGGTAGGTAGATACGTAGGTATGAATGCGCTTGTCTGCCTGACTACCTGAAGCATGAAAATATGAGAAAAGTTGGAGTGTTTGATGATGTCATTTGCTCATTATGGACGATATAAGTTAAGATTAAAGCCCCACAATGTATATAAGTAGATAAAAATTGCAAGCAAAAAATTTATAACTTTTTTCGGTTTTTCTTTTAAAATTCCAGATTATTTTTCATAACTTCATCATGCTTTAAGGTTTGTTAGTTCGTAGAAAAAATAATTCTGAAGTGATAATGCCTGCCTACCTTCAAAACGACCCGCCTTCTCTCATGCCTTCAAACAGGGACAATGTTCCTTGATTAAACCAATCATAATTGAAGAGGGCATTTTTAACTAAAAGGCTATGGAATTTTTAGGAAAGAAACCAAAATAAAATACGATATCAATCAATTTTCATCTTTTTCTAGGCGTACAACCGTTCCTTCTCTCTCCATCGTAATAGCAATTCGGATTCATGTGGTTTTCGTCTCCGGCAGCCATTTGTTCATCAACCGGTATTTAAGCTTCAATTTTCAAAAGGACAACATTATTTTCAGTGTCCACTCGGTGAAAATCAGAGAATGTTTGCGCCGAGACCCTATCCACATCA

>XLOC_009275(mj435)
GCCAATTTTTACACATTTTGTTCGTAATTTTGACGGTTTCACCGGGGGTTTTTGGAAATTCGGCACTTTCGTATTTTTAACGGTTTCTGTTTCAATTTATTGATAGCATTTCAAAAAATTTATGCTTGGGAATTTGAGGATCCTGCAGGAGCAAGAAAACGTACAATATTCGTTTGGTGGCACTGGAAAACAAAAATGGAAAACCTGTCGAAACTTGGAAAACATACTTAATTGAATTGAAGCATACAACATTACAGTTTCGGATATTTAGAAATATGCACATAGATTTGGCAATTAAAACTGGACACTCAATTTACAATTAGTCCTTATTTATCATTGGTTTGGAAAATGAGATGGAGTATAAAAATAGATAATCTATGAAAATAATCTTACTAGGTTAGTTCTTTTTAACGAGTTGTAACAATATTTAAACTGCCGTTTTTAATTTTAGCAGCCGAGAAGAGAATGTTTCAAGCCATTTTAAAAGCATAAAATTTCAGAGGATTCAACAAAGTGGATACAATCTATCAGCAACTCATAAGCCTATGGTGCATATTAAATTTTTTAAACGAATTGCCAACTGTATACAAGAAGTTACCTCCGATTGCCGAAATAATGAAAATTTTGAAAACATTTTAATTCCACATAAAATTTTACAGAAAAGGATTTTTGGTAGGTTTGCAAATTTTGGAAAACTTTGTCAGGAGACGATTTTTTGAATTTGGAAAACATTTTAAATTACCAATAATTTCTAAAAGTGCCGTATGTCAGACCTGACAAAAATATATCATAGATTTCAAAATTATGCAAATTTATGTTAGACCTGAAAAAAAAAGTTAATTTCTACACTGGAAGTGTCTTAAATATCAGTGAGCACAGTTTTTAACTCAGAACATGTCGGGACACTAAAGTTTATTGAATTTTAGATATTGTCAGGATTGAAAATTTCCAAAATTATTCCGTTAATTGAATTGTATTTTCATTTTTCGCGAATTCTACAGTTGCCGATTACAACGCAACCCTGGGTTTGGAGAGTTCATATTGCAGATGGTTTCATGACTCAAAATCTGTAGCTCCATAGAAGTAATTTTCCATATTCCAATTGACATCATATGTACACAGAAGAGCTCTCTTTTGACATCAATCTCAGTCTTCAAATTATCTTTATCTCCACACTCAACCACTCTCCGCCCATCTTGTGACTACCACCAATCTATGACAAGTCTATTCAACGATATTATGTTATTAACCACTTATTTATCTCTATTGACTGAAAATGTGCAGCAGCTTCTTTTTCCCACTCTTCTGACAAAAATACTAAGTAGCTCTTTAATACTTGAAGAGCTTAAATTTTTATATTTAATTCGGTGTGTTCAATTTTTATAGTAGTGAATCTATTCTACGAAGAGATAACTTGCTTTTAGCTGGAATGTGTGGAAATTTCCAATTTCATGATTATTTGAACTGAAAAATTGGCAAAAATGATCTTTCAAAAATCCTTGTTTCTATCTCTATTTATGTTGCAAATTTTGATAATTTTAAGGTACATATATGATATCCTTTGAGTAAATTATTGTTAAAATGAAATTTCCAAGTTCCAAGCCAACTGGCGATAACTAAATACATATTTTTGAACTTCATAGCCAATATAACCAATTTACACAGTTTGAGGTATACCCGGCTTTCTCGGAACAAAAAGTGCAAATGAAAACGCATTAGGATACTGCTCCACAATACTTGGTACACCTGAAGTTGAGAATTTGTTTTGTGAGTTATCACTAAAAAATTCGTACAGGCCCTGTAAGAATCCAACGGACTCAATTTTATCCAGGACCTCGTTACGAACACGCTTTCCCAATTACTTTAAAAGGGTGGTACCAGCTTTCTATTTTGAGCAATCTTCTTCGAATCCTTGAGTGCTTCTTAGTTCTGCTTTCATAATCTTCTTCTTCTCCAATTCCATAAAAATTATTGTGGTGCTCCATAACTGCAGGTACAAAATCCAGTGACGGGATATAATCCGCTGAAAATCTCTCAATTCTCATATGGTCTCTGAGCGTCTCTAATCGTCTATTCGCGGCATGTATATTATGATATTATATTTATGATTAGTATGATTATTAGTGTTATTAACACGTTATTGAAAGTGGTGGGCATCAACGACAGCAGTAGCAGCCGAAGAAGAAGATAATTCCTTGGATATAGAGCCAGAAGATACTAATATTAATCGGAAGTCTTGGCGAAGGAAAACTTGTTTTTCCGCGCTGCATCAATATTGAGCATTTCATATGCTAAAAGCTGAGCAAGCTCTGAGTATAACAATTTACTGTAACTGATCTAAATTTGATTAACCATTACGCTTAGTTTTCTGAAAAGCATTTTTGATTTCCTGTTGGAGAAATTCATCAGTTGGTAAAATTTTGCTAAACAAGCTTGTTCTAAGCCGTGTTCCCTATTAGCATAGAAATTTTACTGTTCTATTTTGGAAGTTATATAAATTTTTTTAAAGAACATAGGAAACAAACATAAATGCTGCGAAACTAATTTTCAAGTTGCTCGTAAGGCTACCAATACTAATATTAAGCTTCTACAGTAGTTAGCTATGGCTTCTCTTTGGTCAGGAATAAGAGCCCGCTGGGAGCACAATCAGGCAGTCTACTTCCCAATTTTTTTTCAAGATTCTCAAATCCACATTCGCCTATGGTTGCTGAAAAAAGAAATTTTATTATTTTGAATAAATTGTTAATTTTAAATTAATTTTCTAGAAGTGCATTTGCTAATCTCAAATTTCAAGTAAATTTGGAAAACTAGCTAATTAGAATAACTCTTTCATAATAAATCCCTAATTTCTGAAATATAATCCAAAAACTAATTATCCTCTTAATGTATACAATTTCTATCCCTCTTTCTCCATCTTAAACATTTGATAGCTCCTTCAAGGTGTGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTCCGTCTAATCCCTTCTTCTTCGTCTCTGTCCTCCTAATTACACTTAAACCAAATTCCACGTAAGTAGCCATTGGTGCCGCCCGTCTCTTGTTTTGCTTGTCTTCATCTACTACCTCCACCTGGCTTTACCTCTCACACATCTTACTCATTTATGTGTGTATTTGTCCAAGGGGCCCCACAGACCACCACCACCACCATCATCATCATTTCGGCTCTTTTCCTTTTATGAGTGACCCATAATATAAAATGTCTTGTGTTACTTAGACATATTGGGATTAGTAAGTTTGCTGCTAAAAGTGAGTCACAGCAAATAATTTTCCGTAAGGGGCCATAAGGGAACGTATCTAAAGTGGCCTATCACTTTTGGGATTATTGGCTCAATTTTTTCTAAGTCTTTAGGACAACTACATTTTCTTAAAATGATCCAGTGTGTTGAATAATTTTTCTACCGCTTATCTATACTCGTCTATAATGTAACCATACAATATTCCAACTTATGTTAATCATAATGTTAGGAATGTGCAGAATTTGGTCCAAGAAATATCAACTCATCAGAAGTTGGCTAAACTTGGGCAAAAGCTGTGCAAAAGTTTGGCAAAAGACTTTGGCAAAACTTGGTTTTAAGATGAGCTAAAGCTTAACCCAATTTTGACCCAACTCTTGCCACACTCTTATCACAAAATCAAGAGCCTCATTCAATCGCAAATTTGTCAATTTTTTATATAAATTTTTGAAGAAATTTTCCTCCAAAAACTATCTACATATTTTATTTCGAAAATCCTAATACCATTGTTTTGAACTTTCAAAAGCTCCCGTGACTCATTCATTACAAGTAAAAAATAGCGAGTTCTCTAAGAGAATGCCTTTCTGCCTTTGCTCACCCGTTTACGCTGAAGAAGAGCCATTCAACCATAGGAGCTTGTCCTCATTATCAAAGCTAATTAGGAGGCTAGTTTCCTTTTCTCCCCACGCCTATTCCATTATACCAGCTGAATAGTCTTATTTTATTTCCACTTGGTTGCGTTCTTATTTCAGATGCTCACTAATTAATTATCGATCGATAATTGACTATAGGTTTAAGATAATTGTAAAAACTACACATTCAGTTTTACAGTAAAACTCTAATTTCTGAATAAATTAATTGTTGAGGCGTACTAATTTTAATTTTTTAAACACCAATTAATTCAGTTTCACTTAACCCAATTATACGTCTGCTATATTTTCCCATCCAAACATGCAATTTGCAGGCACAATTTATGTCTCTCGTCCCACTCTCTCACAGAAAATTGCATTTTCCATCGATTCATGTGTATGTGTGTGTACGCAGGGCGCGTTAGCCCTAATTATCATAAATTGCCACCCTTCTCTTCGTGCTAAACCGCACCCAATTATCGGGCAGATGGCCTCGTCGCCTCGCTTTTCTCATTCTTTCTTTTTACGTAGTTCCGTGTATTTTGACTGTTTTAAAGTATTCTATTGCTTTGTTACAGTGTGGACTCTAATTAATTCGAAAAATTAGTTTTATAAGGGAAAATTACAACATTTTTTTGAAATTTATTGTTTTACTTAAAAATTTAATTCAACAAAATGTTTGAATACCTTGAACACTAAACACCAATAAAAATATTTTTATATCTTAATTACTTATAAAAATCGCTATAAAAACTCAAAAATAGACGCCGCCAAAAGATTGTTGACCACTAGTGCTATCCTGTACCAGTATAATATTTTGGTAAATATTAAATTTCATCAAAAATAAATTTGAGGAAAATGACAATCACTGATAATGAATGATAATTGAGCGTTGAATAAATATATCAGCAAGTTTTGATTATCACCTGTAAACACACACAATTTTGTCTGGGCGTGCGTTGGTAATTAAACATACTTTGATTATTGCGAAACTAATTATAAATTATATTTTTTCACACTTTTTGGTAATAATTACAAAGTTCAAATATTTTTTAAGAAAAAAAACAGTATTTAAACTTTTAAATAAAGTCTAAAAATATAGCTGCAATAAAAGTGGAG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>XLOC_000670(mj442)

CTTTTTCAATTTATTTTGCACTGGTAATTCGGTGCTCGACGAATTTTCTTCTTCAGACATTTTAGCGTATAGTATTCGGATAGAAATGTGTAAAAATGATGAAAAGCGTAGCATTCAATGAGACCCATATGGAAATTATGAAACCAGAATAATTTGGTAATTGTATTAGTTTAGAAATATTTGTTTAAGTTATTGTGTTCAATTTGTTTTGTTTAGGCAGCAACTGATTTGGATGAGAAGAGTTAAAAATAGGTTATTTAATCAATAAAAGCAATATGAAAAGTATTCCTCAGTAGGGTCTAACAATAAATACACTAATGGTCAAAATAATATAACTTATTCCAGTCTAAAAATATTCACGAATTTTCTTCTCCTAAATACTAGAAATTCTTAAATTTATCAAAAACCAGAAAAAATTGCAACATCTACAGTCAGTTTAAATTGTTTTTGAATTTTGGTATTTTGGTATTTGAGAAACGTTCAAATCAGATTTTAAAAATATTGGATAGGTATTTTCGCACTCATACATCTTTGAAATAAAACATTAAGTTTTTTCTCAATACGTTTGAAAAAAGTACAGTACTACATAGTATATGCACACATTTTCCAAATATATATTATCAACAGAAAACTATTCTCATCATTCTATTTTCCCAATATTCCCATCCACTTTGAATCACTAACAACAATCATGTGATTTCCTAAATGTTTTCCTTTTTTCAAATTGAAGAAAATCAACGCTGCGGAACACATTTTCCCGAAAAAAGCCGTCCGAGTTGTTCCCGTCCACACCTTTTTTCCCTCTCAAGAGTTATTCTTTTGTAGATTCTTTGGATCATTCACTTGATAGCCTAATAGTGGGCGTGTGTTTGTCTGTGCTCCGTTACGTGAAAAACGGAACAAATATTTTTTGAAAAAAAAACATTCGAATTTTTCCGTCGCGTCTCGAAATGCCCATTTCTCCTGCTGGTAGGTTTTTATAGACCTCTATTTGAAAATTTAGTTATGAATGTTTAAATAAGTGTCTCTAAAACTATAAAAAACCAATTTTTAGAGGAATCTTGGTAGATGCTCACTTTTCAGCTCACATTGATTAAATCCTCAAAAGTTCACATATAATCATTGAAATTGTTTTTTGAAATAATTTTTTAAAAAGTTATGTTTGACTCATTCTGTTTTGGTTACTTTGGCAACTACCTGAACACAGTCTCCTGTATCAATTGCTCTTAAACTTTTTAATCGAAATTTTCAGATTCAACAAGCATTGCTCGTCAAAAACAACGTCGCATCGAACCACTTGTAATGCTTGATTCTCGGGATTACGGTAGTTGGAGGAATGGAACAACTCCATCGCCGAGCACAAATAACAAAAGCCCTCCGGTATTTCAAAATGAGAAGAAGAGAGTTCATTGGCGGAAATAATTCTTGTTTCAATTTTTTTTTGTATTCTCTGTAAACTGTGTACATATTTTGTAAATTGGATTACTAATTTAAAAATAAATACTTGTAAAATAAAATGAAATAAATAAATAACTGTAAAAGCGTACTTCAGGTAGATCCAAAATATTTGGAGTGGATTTAATTTTTGGGTTCAGGTCAAGTCTGTGCGGCAAACGGCACAAGGTTCAAGGGACAAGCAACCGAAATCATTGATACTAACGAAAAGTTGAAATGCAGTAAGAAGATCAAGGAATTACCGGACAAAATTATTGCCAAGGAACAAAGGCATACGTCTCAGCTTCATTTGCATGATCCTGTTCAAGTATTCCGTGACATCATCAACCACCATCACGTGTGTACCTCATACCAGGGCTGTGCGGCATCCTGAATTTTCGGCGAACGTTCGCCGACACATAAATTTCTCATAATTTTTCGGCGATCGGCATTTATCGGCACTTTTCGGCATCCTTAAAAAAAAAATTTTGTGTTTTTTTTTCAATTTTCTAAATCTAAATAGTTGAATTCCAAAGTTTTATAAAGAGTGTCTGGTTTGAATTTTAAAGCATAGATCAATTTCATATTTAAACGACCAGACTGTTGGGATAGTCAAAAAAGGATCCCAGAGGCAAGAATGATTCAAAATAATTGTGTCGACTAAAAGAATATGGCTAATAATTCAAATATGTTAATTTTTGGGAAGTGTTAGAAATACAGGTGATTTGGGAGTGTTATGATACAAGAGACACAGAGATGTCTTTGGTTGTGTTTTATGACTATAATGTTTGTAGATTTATGTTTCAACGGATGAATGTGAAAAACTTGAATGTATATTCGATTAAATTTTTAAAAAATAAATTTTTCACAAATGCCGAAAAATACCGAAAAAAGTCGAACAAAAGTCGACCGTTTGCCGCACATCTCTCATACATATGAACGTCATATTTGAATATTCTCGTTTAAGCTGATGTGCACGGCATTTGGAATATTACGGGAATTGCCAAAACCATAGAAAATATTTTCCTAACAGCAATCGAAACTATTTGATTCCATAACTCCAATTCCCTTCTTTAAACTAGAAATTTATAAGCACATGCCTGTTCTAAGTATCCATCAATCAAATGCCAAGAAACCGCAAAACAAGGCGAAAATTATCAGAATTCTCAACAAGTCATCCGGGCGGCTCCCAAGAGGCAGTGCCGCGGCGGCAACACGCTCATCTTAAATGAAAACCCAAGAAAGAGACGCTATATAATGTTTTCCGAAATATCAATCATGCTTCTCCTCACACATCAGCTTCTCGTCTTCTCGTCCTACCGTAGTCGCTTATGAACCGAGCCGCCTCCCTAGAGACTATGGGATCCTCAGCGGTAAGTGATGGGCTCCGCCTTGTAAAATGCAACATTTTCCCTCATTCAATATGAGCCGGATGATTTTTCGCATATTTATCATTTTTGTTTCAAAGACTCCTACAGTACTCTTCTAATCGTAAACCTTTTCAATTGACAATAATTTCAGAATGATGTTTTCCTCAATAGATTCTCTTCTTAAAATCTCAACTTCTTCTCAAAATGAAGATCAAAAATTAGAGAGTCACCCCTCCCCTCCATCACAAATTCCAAATTATTCAACCAGCTGCTCTGAGGAATTAATGAAAATGGCGGCAAAAGCAGCCCAATTTGCTGCTCAAGCCTCGCTGGAGAACTCATTTTCCAGTTCTA

>XLOC_047005(mj469)

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>XLOC_005681(mj441)

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>XLOC_045957(mj601)

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>XLOC_041869(mj437)

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